1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 원고들에 대하여 한 별지 목록 기재 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 주식회사 앤AAAAAA(이하 ‘주식회사’ 명칭을 모두 생략한다)은 의약품 및 의약부외품 수출입업 등을 목적으로 201X. X. XX. 설립된 회사이고, 원고 BBBBBB, 원고 CCCCCC, 원고 DDDDDD 역시 같은 목적으로 202X. X. XX. 각 설립된 회사들이다.

나. 원고들은 제약사 또는 제약사의 CSO 관리업체에게 의약품판촉 마케팅용역을 제공하고 수수료를 받아왔는데, 위 마케팅용역 중 일부는 원고들 내 영업조직을 통해 직접 수행하는 한편, 별도의 개인사업자들과 다시 마케팅용역 위탁계약을 체결하고 수수료를 지급하기도 하였다.

다. 구체적으로 원고들은 위와 같은 방식에 따라 EEEE, FFFFFFF, GGGG, HH, IIIIIII, JJJJ, KKKKK과 같은 개인사업자들(이하 ‘이 사건 개인사업자들’이라 한다)과 마케팅용역 위탁계약을 체결하고 이들로부터 마케팅용역을 공급받았다는 내용의 세금계산서를 수취하였다(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다).

라. 〇〇지방국세청장은 202X. X. X.부터 202X. X. XX.까지 원고들을 대상으로 세무조사를 실시하여 이 사건 세금계산서와 관련한 거래가 실제 용역 공급 없이 발급·수취된 것으로 판단하였고, 그에 따라 피고들은 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 별지 목록 기재와 같이 원고 AAAAAAA에게 201X년 제1기분부터 202X년 제1기분까지의 부가가치세 합계 XXX,XXX,XXX원을, 원고 BBBBBB에게 202X년 제1기 및 제2기의 부가가치세 합계 XX,XXX,XXX원을, 원고 CCCCCC에게 202X년 제1기 및 제2기의 부가가치세 합계 XX,XXX,XXX원을, 원고 DDDDDD에게 202X년 제1기 및 제2기의 부가가치세 합계 XX,XXX,XXX원을 각 부과·고지하였으며, 피고 〇〇세무서장은 원고 AAAAAAA에 대하여 이 사건 세금계산서 중 원고 AAAAAAA에 대한 공급가액을 손금에 산입하지 아니하고 201X 사업연도부터 202X 사업연도까지의 귀속 법인세 합계 X,XXX,XXX,XXX원(가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

마. 원고들은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 202X. X. XX. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 5, 14호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함, 이하 같다) 및 변론 전체의 취지

2. 원고들 주장의 요지

이 사건 세금계산서에 관하여 원고들은 이 사건 개인사업자들로부터 실제 용역을 공급받고 그 대가를 지급하였으므로 실제 ‘용역의 공급’이 존재한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.

3. 이 사건 각 처분의 적법여부

가. 관련 법리

1) 부가가치세법 제11조 제1항은 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하는 것(제1호), 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것(제2호)을 의미하는데, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법상 용역의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래 별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조).

2) 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이

허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

나. 인정 사실

앞서 든 증거들과 갑 제10호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 원고 AAAAAAA은 202X. X. XX. 임시주주총회 결의를 거쳐 해산하였고, 1사업부를 담당하던 aaa이 원고 DDDDDD를, 2사업부를 담당하던 bbb가 원고 CCCCCC을, 3사업부를 담당하던 ccc이 원고 BBBBBB를 각 설립하였다.

2) 한편 원고들과 같은 CSO 업체들은 의약품판촉 마케팅용역과 관련하여, 제약사나 CSO 관리업체로부터 대상의약품의 처방금액을 기준으로 수수료를 지급받고 있는데, 원고들이 또다시 개인사업자들과 마케팅용역 위탁계약을 체결하고 이들로 하여금 마케팅용역을 수행하게 할 경우, 앞서 제약사나 CSO 관리업체로부터 수령한 수수료의 상당 부분을 개인사업자들에게 지급하게 된다.

3) 위와 같은 거래구조에 따라, 원고들은 이 사건 개인사업자들과 마케팅용역 위탁

계약을 체결하였는데, 이 사건 개인사업자들의 대표자는 아래 표 기재와 같이 원고들의 직원 또는 직원이었던 사람들의 배우자였다.

4) 한편 〇〇지방검찰청 검사는 202X. X. XX. 원고들의 대표자인 aaa, bbb, ccc 등이 원고 AAAAAAA에 대하여, 위 회사의 직원이 위 회사를 위해 마케팅업무를 수행하였음에도 개인사업자가 수행한 것처럼 하여 마케팅용역 위탁계약을 체결하고, 그 수수료를 개인사업자에게 빼돌렸다는 내용의 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반(배임) 혐의에 관하여, ① 원고 AAAAAAA 주주들 사이에 위와 같은 형태의 마케팅용역 위탁계약에 관한 합의가 있었던 점, ② 개인사업자가 수령한 수수료가 aaa 등 원고 AAAAAAA의 경영진에게 지급된 내역이 확인되지 않는 등의 이유로 고소인이 제출한 확인서의 내용을 믿을 수 없는 점, ③ 원고 AAAAAAA의 이사회가 개인사업자와의 마케팅용역 위탁계약을 의결한 점, ④ 문제된 원고 AAAAAAA의 직원들이 그 직원으로서의 지위와 별개로 개인사업자로서 원고 AAAAAAA과 마케팅용역 위탁계약을 체결하고 그에 따른 마케팅용역업무를 제공하여 수수료를 받은 것이므로 배임의 고의 또는 배임행위를 인정할 수 없는 점, ⑤ 이러한 방식으로 원고 AAAAAAA의 매출과 이익이 증가하여 재산상 손해가 발생하였다고 단정할 수 없다는 점 등을 이유로 불기소처분(혐의없음)을 하였다.

다. 구체적 판단

위 법리를 기초로 하여 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 을 제7 내지 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서가 용역을 공급하지 않고 작성되었다는 점이 피고들에 의하여 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수 있고, 원고들이 제출한 증거들만으로 용역의 공급이 실제로 이루어졌다는 사실을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 원고들의 주장은 이유 없다.

1) 원고들은 원고들의 직원이 그 직원으로서 수행한 업무와 이 사건 개인사업자로

서 수행한 업무가 각 거래처를 통해 명확하게 구분되므로 이 사건 개인사업자들의 마케팅용역업무에 관하여 원고들이 매입한 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장한다. 그러나 아래 표 기재와 같이 이 사건 개인사업자들과 관련한 원고들의 병의원 실적데이터를 보면, 원고들이 이 사건 개인사업자들의 거래처에 해당한다는 병원의 담당자가 상당 부분 이 사건 개인사업자들의 실질적 운영자들이 아닌 원고들의 다른 직원들로 기재되어있어서 이 사건 개인사업자들이 아닌 원고들의 다른 직원들이 수행한 업무로 보이기도 한다. 더구나 위 담당자가 이 사건 개인사업자들의 실질적 운영자들로 기재되어있는 부분마저도 이들이 개인사업자로서 업무를 수행한 것인지, 원고들의 직원으로서 업무를 수행한 것인지 명확히 구분되어 있지 않다.

2) 이처럼 원고들은 그 주장과 달리 이 사건 개인사업자들의 실질적 운영자들이 원

고들의 직원으로 수행한 업무와 개인사업자로 수행한 업무를 구분하지 않은 채 병의원 실적데이터를 관리하였고, 앞서 본 바와 같이 원고들이 주장하는 이 사건 개인사업자들의 거래처에 관한 병의원 실적데이터에 이 사건 개인사업자의 실질적 운영자들이 아닌 원고들의 다른 직원들을 담당자로 기재하기도 하였다. 그 밖에 각 거래처별로 구분해 놓은 자료도 따로 존재하지 않는다.

3) 세무조사 과정에서 이 사건 개인사업자들의 실질적 운영자들이 이 사건 세금계

산서와 관련한 거래에 관하여, 이 사건 개인사업자들로서의 실적뿐만 아니라 원고들의 직원으로서의 실적에도 포함시켰다는 취지로 진술한 점, 실제 처방실적자료에 이 사건개인사업자들의 실질적 운영자들이 아닌 원고들의 다른 직원이 서명한 것이 확인되기도 하는 점, 이러한 실적까지 포함하여 원고들이 이들에게 성과급을 지급한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 개인사업자들의 실질적 운영자들이 명확하게 개인 사업자의 지위에서 원고들에게 용역을 제공하였다고 보기는 어렵다.

4) 더구나 이 사건과 관련한 마케팅용역의 특성상 원고들의 직원으로서의 행위나,

개인사업자로서의 행위 모두 업무 내용이 사실상 동일하므로 이를 명확히 구분하는 것은 매우 어렵다. 나아가 앞서 본 바와 같이 이 사건 개인사업자들의 대표자는 원고들의 직원 또는 직원이었던 자들의 배우자로서 실질적으로 원고들의 직원들이 운영해온 점, 이들은 마케팅용역업무를 수행하면서 원고들의 법인카드를 사용하기도 한 점, 그 밖에 이들이 개인사업자의 지위를 가지고 원고들에게 마케팅용역을 제공했다고 볼만한 객관적인 근거자료도 없는 점 등을 고려해보면, 이 사건 세금계산서가 용역을 공급하지 않은 채 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되었다고 볼 것이고, 원고들이 제출한 증거들만으로 이 사건 세금계산서에 관한 용역거래가 실제로 있었다고 보기 부족하다.

5) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건사실을

자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로서명·날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증 자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두8068 판결 등 참조). 그런데 원고들의 대표자들은 세무조사 과정에서 이 사건 세금계산서 관련 용역거래에 관하여, 실제 용역 제공 없이 가공세금계산서만을 발급받고 그 금액을 지급한 것이라는 취지의 확인서에 서명·날인하기도 하였으며, 이와 같은 확인서의 증거가치를 부인할 만한 특별한 사정은 보이지 않는다(오히려 이들은 조사과정에서 팀장들의 영업비용 마련을 위해 별도로 용역을 수행한 것처럼 계약을 하였다는 취지로 진술하기도 하였다).

6) 한편 앞서 본 바와 같이 원고들의 대표자 등에 대한 특정범죄 가중처벌 등에 관

한 법률위반(배임) 혐의에 관하여 불기소처분이 이뤄졌고, 그 불기소 이유에 원고 AAAAAAA의 직원들이 그 직원으로서의 지위와 별개로 개인사업자로서 원고 AAAAAAA에게 마케팅용역업무를 제공하고 수수료를 받은 것이라는 취지의 내용이 존재하는 것은 사실이다. 그러나 동일한 사실관계에 관한 검사의 무혐의결정 이유와 배치되게 사실인정을 한 것이 채증법칙에 위반된다고 볼 수 없으며(대법원 1995. 12. 26. 선고 95다21884 판결 참조), 위 불기소처분의 경우 위와 같은 사정보다는 원고 AAAAAAA의 주주들이 개인사업자들과 용역계약을 체결하고 수수료를 지급하기로 한 것에 관하여 합의한 점이 주된 불기소이유인 것으로 보이므로 위와 같은 불기소처분이 있었다는 사정만으로 이 사건 세금계산서 관련 용역거래가 실제로 존재한다고 인정할 수는 없다.

4. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.