1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2020. xx. xx. 원고에 대하여 한 별지 1. [표 1] 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함) 중 2015년도 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2020. xx. xx. 원고에 대하여 한 별지 1. [표 1] 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함)과 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 및 별지 1. [표 2] 기재 결손금 감액 경정처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2020. xx. xx. 원고에 대하여 한 별지 1. [표 1] 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

나. 피고

제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위, 원고의 주장 및 관계 법령이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분(제1, 2, 3항) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다(다만 주문 특정을 위해 이 판결에 첨부된 별지 1.은 제1심판결문 별지 1.과 같은 내용이다).

○ 제1심판결문 제3면 제6행의 “xx,xxx,xxx,xxx원”을 “xx,xxx,xxx,xxx원”으로 고친다.

○ 제1심판결문 제5면 제4행의 “변경하였다” 다음에 “이하(‘변경된 처분사유’라 한다)”를 추가한다.

○ 제1심판결문 제5면 제4행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

【 자. 피고는 이 법원에 이르러 아래와 같이 처분사유를 추가하고, 예비적 처분사유 역시 추가하였다.

1) 추가된 처분사유

원고가 전문공사업체에 쟁점 공사비를 지급함으로써 BB건설은 쟁점 공사비에 상당하는 비용을 지출할 필요가 없게 되어 쟁점 공사비 상당의 경제적 이익을 취득하게 되었고, 이는 결국 원고가 특수관계 없는 전문공사업체와의 거래를 통하여 특수관계인인 BB건설에 경제적 이익을 부여한 것이므로, 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 및 제2항에 따라 쟁점 공사비를 손금부인한다(이하 ‘추가된 처분사유’라 한다).

2) 예비적 처분사유

원고는 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음에도 전문공사업체와 쟁점 공사에 관한 도급계약을 별도로 체결하고 쟁점 공사비를 지급하였다. 원고가 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비 상당액은 원고가 이 사건 도급계약에 따라 BB건설에 지급한 공사비와 중복된 비용이어서 법인세법 제19조에 따른 손금에 해당하지 않으므로, 쟁점 공사비를 손금부인한다(이하 ‘예비적 처분사유’라 한다). 】

○ 제1심판결문 제5면 제10행부터 제6면 제8행까지(제2의 가.항 부분)를 아래와 같이 고친다.

【 1) 처분사유 변경, 추가 부당 주장

이 사건 법인세 부과처분 및 결손금 감액경정처분 중 쟁점 공사비 상당액의 손금부인 부분에 관한 변경된 처분사유, 추가된 처분사유, 예비적 처분사유는 당초 처분사유와 기본적 사실관계의 동일성이 유지된다고 볼 수 없으므로, 위와 같은 처분사유 변경은 부적법하여 허용될 수 없다.

2) 처분사유 부존재 주장

가) 변경 전 처분사유에 관하여

원고가 이 사건 도급계약을 통하여 BB건설로부터 시가보다 고가로 이 사건 각 아파트 건설공사를 제공받았음을 인정할 증거가 없으므로, 처분사유를 인정할 수 없다.

나) 변경된 처분사유에 관하여

BB건설과 전문공사업체 사이에는 아무런 계약·법률관계가 존재하지 않으므로, 원고가 BB건설을 대신하여 전문공사업체에 쟁점 공사비를 대신 부담하였다는 변경된 처분사유는 성립할 수 없다. 설령 원고의 행위가 이익분여에 해당하더라도, 원고가 지급한 쟁점 공사비 상당액에 대한 인정이자를 익금산입하고 해당액 상당의 차입금의 지급이자를 손금불산입하여야 하는 것이지 쟁점 공사비 상당액 전액을 손금부인할 수는 없다.

다) 추가된 처분사유에 관하여

원고는 특수관계인인 BB건설과 직접적인 거래를 하였으므로, 설령 원고가 BB건설에 이익을 분여한 사실이 있다면 원고와 BB건설 사이의 거래를 직접 대상으로 부당행위계산 부인 규정을 적용하면 충분하고, 전문공사업체는 원고에게 용역을 제공하였을 뿐 BB건설과는 아무런 계약·법률관계가 존재하지 않으므로 법인세법 시행령 제88조 제2항의 규정을 적용하여 손금부인할 수도 없다.

라) 예비적 처분사유에 관하여

원고는 시행사로서 전문공사업체와 쟁점 공사에 대하여 공사계약을 체결하고 이에 따라 대금을 지급하였으므로, 쟁점 공사비는 법인세법 제19조에 따른 손금 요건을 충족한다. 설령 피고의 주장처럼 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있다고 하더라도 이를 이유로 원고가 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비가 손금 요건을 갖추지 못하게 되는 것도 아니다. 】

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 이 사건 법인세 부과처분 및 결손금 감액경정처분에 관한 판단

1) 이 사건 도급계약에 쟁점 공사 부분이 포함되어 있는지 여부에 관한 판단

이 사건 법인세 부과처분 및 결손금 감액경정처분 중 쟁점 공사비 손금부인 부분은 이 사건 도급계약에 쟁점 공사 부분이 포함되어 있다는 것을 전제로 한다. 앞서 든 증거, 갑 제13 내지 20, 29, 30, 47, 48, 53 내지 55호증, 을 제5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 도급계약에는 쟁점 공사가 포함되어 있다고 판단된다. 따라서 이와 다른 전제에선 원고의 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 도급계약에 관하여 작성된 각 민간건설공사 표준도급계약서상 공사 범위가 토목건축공사로 제한된다는 사정은 찾아볼 수 없다. 오히려 ㅇㅇ지구 및 ㅇㅇ동 아파트 신축과 관련하여 작성된 표준도급계약서(을 제2호증의 1, 2)에 첨부된 ‘산출내역서’에는 ‘공사비’ 항목에 토목공사 및 건축공사 외에도 기계설비공사, 전기공사, 정보통신공사, 소방설비공사 등 쟁점 공사비와 관련된 내용이 포함되어 있다.

한편 원고가 이 사건 도급계약에 관하여 BB건설과 최종적으로 수정한 각 표준도급계약서(을 제2호증의 3, 4)의 공사계약 특수조건에는 ‘전기, 소방, 기계, 통신, 조경 공사, 외부도로공사는 별도’라는 기재가 존재하기는 한다(다만 ㅇㅇ지구의 공사계약 특수조건에는 ‘외부도로공사’가 제외되어 있다). 그러나 ① 위 각 표준도급계약서는 이 사건 도급계약에 따른 공사가 완료된 것으로 보이는 이후인 2019. xx.경에 이르러서야 작성일자를 소급하여 작성된 것인 점, ② 원고는 주식회사 CC에 대한 세무조사 당시에 이 사건과 마찬가지로 원고가 주식회사 CC와 체결한 도급계약에 전기·소방·정보통신·기계설비·조경공사 등이 포함되어 있는지 여부가 문제되자 사안이 유사한 이 사건 도급계약에 관하여도 위와 같은 문구를 포함한 수정계약서를 작성한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 수정 표준도급계약서의 존재만으로 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되었다고 보기에는 부족하다. 오히려 원고의 주장처럼 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되지 않았다면, 이는 이 사건 도급계약의 체결 과정에서 작성된 원고 또는 BB건설의 내부문건 또는 이 사건 도급계약에 따른 BB건설의 공사 범위를 확인할 수 있는 설계도면이나 시방서 등을 통하여 쉽게 확인이 가능할 것으로 보임에도, 이와 같은 자료는 제출되지 않았다.

나) ㅇㅇ시장은 2014. xx경 ㅇㅇ지구 아파트에 관하여, 2015. xx.경 ㅇㅇ동 아파트에 관하여 각 주택건설공사 감리자 모집을 위한 공고를 하였다. 그런데 위 각 공고에 따르면, ㅇㅇ지구 아파트 신축공사의 총공사비는 xxx,xxx,xxx,xxx원(= 건축 감리대상 공사비 xxx,xxx,xxx,xxx원 + 타법 감리대상 공사비 xx,xxx,xxx,xxx원), ㅇㅇ동 아파트 신축공사의 총공사비는 xx,xxx,xxx,xxx원(= 건축 감리대상 공사비 xx,xxx,xxx,xxx원 + 타법 감리대상 공사비 xx,xxx,xxx,xxx원)으로 이 사건 도급계약의 증액 전 공사대금과 매우 유사할 뿐만 아니라, 해당 공고에 첨부된 총사업비 산출내역서, 공종별 총공사비 구성 현황표에는 쟁점 공사 부분에 대한 공사대금이 포함되어 있다.

이에 관하여 원고는, 감리자 모집공고 당시에는 총공사비가 확정되지 않아 부득이 BB건설과 협의된 공사비를 일단의 기준으로 하여 이를 기재하고, 이를 기준으로 총공사비의 세부 내역을 형식적으로 산출하였을 뿐이라는 취지로 주장하나, ① 원고가 감리자 공고를 위하여 제출한 서류는 단순한 내부문건이 아니라 감리계약을 체결하기 위한 전제가 되는 서류로서 공고의 주요 내용이 되는 점, ② 만약 원고의 주장처럼 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되지 않았다면, 비록 위 공고 당시 원고가 전문공사업체와 도급계약을 체결하지 않은 상태였다고 하더라도 쟁점 공사비의 규모 등을 고려할 때 원고로서는 쟁점 공사에 관한 대략적인 공사대금의 추산은 마쳐두었을 것으로 보이고 이를 반영한 총사업비 산출이 불가능한 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 보면 위와 같은 원고의 주장은 받아들이기 어렵고, 원고의 주장처럼 원고와 유사하게 설립된 주식회사 CC 등 시행사들이 한 감리자 모집공고에 따른 총공사비 산정내역 중 개별 공사비용이 모두 동일한 비율로 산정되었다는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다.

다) 원고는 ㅇㅇ지구 사업과 관련하여 2014. xx.경부터 2016. xx.경까지 총 3차례에 걸쳐, ㅇㅇ동 사업과 관련하여 2015. xx.경부터 2015. xx.경까지 총 2차례에 걸쳐 각 사업계획 변경승인 신청서를 제출하였다. 만약 원고의 주장처럼 원고가 이 사건 도급 계약과 별도로 전문공사업체들과 도급계약을 체결하였다면 위 각 사업계획 변경승인 당시 추가된 공사비가 반영되는 것이 통상적으로 보임에도 이를 반영한 사업계획 변경승인이 이루어지지 않았는데, 이는 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있어 사업비를 중복으로 반영하기 곤란하였기 때문으로 보인다.

이에 관하여 원고는, ㅇㅇ지구 사업의 쟁점 공사비 합계 xx,xxx,xxx,xxx원은 당초 총사업비 xxx,xxx,xxx,xxx원의 20%를 초과하지 않으므로 주택법령상 변경승인 대상이 되지 않는다는 취지로 주장하나, ① 원고가 위 사업의 사업계획 변경승인을 받는 과정에서 전문공사업체와의 도급계약 체결에 따라 공사비가 상당 부분 증액되었음에도 굳이 해당 부분을 누락한 채 사업계획 변경승인을 받아야 할 합리적인 이유를 찾아볼 수 없는 점, ② ㅇㅇ지구 사업과 관련하여 원고가 BB건설과 증액한 공사대금인 xx,xxx,xxx,xxx원만 하더라도 위 사업의 당초 총사업비인 xxx,xxx,xxx,xxx원의 20%를 초과하므로, 원고로서는 사업비 증액에 따른 변경승인 절차를 거쳤어야 하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 원고의 주장 역시 받아들이기 어렵다.

라) 원고가 전문공사업체와 체결한 각 도급계약서에는 내부결재란이 마련되어 있고 결재라인에 따른 결재도 이루어져 있다. 그런데 이는 BB건설이 별도 사업에서 전문공사업체와 직접 체결한 도급계약서에 마련된 내부결재란과 형식이 같을 뿐만 아니라 결재라인에 있는 사람들도 대부분 동일한 것으로 보이고, 원고 역시 이 사건 쟁점 공사와 관련한 계약 체결에 있어 BB건설 직원이 일부 결재라인에 있었던 점은 다투지 않고 있다.

비록 원고와 BB건설이 특수관계법인에 해당하기는 하나 엄연히 법인격을 달리하는 별개의 회사이고, 원고의 주장대로라면 BB건설은 원고로부터 토목건축공사를 수급받은 자에 불과함에도, 위와 같이 BB건설의 직원들이 쟁점 공사에 관한 원고와 전문공사업체와의 도급계약 체결에 관여한다는 것은 쟁점 공사에 관한 도급계약 체결 및 이에 따른 공사 진행이 BB건설의 관여하에 이루어지지 않았다면 쉽게 이해하기 어렵다.

마) BB건설은 원고에게 이 사건 도급계약에 따른 기성금을 청구함에 있어서도 쟁점 공사 부분을 포함하여 공정률을 산정하였고, 원고 역시 이에 관하여 별다른 이의 없이 BB건설에 기성금을 지급한 것으로 보이는데, 이 역시 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있지 않다면 쉽게 이해하기 어렵다.

이에 관하여 원고는, 기성금 산정 및 지급의 편의를 위해 감리자가 확인한 전체 공정률을 기준으로 BB건설의 기성금을 산정·지급하였다는 취지로 주장하나, ① 시행사인 원고로서는 감리자에게 공사의 종류별로 공정률을 구분하여 산정하여 달라고 요청하거나, BB건설에 건축공사 및 토목공사의 공정률을 산정할 것을 요구하여 그 결과에 따라 기성금을 지급하는 것이 합리적인 절차로 보이는 점, ② 특히 원고의 주장에 의하더라도 원고는 전문공사업체에 대하여는 매월 원고가 일차적으로 확인한 개별 기성고를 기준으로 기성금을 지급하였다는 것이므로, 굳이 이와 중복되는 비용을 BB건설에 추가로 지급해야 할 특별한 이유도 찾을 수 없는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 원고의 주장 역시 받아들이기 어렵다.

2) 처분사유 변경 및 추가 허용 여부에 관한 판단

가) 관련 법리

1) 행정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 처분청이 당초 처분의 근거로 삼은 사유가 아닌 별개의 사실을 들어 처분사유로 주장함은 허용되지 아니하나, 당초 처분의 근거로 삼은 사유와 기본적 사실관계에 동일성이 있다고 인정되는 한도 내에서는 다른 사유를 추가하거나 변경할 수 있다. 여기서 기본적 사실관계의 동일성 유무는 처분사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적인 사실에 착안하여 그 기초가 되는 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한지 여부에 따라 결정된다(대법원 2001. 9. 28. 선고 2000두8684 판결 등 참조).

2) 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결, 대법원 2001. 8. 24. 선고 2000두4873 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

피고가 ① 당초 쟁점 공사비에 관하여 처분사유로 삼은 것은 ‘원고가 BB건설과 쟁점 공사를 포함하여 도급계약을 체결하였음에도 전문공사업체와 쟁점 공사에 관하여 도급계약을 별도로 체결함으로써 BB건설에 쟁점 공사비 상당액을 과다지급하였으므로, BB건설에 지급한 공사비 중 쟁점 공사비 상당액이 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호에 따라 부당행위계산 부인의 대상이 된다’는 것이었고, ② 조세심판원 심판절차 진행 과정에서 변경한 처분사유는 ‘이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있으므로 원고가 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비는 BB건설이 부담해야 할 비용을 원고가 대신 부담한 것으로서 이익분여에 해당하므로, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호, 제6호에 따라 쟁점 공사비 상당액이 부당행위계산 부인의 대상이 된다’는 것이며, ③ 이 법원에서 추가한 처분사유는 ‘이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음에도 원고가 전문공사업체에 쟁점 공사비를 지급함으로써 BB건설은 쟁점 공사비에 상당하는 비용 지출을 면하게 됨으로써 같은 금액 상당의 경제적 이익을 취득하였는데, 이는 원고가 특수관계 없는 전문공사업체와의 거래를 통하여 특수관계인인 BB건설에 이익을 분여한 것이므로, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호, 제2항에 따라쟁점 공사비 상당액이 부당행위계산 부인의 대상이 된다’는 것이다.

피고의 당초 처분사유와 변경 및 추가한 처분사유는 모두 ‘원고가 BB건설과 쟁점 공사를 포함하여 이 사건 도급계약을 체결하였음에도, 전문공사업체와 쟁점 공사에 관하여 별도 도급계약을 체결하고 전문공사업체에 이에 따른 공사대금을 지급하였다’는 동일한 기본적 사실관계를 전제로 하고 있다. 나아가 위와 같은 피고의 당초 처분사유와 변경된 추가사유 및 추가된 처분사유는 각 사업연도별로 손금 부인액이 겹치는 범위 내에서 원고에 대하여 동일한 세목 및 과세기간(각 사업연도)에 대하여 과세 원인이 된 ‘쟁점 공사비 상당액의 손금불산입’이라는 처분의 동일성을 유지하면서 단지 이에 관한 법률적 평가만을 달리하여 위 쟁점 공사비 상당액을 손금불산입하는 사유를 달리 주장하는 것에 불과하므로, 처분의 동일성이 인정되는 범위로서 처분사유의 추가가 허용된다.

이에 관하여 원고는, 변경된 처분사유 및 추가된 처분사유에 따르면 당초 처분과 비교하여 손금부인의 대상이 되는 거래내역이 달라지고, 이에 따라 사업연도별로 과세대상이 되는 법인세액도 달라지므로 당초 처분사유와의 기본적 사실관계의 동일성이 인정되지 않는다는 취지로 주장하고, 변경된 처분사유 및 추가된 처분사유에 따르면 원고가 전문공사업체로부터 매 사업연도에 세금계산서를 수령한 것을 작업진행률로 평가함에 따라 당초 처분과 비교하여 각 사업연도별 손금부인액의 범위가 달라지기는 한다. 그러나 이는 당초 처분사유와 변경된 처분사유 및 추가된 처분사유가 과세요건의 구성과 법적 평가를 달리하게 됨에 따라 원고가 부담하여야 할 정당한 세액의 범위에 차이가 나게 되는 것에 불과하므로, 위와 같은 사정만으로 처분내용의 동일성을 해한다고 볼 수는 없다.

3) 추가된 처분사유의 당부에 관한 판단

가) 관련 법리

부당행위계산은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인데, 법인세법 시행령 제88조 제1항이 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제8호에서는 개별적·구체적인 행위유형을 규정하고, 제9호에서는 ‘기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’라고 하여 개괄적인 행위유형을 규정하고 있으므로, 제9호의 의미는 제1호 내지 제8호에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 특수관계자에게 이익분여가 인정되는 경우를 의미한다 할 것이고, 경제적 합리성 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하며, 한편 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 본 사실관계에 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음에도 전문공사업체와 쟁점 공사에 관한 별도 도급계약을 체결하고 이에 따른 공사대금을 지급한 것은 특수관계인이 아닌 전문공사업체를 통하여 이루어진 거래로서 특수관계인인 BB건설에 쟁점 공사비 상당의 이익을 분여하기 위한 것으로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래행위에 해당하여, 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호, 제2항에 따른 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 판단된다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

(1) 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음은 앞서 살펴본 것과 같다.

그렇다면 BB건설은 쟁점 공사를 원고로부터 도급받거나 이를 수행하는 것이 관련 법령상 허용되는지 여부와 무관하게, 원고에 대하여는 쟁점 공사를 할 계약상 의무를 부담한다. 그럼에도 원고는 전문공사업체와 쟁점 공사에 관하여 별도 도급계약을 체결하고, 전문공사업체에 쟁점 공사 이행에 따른 공사대금을 지급하였는데, 원고가 위와 같이 쟁점 공사에 관하여 중복하여 계약을 체결하여야 할 필요가 있었다고 볼만한 사정은 찾아볼 수 없다.

(2) 원고가 전문공사업체와 쟁점 공사에 관해 체결한 도급계약에 따른 공사대금은 ㅇㅇ지구 사업의 경우 xx,xxx,xxx,xxx원, ㅇㅇ동 사업의 경우 x,xxx,xxx,xxx원에 달하여, 이 사건 도급계약에 따른 각 공사대금에서 차지하는 비율이 낮지 않다. 그렇다면 원고로서는 전문공사업체와의 별도 도급계약 체결을 이유로 BB건설과 이 사건 도급계약에 따른 공사대금을 조정하는 것이 당연한 절차로 보임에도 이러한 조치 없이 BB건설에 이 사건 도급계약에 따른 공사대금 전액을 지급하였는데, 이는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 경제적 합리성이 있는 거래라고 볼 수 없다. 원고는 이 사건 도급계약에 따른 공사대금이 쟁점 공사를 제외한 것으로 적정하다는 취지로 주장하나, 이를 입증할만한 객관적인 자료가 없다.

(3) 원고가 전문공사업체와 쟁점 공사에 관한 도급계약을 체결하고 이에 따른 공사대금을 지급하였고, 위와 같은 원고와 전문공사업체와의 거래에 따라 BB건설은 아무런 반대급부 없이 이 사건 도급계약 중 쟁점 공사에 대한 부분의 이행에 소요되는 비용, 즉 쟁점 공사비 상당액의 지출을 면하게 되는 결과를 얻게 되었다. 원고가 쟁점 공사에 관하여 특별히 전문공사업체에 유리한 계약을 체결할 이유가 있어 보이지는 않고, 앞서 본 것처럼 BB건설이 원고와 전문공사업체와의 도급계약 체결에 관여한 것으로 보이는 정황도 존재하는 점에 비추어 보면, 쟁점 공사비는 쟁점 공사에 관하여 적정하게 책정된 것으로 보이고, BB건설이 얻게 되는 경제적 이익 역시 쟁점 공사비 상당액으로 봄이 상당하다.

(4) 원고는 법인세법 시행령 제88조 제2항에서 규정하는 ‘특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래’는 특수관계인 외의 자와 특수관계인 사이에 거래가 존재하여 당해 법인이 특수관계인 외의 자를 매개로 특수관계인과 거래하는 경우에 한하여 적용되는 것이라고 주장한다. 그러나 법인세법 시행령 제88조 제2항의 문언을 원고 주장과 같이 제한하여 해석할 아무런 근거가 없을 뿐만 아니라, 특수관계인 외의 자를 통하여 특수관계인과 이루어지는 거래는 당해 법인과 특수관계인의 거래 사이에 특수관계인 외의 자가 개입되는 경우 이외에도, 당해 법인과 특수관계인이 병렬적인 관계에서 각 특수관계인 외의 자와 거래관계를 형성하거나, 특수관계인과 특수관계인 외의 자 사이에 거래관계가 존재하지 않는다고 하더라도 당해 법인과 특수관계인 외의 자 사이의 거래에 따라 간접적인 거래관계가 형성되는 등 여러 우회적·간접적 방법으로도 충분히 가능하므로, ‘특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래’가 반드시 특수관계인 외의 자와 특수관계인 사이에 거래가 존재하는 경우에 한정되는 것으로 해석할 수는 없다.

(5) 원고는 원고와 BB건설은 김DD가 전부 또는 거의 모든 지분을 보유한 회사이므로 굳이 원고가 BB건설에 이익을 분여할 아무런 이유나 필요성이 없고, 원고가 BB건설에 이익을 분여할 경우 전체적으로 보아 법인세 부담이 커지게 되는 결과가 된다는 취지로도 주장하나, 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아님은 앞서 본 것과 같다.

4) 이 사건 법인세 부과처분 및 결손금 감액경정처분 중 취소의 범위

행정처분에 있어 수개의 처분사유 중 일부가 적법하지 않다고 하더라도 다른 처분사유로써 그 처분의 정당성이 인정되는 경우에는 그 처분을 위법하다고 할 수 없다(대법원 2013. 10. 24. 선고 2013두963 판결 등 참조). 위와 같이 추가된 처분사유가 인정되므로, 변경된 처분사유 및 예비적 처분사유에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 쟁점 공사비는 이 사건 법인세 부과처분 중 각 사업연도별로 손금 부인액이 겹치는 범위 내에서 손금불산입의 대상이 된다고 봄이 타당하다.

피고는 2024. 8. 12. 자 항소이유서에서 추가된 처분사유에 따라 쟁점 공사비를 손금부인하여 계산한 정당한 법인세 고지세액의 구체적인 내역을 아래 표 기재와 같이 제시하였고(을 제21, 23호증 참조, 한편 피고는 당심 변론종결 후인 2025. 1. 2. 정당한 법인세 고지세액의 구체적인 산출내역을 정리한 참고서면을 제출하였다), 원고도 이에 관하여 특별히 다투지 않고 있다. 따라서 별지 1. [표 1] 기재와 같은 이 사건 법인세 부과처분(가산세 포함) 중 2015년 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원 중 정당한 법인세 고지세액 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 하고, 나머지 법인세 부과처분 및 결손금 감액경정처분은 적법하다고 할 것이다.

나. 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분(제4의 나.항) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제15면 아래에서 제2행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

【 이처럼 원고가 작성한 ‘사업타당성 분석 보고서’ 등의 직접 공사비에 발코니 확장공사비가 포함되어 있고, 사업수지분석표의 ‘수입’란에 ‘발코니 확장 포함’ 분양가가 평당 x,xxx,xxx원이라고 명시되어 있는데, 이러한 문구와 내용에 비추어 볼 때, 원고가 단지 ‘발코니 확장을 제공한다’는 취지에서 사업수지분석표의 ‘수입’란에 ‘발코니 확장 포함’이라는 기재를 추가한 것이라고 보기는 어렵고, 오히려 분양수입을 계산하면서 발코니 확장에 따른 수입을 고려한 것이라고 해석하는 것이 자연스럽다. 나아가 원고가 사업 초기에 사업타당성 분석을 진행한 것과 달리 ㅇㅇ동 아파트를 분양하면서 분양가에 발코니 확장공사비를 포함시키지 않고 이를 무상 제공하기로 계획을 변경하였다면, 변경 전후의 분양수입 등에 어떠한 차이가 있는지를 비교하거나 분석하는 과정을 거쳤을 것으로 보임에도, 그와 관련된 자료를 찾기 어렵다. 】

○ 제1심판결문 제16면 제11행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

【 설령, 원고 및 계열사들이 다른 지역에서 시공한 아파트를 분양할 당시에는 발코니 확장을 유상으로 공급한 경우가 있었다거나, 원고가 ㅇㅇ동 아파트 중 부가가치세 과세 대상인 국민주택규모(전용면적 85㎡ 이하)를 초과하는 세대에 대하여도 일괄적으로 발코니 확장공사를 시행하고 해당 부분에 대한 부가가치세를 납부하였다고 하더라도, 아파트를 분양하는 지역의 상황에 따라 발코니 확장공사를 무상으로 제공하는 것과 같은 외관을 형성할 필요가 없었을 수도 있고, 원고는 관련 법령에 따라 국민주택규모를 초과하는 세대 부분에 대한 부가가치세를 납부한 것에 불과하므로, 위와 같은 사정을 근거로 원고가 ㅇㅇ동 아파트의 분양을 촉진하기 위해 발코니 확장공사를 무상으로 제공했다고 인정하기는 어렵다. 나아가 원고가 전용면적 85㎡ 이하 세대의 발코니 확장공사 비용이라고 주장하는 xxx,xxx,xxx원(갑 제46호증)은 원고가 2024. xx. xx.자 항소이유서에서 제시한 ㅇㅇ동 아파트의 매출이익인 x,xxx,xxx,xxx원(= 분양수입 총액 –분양원가 및 분양경비)의 약 9%에 해당하는 큰 금액인데, 원고가 발코니 확장공사를 위해 상당한 비용을 지출하고도 수분양자들로부터 지급받을 발코니 확장의 대가를 전부 포기할 만한 특별한 사정이 있었다고 보이지도 않는다. 】

○ 제1심판결문 제17면 제5행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

【 (5) 무엇보다 원고가 발코니 확장공사를 무상으로 제공한 것이라고 인정하기 위해서는, 수분양자들이 발코니 확장 여부를 자유롭게 선택하되 이를 확장하지 않는 쪽을 택하였더라도 분양가에는 영향이 없다는 사정이 인정되어야 한다. 즉 발코니 확장을 선택하지 않은 경우에도 동일한 분양가로 공급이 이루어졌어야 하는데, ㅇㅇ동 아파트의 경우 수분양자들이 발코니 확장을 선택하지 않았더라도 그 분양가가 동일하였을 것이라고 볼 만한 사정을 찾기 어렵고, 발코니 확장이 기본 사양으로 인식되는 상황에서 수분양자들이 그에 따른 경제적 이익을 포기하면서 발코니 확장을 선택하지 않는 것은 일반적인 거래관행이나 경험칙에 반하여 상정하기 어려운 경우로 보인다(원고가 발코니 확장공사를 무상으로 제공하였음이 인정된 사례로 제시한 서울고등법원 2022. 12. 21. 선고 2022누50757 판결은 발코니 확장이 불가능한 세대에 대하여도 확장공사 비용이 공제되지 않은 동일한 분양가가 적용된 사안으로서 이 사건과는 차이가 있다). 】

○ 제1심판결문 제18면 제7행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

【 (3) 결국 원고는 ㅇㅇ동 아파트를 분양하면서 분양대금과 발코니 확장비용을 구분하지 않고 수분양자들로부터 대금을 일괄하여 지급받았으므로 단순히 분양계약서의 금액 등을 기준으로 공급가액을 산정할 수는 없다. 나아가 ① 과세관청인 피고로서는 원고가 제출한 자료를 바탕으로 발코니 확장공사의 공급가액을 파악할 수밖에 없는 점, ② 위와 같이 계산된 공급가액(부가가치세 포함 금액, 세대수가 가장 많은 전용면적 84㎡ A형 xx,xxx,xxx원 및 B형 xx,xxx,xxx원)은 ㅇㅇ동 아파트와 인접한 지역에서 분양된 ㅇㅇ지구 아파트의 발코니 확장비용(전용면적 84㎡ A형 xx,xxx,xxx원, B형 xx,xxx,xxx원)과도 크게 차이가 없는 점(발코니 확장시 설치하는 가구 및 인테리어 비용에 따라 일부 편차가 발생하는 것은 자연스러워 보인다), ③ 원고는 세무조사 당시 ㅇㅇ동 아파트의 시공사가 과세관청에 제출한 ‘평형별 발코니 확장금액 표’(갑 제46호증)에 기재된 발코니 공사원가 xxx,xxx,xxx원을 기준으로 공급가액을 산정해야 한다고 주장하나, 위 자료는 세무조사 과정에서 사후적으로 작성된 것으로서 그 작성 경위와

내용에 의문이 있을 뿐 아니라 평형에 따라 일괄적으로 적용된 단가를 기초로 산정된 금액이므로 이를 근거로 ㅇㅇ동 아파트의 발코니 확장공사 공급가액을 산정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 보면, 피고가 산정한 발코니 확장공사의 공급가액이 위법하다고 보기도 어렵다. 】

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이 사건 법인세 부과처분 중 2015년도 사업연도 법인세(가산세 포함) x,xxx,xxx,xxx원 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.