1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2020. xx. xx. 원고에 대하여 한 2015년 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분 중 x,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 2016 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원의 부과처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 2017 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원의 부과처분 중 x,xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2020. xx. xx. 원고에 대하여 한 별지 1. 표 기재 ‘고지세액’란 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함) 중 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위, 원고의 주장 요지, 관계법령

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분(제1, 2, 3항) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다(다만 청구취지 특정을 위해 이 판결에 첨부된 별지 1.은 제1심판결문 별지 1.과 같은 내용이다).

○ 제1심판결문 제3면 제6행의 “아래 표 기재와 같다” 다음에 각주를 하고 아래와 같은 내용을 추가한다.

【 원고가 ㅇㅇ동 사업과 관련하여 주식회사 ㅇㅇ통신과 체결한 정보통신공사의 공사대금은 xxx,xxx,xxx원, ㅇㅇ종합개발 주식회사와 체결한 조경공사의 공사대금은 x,xxx,xxx,xxx원으로 보인다(을 제3호증의1 참조). 다만 원고와 위 각 업체들 사이의 공사대금 내역이 아래 표와 같음은 당사자들 사이에 다툼이 없고, 피고의 법인세 부과처분 및 변경된 처분사유(추가된 처분사유 및 예비적 처분사유도 동일하다)에 따른 피고의 정당세액 산정 역시 아래 표의 공사대금을 전제로 할 경우 원고에게 유리한 것으로 보이므로, 아래 표의 공사대금을 전제로 판단하기로 한다. 】

○ 제1심판결문 제4면 제18행의 “변경하였다” 다음에 “(이하 ‘변경된 처분사유’라 한다)”를 추가한다.

○ 제1심판결문 제4면 제19행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

【 자. 피고는 이 법원에 이르러 아래와 같이 처분사유를 추가하고, 예비적 처분사유 역시 추가하였다.

1) 추가된 처분사유

원고가 전문공사업체에 쟁점 공사비를 지급함으로써 BB건설은 쟁점 공사비에 상당하는 비용을 지출할 필요가 없게 되어 쟁점 공사비 상당의 경제적 이익을 취득하게 되었고, 이는 결국 원고가 특수관계 없는 전문공사업체와의 거래를 통하여 특수관계인인 BB건설에 경제적 이익을 분여한 것이므로, 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 및 제2항에 따라 쟁점 공사비를 손금부인한다(이하 ‘추가된 처분사유’라 한다).

2) 예비적 처분사유

원고는 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음에도 전문공사업체와 쟁점 공사에 관한 도급계약을 별도로 체결하고 쟁점 공사비를 지급하였다. 원고가 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비 상당액은 원고가 이 사건 도급계약에 따라 BB건설에 지급한 공사비와 중복된 비용이어서 법인세법 제19조에 따른 손금에 해당하지 않으므로, 쟁점 공사비를 손금부인한다(이하 ‘예비적 처분사유’라 한다). 】

○ 제1심판결문 제6면 제5행부터 제7면 제3행까지(제2의 나.항 부분)를 아래와 같이 고친다.

【 1) 처분사유 변경, 추가 부당 주장

이 사건 처분 중 쟁점 공사비 상당액의 손금부인 부분에 관한 변경된 처분사유, 추가된 처분사유, 예비적 처분사유는 당초 처분사유와 기본적 사실관계의 동일성이 유지된다고 볼 수 없으므로, 위와 같은 처분사유 변경은 부적법하여 허용될 수 없다.

2) 처분사유 부존재 주장

가) 변경 전 처분사유에 관하여

원고가 이 사건 도급계약을 통하여 BB건설로부터 시가보다 고가로 이 사건 각 아파트 건설공사를 제공받았음을 인정할 증거가 없으므로, 처분사유를 인정할 수 없다.

나) 변경된 처분사유에 관하여

BB건설과 전문공사업체 사이에는 아무런 계약·법률관계가 존재하지 않으므로, 원고가 BB건설을 대신하여 전문공사업체에 쟁점 공사비를 대신 부담하였다는 변경된 처분사유는 성립할 수 없다. 설령 원고의 행위가 이익분여에 해당하더라도, 원고가 지급한 쟁점 공사비 상당액에 대한 인정이자를 익금산입하고 해당액 상당의 차입금의 지급이자를 손금불산입하여야 하는 것이지 쟁점 공사비 상당액 전액을 손금부인할 수는 없다.

다) 추가된 처분사유에 관하여

원고는 특수관계인인 BB건설과 직접적인 거래를 하였으므로, 설령 원고가 BB건설에 이익을 분여한 사실이 있다면 원고와 BB건설 사이의 거래를 직접 대상으로 부당행위계산 부인 규정을 적용하면 충분하고, 전문공사업체는 원고에게 용역을 제공하였을 뿐 BB건설과는 아무런 계약·법률관계가 존재하지 않으므로 법인세법 시행령 제88조 제2항의 규정을 적용하여 손금부인할 수도 없다.

라) 예비적 처분사유에 관하여

원고는 시행사로서 전문공사업체와 쟁점 공사에 대하여 공사계약을 체결하고 이에 따라 대금을 지급하였으므로, 쟁점 공사비는 법인세법 제19조에 따른 손금 요건을 충족한다. 설령 피고의 주장처럼 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있다고 하더라도 이를 이유로 원고가 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비가 손금 요건을 갖추지 못하게 되는 것도 아니다. 】

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 쟁점 보수 손금부인 부분에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분(제4의 가.항) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제12면 제7행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

【 (3) 이에 관하여 원고는, 이 사건 1차 조사는 원고의 2017 사업연도 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하기 위한 목적으로 법인세법에 따른 질문조사권에 근거하여 원고에게 증빙서류의 제출 및 해명을 요구하는 방식으로 이루어졌고, 원고는 이에 따라 납세자 의견서를 작성하고 관련 증빙자료들을 준비하여 담당 공무원을 방문하여 관련 사항을 해명해야 했으며, 담당 공무원은 원고 측 직원 또는 회계사를 상대로 질문·조사를 실시하여 원고의 영업 자유 등이 영향을 받았으므로, 이는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다는 취지로 주장한다.

그러나 ① ㅇㅇ지방국세청은 2018. xx. xx. 이 사건 조사 당시 원고에게 ‘해명자료 제출 안내문’을 보내면서 ‘2017 사업연도의 김DD 인건비’에 관한 자료를 제출하도록 요구하였는데, 위 안내문에서 확인되는 ‘해명할 사항 및 증빙서류’의 내용만으로는 이러한 행위가 원고가 2017 사업연도에 김DD에게 지급한 보수의 손금 산입 여부와 적정성을 판단하기 위한 조사행위의 일환으로 이루어진 것인지 여부를 알기 어려운 점, ② ㅇㅇ지방국세청의 담당 공무원이 원고 측 직원 또는 회계사에게 실질적으로 세무조사에 해당할 정도의 질문조사권을 행사했다고 인정할 증거가 없는 점 등에 비추어보면 이 사건 1차 조사가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 단정하기 어렵다.

나아가 앞서 본 것과 같이 원고가 제출한 해명자료는 이미 작성되어 있거나 기존 자료를 설명하는 내용에 불과하고 원고가 새롭게 자료를 수집하여 제출하였다고 볼 증거가 없으며, 단지 몇 차례의 보완 절차가 이루어졌다는 사정만으로 원고의 영업 자유나 법적 안정성이 침해될 정도의 조사가 이루어졌다고 보기도 어렵다. 】

○ 제1심판결문 제14면 제11행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

【 (마) 김DD이 원고의 사업과 관련한 금융기관 대출에 대해 직접 연대보증을 한것으로 보이기는 하나, 1인 주주 겸 대표이사가 회사의 금융기관 대출에 대해 연대보증을 하는 것이 매우 이례적인 일이라고 보기 어렵고, 원고의 자본금이 xxx,xxx,xxx원에 불과한 점에 비추어 보면 원고가 시행사업을 함에 있어 금융기관 대출에 대한 대표이사의 연대보증이 필요했던 것으로 보이는 사정 등을 고려하면, 김DD이 연대보증을 통해 통상적인 대표이사의 역할을 넘는 특별한 기여를 하였다거나 동종 업계에서 대표이사에게 지급되는 보수의 수준을 현저하게 상회할 정도의 역할을 수행한 것이라고 보기 어렵다. 즉, 위와 같은 김DD의 기여가 원고의 다른 임원보다 수십 배의 보수를 지급받을 정도로 특별한 내용에 해당한다고 볼만한 사정을 찾을 수 없는 이상, 쟁점 보수는 김DD의 대표이사로서의 직무상 공로와 별다른 관계없이 책정 및 지급된 것으로 볼 수밖에 없다.

(바) 김DD에게 지급된 쟁점 보수를 포함하여 2017년경부터 2018년경까지 원고의 임원들에 대한 보수를 의결하는 내용의 주주총회 및 이사회 의사록이 작성되기는 하였다. 그러나 김DD은 원고의 주식 100%를 소유하고 있는 주주이고, 위 각 의사록에는 대표이사의 보수에 대한 구체적인 지급기준이나 성과평가에 관한 구체적 자료 없이 변경 전후의 보수 금액만이 정해져 있을 뿐이어서 어떠한 내용을 근거로 쟁점 보수가 정해진 것인지를 알 수 없는 이상, 원고가 대표이사의 보수 지급에 필요한 절차를 거치거나 관련 서류가 작성되었다는 사정만으로 쟁점 보수가 실질적 이익처분이 아닌 정당한 직무집행의 대가라고 인정하기는 어려워 보인다. 】

나. 쟁점 공사비 손금부인 부분에 관한 판단

1) 이 사건 도급계약에 쟁점 공사 부분이 포함되어 있는지 여부에 관한 판단

이 사건 처분 중 쟁점 공사비 손금부인 부분은 이 사건 도급계약에 쟁점 공사부분이 포함되어 있다는 것을 전제로 한다. 앞서 든 증거, 갑 제14 내지 18, 24, 25, 49 내지 54호증, 을 제3, 4, 6, 7, 16, 20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 도급계약에는 쟁점 공사가 포함되어 있다고 판단된다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 이 사건 도급계약에 관하여 작성된 각 민간건설공사 표준도급계약서상 공사범위가 토목건축공사로 제한된다는 사정은 찾아볼 수 없다. 오히려 ㅇㅇ동 아파트 신축과 관련하여 작성된 표준도급계약서에는 공사계약 특수조건으로 ‘각종 인허가비 별도’만 기재되어 있고, 이는 공사대금 증액을 위하여 작성된 표준도급계약서(을 제2호증의3) 역시 마찬가지다.

한편 원고가 이 사건 도급계약에 관하여 BB건설과 최종적으로 수정한 각 표준도급계약서(갑 제4호증의2, 제5호증의2)의 공사계약 특수조건에는 ‘전기, 소방, 기계, 통신, 조경 공사, 외부도로공사는 별도’라는 기재가 존재하기는 한다. 그러나 ㉠ 위 각 표준도급계약서는 이 사건 도급계약에 따른 공사가 완료된 것으로 보이는 이후인 2019. xx.경에 이르러서야 작성일자를 소급하여 작성된 것인 점, ㉡ 원고는 주식회사 EE에 대한 세무조사 당시에 이 사건과 마찬가지로 원고가 주식회사 EE와 체결한 도급계약에 전기·소방·정보통신·기계설비·조경공사 등이 포함되어 있는지 여부가 문제되자 사안이 유사한 이 사건 도급계약에 관하여도 위와 같은 문구를 포함한 수정계약서를 작성한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 수정 표준도급계약서의 존재만으로 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되었다고 보기에는 부족하다.

오히려 원고의 주장처럼 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되지 않았다면, 이는 이 사건 도급계약의 체결 과정에서 작성된 원고 또는 BB건설의 내부문건 또는 이 사건 도급계약에 따른 BB건설의 공사 범위를 확인할 수 있는 설계도면이나 시방서 등을 통하여 쉽게 확인이 가능할 것으로 보임에도, 이와 같은 자료는 제출되지 않았다.

② BB건설은 2018. xx. xx.경 주식회사 FF네트워크와 ㅁㅁ리 아파트 신축공사 중 정보통신공사에 관한 하도급계약을 체결하였는데, 이는 위와 같이 2019. xx.경 원고와 BB건설 사이에 작성된 수정 표준도급계약서의 공사계약 특수조건에 따른 BB건설의 공사 범위와 모순된다. 비록 BB건설이 2016. xx. xx.경 정보통신공사 면허를 취득하기는 하였으나, 원고가 2015. xx. xx. BB건설과 ㅁㅁ리 아파트 신축공사에 관한 도급계약을 체결한 후 이와 별도로 BB건설과 정보통신공사 부분에 관하여 별도의 도급계약을 체결하였다고 볼만한 사정을 전혀 찾아볼 수 없는 이상, 위 하도급계약은 최초 도급계약에 쟁점 공사가 포함된 것을 전제로 체결된 것으로 보인다.

원고의 주장에 의하더라도 BB건설은 설립 초기에 아파트 신축 및 분양 사업을 수행함에 있어 당초 시행과 시공을 모두 담당하다가 이후 시행 및 시공을 분리하여 시행은 원고와 같은 별도의 법인을 설립하여 진행하는 경우가 많았고, 실질적인 사업구조는 모두 동일하였다는 것인 점, ㅇㅇ동 아파트와 ㅁㅁ리 아파트 신축사업과 관련하여 작성된 도급계약서의 내용이나 형식이 매우 유사한 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 사정은 ㅇㅇ동 아파트 신축공사에 관한 도급계약에도 원고의 주장과 달리 토목건축공사 이외의 공사도 포함되어 있음을 추측하게 하는 정황에도 해당한다.

③ GG경제자유구역청장은 2015. xx.경 ㅇㅇ동 아파트에 관하여, HH군수는 2015. xx.경 ㅁㅁ리 아파트에 관하여 각 주택건설공사 감리자 모집을 위한 공고를 하였다. 그런데 위 각 공고에 따르면, ㅇㅇ동 아파트 신축공사의 총공사비는 xx,xxx,xxx,xxx원(= 건축 감리대상 공사비 xx,xxx,xxx,xxx원 + 타법 감리대상 공사비 xx,xxx,xxx,xxx원), ㅁㅁ리 아파트 신축공사의 총공사비는 xxx,xxx,xxx,xxx원(= 건축 감리대상 공사비 xx,xxx,xxx,xxx원 + 타법 감리대상 공사비 xx,xxx,xxx,xxx원)으로 이 사건 도급계약의 증액 전 공사대금과 매우 유사할 뿐만 아니라, 해당 공고에 첨부된 총 사업비 산출내역서, 공종별 총공사비 구성 현황표에는 쟁점 공사 부분에 대한 공사대금이 포함되어 있다.

이에 관하여 원고는, 감리자 모집공고 당시에는 총공사비가 확정되지 않아 부득이 BB건설과 협의된 공사비를 일단의 기준으로 하여 이를 기재하고, 이를 기준으로 총공사비의 세부 내역을 형식적으로 산출하였을 뿐이라는 취지로 주장하나, ㉠ 원고가 감리자 공고를 위하여 제출한 서류는 단순한 내부문건이 아니라 감리계약을 체결하기 위한 전제가 되는 서류로서 공고의 주요 내용이 되는 점, ㉡ 만약 원고의 주장처럼 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되지 않았다면, 비록 위 공고 당시 원고가 전문공사업체와 도급계약을 체결하지 않은 상태였다고 하더라도 쟁점 공사비의 규모 등을 고려할 때 원고로서는 쟁점 공사에 관한 대략적인 공사대금의 추산은 마쳐두었을 것으로 보이고 이를 반영한 총사업비 산출이 불가능한 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 보면 위와 같은 원고의 주장은 받아들이기 어렵고, 원고의 주장처럼 원고와 유사하게 설립된 주식회사 EE 등 시행사들이 한 감리자 모집공고에 따른 총공사비 산정내역 중 개별 공사비용이 모두 동일한 비율로 산정되었다는 사정만으로 달리 볼것은 아니다.

④ 원고는 ㅇㅇ동 사업과 관련하여 2015. xx. xx.경부터 2018. xx. xx.경까지 총 5차례에 걸쳐, ㅁㅁ리 사업과 관련하여 2018. xx. xx. 각 사업계획 변경승인 신청서를 제출하였다. 만약 원고의 주장처럼 원고가 이 사건 도급계약과 별도로 전문공사업체들과 도급계약을 체결하였다면 위 각 사업계획 변경승인 당시 추가된 공사비가 반영되는 것이 통상적으로 보임에도 이를 반영한 사업계획 변경승인이 이루어지지 않았는데, 이는 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있어 사업비를 중복으로 반영하기 곤란하였기 때문으로 보인다.

이에 관하여 원고는, ㅇㅇ동 사업의 쟁점 공사비 합계 xx,xxx,xxx,xxx원 및 ㅁㅁ리 사업의 쟁점 공사비 합계 xx,xxx,xxx,xxx원은 당초 총사업비(ㅇㅇ동 사업의 경우 xxx,xxx,xxx,xxx원, ㅁㅁ리 사업의 경우 xxx,xxx,xxx,xxx원)의 20%를 초과하지 않으므로 주택법령상 변경승인 대상이 되지 않는다는 취지로 주장하나, ㉠ 원고가 위 각 사업의 사업계획 변경승인을 받는 과정에서 전문공사업체와의 각 도급계약 체결에 따라 공사비가 상당 부분 증액되었음에도 굳이 해당 부분을 누락한 채 사업계획 변경승인을 받아야 할 합리적인 이유를 찾아볼 수 없는 점, ㉡ ㅇㅇ동 사업과 관련하여 원고가 BB건설과 증액한 공사대금인 xx,xxx,xxx,xxx원만 하더라도 위 사업의 당초 총사업비인 xxx,xxx,xxx,xxx원의 20%를 초과하고, ㅁㅁ리 사업의 경우 원고가 BB건설과 증액한 공사대금인 xx,xxx,xxx,xxx원과 ㅁㅁ리 사업에 대한 쟁점 공사비인 xx,xxx,xxx,xxx원을 더한 금액인 xx,xxx,xxx,xxx원 역시 위 사업의 당초 총사업비인 xxx,xxx,xxx,xxx원의 20%를 초과하므로, 원고로서는 사업비 증액에 따른 변경승인 절차를 거쳤어야 하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 원고의 주장 역시 받아들이기 어렵다.

⑤ 원고가 전문공사업체와 체결한 각 도급계약서에는 내부결재란이 마련되어 있고 결재라인에 따른 결재도 이루어져 있다. 그런데 이는 BB건설이 별도 사업에서 전문공사업체와 직접 체결한 도급계약서에 마련된 내부결재란과 형식이 같을 뿐만 아니라 결재라인에 있는 사람들도 대부분 동일한 것으로 보이고, 원고 역시 이 사건 쟁점공사와 관련한 계약 체결에 있어 BB건설 직원이 일부 결재라인에 있었던 점은 다투지 않고 있다.

비록 원고와 BB건설이 특수관계법인에 해당하기는 하나 엄연히 법인격을 달리하는 별개의 회사이고, 원고의 주장대로라면 BB건설은 원고로부터 토목건축공사를 수급받은 자에 불과함에도, 위와 같이 BB건설의 직원들이 쟁점 공사에 관한 원고와 전문공사업체와의 도급계약 체결에 관여한다는 것은 쟁점 공사에 관한 도급계약 체결 및 이에 따른 공사 진행이 BB건설의 관여하에 이루어지지 않았다면 쉽게 이해하기 어렵다.

⑥ BB건설은 원고에게 이 사건 도급계약에 따른 기성금을 청구함에 있어서도 쟁점 공사 부분을 포함하여 공정률을 산정하였고, 원고 역시 이에 관하여 별다른 이의 없이 BB건설에 기성금을 지급한 것으로 보이는데, 이 역시 이 사건 도급계약에 쟁점공사가 포함되어 있지 않다면 쉽게 이해하기 어렵다.

이에 관하여 원고는, 기성금 산정 및 지급의 편의를 위해 감리자가 확인한 전체 공정률을 기준으로 BB건설의 기성금을 산정·지급하였다는 취지로 주장하나, ㉠ 시행사인 원고로서는 감리자에게 공사의 종류별로 공정률을 구분하여 산정하여 달라고 요청하거나, BB건설에 건축공사 및 토목공사의 공정률을 산정할 것을 요구하여 그 결과에 따라 기성금을 지급하는 것이 합리적인 절차로 보이는 점, ㉡ 특히 원고의 주장에 의하더라도 원고는 전문공사업체에 대하여는 매월 원고가 일차적으로 확인한 개별 기성고를 기준으로 기성금을 지급하였다는 것이므로, 굳이 이와 중복되는 비용을 BB건설에 추가로 지급해야 할 특별한 이유도 찾을 수 없는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 원고의 주장 역시 받아들이기 어렵다.

2) 처분사유 변경 및 추가 허용 여부에 관한 판단

가) 관련 법리

1) 행정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 처분청이 당초 처분의 근거로 삼은 사유가 아닌 별개의 사실을 들어 처분사유로 주장함은 허용되지 아니하나, 당초 처분의 근거로 삼은 사유와 기본적 사실관계에 동일성이 있다고 인정되는 한도 내에서는 다른 사유를 추가하거나 변경할 수 있다. 여기서 기본적 사실관계의 동일성 유무는 처분사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적인 사실에 착안하여 그 기초가 되는 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한지 여부에 따라 결정된다(대법원 2001. 9. 28. 선고 2000두8684 판결 등 참조).

2) 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결, 대법원 2001. 8. 24. 선고2000두4873 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

피고가 ① 당초 쟁점 공사비에 관하여 처분사유로 삼은 것은 ‘원고가 BB건설과 쟁점 공사를 포함하여 도급계약을 체결하였음에도 전문공사업체와 쟁점 공사에 관하여 도급계약을 별도로 체결함으로써 BB건설에 쟁점 공사비 상당액을 과다지급하였으므로, BB건설에 지급한 공사비 중 쟁점 공사비 상당액이 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호에 따라 부당행위계산 부인의 대상이 된다’는 것이었고, ② 조세심판원 심판절차 진행 과정에서 변경한 처분사유는 ‘이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있으므로 원고가 전문공사업체에 지급한 쟁점 공사비는 BB건설이 부담해야 할 비용을 원고가 대신 부담한 것으로서 이익분여에 해당하므로, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호, 제6호에 따라 쟁점 공사비 상당액이 부당행위계산 부인의 대상이 된다’는 것이며, ③ 이 법원에서 추가한 처분사유는 ‘이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음에도 원고가 전문공사업체에 쟁점 공사비를 지급함으로써 BB건설은 쟁점 공사비에 상당하는 비용 지출을 면하게 됨으로써 같은 금액 상당의 경제적 이익을 취득하였는데, 이는 원고가 특수관계 없는 전문공사업체와의 거래를 통하여 특수관계인인 BB건설에 이익을 분여한 것이므로, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호, 제2항에 따라 쟁점 공사비 상당액이 부당행위계산 부인의 대상이 된다’는 것이다.

피고의 당초 처분사유와 변경 및 추가한 처분사유는 모두 ‘원고가 BB건설과 쟁점 공사를 포함하여 이 사건 도급계약을 체결하였음에도, 전문공사업체와 쟁점 공사에 관하여 별도 도급계약을 체결하고 전문공사업체에 이에 따른 공사대금을 지급하였다’는 동일한 기본적 사실관계를 전제로 하고 있다. 나아가 위와 같은 피고의 당초 처분사유와 변경된 추가사유 및 추가된 처분사유는 각 사업연도별로 손금 부인액이 겹치는 범위 내에서 원고에 대하여 동일한 세목 및 과세기간(각 사업연도)에 대하여 과세 원인이 된 ‘쟁점 공사비 상당액의 손금불산입’이라는 처분의 동일성을 유지하면서 단지 이에 관한 법률적 평가만을 달리하여 위 쟁점 공사비 상당액을 손금불산입하는 사유를 달리 주장하는 것에 불과하므로, 처분의 동일성이 인정되는 범위로서 처분사유의 추가가 허용된다.

이에 관하여 원고는, 변경된 처분사유 및 추가된 처분사유에 따르면 당초 처분과 비교하여 손금부인의 대상이 되는 거래내역이 달라지고, 이에 따라 사업연도별로 과세대상이 되는 법인세액도 달라지므로 당초 처분사유와의 기본적 사실관계의 동일성이 인정되지 않는다는 취지로 주장하고, 변경된 처분사유 및 추가된 처분사유에 따르면 원고가 전문공사업체로부터 매 사업연도에 세금계산서를 수령한 것을 작업진행률로 평가함에 따라 당초 처분과 비교하여 각 사업연도별 손금부인액의 범위가 달라지기는 한다. 그러나 이는 당초 처분사유와 변경된 처분사유 및 추가된 처분사유가 과세요건의 구성과 법적 평가를 달리하게 됨에 따라 원고가 부담하여야 할 정당한 세액의 범위에 차이가 나게 되는 것에 불과하므로, 위와 같은 사정만으로 처분내용의 동일성을 해한다고 볼 수는 없다.

3) 추가된 처분사유의 당부에 관한 판단

가) 관련 법리

부당행위계산은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인데, 법인세법 시행령 제88조 제1항이 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제8호에서는 개별적·구체적인 행위유형을 규정하고, 제9호에서는 ‘기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’라고 하여 개괄적인 행위유형을 규정하고 있으므로, 제9호의 의미는 제1호 내지 제8호에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 특수관계자에게 이익분여가 인정되는 경우를 의미한다 할 것이고, 경제적 합리성 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하며, 한편 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 본 사실관계에 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음에도 전문공사업체와 쟁점 공사에 관한 별도 도급계약을 체결하고 이에 따른 공사대금을 지급한 것은 특수관계인이 아닌 전문공사업체를 통하여 이루어진 거래로서 특수관계인인 BB건설에 쟁점 공사비 상당의 이익을 분여하기 위한 것으로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래행위에 해당하여, 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호, 제2항에 따른 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 판단된다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 이 사건 도급계약에 쟁점 공사가 포함되어 있음은 앞서 살펴본 것과 같다.

그렇다면 BB건설은 쟁점 공사를 원고로부터 도급받거나 이를 수행하는 것이 관련 법령상 허용되는지 여부와 무관하게, 원고에 대하여는 쟁점 공사를 할 계약상 의무를 부담한다. 그럼에도 원고는 전문공사업체와 쟁점 공사에 관하여 별도 도급계약을 체결하고, 전문공사업체에 쟁점 공사 이행에 따른 공사대금을 지급하였는데, 원고가 위와 같이 쟁점 공사에 관하여 중복하여 계약을 체결하여야 할 필요가 있었다고 볼만한 사정은 찾아볼 수 없다.

② 원고가 전문공사업체와 쟁점 공사에 관해 체결한 도급계약에 따른 공사대금은 ㅇㅇ동 사업의 경우 xx,xxx,xxx,xxx원, ㅁㅁ리 사업의 경우 xx,xxx,xxx,xxx원에 달하여, 이 사건 도급계약에 따른 각 공사대금에서 차지하는 비율이 낮지 않다. 그렇다면 원고로서는 전문공사업체와의 별도 도급계약 체결을 이유로 BB건설과 이 사건 도급계약에 따른 공사대금을 조정하는 것이 당연한 절차로 보임에도 이러한 조치 없이 BB건설에 이 사건 도급계약에 따른 공사대금 전액을 지급하였는데, 이는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 경제적 합리성이 있는 거래라고 볼 수 없다. 원고는 이 사건 도급계약에 따른 공사대금이 쟁점 공사를 제외한 것으로 적정하다는 취지로 주장하나, 이를 입증할만한 객관적인 자료가 없다.

③ 원고가 전문공사업체와 쟁점 공사에 관한 도급계약을 체결하고 이에 따른 공사대금을 지급하였고, 위와 같은 원고와 전문공사업체와의 거래에 따라 BB건설은 아무런 반대급부 없이 이 사건 도급계약 중 쟁점 공사에 대한 부분의 이행에 소요되는 비용, 즉 쟁점 공사비 상당액의 지출을 면하게 되는 결과를 얻게 되었다. 원고가 쟁점 공사에 관하여 특별히 전문공사업체에 유리한 계약을 체결할 이유가 있어 보이지는 않고, 앞서 본 것처럼 BB건설이 원고와 전문공사업체와의 도급계약 체결에 관여한 것으로 보이는 정황도 존재하는 점에 비추어 보면, 쟁점 공사비는 쟁점 공사에 관하여 적정하게 책정된 것으로 보이고, BB건설이 얻게 되는 경제적 이익 역시 쟁점 공사비 상당액으로 봄이 상당하다.

④ 원고는 법인세법 시행령 제88조 제2항에서 규정하는 ‘특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래’는 특수관계인 외의 자와 특수관계인 사이에 거래가 존재하여 당해 법인이 특수관계인 외의 자를 매개로 특수관계인과 거래하는 경우에 한하여 적용되는 것이라고 주장한다. 그러나 법인세법 시행령 제88조 제2항의 문언을 원고 주장과 같이 제한하여 해석할 아무런 근거가 없을 뿐만 아니라, 특수관계인 외의 자를 통하여 특수관계인과 이루어지는 거래는 당해 법인과 특수관계인의 거래 사이에 특수관계인 외의 자가 개입되는 경우 이외에도, 당해 법인과 특수관계인이 병렬적인 관계에서 각 특수관계인 외의 자와 거래관계를 형성하거나, 특수관계인과 특수관계인 외의 자 사이에 거래관계가 존재하지 않는다고 하더라도 당해 법인과 특수관계인 외의 자 사이의 거래에 따라 간접적인 거래관계가 형성되는 등 여러 우회적·간접적 방법으로도 충분히 가능하므로, ‘특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래’가 반드시 특수관계인 외의 자와 특수관계인 사이에 거래가 존재하는 경우에 한정되는 것으로 해석할 수는 없다.

⑤ 원고는 원고와 BB건설은 김DD이 전부 또는 거의 모든 지분을 보유한 회사이므로 굳이 원고가 BB건설에 이익을 분여할 아무런 이유나 필요성이 없고, 원고가 BB건설에 이익을 분여할 경우 전체적으로 보아 법인세 부담이 커지게 되는 결과가 된다는 취지로도 주장하나, 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아님은 앞서 본 것과 같다.

4) 소결론

행정처분에 있어 수개의 처분사유 중 일부가 적법하지 않다고 하더라도 다른 처분사유로써 그 처분의 정당성이 인정되는 경우에는 그 처분을 위법하다고 할 수 없다(대법원 2013. 10. 24. 선고 2013두963 판결 등 참조). 위와 같이 추가된 처분사유가 인정되므로, 변경된 처분사유 및 예비적 처분사유에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 쟁점 공사비는 이 사건 처분 중 각 사업연도별로 손금 부인액이 겹치는 범위 내에서 손금불산입의 대상이 된다고 봄이 타당하다.

다. 이 사건 처분 중 취소의 범위

피고는 2024. xx. xx. 자 항소이유서를 통하여 쟁점 보수 및 추가된 처분사유에 따라 쟁점 공사비를 손금부인하여 계산한 정당세액의 구체적인 내역을 아래 표 기재와 같이 제시하였고(을 제28, 29호증 참조, 한편 피고는 당심 변론종결 후인 2015. xx. xx. 정당한 법인세 고지세액의 구체적인 산출내역을 정리한 참고서면을 제출하였다), 원고도 이에 관하여 특별히 다투지 않고 있다. 따라서 이 사건 처분 중 2015년 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분 중 x,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 2016 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원의 부과처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 2017 사업연도법인세 x,xxx,xxx,xxx원의 부과처분 중 x,xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분(각 가산세 포함)은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.