[주 문]

[이 유]

1.처분개요

가. 청구인은 2007.7.23. 경기도 시흥시 OOO에서 A를 설립하여 관련 사업을 영위한 후 2021.7.14. 폐업하였고, 같은 장소에서 2021.7.15.부터 현재까지 B(이하 A와 합하여 “쟁점사업장”이라 한다)를 운영하고 있는 개인사업자이다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.11.28.부터 2025.1.20.까지 청구인에 대한 개인통합조사(조사대상기간 : 2019년～2023년)를 실시한 결과, 청구인이 쟁점사업장의 수입금액을 누락하거나 필요경비를 과다계상한 것으로 보아 이에 대한 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 2025.3.24. 청구인에게 2019년 귀속 종합소득세 OOO원 및 2023년 귀속 종합소득세 OOO원(합계 OOO원)을 경정‧고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 2023년도 필요경비 중 적격증빙 외 비용으로 부인당한 금액 중에는 직원들에게 개별적으로 사무용 신용카드를 지급하지 못하는 등의 사유로 국세청에 등록된 신용카드를 사용하지 않고, 직원이 먼저 비용을 지출하고 후 정산한 금액과 종업원 인건비 중 비과세 소득 및 국민연금, 국민건강보험, 고용보험 및 산업재해보상보험 등(이하 “사회보험등”이라 한다)의 사용자가 부담하는 보험료 또는 부담금(이하 “사회보험등의 사용자 부담분”이라 한다)이 포함되어 있다.

 처분청에서는 쟁점사업장의 업무와 직접 관련하여 사용된 종업원 개인명의의 신용카드 사용 정산금액 및 비과세소득 등도 적격증빙이 없는 지출로 보아 일괄적으로 필요경비를 부인하여 소득금액을 산정하였다.

 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하므로(「소득세법」 제80조 제3항), 필요경비의 판단은 장부상의 각 계정별로 계상한 금액에 대하여 그 적격성 여부를 판단하여 결정하여야 하나, 처분청은 사실관계의 확인 없이 단순히 적격증빙(세금계산서, 국세청등록신용카드, 지급조서) 미수취분에 대하여 일괄적으로 필요경비를 부인하였으며, 이와 같이 손익계산서 상의 각 계정에 계상된 금액의 실질관계 파악 등 구체적 판단을 하지 아니하고 일괄부인을 하는 것은 처분청의 부당한 처분이다.

 (2) 처분청은 청구인의 2019년 귀속 종합소득을 산정함에 있어서 적격증빙분(세금계산서, 신용카드, 지급명세서)과 기타 증빙분(비과세급여 및 퇴직소득 등) 및 실질 지급된 인건비 추가반영분을 고려하여 필요경비를 재계산하였는데, 이러한 계산구조에서 손익계산서 상의 인건비가 원천징수 신고액보다 OOO원 더 많이 계상된 부분은 당초에 적격증빙 외 비용으로 일괄 부인되었음에도 급여계정과 원천신고금액의 차액인 OOO원을 추가로 부인함으로써 동 금액을 이중으로 부인하는 부당한 처분을 하였다.

 (3) 처분청의 답변에 대한 청구인의 항변은 다음과 같다.

  (가) 청구인은 쟁점사업장의 주계좌인 OOO 체크카드 1매만 사무실에 비치하여 사용하였고, 직원들이 외근할 때 지출에 대하여는 직원의 개인카드로 사용한 후, 성과급과 함께 개인카드 사용액을 직원들에게 지급하였다.

  청구인 본인의 업무상 지출(카드사용분)도 국세청에 미등록된 카드를 사용한 바도 있고, 쟁점사업장의 부대표인 a도 소모품 등 구입 및 외근에 따른 지출에 대하여 자신의 OOO 카드로 일단 사용한 추후 해당 지출을 지급하는 방식으로 운영하였다.

  이러한 운영방식을 취하게 된 것은 계속되는 경영상의 어려움과 과다한 현금서비스 사용으로 청구인의 신용이 하락하여 쟁점사업장의 신용카드 사용한도가 부족해진 것이 원인이 되었다.

  처분청이 산정한 필요경비와 청구인이 산정한 필요경비의 차액을 상세하게 살펴보면, ① 카드 사용분 차액의 경우, a 부대표의 업무상 카드사용분과 청구인이 사용한 접대비에 대하여 국세청에 카드 등록을 하지 않아서 발생한 차액으로 실제로 사용된 업무상 비용이 맞고, ② 근로소득 차액의 경우, 청구인은 실제 근로소득으로 지급한 금액을 계상하였으며, 근로소득지급명세서상 금액은 쟁점사업장의 사정으로 어려움을 겪은 직원이 사회보험등의 부담을 줄이려고 축소 신고를 요청하여 과소신고한 금액으로, 근로소득지급명세서 제출 금액은 OOO원이며 지급명세서 과소 제출금액은 OOO원이고, 이는 금융거래 내역으로 확인되므로 필요경비 부인대상이 아니라 지급조서 미제출가산세를 적용 대상에 해당할 뿐이며, ③ 기타 제비용 차액분의 경우, 청구인의 영업상의 특수한 사정으로 인해 청구인의 사용인이 업무상 우선 사용한 비용을 실비 정산한 것으로 그 실질은 필요경비에 해당된다.

  관련 질의회신(예규)들도 종업원 개인 명의의 신용카드를 사용하고 매출전표를 수취한 경우에도 업무와 직접 관련하여 사용된 것으로 인정되는 경우에는 정규지출증빙으로 인정하고 있고, 가사 실비정산을 인정하지 못하는 경우라 하더라도 최소한 실제 지급된 사용인에 대한 급여로는 인정받아야 하는 것이다.

<관련 질의회신>

 위의 사실 내용을 살펴보면 청구인은 고의로 필요경비를 과대계상한 것이 아니고 사무실 운영의 사정 및 편의상 직원이 업무상 사용금액에 대하여는 사무실에서 부담하는 조건으로 구두약정을 하여 실제로 지출된 비용에 대해 사후 정산 처리한 것에 불과하다.

  (나) 청구인의 2019년 귀속 소득을 결정함에 있어 조사청은 세금계산서, 현금영수증, 사업용 신용카드사용내역, 인건비 등의 적격증빙이 확인된 금액만을 필요경비에 반영하였고 이외에 실제 사업과 관련하여 지출하였으나 필요경비에 반영되지 않은 것으로 확인된 금액을 추가로 반영하였다.

 이와 같이 처분청이 2019년 인건비를 포함한 필요경비를 산정한 방식은 적격증빙 수취분의 합계액인 OOO원에 추가로 확인된 OOO원을 반영하여 OOO원으로 산정하였는데, 손익계산서 상의 인건비를 인정하지 않고 근로소득지급명세서 상의 금액 OOO원만 인건비로 인정한 것에서 출발해서 이후 지출내용 확인 결과 실제 사업관련 지출되었으나 필요경비에는 반영되지 않은 것으로 확인된 b, c의 인건비 OOO원을 추가로 반영한 OOO원으로 계산하였다.

  처음부터 조사청은 근로소득지급명세서 상 금액만 인건비로 인정하였는데, 2019년 3월 장부상 인건비인 OOO원이 근로소득지급명세서상 근로소득 간이세액 총지급액(OOO원)보다 OOO원 만큼 과대계상되었다는 이유로 추가로 비용을 부인하는 것은 논리에 맞지 않는다.

  이는 장부(계정별원장) 상 인건비 OOO원 중 근로소득지급명세서상 근로소득 간이세액 총지급액인 OOO원만 처음부터 적정한 인건비로 계산되었기 때문이다.

  2019년 3월 귀속 인건비가 과대계상된 것은 쟁점사업장의 직원이 최초 인건비를 OOO원으로 장부에 계상했다가 OOO원이 과대계상된 것을 확인하고 근로소득지급명세서에는 그 금액을 제외한 OOO원만 신고하고 장부상에 과대계상된 OOO원을 미처 제거하지 못한 것이다.

  장부상 과대계상된 것은 맞지만, 조사청은 조사과정에서 장부상의 급여전체를 인정하지 않고 근로소득지급명세서 상의 인건비만을 적격증빙이 있는 인건비로 인정하였으므로 장부상 과대계상되었다는 OOO원은 조사청의 필요경비에 처음부터 포함되지 않았던 것이다.

  조사과정에서 근로소득지급명세서에 없는 금액은 애초에 필요경비로 인정되지 않았기 때문으로, 조사 당시 2019년도의 일이라 정확한 파악이 빨리 되지 못한 상태에서 조사청에 장부에 과다계상된 금액은 직원의 장부상 회계처리나 근로소득세 원천징수 신고의 오류일거라는 원론적인 설명을 한 것이고, 어떤 경우이든 장부상의 인건비 중 근로소득지급명세서에 기재된 OOO원 만을 적정 인건비로 산정하였으므로, 필요경비 경정시 당사의 장부상 과다계상된 금액은 애초에 지급명세서에 없던 금액이므로 과다경비 부인대상에 해당하지 않는다.

  이후 조사종결시 장부상의 과다계상에도 불구하고 지급명세서는 정상적으로 제출하였고, 이에 따라 원천징수세액 납부 및 연말정산이 완료되어, 당초에 처분청이 근로소득지급명세서상의 금액으로 판단한 OOO원에는 OOO원은 제외되어 있으므로 차액 OOO원을 또다시 부인하게 되면 이는 이중 부인이 된다고 재차 확인하는 취지로 확인서를 작성한 바가 있다.

  (다) 2023년 지출한 금액을 다음과 같이 추가로 필요경비에 산입해야 한다.

   1) 청구인은 사업용 신용카드로 국세청에 등록하지 않은 청구인 개인명의의 신용카드로 서울에 있는 호텔에서 2023년 중 고객간담회 등의 행사비를 결제하였으므로, 해당 결제금액으로 장부에 계상하였으나 처분청이 필요경비에서 부인한 금액 OOO원은 필요경비에 산입되어야 한다.

   2) 청구인이 관할 세무서장에게 제출한 2023년 근로소득지급명세서에 기재된 금액 중 처분청이 필요경비에서 부인한 금액으로 상여로 지급된 금액 OOO원과 비과세 소득 OOO원도 필요경비에 산입되어야 한다.

   3) 청구인이 2023년 장부에 계상하였으나 근로소득지급명세서에 기재하지 않은 금액 OOO원은 근로소득지급명세서 미제출 가산세 대상에 해당할 뿐 필요경비에서 제외되어야 하는 금액은 아니다.

나. 처분청 의견

 (1) 필요경비는 적격증빙이 확인되는 부분을 인정함이 원칙으로, 추가로 확인되는 비용도 필요경비로 인정하였다.

  (가) 종합소득의 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 청구인이 「소득세법」에서 정하는 장부를 비치·기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야 한다(부산고등법원 2020.12.24. 선고 2021누20313 판결 등 다수 참조).

  (나) 조사청이 쟁점사업장 관련 필요경비를 산출한 방식은 다음과 같다.

   1) 적격증빙 및 추가 확인을 통해 확인한 지출내역

    가) (적격증빙 확인을 통한 필요경비 반영) 조사청이 장부 및 금융거래 내역을 통해 지출내용을 확인한 바에 따르면, 세금계산서, 현금영수증, 사업용 신용카드 사용내역, 인건비 등 사업관련 비용으로 구분할 수 있는 금액은 모두 필요경비에 반영하였다.

    나) (추가 확인을 통한 필요경비 반영) 조사청이 장부 및 금융거래 내역 확인을 통해 지출내용을 확인한 결과, 실제 사업 관련 지출하였으나 필요경비에 반영되지 않은 내역들이 있어서 다음과 같이 추가하여 필요경비로 인정하였다.

    ① (퇴직소득 중 추가 인정된 경비) 조사대상 과세기간 중 퇴직소득지급명세서는 제출되었으나 종합소득 과세표준신고에서 반영되지 않은 금액 OOO원을 추가 반영하였다.

    ② (공과금) 지방자치단체 등에 지급한 공과금은 사업과 관련한 비용으로 판단되어 관련 비용 OOO원을 필요경비에 추가 반영하였다.

    ③ (추가 인건비) 적격증빙으로 확인된 인건비 외, 조사과정에서 정산서와 금융거래조회 대사를 통해 과소 계상된 직원 2명에 대한 인건비 OOO원을 추가 반영하였고, 해당 직원들은 쟁점사업장의 주요 직원들로, 금융거래 입출금내역 및 정산서상 수입금액 대비 현저히 적은 금액의 지급명세서만 제출되어 있어서 과소신고 또는 무신고된 종합소득세를 추가납부해야하는 대상으로 판단되며, 쟁점사업장의 수입금액 창출 기여에 상당 부분 관여한 바가 크다고 보여 해당 수입금액에 대해 과세가 이루어질 수 있도록 관할 세무서장에게 과세자료를 통보하였다.

   2) (기타) 다만, 직원이 사용한 경비 등은 정산서 내용을 통해 기 정산된 것으로 확인되어 다음과 같이 이 부분에 대한 처분은 적법하다.

   ① (급여 지급 시 사회보험등의 사용자 부담분의 정산) 연도별 정산서를 통해 확인되는 쟁점사업장의 정산구조를 살펴보면, 전체 수입금액을 각 직원들의 기여도에 따라 나누고, 여기에서 사회보험등의 사용자 부담분을 차감한 후 각 직원들의 급여로 신고하였으므로 개인명의 신용카드 사용금액, 비과세소득, 사회보험등의 사용자 부담분 등을 처분청이 일괄적으로 부인했다는 청구주장은 사실이 아니다.

   ② (직원 개인카드로 사용한 경비의 추가 증빙 미제출) 세무조사가 종결될 때까지 청구인은 지출된 필요경비의 금액, 거래상대방, 지출시점 등에 대한 근거를 전혀 제시하지 못했고, 조사기간 동안 실지조사 결정의 부당함만을 주장하면서, 조사청의 필요경비 관련자료 제출요구에는 ‘직원 유류비’, ‘직원 비품 구매’ 등으로만 기재된 파일만 제출했을 뿐 이를 뒷받침하는 자료 제출 요구에는 전혀 응하지 않았으므로 추가로 인정될 경비는 없다고 판단된다.

   ③ (직원 비과세소득 필요경비 불산입) 청구인은 직원들에게 지급한 급여 중 비과세소득을 적격증빙에서 제외하였다고 주장하나, 해당 항목은 식대, 운전보조비로 과세대상이 아니므로 당초 신고 시 제외하여 신고되어 있음이 확인된다.

 (2) 청구인이 2019년 귀속 종합소득 과세표준신고에 계정별원장에 따라 과다기재된 금액이 포함된 원천징수영수증을 제출하여, 해당 과다기재된 금액을 인건비로 공제받은 것이 확인되므로, 필요경비를 이중 부인된바 없어 청구주장은 사실이 아니다.

  (가) (2019년 3월 귀속 근로소득 과다공제) 청구인의 2019년 3월 귀속 근로소득지급명세서 상 근로소득 간이세액 총지급액은 OOO원이나, 계정별원장에 기재된 근로소득 총액은 OOO원으로 되어 있어, OOO원만큼 필요경비가 과다계상된 부분이 확인되었다.

  (나) 이와 관련하여 조사청은 청구인에게 해당 내용에 대해 여러번 소명할 충분한 시간을 주었으나, 청구인은 직원이 잘못 신고한 것 같다고 언급만 할 뿐 명확한 답변을 하지 못하였다.

  (다) 이후 조사종결 시 조사청이 해당 차액이 발생한 원인에 대해 청구인에게 다시 문의하자 근로소득지급명세서는 정상적으로 제출하였고, 원천세도 납부하였으므로 연말정산이 완료된 건이라 문제가 없다는 내용의 확인서를 작성하였으나, 해당 지급명세서가 올바른 금액으로 정정된 것이라는 증빙이 부족하고, 계정별원장상 급여가 OOO원만큼 과다신고된 사실은 변함이 없다.

  따라서 해당 금액을 필요경비에서 부인한 당초 처분은 정당하고, 해당 근로소득금액은 비과세 등 기타 근로소득 항목에 포함되는 항목도 아니므로 경정 시 이중부인 되었다는 청구주장은 사실이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 2023년 필요경비와 관련하여, 사업용으로 등록되지 않은 청구인 개인명의의 신용카드 사용금액, 종업원 개인명의의 신용카드 사용금액, 인건비 중 비과세 소득‧상여 및 사회보험등의 사용자 부담분의 필요경비 인정여부

  ② 2019년 필요경비와 관련하여, 급여계정과 지급명세서상 급여액의 차액을 필요경비에서 이중으로 부인하였는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인의 조사대상기간(2019년～2023년) 동안 종합소득세 신고유형 및 신고된 수입금액․소득금액의 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 청구인의 종합소득세 신고유형 및 신고된 소득금액․수입금액

(단위 : 원)

○○○

 (2) 처분청이 세무조사 결과에 따라 청구인의 소득을 경정한 내역은 아래 <표2>와 같다.

<표3> 청구인에 대한 소득금액 경정내역

(단위 : 원)

○○○

 (3) 조사청은 세무조사를 통해 ① 청구인의 필요경비를 전액 부인한 후, ② 청구인이 제출한 증빙 등에 따라 입증되는 경우 필요경비로 산입한 것으로 나타난다.

  (가) 조사청은 청구인의 필요경비 중 쟁점사업장 명의로 지출된 증빙 외에 직원 개인명의 신용카드 사용금액 등은 필요경비에서 제외하였다. 조사청이 인정한 필요경비를 각종 증빙 등으로 구분한 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 조사청이 산정한 필요경비

(단위 : 원)

○○○

  (나) 조사청은 적격증빙 외에 장부 및 금융거래 내역 등으로 확인되는 지출내용 중 실제 사업관련 지출(퇴직소득, 공과금 및 추가인건비)을 추가로 필요경비에 산입한 것으로 나타난다.

   1) ① 퇴직소득 지급명세서는 제출하였으나 청구인이 종합소득 과세표준 확정신고에서 반영되지 않은 금액 OOO원, ② 지방자치단체 등에 지급한 공과금 OOO원 및 ③ 청구인이 직원에 대한 정산서와 금융거래조회를 통해 지급명세서상 인건비가 과소계상된 사실을 확인한 직원(c, b)에 대한 추가 인건비 OOO원을 추가로 필요경비에 산입한 것으로 나타난다.

   2) 조사청은 직원 개인카드로 사용한 비용에 대하여, 청구인이 지출액, 거래상대방, 지출시점 등에 대한 근거를 전혀 제시하지 못하고, 아래와 같이 “직원유류비”, “직원비품구매” 등으로 기재된 파일만 제출하여 전액 필요경비에서 제외하였다는 의견이다.

<조사청 개인카등 사용 경비 소명요청에 대한 청구인 회신 예시>

○○○

   3) 급여 지급 시 사회보험등의 사용자 부담분에 대한 정산과 관련하여, 청구인은 해당 금액을 필요경비에서 일괄제외하였다는 주장인데 반하여, 조사청은 청구인이 급여를 직원별로 정산한 후 사회보험등의 사용자 부담분을 제외하고 근로소득지급명세서를 제출하였으므로 일괄 제외하지 않았다는 의견이다.

   4) 직원 비과세소득에 대한 필요경비 인정여부와 관련하여, 식대, 운전보조비가 직원의 근로소득 중 비과세 대상으로, 조사청은 과세대상이 아니므로 당초 신고 시 제외하여 신고하였다는 의견이다.

 (4) 청구인은 직원 개인카드 지출액, 급여에 대한 금융거래내역과 근로소득지급명세서의 차액 등을 필요경비로 인정하여 줄 것을 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다.

  (가) 청구인이 작성한 2023년 필요경비 분석 내역은 아래와 같다.

<청구인의 2023년 필요경비 분석 내역>

○○○

  (나) 청구인은 직원들의 비과세 소득에 대한 필요경비 인정을 주장하면서, 2023년 연말정산현황표를 아래와 같이 제출하였다.

<2023 연말정산현황표>

○○○

  (다) 청구인은 직원급여로 지출한 금액에 대한 2023년 금융거래 내역을 아래와 같이 제출하였는데, 이에 대해 처분청은 해당 지출금액은 위의 연말정산현황에 기재된 금액보다 적은 금액으로 나타나고, 권성미, 황민애의 경우 지급액 자체도 매회 금액이 달라 급여로 보기 어려운 측면이 있고, 전 직원의 급여 지급일도 매월 다른 날로 나타나므로 필요경비로 인정하기 어렵다는 의견이다.

<직원급여 지출 금융내역>

○○○

  (라) 청구인은 조세심판관회의에 참석하여, 2023년에 고객과의 간담회나 설명회 등을 개최하고 국세청에 사업용 신용카드로 등록하지 않은 청구인의 개인카드로 회의 개최 비용 등을 지출하는 등 사업용으로 등록하지 않은 개인카드 사용분 OOO원을 필요경비로 인정해야 한다고 주장하였고, 2023년 인건비 중 처분청이 근로소득지급명세서에 기재된 금액 중 상여로 지급한 금액 OOO원 및 비과세소득 OOO원을 필요경비에서 제외한 것은 잘못된 것으로 해당 금액도 필요경비로 인정해야 한다고 주장하였으며, 2023년에 청구인이 급여로 지급하였으나 근로소득지급명세서에 기재하여 제출하지 않은 금액 OOO원에 대하여 이 금액도 필요경비로 인정해야 한다고 주장하였다.

 (5) 2019년 3월분 인건비에 대한 필요경비 이중 부인 여부에 대한 사실관계는 다음과 같다.

  (가) 조사청은 청구인의 인건비와 관련하여 기존에 신고된 인건비를 전액 필요경비에서 제외하고 그 다음으로 근로소득지급명세서 등에 의해 확인된 인건비를 필요경비로 인정한 후 지출내역이 확인된 c, b에 대한 인건비를 추가로 필요경비로 인정하였다.

  (나) 조사청은 위 (가)에 따른 인건비를 필요경비로 인정한 후, 2019년 3월 귀속 인건비와 관련하여 청구인이 계정별 원장에 계상한 인건비 총지급액(OOO원)과 원천징수이행상황신고서에 기재된 간이세액 총지급액(OOO원)과의 차액 OOO원이 과다계상된 것으로 보아 이를 필요경비에서 차감하였다.

<쟁점사업장의 2019년 3월 귀속 원천징수이행상황신고서(일부)>

○○○

<쟁점사업장의 2019년 3월 귀속 직원급여의 계정별 원장(일부)>

○○○

  (다) 청구인은 2019년 3월 계정별 원장에 급여를 과다계상한 사실을 인정하는 내용의 확인서를 조사청에 아래와 같이 제출하였다.

○○○

  (라) 조사청은 아래 엑셀표에 기재된 것과 같이 쟁점사업장의 2019년 귀속 근로소득지급명세서상 금액 OOO원에서 위 (나)에서 나타난 계정별 원장과 근로소득지급명세서상 금액의 차액(OOO원)을 쟁점사업장 필요경비에서 제외한 것으로 나타난다.

<조사청 세액계산 엑셀표 일부>

○○○

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다.

  (가) 쟁점①과 관련하여 2023년 귀속 필요경비에 대하여 다음과 같이 살펴본다.

   1) 청구인은 자신이 필요경비로 계상하여 신고한 금액은 실제 업무와 관련된 금액이므로 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하고, 이에 처분청은 청구인이 필요경비로 계상한 금액은 개인카드를 사용하여 지출된 금액 등 업무와의 관련성이 관련 증빙 등을 통해 입증되지 않은 금액 등으로 필요경비로 인정될 수 없다는 의견이다.

   2) 종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).

   3) 우선, 사회보험등의 사용자 부담금의 경우, 사회보험등의 사용자 부담분은 필요경비에 해당하여 청구인이 사회보험등의 사용자 부담분을 지출하였다면 이를 필요경비에 산입해야 하고, 이에 처분청은 해당 지출이 없었다거나, 이미 필요경비에 산입되어 있다는 등 필요경비에 산입될 필요가 없다는 내용으로 청구주장에 반대되는 의견을 제시했어야 하나, 처분청은 청구인이 사회보험등의 사용자 부담분을 차감한 금액을 급여로 신고하였으므로 사회보험등의 사용자 부담분 등을 처분청이 일괄적으로 부인하지 않았다는 의견만 제시하여 구체적으로 사회보험등의 사용자 부담분이 발생하였는지, 발생하였다면 필요경비에 산입되었는지와 같이 필요경비 인정여부를 판단할 근거에 대한 의견이 없어 과세요건 사실에 대한 처분청의 입증이 부족한 것으로 보여, 이 부분에 대한 청구주장은 타당한 것으로 판단된다.

   다만, 청구인이 사회보험등의 사용자 부담분을 지출하였는지에 대한 부분이 확인되지 않았고 설령 이를 지출하였더라도 해당 금액 중 전부 또는 일부를 공과금 등 처분청이 필요경비로 인정한 항목으로 계상하였을 가능성도 높아, 이와 관련하여 청구인이 사회보험등의 보험료의 납부내역 등을 통하여 실제 사회보험등의 사용자 부담분을 지출하였는지, 지출하였다면 그 금액이 다른 필요경비 항목에 포함되어 필요경비로 산입되었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

   4) 다음으로 근로소득지급명세서 또는 원천징수이행상황신고서에 기재된 금액 중 상여 및 비과세 소득의 경우, 처분청은 해당 금액에 대하여 해당항목은 과세대상이 아니므로 당초 신고를 할 때 제외하여 신고되었다는 등의 의견을 제시하였다.

   그러나, 운전보조비, 식대 등 비과세 소득의 경우 소득을 지급받는 근로소득자의 입장에서 근로소득에 대한 소득세가 비과세되는 것이지, 소득을 지급하는 사업자의 입장에서는 복리후생비로서 필요경비에 해당하는 것임에도 처분청은 해당 지출이 있었는지, 있었다면 이미 필요경비로 산입되어 추가 산입할 수 없는 경비에 해당하는지 등에 대한 입증 없이 신고 시 제외되어 신고되었다는 내용으로 청구주장에 반하는 의견을 제시하여, 이에 대한 과세요건 사실의 존부와 관련한 처분청의 입증이 부족하므로 이 부분에 대한 청구주장은 타당한 것으로 보인다.

   그리고, 근로소득지급명세서 또는 원천징수이행상황신고서에 따른 상여의 경우, 근로소득지급명세서 또는 원천징수이행상황신고서에 있는 해당 금액을 급여와 달리 필요경비에서 제외한 것에 대한 과세요건 사실의 존부와 관련된 처분청의 입증이 부족해 보이므로 이부분에 대한 청구주장도 타당해 보인다.

   다만, 비과세 소득인 식대, 운전보조비 등은 직원들이 자신의 개인카드로 지출한 후 사후에 보전받는 금액과 중첩되는 것으로 볼 수 있는 측면이 있고, 상여는 근로계약 등에 따라 사회통념상 인정되는 범위 내에서 업무와 관련하여 지급되어야 하는 것인바, 근로계약서 계약 내용, 실제 지급액 및 그 지급 사유 등이 증빙 등에 의해서 입증되는지 여부, 해당 지급액이 근로계약 및 사회통념 등에 따라 업무와 관련하여 지급될 수 있는 상여 등으로 볼 수 있는지 여부, 다른 항목에 따라 이미 필요경비로 인정된 금액인지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

   5) 그리고 청구인이 사업용 신용카드로 국세청장 등에게 등록하지 않은 청구인 개인명의의 신용카드로 지출한 금액의 경우, 처분청이 이에 대해서는 별다른 의견을 제출하지 않아서 이에 대한 과세요건 사실의 존부에 대하여 처분청의 입증이 부족하여 청구주장이 타당하나, 해당 금액을 청구인 개인 목적으로 지출한 것일 수 있으므로 해당 금액을 업무목적으로 지출하였는지를 지출내역, 행사관련 개최 자료 및 행사장소를 대여한 사업자 등에 대한 확인 등을 거치는 방법으로 관련 증빙 등을 통해 필요경비에 해당하는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 재조사하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

   6) 마지막으로, 직원 개인카드로 지출한 금액, 근로소득지급명세서에서 제외된 인건비 등은, 직원이 자신 명의의 카드로 지출한 것은 직원의 개인목적 지출로 보는 것이 타당하고 이에 반하는 사실에 대하여 청구인이 입증을 해야 하는데 청구인은 이에 대하여 충분히 입증하지 못한 것으로 보이고, 근로소득지급명세서에서 제외된 인건비도 청구인이 해당 인건비를 필요경비에서 제외하여 신고하였는바 이를 실제 지출로 인정하기 어려워 이 부분을 필요경비에서 제외하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 것은 타당한 것으로 판단된다.

  (2) 쟁점②와 관련하여, 처분청은 2019년 귀속 필요경비와 관련하여 청구인이 제출한 원천징수이행상황신고서에 따른 급여액보다 과다하게 인건비를 산정하여 해당 금액을 필요경비에서 제외하여 과세하는 것이 타당하다는 의견이다.

  그러나, 처분청은 첫 번째로 청구인이 2019년에 인건비로 계상한 금액을 전액 필요경비에서 부인하여 인건비를 영(0)으로 만들고, 그 다음 두 번째로 2019년 귀속분 원천징수이행상황신고서에 따른 급여액만 필요경비로 인정하였으며, 그 다음 세 번째로 청구인이 2019년 3월 인건비로 계상한 금액 중 2019년 3월 귀속분 원천징수이행상황신고서에 따른 급여액을 초과하는 OOO원을 청구인의 필요경비에서 추가로 제외한 것으로 나타나므로, 결과적으로 처분청은 청구인이 제출한 2019년 3월 귀속분 원천징수이행상황신고서에 따른 급여액에서 OOO원을 뺀 금액만 필요경비로 인정하여, 당초 청구인이 계상한 2019년 3월 인건비에서 OOO원을 두 번 필요경비에서 제외하였는바, 처분청이 이중으로 필요경비를 제외하였다는 청구주장은 타당한 것으로 보이고, 2019년 귀속 종합소득세 부과처분은 OOO원을 필요경비에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정해야 하므로, 처분청의 이 건 과세처분은 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 국세기본법

 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

 제85조의3(장부 등의 비치와 보존) ① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.

② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제3항에 해당하는 경우에는 같은 항에서 규정한 날까지 보존하여야 한다.

 (2) 소득세법

 제27조(사업소득 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제33조(필요경비 불산입) ① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.

1. 소득세(제57조에 따라 세액공제를 적용하는 경우의 외국소득세액을 포함한다)와 개인지방소득세

12. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금이나 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지․제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금

 제80조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계 조사 결정할 수 있다.

 제160조(장부의 비치·기록) ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다.

 (3) 소득세법 시행령

 제55조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

6. 종업원의 급여

11.「국민건강보험법」,「고용보험법」및「노인장기요양보험법」에 의하여 사용자로서 부담하는 보험료 또는 부담금

11의2. 「국민건강보험법」및「노인장기요양보험법」에 의한 직장가입자로서 부담하는 사용자 본인의 보험료

11의3.「국민건강보험법」및「노인장기요양보험법」에 따른 지역가입자로서 부담하는 보험료

28. 제1호부터 제27호까지의 경비와 유사한 성질의 것으로서 해당 총수입금액에 대응 하는 경비

 제142조(과세표준과 세액의 결정 및 경정) ① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.