[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 1968년 9월에 설립되어 OOO 관련 제품을 생산‧판매하는 법인으로, 청구법인이 생산하는 OOO 등의 판매 및 렌탈사업을 전문적으로 영위하기 위한 목적으로 2013년에 AA 주식회사(“쟁점피합병법인”이라 한다)를 설립하고, 2013년부터 2017년까지 출자 및 유상증자를 통해 쟁점피합병법인의 발행주식 전부를 OOO원에 취득하였다.

나. 청구법인은 2018.9.1. 쟁점피합병법인을 (무증자)흡수합병하고, 자본잠식(자본총액 OOO원) 상태인 쟁점피합병법인의 주식 취득가액(OOO원)을 합병등기일이 속하는 사업연도에 청구법인의 손금에 산입하여야 한다는 취지로 2024.3.28. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.5.29. 경정청구 거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점피합병법인의 설립 및 운영 경과는 다음과 같다.

  (가) 쟁점피합병법인은 아래 <표1>과 같이 2013년 설립 이후 청구법인에 흡수합병된 2018년에 이르기까지 매년 매출 규모는 성장하였음에도 불구하고, 단 한 해도 당기순이익을 기록하지 못하였으며, 2013년부터 자본잠식 상태였다.

<표1> 쟁점피합병법인의 재무 현황

 (단위 : 억원)

○○○

  (나) 청구법인은 쟁점피합병법인을 설립한 이후 흡수합병에 이르는 동안 쟁점피합병법인의 원활한 사업 진행을 위해 아래 <표2>와 같이 계속적으로 자금을 투입하였다.

<표2> 청구법인의 쟁점피합병법인에 대한 자금집행 내역

 (단위 : 억원)

○○○

  (다) 청구법인의 지속적인 자금 투입에도 불구하고, 쟁점피합병법인의 경영실적은 계속 부진하였고, 결국 청구법인은 청구법인의 영위 사업과 쟁점피합병법인의 영위 사업 간 시너지 창출 및 경영 효율화를 위한 목적으로, 자본잠식 상태인 쟁점피합병법인을 흡수합병하기로 결정하였다.

 (2) 쟁점피합병법인 주식 장부가액은 합병등기일이 속하는 사업연도에 청구법인의 손금에 산입되어야 한다.

  (가) 「법인세법」상 별도로 규정한 것을 제외하고 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생한 손실 또는 비용은 손금에 산입하는 것인바, 자회사가 자본잠식상태인 경우의 모자회사 간 무증자합병에 따라 쟁점피합병법인 주식이 소멸하여 발생한 비용(쟁점피합병법인 주식 세무상 장부가액)은 손금산입 대상이다.

   청구법인은 자본잠식상태인 쟁점피합병법인과의 합병으로 승계되는 자산보다 승계되는 부채가 더 많아, 청구법인의 순자산은 합병 승계로 인하여 오히려 감소하게 되어, 결과적으로 쟁점피합병법인 주식의 장부가액은 대체되는 자산 없이 실현(자산의 소멸)된 손익에 해당하는 것인바, 이는 「법인세법」상 청구법인의 순자산을 감소시키는 거래에 해당한다.

  (나) 자본잠식상태인 자회사에 대한 모자회사 간 무증자합병은 해당 피합병법인의 주주 입장에서는 단순 해산과 동일한 측면이 있는바, 만약 모자회사 간 무증자합병을 하지 않고 자본잠식된 자회사를 청산하였다면, 분배받을 잔여재산이 없는 피합병법인의 주주 입장에서의 취득가액은 세법상 손금에 산입되는 것으로서, 「법인세법」상 무증자합병에 따른 손금산입을 배제하는 명문 규정을 두지 않았음을 고려할 때, 청구법인이 보유한 쟁점피합병법인 주식의 장부가액은 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입되어야 한다.

  (다) 기획재정부와 국세청의 유권해석에 따르면, 자본잠식상태인 기업의 무증자합병의 경우 피합병법인 주주의 취득가액은 손금에 산입하는 것으로 해석하고 있는바(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29., 국세청 법인 46012-2392, 1999.6.25.), 이와 다른 사실관계(자본잠식상태가 아닌 일반적인 자회사의 무증자합병)를 전제로 한 유권해석(국세청 법인세과-315, 2010.3.31.)에 근거한 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.

   1) 자회사가 자본잠식상태인 경우의 무증자합병은 해당 피합병법인 주주 입장에서 단순 해산과 동일한 측면이 있으며, 만약 무증자합병을 하지 않고 자본잠식상태인 자회사를 청산하였다면, 피합병법인 주주 입장에서의 취득가액은 세법상 손금에 산입되는 것으로서 피합병법인 주주로서의 권리가 무증자합병으로 소멸되었다는 취지를 고려하여, 과거부터 기획재정부와 국세청은 자본잠식상태인 기업의 무증자합병의 경우 피합병법인 주주의 취득가액은 손금산입하는 것이라고 유권해석하여 왔다.

   2) 처분청은 국세청 유권해석(국세청 법인세과-315, 2010.3.31.)을 근거로 하여 경정청구 거부처분을 하였으나, 동 유권해석은 자본잠식상태가 아닌 자회사와의 무증자합병에 관한 유권해석으로, 완전자본잠식상태인 자회사와 무증자합병을 한 이 건에 적용할 수 없다.

 (3) 처분청 의견을 반박하면 다음과 같다.

  (가) 처분청은 법원 판례(서울고등법원 2012.2.3. 선고 2010누43466 판결)를 근거로 하여, 이 건 거래가 손익거래가 아닌 자본거래에 해당한다는 의견을 제기하였으나, 이는 다음과 같은 이유에서 부당하다.

   1) 위 법원 판례는 피합병법인이 합병 직전 3개년간 계속하여 영업이익이 발생하고 자본잠식상태에 있지 아니한 사례에 대한 판례로, 설립 이후 계속 당기순손실이 발생하여 자본잠식상태에 있는 쟁점피합병법인을 흡수합병한 이 건과 사실관계가 상이하여 이 건에 원용할 수 없다.

   2) 또한, 위 법원 판례는 「상법」 개정 전에 발생한 합병 사례에 대한 판례로, 처분청 의견은 「상법」 개정의 의미와 취지를 고려하지 않은 것이다.

   구 「상법」(2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제523조는 합병계약서에 기재하여야 할 사항으로 완전모회사의 증가할 자본금과 자본준비금, 합병 당시에 발행하는 신주의 총수 등에 관한 사항을 정하고 있어, 이에 따르면 구 「상법」상 합병의 원칙적인 형태는 유증자합병이었다. 즉, 구「상법」 규정의 해석상 합병이란 합병계약에 따라 소멸회사의 주주가 존속회사의 주주권을 취득하는 것을 의미하는 것이었고, 교부금합병과 같이 소멸회사의 주주에게 주주권은 주지 아니하면서 그 밖의 대가만을 지급하는 형태의 합병은 허용되지 않는 것이었다.

   이후 「상법」은 2011년과 2015년 두 차례 개정되었는데, 개정된 「상법」(2015.12.1. 법률 제13523호로 개정된 것)은 제523조에서 아래 <표3>과 같이 무증자합병을 합병계약의 원형이 되는 것으로 하면서, 소멸회사의 주주에게 주주권 대신 그 밖의 대가만을 지급하는 합병(교부금합병)도 허용되는 것으로 개정되었다.

<표3> 「상법」 제523조 개정 주요내용

   즉, 처분청은 청구법인이 동일한 경제적 목적(쟁점피합병법인과의 흡수합병)을 달성하기 위하여 개정「상법」상 선택 가능한 여러 형식(유증자합병, 무증자합병, 교부금합병 등) 중 무증자합병의 형식을 선택하였음에도 불구하고, 「상법」 개정 전인 2006년 발생한 합병 사례에 대한 위 법원 판례를 근거로 하여, 청구법인과 쟁점피합병법인 간의 무증자합병은 합병 후 신주(자기주식)를 할당하여 보유하다가 소각한 자본거래의 경우와 사실상 동일하다는 의견이나, 이는 앞서 살펴본 「상법」 개정의 의미와 취지를 고려하지 않은 부당한 의견이다.

나. 처분청 의견

 (1) 이 건 거래는 손익거래가 아닌 자본거래에 해당하므로, 피합병법인 주식 취득가액은 청구법인의 손금에 산입할 수 없다.

  (가) 법원은 합병법인이 합병 전 피합병법인의 주식을 보유하고 있다가 합병을 하면서 피합병법인 주식을 전부 소각한 경우에 그 소각으로 인한 손익은 자본거래라고 봄이 상당하다고 판결하였는바(서울고등법원 2012.2.3. 선고 2010누43466 판결), 동 판례는 합병법인이 합병 전에 취득한 포합주식은 합병으로 피합병법인이 소멸되므로, 포합주식에 상응하는 신주가 발행하는 등으로 합병법인의 자기주식으로 변환될 것인데, 그러하지 아니하고 이를 소각한 것은 자본환급의 성질을 가진다고 본 것이다.

  (나) 따라서, 위 법원 판례 등에 따라 모자회사 간 무증자합병으로 인해 소멸한 피합병법인의 주식 장부가액은 손익거래가 아닌 자본거래에 해당하므로, 청구법인의 손금에 산입할 수 없다.

 (2) 청구법인이 제시한 기획재정부 및 국세청 유권해석은 이 건에 원용할 수 없다.

  (가) 청구법인이 제시한 기획재정부 유권해석(법인세제과-344, 2022.8.29.)은 아래 <그림1>과 같이 자본잠식된 자회사(A)가 다른 자회사(B)에 무증자합병된 경우(자회사 간 무증자합병)로, 이 건(모자회사 간 무증자합병인)과 사실관계가 다르다.

<그림 1> 기획재정부 유권해석(법인세제과-344, 2022.8.29.)과 이 건의 사실관계 비교

○○○

  (나) 청구법인이 제시한 국세청 유권해석(법인 46012-2392, 1999.6.25.)도 아래 <그림2>와 같이 A법인이 투자하고 있는 B법인이 자본잠시 상태에서 C법인에게 흡수합병된 경우로, 이 건(모자회사 간 무증자합병인)과 사실관계가 다르다.

<그림 2> 국세청 유권해석(법인 46012-2392, 1999.6.25.)과 이 건의
사실관계 비교

○○○

  (다) 국세청은 이 건과 같이 모회사가 자본잠식상태인 완전자회사를 무증자합병한 경우, 피합병법인의 주식 취득가액은 손금에 산입하지 않는다고 명확하게 유권해석하였다(법규과-1663, 2024.6.27.).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 모회사인 청구법인이 자본잠식상태인 완전자회사를 흡수합병하는 경우, 소멸한 완전자회사의 주식 취득가액을 청구법인의 손금에 산입할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  (가) 청구법인은 2024.3.28. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.5.29. 아래 <표4>와 같이 경정청구 거부통지를 한 것으로 확인된다.

<표4> 처분청의 경정청구 처리결과 통지서(주요내용 발췌)

○○○

  (나) 청구법인은 쟁점피합병법인을 흡수합병하면서, 아래 <표5>와 같이 공시한 것으로 나타난다.

<표5> 공시내역 요약

○○○

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점피합병법인을 흡수합병하여 청구법인이 보유하고 있던 쟁점피합병법인 주식은 대체되는 자산 없이 소멸되었는바, 이는 청구법인의 순자산을 감소시키는 거래에 해당하므로, 청구법인의 쟁점피합병법인 주식 취득가액(OOO원)은 합병등기일이 속하는 사업연도에 청구법인의 손금에 산입하여야 한다고 주장하나,

  합병법인이 합병 전 피합병법인의 주식을 보유하고 있다가 합병을 하면서 피합병법인 주식을 전부 소각한 경우에 그 소각으로 인한 손익은 합병차손익에 포함된 자본거래라고 봄이 상당한바(서울고등법원 2012.2.3. 선고 2010누43466 판결, 같은 뜻임), 청구법인(모회사)과 쟁점피합병법인(자회사) 간의 무증자합병은 합병 후 신주(자기주식)를 할당하여 보유하다가 소각한 자본거래의 경우와 그 실질이 동일해 보이는 점, 「법인세법」 제17조에서도 합병으로 인하여 자본에 변동이 생기는 사항에 대해서는 자본거래로 규정하고 있는 점 등에 비추어, 모회사인 청구법인이 청구법인과 쟁점피합병법인의 합병비율을 1:0으로 하여 쟁점피합병법인의 주식에 대하여 신주를 발행하지 않는 방식으로 쟁점피합병법인을 흡수합병함으로써 쟁점피합병법인 주식은 대체되는 자산 없이 소멸되었다 하더라도, 이는 자본거래에 해당하여 피합병법인 주식 취득가액을 손금에 산입할 수 없는 것으로 판단되므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 법인세법

제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입) ① 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(算入)하지 아니한다.

5. 합병차익 : 「상법」 제174조에 따른 합병의 경우로서 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본금증가액 또는 합병에 따라 설립된 회사의 자본금을 초과한 경우의 그 초과금액. 소멸된 회사로부터 승계한 재산가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 주식가액을 초과하는 경우로서 이 법에서 익금으로 규정한 금액은 제외한다.

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병‧분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

 가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

 나. 그 밖의 경우 ： 해당 자산의 시가

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등 : 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제8호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조 제2항 제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액

③ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하는 것으로 한다.

 1. 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

 2. 법 제28조 제1항 제3호 및 같은 조 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액

 3. 유형자산의 취득과 함께 국ㆍ공채를 매입하는 경우 기업회계기준에 따라 그 국ㆍ공채의 매입가액과 현재가치의 차액을 해당 유형자산의 취득가액으로 계상한 금액

⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

 1. 법 제42조 제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액

 2. 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액

 3. 합병 또는 분할합병(제2항 제5호에 해당하는 경우는 제외한다)으로 받은 제11조 제8호에 따른 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액

 (3) 상법

(가) 2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것

제523조(흡수합병의 합병계약서) 합병할 회사의 일방이 합병후 존속하는 경우에는 합병계약서에 다음의 사항을 기재하여야 한다.

1. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 그 발행할 주식의 총수를 증가하는 때에는 그 증가할 주식의 총수, 종류와 수

2. 존속하는 회사의 증가할 자본과 준비금의 총액

3. 존속하는 회사가 합병당시에 발행하는 신주의 총수, 종류와 수 및 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에 대한 신주의 배정에 관한 사항

4. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에게 지급할 금액을 정한 때에는 그 규정

5. 각회사에서 합병의 승인결의를 할 사원 또는 주주의 총회의 기일

6. 합병을 할 날

7. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 정관을 변경하기로 정한 때에는 그 규정

8. 각 회사가 합병으로 인하여 이익의 배당 또는 제462조의3제1항의 규정에 의하여 금전으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액

9. 합병으로 인하여 존속하는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호

(나) 2011.4.14. 법률 제10600호로 개정된 것

제523조(흡수합병의 합병계약서) 합병할 회사의 일방이 합병 후 존속하는 경우에는 합병계약서에 다음의 사항을 적어야 한다.

1. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 그 발행할 주식의 총수를 증가하는 때에는 그 증가할 주식의 총수, 종류와 수

2. 존속하는 회사의 증가할 자본금과 준비금의 총액

3. 존속하는 회사가 합병당시에 발행하는 신주의 총수, 종류와 수 및 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에 대한 신주의 배정에 관한 사항

4. 존속하는 회사가 합병으로 소멸하는 회사의 주주에게 제3호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에는 그 내용 및 배정에 관한 사항

5. 각 회사에서 합병의 승인결의를 할 사원 또는 주주의 총회의 기일

6. 합병을 할 날

7. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 정관을 변경하기로 정한 때에는 그 규정

8. 각 회사가 합병으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액

9. 합병으로 인하여 존속하는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호

(다) 2015.12.1. 법률 제13523호로 개정된 것

제523조(흡수합병의 합병계약서) 합병할 회사의 일방이 합병 후 존속하는 경우에는 합병계약서에 다음의 사항을 적어야 한다.

1. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 그 발행할 주식의 총수를 증가하는 때에는 그 증가할 주식의 총수, 종류와 수

2. 존속하는 회사의 자본금 또는 준비금이 증가하는 경우에는 증가할 자본금 또는 준비금에 관한 사항

3. 존속하는 회사가 합병을 하면서 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우에는 발행하는 신주 또는 이전하는 자기주식의 총수, 종류와 수 및 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 사항

4. 존속하는 회사가 합병으로 소멸하는 회사의 주주에게 제3호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에는 그 내용 및 배정에 관한 사항

5. 각 회사에서 합병의 승인결의를 할 사원 또는 주주의 총회의 기일

6. 합병을 할 날

7. 존속하는 회사가 합병으로 인하여 정관을 변경하기로 정한 때에는 그 규정

8. 각 회사가 합병으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액

9. 합병으로 인하여 존속하는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호