1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

  피고가 원고에 대하여 한 2021. 7. 22. 자 2011년 1기분 부가가치세 250,870,929원(가산세 포함)의 부과처분, 2021. 9. 6. 자 2011년 2기분 부가가치세 262,489,669원(가산세 포함), 2012년 1기분 부가가치세 256,722,641원(가산세 포함), 2012년 2기분 부가가치세 265,056,610원(가산세 포함), 2013년 1기분 부가가치세 315,279,146원(가산세 포함), 2013년 2기분 부가가치세 180,062,931원(가산세 포함), 2014년 1기분 부가가치세 229,251,009원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 2021. 7. 22. 자 2011년 1기분 부가가치세 250,870,929원의 부과처분, 2021. 9. 6. 자 2011 사업연도 법인세 22,389,267원, 2012 사업연도 법인세 3,909,032원, 2013 사업연도 법인세 4,325,417원, 2014 사업연도 법인세 518,622원, 2015 사업연도 법인세 38,252,263원, 2019 사업연도 법인세 55,736,398원의 부과처분, 2011년 2기분 부가가치세 262,489,669원, 2012년 1기분 부가가치세 256,722,641원, 2012년 2기분 부가가치세 265,056,610원, 2013년 1기분 부가가치세 315,279,146원, 2013년 2기분 부가가치세 180,062,931원, 2014년 1기분 부가가치세 229,251,009원, 2014년 2기분 부가가치세 224,146,259원, 2015년 1기분 부가가치세 199,495,777원, 2015년 2기분 부가가치세 203,188,897원, 2016년 1기분 부가가치세 194,740,423원, 2016년 2기분 부가가치세 201,121,359원, 2017년 1기분 부가가치세 227,922,563원, 2017년 2기분 부가가치세 217,524,054원, 2018년 1기분 부가가치세 64,361,297원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 아래와 같이 일부 내용을 수정하는 것 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분(별지 포함) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제4쪽 라.항 말미에 다음 내용을 추가한다.

『 그 후 국민건강보험공단은 개정된 내부 재량준칙에 따라 2024. 1. 16. 이 사건 요양급여 환수처분 중 원고 의료법인에 대한 환수금액을 6,652,157,840원으로, BBB에 대한 환수금액을 6,845,927,060원으로 각각 감경하는 결정을 하였다. 』

○ 제1심판결 제5쪽 2)항 제2행의 “법인세를”을 “법인세(가산세 포함)를”로, 제3행의 “부가가치세를”을 “부가가치세(가산세 포함)를”로 변경한다.

○ 제1심판결 제6쪽 제6행을 다음과 같이 변경한다.

『 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8, 9, 13호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제3, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 』

2. 원고 의료법인 주장의 요지

이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 제1심판결 제7쪽 다.항 아래에 다음 내용을 추가하는 것 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

『 라. 부가가치세법 제26조 제1항 제19호는 ‘국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역’에 관한 면세를 규정하고 있다. 국민건강보험공단은 법령에 따라 국가 위임사무를 수행하므로, 국민건강보험공단이 지급하는 요양급여비용은 ‘국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역’에 해당하여 부가가치세 면제대상이 된다(이하 ‘제4 주장’이라 한다).

마. 이 사건 각 부과처분의 법인세와 부가가치세에 대하여는 10년이 아닌 7년의 제척기간이 적용되어야 한다(이하 ‘제5 주장’이라 한다). 』

3. 관계 법령 등

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결 이유 중 해당 부분(별지 포함) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

4. 판단

가. 제1 주장에 대한 판단

 이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 아래와 같이 일부 내용을 수정하는 것 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제8쪽 나)항 제10행의 “부가가치세”를 삭제한다.

○ 제1심판결 제9쪽 나)항 아래에 다음 내용을 추가한다.

『 다) 이와 관련하여 원고 의료법인은, 이른바 사무장병원에 지급된 요양급여비용은 애초에 국민건강보험공단이 잘못 지급한 비용이고 이는 국민건강보험공단의 재산으로 유보되어 있는 것이어서, 피고가 국민건강보험공단의 재산에 과세할 수 없다는 주장도 한다. 그러나 원고 의료법인이 국민건강보험공단으로부터 요양급여비용을 일단 지급받은 이상 이는 원고 의료법인의 재산·소득에 해당한다. 국민건강보험공단은 부당한 방법으로 요양급여비용을 받은 요양기관에 대하여 그 비용에 상당하는 금액을 징수할 수 있을 뿐이다(국민건강보험법 제57조). 원고 의료법인 측이 원용한 대법원 판결(2016도19982)은 적법하게 개설되지 않은 의료기관의 요양급여비용채권이 강제집행면탈죄의 객체가 되지 않는다는 내용에 불과하다. 따라서 원고 의료법인의 이 부분 주장도 받아 들일 수 없다.

라) 또한 원고 의료법인은, 확정된 관련 형사판결 범죄기간 중 지급결정된 요양급여비용 14,782,572,960원에서 국민건강보험공단이 환수처분한 6,652,157,840원을 제외한 8,130,415,120원은 정당하게 받을 수 있는 요양급여비용으로서 법률상 원인이 있기 때문에 부가가치세 계산에서 제외되어야 하고 국민건강보험공단이 환수처분한 위 부분에 한하여 부가가치세를 계산하여야 한다는 주장도 한다. 그러나 부가가치세는 ‘사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급’에 대하여 과세되는 것이므로, 원고 의료법인이 공급한 용역 중 요양급여비용까지 지급받은 부분이 부가가치세의 과세대상이 되지 않을 이유가 없다. 따라서 원고 의료법인의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다[심지어 이 부분 주장은, 국민건강보험공단의 환수처분으로 부가가치세 과세대상이 존재하지 않게 되었다고 한 제1 주장에도 배치된다]. 』

나. 제2 주장에 대한 판단

 1) 관련 규정

  가) 부가가치세법 제26조 제1항 제5호는, ‘의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다. 부가가치세법 시행령 제35조는, 위 법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(의료법 또는 수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함)으로 한다고 하면서, 각 호에서 ‘의료법에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호법에 따른 간호사가 제공하는 용역’(제1호 본문) 등을 규정하고 있다.

  나) 의료법 제3조 제1항은, 의료기관이란 의료인이 공중 또는 특정 다수인을 위하여 의료·조산의 업(의료업)을 하는 곳을 말한다고 규정하고 있다. 의료법 제33조 제1항 전단은, 의료인은 위 법에 따른 의료기관을 개설하지 아니하고는 의료업을 할 수 없다고 규정하고 있다. 의료법 제33조 제2항 본문은, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다고 하면서, 각 호에서 ‘의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사’(제1호), ‘국가나 지방자치단체’(제2호), ‘의료업을 목적으로 설립된 법인(의료법인)’(제3호), ‘민법이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인’(제4호) 등을 규정하고 있다. 의료법 제87조는, 위 제33조 제2항을 위반하여 의료기관을 개설하거나 운영하는 자를 처벌하도록 규정하고 있다.

 2) 관련 법리

  가) 구 의료법(2015. 12. 29. 법률 제13658호로 개정되기 전의 것) 제33조 제2항이 의료기관 개설자격을 의료전문성을 가진 의료인이나 공적인 성격을 가진 단체로 엄격히 제한하고 그 이외의 자가 의료기관을 개설하는 행위를 금지하는 취지는, 의료의 적정을 기하고 건전한 의료질서를 확립하여 국민의 건강을 보호 증진하고, 영리 목적으로 의료기관을 개설하는 경우에 발생할지도 모르는 국민 건강상의 위험을 미리 방지하기 위한 것이다. 따라서 의료법상 의료기관을 개설할 수 있는 자의 명의로 의료기관 개설신고가 되었더라도 실질적으로는 의료기관 개설자격이 없는 자가 의료기관을 개설하면서 형식적으로만 적법한 의료기관의 개설로 가장한 경우에는 위 법 제33조 제2항에 위반된다고 봄이 타당하다. 의료법인 명의로 개설된 의료기관을 실질적으로 비의료인이 개설·운영하였다고 판단하려면, 비의료인이 의료법인 명의 의료기관의 개설·운영에 주도적으로 관여하였다는 점을 기본으로 하여, 비의료인이 외형상 형태만을 갖추고 있는 의료법인을 탈법적인 수단으로 악용하여 적법한 의료기관 개설·운영으로 가장하였다는 사정이 인정되어야 한다. 이러한 사정은 비의료인이 실질적으로 재산출연이 이루어지지 않아 실체가 인정되지 아니하는 의료법인을 의료기관 개설·운영을 위한 수단으로 악용한 경우, 의료법인의 재산을 부당하게 유출하여 의료법인의 공공성, 비영리성을 일탈한 경우에 해당되면 인정될 수 있다(대법원 2023. 7. 17. 선고 2017도1807 전원합의체 판결, 대법원 2023. 10. 26. 선고 2022도90 판결 등 참조).

  나) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제4호는 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘의료보건용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21304호로 개정되기 전의 것) 제29조는 “법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.”고 규정하면서 제1호에서는 ‘의료법에 규정하는 의사 등이 제공하는 용역’을, 제2호에서는 ‘의료법에 규정하는 안마사 등이 제공하는 용역’을, 제5호에서는 ‘수의사법에 규정하는 수의사가 제공하는 용역’을 들고 있다. 이러한 법령규정의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 보면, 위 법 제12조 제1항 제4호, 위 시행령 제29조 제1호, 제2호, 제5호의 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건용역은 의료법이나 수의사법에 규정하는 의사나 안마사, 수의사 등(의료법이나 수의사법의 규정에 의하여 의료기관이나 동물병원을 개설한 자를 포함한다)이 공급의 주체가 되어 의료법이나 수의사법의 규정에 따라 제공하는 의료보건용역을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 의료법에 규정하는 안마사가 아닌 사람이 의료법에 규정하는 안마사를 고용하여 제공하는 안마용역은 위 법 제12조 제1항 제4호, 위 시행령 제29조 제2호가 규정한 부가가치세 면제 대상인 ‘의료법에 규정하는 안마사가 제공하는 용역’에 해당하지 아니한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2011두5834 판결 등 참조).

  다) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결 등 참조).

 3) 구체적 판단

  앞서 본 사실관계, 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 사정들을 위 규정과 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 부과처분의 과세대상 기간 동안 원고 의료법인이 공급한 의료보건 용역은 부가가치세법이 정한 부가가치세 면제대상에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 원고 의료법인의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

  ① 부가가치세법 제26조 제1항 제5호의 위임을 받은 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 본문은, 앞서 보았듯이 ‘의료법에 따른 의사 등이 제공하는 의료보건 용역’을 부가가치세 면제대상으로 규정하면서, ‘의료법에 따라 의료기관을 개설한 자가 제공하는 것’을 이에 포함한다고 규정하고 있다. 그리고 의료법 제33조 제1항 전단과 제2항 본문은, 앞서 보았듯이 의사나 의료법인 등이 아니면 의료기관을 개설할 수 없고, 의료기관을 개설하지 않은 의료인(의사 등)은 의료업을 할 수 없다고 규정하고 있다. 그런데 확정된 관련 형사판결에서는, BBB이 비영리법인의 의료사업으로 가장하고자 원고 의료법인을 양수하여 이 사건 요양병원을 운영함으로써 의사 등이 아님에도 의료기관을 개설하여 의료법 제33조 제2항을 위반하였다는 의료법위반의 범죄사실이 확정되었다. 이를 종합하면, BBB이 운영한 기간 동안 원고 의료법인이 제공한 의료보건 용역은 의료법을 위반하여 개설·운영된 의료기관에 의하여 제공된 것이므로, 위 ‘의료법에 따라 의료기관을 개설한 자가 제공하는 의료보건 용역’에 해당한다고 할 수 없다. 또한 위 기간 동안 원고 의료법인이 제공한 의료보건 용역은 의료기관을 개설한 의사에 의하여 제공된 것이 아니므로, 위 ‘의료법에 따른 의사 등이 제공하는 의료보건 용역’에 해당한다고 할 수도 없다.

  ② 부가가치세법이 위와 같이 의료보건 용역을 부가가치세 면제대상으로 규정한 주된 취지는, 적법한 의료보건 용역에 관한 의료소비자의 조세부담을 경감하여 국민의 복리후생을 증진하려는 데에 있다. 이러한 부가가치세 면제는 세법상 명백한 특혜규정이므로 그 요건을 엄격하게 해석할 필요성이 크다. 그런데 원고 의료법인은 의료기관을 개설할 수 없는 BBB에 의하여 운영되면서 공공성과 비영리성이 일탈되었다. 국민의 건강을 보호하고 증진하려는 의료법의 목적(제1조) 등에 비추어 볼 때, 위와 같은 원고 의료법인이 제공한 의료보건 용역에는 국민의 복리후생 증진이라는 정당성을 부여하기 어렵다. 영리 목적으로 의료기관을 개설하는 경우에는 오히려 국민건강 위험이 발생할 수 있기 때문이다. 이 사건 각 부과처분으로 말미암아 원고 의료법인의 의료보건 용역을 제공받은 환자에게 그 부가가치세가 전가되지는 않으므로, 의료소비자의 조세부담이 늘어나는 것도 아니다.

  ③ 이와 관련하여 원고 의료법인은, 국민건강보험공단의 요양급여비용 지급결정이 취소되지 않는 한 제3자인 피고가 그 요양급여비용이 적법하지 않다는 이유로 부가가치세 면제대상이 아니라고 하는 것은 처분의 공정력에 반한다는 주장도 한다. 그러나 국민건강보험공단은 요양기관이 실시한 요양급여(진찰·치료 등)의 비용을 요양기관 청구 및 건강보험심사평가원 심사에 따라 요양기관에 지급할 뿐이다(국민건강보험법 제47조). 그 지급결정은 부가가치세 면제대상 해당 여부와 직접적 연관성이 없다. 따라서 이 사건 각 부과처분이 어떠한 공정력에 반한다고 할 수 없다[더구나 앞서 보았듯이 국민건강보험공단은, 원고 의료법인과 BBB이 의료법 제33조 제2항을 위반하여 요양급여비용을 지급받았다는 이유로 그 요양급여비용을 환수하는 결정(이 사건 요양급여환수처분)을 한 바도 있다].

다. 제3 주장에 대한 판단

 1) 관련 법리

  가) 국세기본법 제14조 제1항은 실질과세 원칙을 정하고 있는데, 소득이나 수익, 재산, 거래 등 과세대상에 관하여 그 귀속명의와 달리 실질적으로 귀속되는 사람이 따로 있는 경우에는 형식이나 외관에 따라 귀속명의자를 납세의무자로 삼지 않고 실질적으로 귀속되는 사람을 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 따라서 재산 귀속명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 사람이 따로 있으며 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세 회피 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 재산을 실질적으로 지배·관리하는 사람에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 보아야 한다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결, 대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두128 판결 등 참조).

  나) 한편 부가가치세는 재화나 용역이 생산·제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하고 소비행위에 담세력을 인정하여 과세하는 소비세로서의 성격을 가지고 있지만, 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다. 그리고 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서 인도 또는 양도는 재화를 사용·소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, ‘재화를 공급하는 자’는 위탁매매나 대리와 같이 부가가치세법에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조).

 2) 구체적 판단

  가) 원고 의료법인의 이 부분 주장은, 이 사건 각 부과처분에 관한 원고 의료법인의 소득, 수익, 재산, 거래 등 과세대상이 원고 의료법인이 아닌 BBB에게 실질적으로 귀속되었음을 전제로 한다.

  나) 그러나 앞서 본 사실관계, 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 부과처분에 관한 원고 의료법인의 소득, 수익, 재산, 거래 등 과세대상이 BBB에게 실질적으로 귀속되었다고 볼 수는 없다. 따라서 원고 의료법인의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

   ① BBB은 원고 의료법인의 이사장 등의 지위에서 이 사건 요양병원을 실질적으로 운영하면서 원고 의료법인의 운영수익 등을 상당한 기간 동안 정당한 이사회 결의나 적정한 회계처리 절차 없이 부당하게 유출하였다. 이는 의료법인의 공공성과 비영리성을 일탈한 것이어서, 앞서 보았듯이 의료법 제33조 제2항 위반행위에 해당한다. 그렇지만 이와 같은 사정만으로 원고 의료법인의 모든 소득, 수익, 재산, 거래 등 과세대상이 당연히 BBB에게 실질적으로 귀속된다고 평가할 수는 없다.

   ② 구체적으로 이 사건 각 부과처분 중 법인세 부분에 관하여 본다. 이 사건 각 부과처분의 법인세는, BBB이 원고 의료법인에서 부당하게 유출한 자금에 관한 회계처리를 바로잡은 익금산입과 손금산입을 거쳐 새롭게 산정된 원고 의료법인의 소득을 과세대상으로 하였다. 이와 같이 산정된 소득에 따라 원고 의료법인의 2011 내지 2015, 2019 각 사업연도 법인세는 증액되었지만, 2016 및 2017 각 사업연도 법인세는 변동되지 않았고, 2018 사업연도 법인세는 오히려 감액(환급 증액)되었다. 이처럼 위 과세는 BBB에게 실질적으로 귀속되어야 할 소득을 그 명의자에 불과한 원고 의료법인의 소득으로 삼아 이루어진 것이 아니라, BBB이 부당하게 유출한 자금에 관한 원고 의료법인의 회계처리를 바로잡아 이루어진 것이다. 위 법인세는 BBB이 부담하여야 할 소득세를 원고 의료법인이 대신 부담하도록 한 것이 아니므로, 명의와 실질의 괴리가 있는 경우에 해당하지 않는다. BBB은 위와 같이 부당하게 유출한 자금에 관하여 법인세법 제67조에 따른 상여처분의 귀속자로서 별도의 소득세를 부담한다. BBB이 원고 의료법인의 실질적 운영자이기는 하지만, 그 구체적 운영형태나 회계처리 등에 비추어 원고 의료법인이 BBB의 개인기업에 불과할 정도로 형해화되었다고 보기는 어려우므로, 원고 의료법인에 대한 과세 자체가 부당하다고 볼 수도 없다.

   ③ 다음으로 이 사건 각 부과처분 중 부가가치세 부분에 관하여 본다. 부가가치세법상 납세의무자는, 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다. 그런데 이 사건 각 부과처분의 부가가치세는, 원고 의료법인이 이른바 사무장병원을 운영하였는데도 적법한 의료기관으로서 부가가치세 면제를 받는 것처럼 가장한 ‘의료보건 용역의 공급’을 과세대상으로 하였다. 이러한 거래행위의 당사자(공급자)는 환자와의 진료계약 등에 따라 환자에게 의료보건 용역을 공급한 원고 의료법인이지, BBB이 아니다. BBB이 원고 의료법인의 실질적 운영자이기는 하지만, 그 구체적 운영형태나 회계처리 등에 비추어 부가가치세법상으로 위 용역을 실제 공급한 사업자에 해당한다고까지 평가하기는 어렵다. BBB이 위 거래행위로 인한 수익 등을 원고 의료법인으로부터 부당하게 유출하였다고 하더라도, 그로 인한 이해관계 조정은 부가가치세 부과단계가 아닌 별도의 절차에서 이루어져야 한다.

라. 제4 주장에 대한 판단

 1) 관련 규정

 부가가치세법 제26조 제1항 제19호는, ‘국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다. 부가가치세법 시행령 제46조는, 위 법 제26조 제1항 제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다고 하면서, 각 호에서 ‘제35조 제1호 단서에 따른 진료용역’(제4호 가목) 등을 규정하고 있다. 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 단서는, 요양급여의 대상에서 제외되는 진료용역(성형수술 등)을 규정하고 있다.

 2) 구체적 판단

  원고 의료법인의 이 부분 주장은, 이 사건 각 부과처분의 부가가치세가 위 면제대상인 ‘국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역’으로 발생하였음을 전제로 한다.

  그러나 이 사건 각 부과처분의 부가가치세는, 사업자인 원고 의료법인이 환자들을 상대로 행한 의료보건 용역의 공급을 과세대상으로 한다. 국민건강보험공단은 그 거래행위의 당사자(공급자)가 아니다. 앞서 보았듯이 국민건강보험공단은 요양기관이 실시한 요양급여(진찰·치료 등)의 비용을 요양기관 청구 및 건강보험심사평가원 심사에 따라 요양기관에 지급할 뿐이다. 위 요양급여를 받은 자는 그 비용의 일부(본인일부부담금)를 부담하고(국민건강보험법 제44조), 국민건강보험공단은 나머지 정당한 비용(공단부담금)을 부담하는 것이다. 따라서 원고 의료법인의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다[이 부분 주장은, 원고 의료법인이 부가가치세법상 의료보건 용역을 공급한 것이어서 면세대상에 해당한다고 한 제2 주장과 들어맞지도 않는다].

마. 제5 주장에 대한 판단

 1) 관련 규정

  가) 국세기본법 제26조의2 제1항 본문은, 국세를 부과할 수 있는 기간(부과제척기간)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다고 규정하고 있다.

  나) 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호는, 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년을 부과제척기간으로 한다고 규정하고 있다.

  다) 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호는, 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(부정행위)로 국세를 포탈하거나 환급·공제를 받은 경우 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년을 부과제척기간으로 한다고 규정하고 있다. 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항은 위 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세범 처벌법 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다고 규정하고 있다. 조세범 처벌법 제3조 제6항은, ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다고 하면서, 각 호에서 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장’(제1호), ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’(제2호), ‘장부와 기록의 파기’(제3호), ‘재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐’(제4호), ‘고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작’(제5호), ‘조세특례제한법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작’(제6호), ‘그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위’(제7호)를 규정하고 있다.

 2) 관련 법리

  가) 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하면서(제3호), ‘납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’에는 그 부과제척기간을 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 연장하였다(제1호). 위 규정의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로 해당 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다(대법원 2021. 2. 18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결 등 참조). 따라서 위 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 않거나 허위 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결, 대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두128

판결 등 참조). 납세자가 명의를 위장하여 소득을 얻더라도, 명의위장이 조세포탈의 목적에서 비롯되고 나아가 여기에 허위 계약서의 작성과 대금의 허위지급, 과세관청에 대한 허위의 조세 신고, 허위의 등기·등록, 허위의 회계장부 작성·비치 등과 같은 적극적인 행위까지 부가되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 명의위장 사실만으로 위 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2018. 3. 29. 선고 2017두69991 판결 등 참조). 그러나 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조).

  나) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 10년의 부과제척기간이 적용되는 ‘국세’에는, 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등도 포함된다고 보아야 한다(대법원 2025. 3. 13. 선고 2024두54935 판결 등 참조).

  다) 국세 부과권의 제척기간은 조세법률관계의 신속한 확정을 목적으로 하여 설정된 제도로서 부과권의 제척기간이 만료된 날 이후에는 국세를 부과할 수 없고, 따라서 제척기간을 경과하여 한 과세처분은 당연무효가 된다(대법원 2011. 10. 27. 선고 2010두5127 판결 등 참조).

 3) 구체적 판단

  가) 이 사건 각 부과처분 중 법인세 부분

   앞서 본 사실관계, 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 사정들을 위 규정과 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 부과처분 중 법인세 부분의 부과제척기간은 10년으로 판단된다. 이 사건 각 부과처분 중 법인세 부분은 그 부과제척기간인 10년 내에 이루어졌다. 따라서 원고 의료법인의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

    ① BBB은 이 사건 요양병원을 실질적으로 운영하면서 이 사건 의료법인으로부터 20억 원이 넘는 돈을 지급받았는데, 그 회계처리를 제대로 하지 않았다. BBB은 원고 의료법인 계좌에 가지급금에 대한 인정이자 명목의 돈을 입금하였다가 다시 출금하는 등의 변칙적 회계처리를 하기도 하였다.

    ② 원고 의료법인은 위 과정에서 BBB이 개인적으로 사용한 비용을 법인의 경비로 계상하는 등 회계처리를 거짓으로 하였다.

    ③ 원고 의료법인의 위와 같은 회계처리는 법인세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로서, 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호가 정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다. 이러한 부정행위로 국세인 법인세를 포탈한 경우의 부과제척기간은 그 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년이다.

  나) 이 사건 각 부과처분 중 부가가치세 부분

   앞서 본 사실관계, 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 사정들을 위 규정과 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 부과처분 중 부가가치세 부분의 부과제척기간은 7년으로 판단된다. 따라서 이 사건 각 부과처분 중 2011년 1, 2기분, 2012년 1, 2기분, 2013년 1, 2기분, 2014년 1기분 각 부가가치세 부분은 각 부과제척기간(확정신고기한 경과로 부가가치세를 부과할 수 있는 기간)인 7년이 지난 뒤에 이루어졌으므로, 무효이다. 이 사건 각 부과처분 중 나머지 부가가치세 부분은 그 부과제척기간인 7년 내에 이루어졌다. 원고 의료법인의 이 부분 주장은 이 범위에서 이유 있다.

    ① 원고 의료법인은 이 사건 각 부과처분의 과세기간 동안 부가가치세의 과세표준과 납부세액을 과세관청에 신고하지 않았다. 이는 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 정한 ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에 해당한다. 이러한 경우의 부과제척기간은 해당 국세인 부가가치세를 부과할 수 있는 날부터 7년이다.

    ② 한편 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호가 부과제척기간 10년의 요건으로 정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하기 위하여는, 세법상 신고를 하지 않거나 명의를 위장하는 것 외에 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 있어야 한다. 그런데 부가가치세에 관하여 원고 의료법인은 의료보건 용역을 적법하게 공급한 것처럼 부가가치세를 신고하지 않았을 뿐, 그 부가가치세 면제를 위하여 회계장부를 조작하는 등의 적극적 행위를 한 것으로 보이지는 않는다.

    ③ 원고 의료법인이 앞서 보았듯이 경비를 허위로 계상하는 등 법인세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 하였다고 하여, 이를 부가가치세의 부과·징수까지 불가능·곤란하게 하는 적극적 행위로 볼 수는 없다.

바. 소결론

 이 사건 각 부과처분 중 2011년 1기분 부가가치세 250,870,929원(가산세 포함), 2011년 2기분 부가가치세 262,489,669원(가산세 포함), 2012년 1기분 부가가치세 256,722,641원(가산세 포함), 2012년 2기분 부가가치세 265,056,610원(가산세 포함), 2013년 1기분 부가가치세 315,279,146원(가산세 포함), 2013년 2기분 부가가치세 180,062,931원(가산세 포함), 2014년 1기분 부가가치세 229,251,009원(가산세 포함) 부분은 위와 같이 부과제척기간(7년)을 경과하여 위법하므로 취소되어야 한다. 이 사건 각 부과처분 중 나머지 부분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면 원고 의료법인의 청구는 위 인정 범위에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하다. 따라서 원고 의료법인의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위와 같이 취소되어야 하는 이 사건 각 부과처분 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 관한 이 사건 각 부과처분을 취소하며, 원고 의료법인의 나머지 항소는 이유없어 이를 기각하기로 한다.