[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 전자부품 도매업을 영위하는 법인으로, 2022년 제2기부터 2023년 제1기까지 부가가치세 과세기간 동안 아래 <표1>과 같이 세금계산서(청구법인이 발급한 세금계산서를 이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, 수취한 세금계산서를 이하 “쟁점매입세금계산서”라 하며, 쟁점매출세금계산서와 쟁점매입세금계산서를 합하여 “쟁점세금계산서”라 하고, 쟁점세금계산서와 관련된 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수수하고 이를 반영하여 부가가치세를 신고하였다.

<표1> 쟁점세금계산서 수수내역

(단위 : 원)

○○○

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.6.20.부터 2024.8.26.까지 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하여, 청구법인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 보아 그 조사내용을 처분청에 통보하였고, 처분청은 2024.9.27. 청구법인에게 2022년 제2기분 및 2023년 제1기분 부가가치세 합계 OOO원(2022년 제2기분 OOO원, 2023년 제1기분 OOO원)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.20. 이의신청을 거쳐, 2025.5.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (거래경위) 쟁점매출처(A)의 대표 a(이하 “a”이라 한다)은 2022년 7월경 청구법인에게 ‘주식회사 B(이하 “B”이라 한다)에 계측기를 납품할 좋은 기회가 있으나 자금경색으로 청구법인이 대신 구매하여 쟁점매출처에 공급해주면 구매원가의 5%에 해당하는 판매이윤을 보장해주겠다’는 제안한 이후 B과의 납품관련 전자계약서를 청구법인에게 이메일로 전송하였고, 청구법인은 이를 신뢰하여 거래를 진행하였다.

 (2) (거래내역 및 대금정산) 청구법인은 2022.7.13. 쟁점4매입처로부터 OOO원 상당의 계측기를 구매하여 당일에 대금을 지급하였고, 2022.7.28. OOO원 상당을 추가로 구매하여 3일 후 대금을 지급하였으나, 해당 물품을 쟁점매출처(A)에 공급한 후 약 1개월 후에 대금을 지급받았다.

  a은 2022년 8월 초 B과 OOO원 규모의 납품계약이 체결되었다며 청구법인에게 납품계약서를 보내왔고, 청구법인은 이를 근거로 추가로 매입하여 판매하게 되었으며, 이후 쟁점매입처로부터 계측기를 매입하여 쟁점매출처에 공급해 주었는데, 그 대금은 대부분 1～3개월 지연하여 회수하였다.

  청구법인은 쟁점매출처에 총 OOO원 상당의 계측기를 공급하였는데, 현재까지도 회수하지 못한 미수금이 약 OOO원에 달한다.

 (3) (실제제품 확인 및 인도 경위) 청구법인은 쟁점매입처와 거래할 때마다 a이 차량으로 운반해 온 실물 제품(계측기)을 현장(OOO 등)에서 직접 확인하였고, 실물 제품은 부피가 크고 무거워서 “쟁점매입처 → 청구법인 → 쟁점매출처”로 이동하기 보다는 “쟁점매입처 → 쟁점매출처”로 납품되는 방식을 사용하였으며, 이는 동종 업계에서 흔히 통용되는 거래관행이다. a은 제품 매입 직후 B에 대한 납품사실을 전화 및 메시지로 통보하였는데, 청구법인은 이를 신뢰하고 거래를 지속하였다.

 (4) (회계처리 및 세무신고) 청구법인은 쟁점거래처와의 모든 거래마다 쟁점세금계산서를 수수하고, 금융거래 증빙 등을 철저하게 구비․관리하였으며, 장부에 기장하고 부가가치세 및 법인세도 성실하게 신고․납부하였는바, 해당 거래를 통하여 조세를 탈루하거나 부당하게 어떠한 이익도 얻은 사실이 전혀 없다.

 (5) (선의의 거래당사자) a과 쟁점1매입처의 대표 b(이하 “b”이라 한다)은 허위의 전자계약서 및 납품계약서 등을 제시하면서 청구법인을 철저하게 기망하였는데, a은 ‘OOO’의 형량을, b은 ‘OOO’의 형량을 선고(서울남부지방법원 2025.8.20. 선고 OOO 판결)받은 반면, 청구법인 및 청구법인의 대표이사 c는 「조세범 처벌법」위반 혐의로 고발당한 사건에 대하여 수사기관으로부터 무혐의(불송치) 처분을 받아 사건이 종결되었다.

  청구법인은 쟁점거래처와의 모든 거래마다 실물 제품을 직접 확인하였고, 금융거래 내역을 통하여 대금을 정산한 사실도 명확하게 입증된다. 부피가 큰 제품의 특성상 ‘매입처에서 매출처로 직접 이동’하는 방식은 동종 업계의 일반적인 관행이고, 유사한 사안에 대하여 대법원과 조세심판원도 해당 거래의 실질을 인정하고 있다(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결, 조심 2012부1266, 2013.4.24., 조심 2014서748 2015.1.12., 조심 2015서2404. 2015.11.5.).

나. 처분청 의견

(1) 쟁점1매입처는 서울지방국세청장 및 금천세무서장의 세무조사 결과 실물 거래 없이 쟁점매입세금계산서를 발급한 것으로 확인되어 「조세범 처벌법」위반으로 고발되었고, 쟁점매출처도 동안양세무서장의 세무조사 결과 실물 거래 없이 쟁점매출세금계산서를 수취한 것으로 확인되어 「조세범 처벌법」위반으로 고발되었다.

 (2) 쟁점매출처는 회전거래(일명 ‘뺑뺑이 거래’)를 통해 쟁점매입처에 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급하였고, 쟁점매입처는 청구법인에게 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급하였으며, 청구법인은 쟁점매출처에 공급가액 OOO원의 세금계산서를 다시 발급하였다(아래 <그림> 참조).

<그림> 쟁점세금계산서 도식화

○○○

 (3) 쟁점세금계산서가 정상적인 거래라면, 청구법인은 쟁점매입처로부터 물품을 매입하여 쟁점매출처로 물품을 공급한 후, 쟁점매출처는 다른 업체로 해당 물품을 판매하여야 하나, 이를 다시 쟁점매입처에 세금계산서를 발행한 것이다. 또한 청구법인은 세무조사 기간 동안 실제 재화를 수취한 증빙이나 실제 재화를 공급한 증빙을 전혀 제출하지 못하였다.

 (4) b(쟁점1․2매입처 대표)은 세무조사 과정에서 회전거래 사실을 인정하였고, 쟁점3․4매입처가 금융증빙 외에 실제 물품을 ‘공급하였음을 입증하는 증빙(제품 시리얼번호, 운송증빙 등)’과 ‘공급받았음을 입증하는 증빙’을 전혀 제시하지 못하였으며, 청구법인의 대표이사 c도 쟁점세금계산서를 정상적인 세금계산서가 아니라고 인정하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점거래를 실물거래가 있는 정상적인 거래로 보아 쟁점세금계산서를 수수한 청구법인은 선의의 거래당사자이므로 이 건 부가가치세를 취소하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 세무조사의 조사종결보고서상 확인되는 쟁점거래처에 대한 조사내용은 아래와 같다.

  (가) 쟁점매출처(공급가액 OOO원)는 2016년 제1기～2022년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 청구법인으로부터 OOO원의 매입을 하였으나, 2022년 제2기～2023년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 OOO원으로 급증하였고, 동안양세무서장의 세무조사 결과 쟁점매출세금계산서와 관련된 거래 및 쟁점매입처와의 거래가 가공으로 확정되었으며, 쟁점매출처는 자금난으로 대출을 받기 위해 청구법인, 쟁점매입처와 쟁점세금계산서를 수수하는 순환거래를 통하여 외형을 부풀린 것으로 확인되는 등 조사청은 쟁점매출세금계산서를 실물거래 없이 발급한 세금계산서로 보았다.

  (나) 쟁점1매입처(공급가액 OOO원)는 청구법인과 동일한 서울특별시 구로구 OOO에 설립되었고, 서울지방국세청장 및 금천세무서장이 세무조사를 실시한 결과 쟁점매입세금계산서를 가공으로 확정하였으며, b은 a과 예전부터 동종업계 딜러로 알고 지낸 사이이고, a의 지시에 따라 쟁점매입세금계산서를 발급하였으며, 그 대금이 들어오자마자 쟁점매출처에 매입한 대금을 지급한 후 다음 달에 쟁점매출처에서 쟁점1매입처에 세금계산서를 발행한 것으로 나타나는 등(쟁점매출처 → 쟁점1매입처 → 청구법인), 조사청은 쟁점매입세금계산서를 실물 없이 수취한 세금계산서로 보았다.

  (다) 쟁점2매입처(공급가액 OOO원)는 b(쟁점1매입처의 대표)의 개인사업장으로 b이 거짓 세금계산서를 발급한 사실을 인정하고, 청구법인의 대표이사 c도 실물거래가 있었다는 증빙을 전혀 제출하지 못하여 조사청은 쟁점매입세금계산서를 실물 없이 수취한 세금계산서로 보았다.

  (라) 쟁점3매입처(공급가액 OOO원)는 2010년에 설립되어 태양광모듈 판매, 전기공사 용역 등을 공급하는 업체로 2018년 이전한 사업장이 쟁점매출처의 인근에 위치하고 있고, 2022년 제2기 단발적으로 청구법인에게 2건의 세금계산서를 발행하였으며, 쟁점매출처의 세무조사 결과 쟁점매출처와 쟁점3매입처의 거래는 가공거래로 확정되었고, 조사청의 쟁점3매입처 대표자 d에 대한 문답(2024.7.14.)에서 d은 ‘거래처의 소개로 쟁점매출처의 a을 알게 되었으며 청구법인의 c를 만난 적이 없고, 청구법인에서 공급을 요청하면 쟁점3매입처가 쟁점매출처에서 제시하는 매입단가에 3%의 마진을 붙여 청구법인에게 세금계산서를 발급하였으며, 직원과 쟁점매출처 사무실에 방문하여 실물을 확인하였다’는 취지로 진술하였으나, 처분청은 d이 해당 거래 물품의 특성 및 가격 등에 대해 인지하지 못할 뿐 아니라 실물거래를 뒷받침할 수 있는 증빙(계약서와 세금계산서의 품목 불일치, 시리얼넘버 등)을 제출하지 않는 등의 이유로 쟁점매입세금계산서를 실물 없이 수취한 세금계산서로 보았다.

  (마) 쟁점매출처의 세무조사 결과 쟁점매출처와 쟁점4매입처의 거래(공급가액 OOO원)는 가공거래로 확정되었고, 조사청의 쟁점4매입처 대표자 e에 대한 문답(2024.7.16.)에서 e는 ‘10년 거래처 직원으로 쟁점매출처의 a을 알게 되었으며 청구법인은 모르는 회사이고, 쟁점매출처에 견적서를 주고 청구법인에 매출세금계산서를 발행하면 매출대금을 받아 매입대금을 곧바로 지급한 후 매입세금계산서를 수취하였으며, 매출세금계산서를 발행한 후 직원 엄기천이 쟁점매출처에 방문하여 매출한 장비를 확인하려 하였으나 메인 장비가 없어 시리얼 넘버 등을 확인할 수 없었다’고 진술하였고, 처분청은 쟁점4매입처가 청구법인과 세금계산서 발급 외 연락을 주고 받은 적이 없어 쟁점매입세금계산서를 실물 거래 없이 수취한 세금계산서로 보았다.

  (바) 이 건 세무조사 당시에도 c(청구법인의 대표)는 a의 기망에 의해 쟁점거래 당시 실물이 있는 거래로 알았다고 주장하였으나, 처분청은 아래 <표2>와 같은 사유로 청구법인을 선의의 거래당사자로 보지 않았고, 쟁점거래를 매입금액 5%의 마진을 취하기 위한 자금융통 성격의 거래로 보았다.

<표2> 선의의 거래당사자 검토내용

 (2) 처분청은 조사청으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래 없는 사실과 다른세금계산서라는 조사내용을 통보받아 아래 <표3>과 같이 이 건 부가가치세를 경정․고지하였다.

<표3> 부가가치세 고지내역

(단위 : 원)

○○○

 (3) 청구법인이 제출한 자료는 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 a이 청구법인을 기망하였다는 사실을 자인하였다고 주장하면서 아래 <표4>와 같이 a이 작성한 사실관계 확인서를 제출하였다.

<표4> 사실관계 확인서(a 작성)

○○○

  (나) 청구법인은 ‘a이 B과 납품관련 전자계약서(아래 <표5> 참조)’, ‘전자계약 관련 이메일’ 및 ‘B 직원이라는 f과의 납품관련 카카오톡 대화내용(아래 <표5>참조)’ 등을 보여주며 쟁점거래를 제안하였고, 그 당시에는 실물거래가 없는 거래임을 알지 못하였다고 주장한다.

<표5> 전자계약서 및 카카오톡 대화내용(발췌)

○○○

  (다) 청구법인은 쟁점거래처와의 거래사실에 대한 입증자료라고 주장하면서 아래 <표6>과 같은 자료를 제출하였다.

<표6> 입증자료

  (라) 조사청이 이 건 세무조사 후 ‘청구법인 및 c’를 「조세범 처벌범」위반으로 서울구로경찰서장에게 고발하였고, 서울구로경찰서장은 위 고발에 대하여 증거불충분(혐의없음)으로 결정(불송치)한 것으로 나타나며, 청구법인은 서울구로경찰서의 ‘수사결과보고서(아래 <표7> 참조) 및 피의자신문조서(아래 <표8> 참조)’를 제출하였다.

<표7> 서울구로경찰서의 수사결과보고서(2025.7.13.)

○○○

<표8> 피의자신문조서(c, 발췌)

○○○

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처의 기망행위로 쟁점거래를 정상거래로 인식할 수 밖에 없었고, 실제 거래가 있었음이 제출한 증빙 등에 의하여 확인되므로 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하나,

 청구법인은 쟁점거래시 실물을 확인하였다는 증빙을 제출한 바 없는 반면, 쟁점매입처 대표는 쟁점매출처의 자금난으로 대출을 받기 위해 청구법인 및 쟁점매입처와 세금계산서를 수수하는 순환거래를 통해 외형을 부풀린 것이라고 회전거래 사실을 인정한 점, 청구법인은 쟁점매입처의 사업자등록증 등만을 확인하였을 뿐 사업장을 직접 방문하거나 대표자를 만나 인적‧물적 시설을 갖춘 정상사업자에 대하여는 확인하지 아니한 것으로 보이고, 쟁점매출처가 차량으로 운반해 온 실물 제품을 직접 확인하였다고는 하나 쟁점매입처로부터 물품이 출고되고 그 물품이 쟁점매출처로 정상적으로 이동하는지, 그 수량 및 물품에 이상이 없는지에 대한 검수절차가 상세하게 이루어지지 않은 것으로 보이는 점, 쟁점매입처에서 바로 쟁점매출처로 물품이 이동하는 개입거래 형식의 거래라 하더라도 물품이 실제 이동하는지에 대한 확인 없이 쟁점거래처의 기망행위에 의해 청구법인이 사기를 당한 것이라는 사유만으로 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정하기는 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.