[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2005.4.20. 서울특별시 강남구 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2016.5.30. 서울특별시 강남구 OOO(이하 “신규주택”이라 한다)를 취득하였고, 이후 신규주택에 대한 주택재건축정비사업 진행에 따라 2016.5.4. 사업시행인가(OOO아파트) 및 2018.4.6. 주택재건축정비사업조합에 대한 관리처분계획인가를 받았다.

  이후 신규주택의 재건축 준공(2023.11.29.)에 따라 2024.9.3.부터 신규주택에 전입(현재까지 거주 중)하여 거주하던 중 2024.9.23. 종전주택을 양도하면서 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하지 않고 양도소득세를 신고·납부한 후 2025.9.4. 청구인이 1주택(종전주택)과 1조합원입권(신규주택)을 보유하여 「소득세법」제89조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제156조의2 제4항에 따른 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다는 취지로 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 경정청구를 검토한 결과 청구인은 종전주택을 소유하던 중 조합원입주권이 아닌 신규주택을 취득한 경우에 해당하는 등 「소득세법 시행령」 제156조의2 제4항에 해당하지 않는다고 보아 2025.10.27. 경정청구 거부처분을 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 종전주택과 신규주택의 취득 및 종전주택의 양도 경위는 아래와 같다.

  (가) 청구인은 2005.4.20. 종전주택을 취득하여 소유권이전등기를 경료하였고, 2006.2.3. 종전주택으로 전입한 뒤 2024.9.3.까지 약 18년간 종전주택에서 계속 거주하였다.

  (나) 그러던 도중 2016.5.30. 신규주택을 취득하였고, 2016.5.4.과 2018.4.6.에 신규주택을 포함한 OOO동 주공아파트에 대한 주택재건축정비사업 사업시행인가와 관리처분계획인가를 각각 득하였다. 이에 따라 청구인은 2018.4.6. 신규주택과 관련한 조합원입주권을 취득하게 되었고, 신규주택이 재건축을 거쳐 2023.11.29. 준공됨에 따라 2024.9.3. 재건축이 완료된 신규주택으로 전입하여 현재까지 거주하고 있다.

  (다) 청구인은 재건축된 신규주택에 거주하던 중 2024.9.23. 종전주택을 OOO원에 양도하였고, 당초 양도소득세 신고 시 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2024.12.27. 다시 1세대 1주택 비과세 규정을 배제하는 것으로 하여 양도소득세 추가분(가산세 포함) OOO원을 수정신고·납부하였으나, 「소득세법」제89조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제156조의2 제4항에 따라 종전주택 양도시 청구인이 1세대 1주택 비과세 특례규정 적용 대상에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 하였다.

 (2) 종전주택 양도 당시 청구인은 「소득세법」에 따라 1세대 1주택 비과세 적용대상에 해당한다.

  (가) 「소득세법」 및 같은 법 시행령을 보면 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하던 중 그 주택을 양도하는 경우로서 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우, 종전주택을 취득한 날로부터 1년이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고, 그 조합원입주권을 취득한 날로부터 3년이 지나 종전주택을 양도하는 경우로써 일정한 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 비과세 특례규정을 적용한다고 명시하고 있다.

  (나) 위와 같은 규정에도 불구하고 처분청은 마치 청구인의 경우와 같이 신규주택이 조합원입주권으로 변경된 경우에는 해당 비과세 특레규정이 적용되지 않는 것으로 해석함으로써 경정청구 거부처분을 하였는바, 이는 처분청이 법적근거 없이 1세대 1주택 비과세 규정의 적용을 배제한 것이므로 위법한 처분이다.

  (다) ‘조합원입주권’이란 「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획인가로 인하여 이를 취득한 입주자의 지위를 말하는 것이고, 조합원입주권을 취득하는 경우는 조합원으로부터 조합원입주권을 양수받은 경우뿐만 아니라, 관리처분계획인가로 인하여 전환에 의한 조합원입주권을 취득한 경우도 포함한다고 「소득세법」제88조 제9호에 명시되어 있다.

  (라) 처분청이 해석한 바와 같이 조합원으로부터 조합원입주권을 양수받아 이를 취득하는 경우로 제한하여 1세대1주택 비과세규정을 적용한다고 규정한 법령이 없고, 조합원입주권으로 전환되기 이전의 주택을 취득한 후 조합원입주권으로 전환되는 경우 1세대 1주택 비과세 규정 적용을 배제한다는 규정 또한 없으므로 처분청의 이 건 거부처분은 법령에 근거가 없는 처분에 해당한다.

  (마) 즉, 청구인의 경우와 같이 종전주택을 보유하던 중 신규주택을 취득하여 신규주택이 조합원입주권으로 전환된 후 종전주택을 양도하게 되는 경우 또한 「소득세법」제89조 제2항의 단서 및 같은 법 시행령 156조의2에 따라 1세대1주택 비과세 대상에 해당하는 것이다.

  (바) 청구인은 「소득세법」 제88조 제9호에 명시된 바와 같이 신규주택이 조합원입주권으로 전환되어 조합원으로서 조합원입주권을 취득하였고, 같은 법 시행령 제156조의 2 제4항에 명시적으로 규정한 1세대 1주택 특례적용의 법률요건을 모두 갖추었는바, 처분청은 법령으로 명시된 과세요건을 갖추었는지를 확인한 뒤 법령에 부합하는 처분을 해야 한다. 헌법 제59조는 국민의 재산권을 보호하고 법적안정성과 예측가능성을 보장하기 위하여 조세법률주의를 명시하고 있다. 즉, 과세요건 법정주의에 따라 납세의무의 내용 및 한계가 법률로서 명백하게 규정되어 있는바, 위에서 살펴본 바와 같이 법률에 명시되어 있지 않음에도 처분청이 임의로 관련 법령 적용을 배제하는 것은 조세법률주의에도 명백히 반하는 위법한 처분에 해당한다.

나. 처분청 의견

 (1) 법원은 1세대 2주택 소유자가 그 중 하나의 주택을 재건축 시행하는 경우, 준공 후 준공된 새로운 주택을 기존주택의 연장으로 보아 신축주택의 취득시기는 신축되기 전 기존주택 취득일이 되는 것으로 판시(서울고등법원 2009.8.20. 선고 2008누36946 판결)한 바 있으므로 청구인의 경우와 같이 조합원입주권이 아닌 신규주택을 취득한 경우에는 조합원입주권 전환여부와 상관없이 신규주택의 당초 취득일로부터 3년 이내에 종전주택을 양도하여야만 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 있는 것이다.

 (2) 만약, 청구주장과 같이 해당 법령을 해석한다면 1주택 보유자가 1주택을 추가로 취득하게 되어 2주택을 보유하게 되는 경우 「소득세법 시행령」제155조 제1항에 따라 일시적 2주택 비과세 특례를 적용받을 수 있고, 해당 특례를 적용 받을 수 있는 기한이 지나더라도 신규 취득한 주택이 재개발 등에 따라 조합원입주권으로 전환되면 또다시 같은 영 제156조의 제2항 등에 따라 비과세 특례를 적용받을 수 있게 되는 바 이는 조세공평에도 부합하지 않는다.

 (3) 다수의 판례와 해석에서 2주택을 보유하던 1세대가 그 중 하나의 주택이 조합원입주권으로 전환되어 조합원입주권을 보유한 상태에서 나머지 주택을 양도하는 경우 「소득세법 시행령」제156조의2 제3항 및 제4항의 규정을 적용받을 수 없는 것으로 판시하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 1주택을 보유한 상태에서 취득한 주택이 관리처분계획인가에 따라 조합원입주권으로 변경되어 준공 후 해당 주택에 거주하던 중 종전주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 적용 여부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

  제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

9. “조합원입주권”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

  제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

  가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

  나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 (2) 소득세법 시행령

  제156조의2(주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례) ④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전주택”이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전주택을 취득한 날부터 1년이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 같은 항 제2호가목 및 같은 항 제3호에 해당하는 경우에는 종전주택을 취득한 날부터 1년이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 않는다.

1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 3년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것

2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 3년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구인은 종전주택을 취득하여 보유하던 중 신규주택을 취득하였고, 이후 신규주택의 재개발 진행에 따라 조합원입주권을 취득하였으며, 신규주택 관련 재개발이 완료(2023.11.29. 준공)된 후 신규주택에 전입하여 거주하던 중 2024.9.23. 종전주택을 양도하였다.

<표1> 종전주택 및 신규주택 취득 등 경과

  (나) 종전주택 양도와 관련하여 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 양도소득세 신고 및 경정청구 내역

○○○

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 종전주택과 신규주택을 보유하던 중 신규주택이 조합원입주권으로 변경된 경우 재건축 준공 이후 3년 이내에 신규주택을 양도하는 경우에도 「소득세법 시행령」제156조의2 제4항을 적용하여 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다고 주장하나,

 「소득세법 시행령」제156조의2 제4항 소정의 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우’라 함은 1세대가 1주택만을 소유한 상태에서 조합권입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우를 말하는 것인바(조심 2022서5659, 2022.10.26.), 청구인과 같이 1세대 2주택(종전주택과 신규주택)을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환되는 경우에는 이에 해당하지 않는 것으로 보이는 점, 「소득세법」에서 일정요건을 충족한 일시적 1세대 2주택자에게 비과세 규정을 적용하고 있는 이유는 1주택 소유자가 주거이전시 부득이하게 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우 1주택자와 동일하게 대우하기 위함인바, 청구인과 같이 종전주택과 재건축되기 이전 신규주택을 취득하여 보유하던 중 신규주택이 재건축된 경우에는 일시적으로 1세대가 2주택을 보유한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.