1. 피고 ○○○세무서장이 2022. 12. 14. 원고에 대하여 한 2019사업연도 귀속 법인세 42,974,920원, 2019년도 2기분 부가가치세 29,640원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 원고의 피고 □□세무서장에 대한 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 ○○○세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 ○○○세무서장이 부담하고, 원고와 피고 □□세무서장 사이에 생긴 부분은 원고가 부담한다.

주문 제1항 및 피고 □□세무서장이 2022. 12. 12.1) 원고에 대하여 한 2019년 귀속 종합소득세 90,318,430원의 부과처분을 취소한다.

가. 농업회사법인 주식회사 양BBBBB(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)는 2018. 9. 11. 육류 유통, 가공업 등을 목적으로 설립되어, 2018. 9. 14. 사업자등록을 하고 육류 가공식품 도매업 등을 영위하다가 2021. 5. 26. 폐업신고된 법인이고, 원고는 이 사건 법인의 설립에 발기인으로 관여한 이래 2021. 6. 9.까지 이 사건 법인의 법인등기부에 대표이사로 등재되어 있었다.

나. 이 사건 법인이 2019사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 법정신고기한까지 신고하지 아니하자, 피고 ○○○세무서장은 2021. 1. 6. 이 사건 법인에 대하여 2019사업연도 법인세 42,974,920원을 결정·고지하고(가산금 8,057,550원도 함께 고지함), 추계소득금액 286,509,550원 및 인정이자 2,300,000원을 원고에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 위와 같은 법인세 결정·고지와 소득금액변동통지에도 불구하고, 이 사건 법인이 위 법인세를 납부하지 아니하고, 원고가 위 소득처분액을 2019년 귀속 종합소득에 합산하여 종합소득세 신고를 하지 아니하자, ① 피고 ○○○세무서장은 2022. 12. 14.2)원고를 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제2호에 따른 이 사건 법인의 과점주주로 보아 원고를 이 사건 법인의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고에 대하여, 이 사건 법인의 체납 법인세액 42,974,920원의 납부를 고지하고, 2019년 제2기분 부가가치세 29,640원의 납부를 고지하였으며(이하 합하여 ‘이 사건 법인세 등 부과처분’이라 한다), ② 피고 □□세무서장은 2022. 12. 12. 위 소득처분액을 원고의 2019년 귀속 소득금액에 합산하여 원고에게 2019년 귀속 종합소득세 90,318,430원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 하고, 이 사건 법인세 등 부과처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 각 부과처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023. 5. 24. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 12. 19. 원고의 심판청구를 모두 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 4, 5, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

 원고는 민CC의 부탁에 따라 이 사건 법인의 명의상 대표이사와 대주주로 등재되었을 뿐, 이 사건 법인의 실질적인 대표이사와 대주주는 민CC이다. 그럼에도 불구하고 피고들은 원고가 이 사건 법인을 실질적으로 운영하고, 주식에 대한 권리를 실질적으로 행사하였음을 전제로 이 사건 각 처분에 이르렀으므로, 이 사건 각 처분은 실질과세의 원칙에 위반한 것이다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판 단

 가. 이 사건 종합소득세 부과처분의 적법 여부

1) 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호는 과세관청이 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하되, 다만 그 귀속이 불분명한 것은 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있다. 여기서 대표자는 실질적으로 그 회사를 사실상 운영하는 대표자이어야 하고, 비록 회사의 대표이사로 법인등기부상에 등재되어 있다고 하더라도 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없었다면 이와 같은 인정소득을 그 대표자에게 귀속시킬 수 없으나(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결, 대법원 2016. 11. 10. 선고 2014두4764 판결 등 참조), 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 법인등기부상의 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 한다(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결, 대법원 2010. 12. 23. 선고

2010두18116 판결 등 참조).

2) 위 법리에 기초하여 살피건대, 원고가 이 사건 법인의 설립에 발기인으로 관여한 이래 2021. 6. 9.까지 이 사건 법인의 법인등기부에 대표이사로 등재되어 있었던 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 위 기간 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정되고, 원고가 제출한 증거만으로는 이를 뒤집고 원고가 위 기간 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.

나. 이 사건 법인세 등 부과처분의 적법여부

1) 관련 법리

㈎ 구 국세기본법 제39조에 규정된 제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도로서, 그 취지는, 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있다. 그러나 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2019. 5. 16. 선고 2018두36110 판결 참조). 구 국세기본법 제39조 제2호는 법인의 국세에 대하여 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주를 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유 주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서(형식적 요건), 그에 대한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(실질적 요건)로 규정하고 있다. 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당한다는 사실은 과세관청이 주장·입증하여야 하지만(대법원 1995. 1. 20. 선고 94누7997 판결 등 참조), 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결 참조).

㈏ 한편 국세기본법 제14조 제1항은 ‘과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’고 하여 실질과세의 원칙을 천명하고 있다. 따라서 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 해당 과세대상을 지배․관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 하고, 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리․처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 그리고 소득 등의 귀속 명의와 실질적인 귀속주체가 다르다는 점에 관하여는 과세처분을 받은 명의자가 법관으로 하여금 상당한 의문을 갖게 할 정도로 주장ㆍ증명할 필요가 있으나, 그 결과 소득 등의 실질이 명의자에게 귀속되었는지가 불분명하게 되어 법관이 확신할 수 없게 되었다면, 그로 인한 불이익은 과세요건사실의 존부 및 과세표준에 관하여 궁극적인 증명책임을지는 과세관청에 돌아간다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결, 대법원 2017. 10. 26. 선고 2015두53084 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

㈎ 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 법인의 설립 당시 작성된 주주명부에 원고가 발행주식 총수 10,000주 중 9,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 소유한 주주로 등재되어 있는 사실을 인정할 수 있고, 이 사건 법인의 정관 제3조, 제9조3)에 따라 비농업인이 출자하는 출자액의 합계는 총출자액의 100분의 90을 초과할 수 없으므로, 이는 비농업인이 출자할 수 있는 최대 지분으로 보인다(을 제4호증).

㈏ 그러나 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고가 이 사건 주식의 실질적 주주인지에 관하여 상당한 의문이 들고, 피고들이 제출한 증거들을 종합하더라도 위 사실을 인정하기 어렵거나 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 법인세 등 부과처분에는 실질과세의 원칙에 위반한 위법이 있다.

① 원고는 2021. 6. 9. ‘일신상의 사유’로 이 사건 법인의 대표이사를 사임하였고, 같은 날 이를 위한 이 사건 법인의 임시주주총회가 개최되었는데, 위 주주총회 의사록에는 주식총수 10,000주 중 9,000주를 소유한 주주 ‘민CC’가 출석한 것으로 기재되어 있고, 민CC가 ‘주주’로서 위 주주총회 의사록에 기명·날인하였다.

② 원고와 민CC는 2021. 6. 10. 공증인가 법무법인 DD으로부터 위 주주총회의사록의 인증을 받았는데, 위 인증서에는 의장 겸 대표이사 원고 외에 ‘주주 민CC’가 위 의사록의 내용이 진실에 부합한다는 진술을 한 것으로 기재되어 있다.

③ 갑 제4호증에 따르면, 원고가 2022. 7. 29., 같은 해 8. 7. 및 같은 해 8.30.에 각 민CC에게 이 사건 주식에 관하여 민CC 앞으로 명의개서를 하라는 취지의 문자메시지를 보냈으나, 민CC는 별다른 반박을 하지 않았다.

④ 원고가 이 사건 주식의 인수가액을 납입하였음을 인정할 수 있는 자료는 찾아볼 수 없다.

5. 결 론

그렇다면, 원고의 피고 ○○○세무서장에 대한 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 피고 □□세무서장에 대한 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.