사 건 2025구단52282 양도소득세등부과처분취소

원 고 AAA

피 고 SS세무서장

변 론 종 결 2025. 8. 27.

판 결 선 고 2025. 10. 15.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 8. *. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 **,***,***원(가산세, 농어촌특별세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 쟁점법인의 토지 매수

  1) 주식회사 ccc(이하 ‘쟁점법인’이라 한다)는 2001. 1. *. 소프트웨어자문, 개발 및 공급 서비스업을 목적으로 설립되었고, 2007. 12. 31. 폐업하였다. 원고 및 원고의 배우자 MMM이 쟁점법인의 주식을 각 50%씩 소유하고, 원고는 법인의 대표자이다.

 2) 쟁점법인은 2003. 11. 10. HHH와 사이에, HHH로부터 ### 소재 다음 토지(이하 ‘### OO’로 표시, 토지 전체를 ‘### 토지’라 한다)를 **억원에 매수하기로 매매계약을 체결하였다.

(표 생략)

 3) 쟁점법인은 2003. 11. **.부터 2003. 12. **.까지 HHH에게 합계 5억 원을 지급하였다가, 2004. 2. *.부터 2005. 2. *.까지 HHH로부터 합계 *억 *,000만 원을 돌려 받았다.

나. 원고의 토지 취득 및 양도

 1) 원고는 2007. 3. 2** ### 토지 중 ### 산&& 임야 (이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 2007. 3. *.자 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마쳤다(신고된 거래가액 2,100만 원).

 2) 원고는 2021. 11. **. 이 사건 토지에 관하여, 주식회사 dd에 2021. 10.*.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

다. 이 사건 처분

 1) 원고는 이 사건 토지의 양도에 관하여, 2022. 1. *. 양도가액을 ***,***,***원, 취득가액을 ***,000,000원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

 2) 피고는 원고에 대한 2021년 귀속 양도소득세 조사 결과, 이 사건 토지의 취득가액을 &,*00만 원으로 보아 2023. 7. *. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 **,***,***원(가산세 *,***,***원 포함) 및 농어촌특별세 ***,***원(가산세 **,***원 포함)을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

 3) 원고는 불복하여 이의신청을 거쳐 심판청구를 하였으나 2024. 11. *. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제2 내지 8, 13, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

 ❶ 이 사건 토지의 취득가액은 *억 *,000만 원이다.

 ❷ 토지거래허가를 받지 못하자 쟁점법인이 원고에게 명의를 신탁하여 원고가 소유권 이전등기를 마쳤을 뿐 이 사건 토지의 실질 소유자는 쟁점법인이다.

나. 인정사실

 1) 쟁점법인은 2003. 11. *. HHH와 사이에 ### 토지에 관한 매매계약을 체결하면서, ‘골프장 건설에 대한 민원 및 제반 행정처리는 매도인 책임으로 하고, 골프장 건설에 필요한 기부체납토지는 매도인 책임하에 모든 것을 해결하고, 건축 승인업무까지 매도인 책임하에 허가를 득한다’고 매매조건을 정하였다.

 2) HHH는 LLL을 상대로 이 사건 토지에 관하여 주위적으로 소유권이전등기를 구하거나 예비적으로 매매대금 *,*00만 원의 반환을 구하는 소를 제기하였다(**지방법원 2006가단22890).

 3) 민사소송절차에서, HHH, LLL은 원고를 화해참가인으로 하여 2006. 12. *. 다음과 같이 화해하였다.

[화 해 조 항]

1. 피고는 금일 화해참가인에게 이 사건 토지를 매매대금 *,100만 원에 매도하고, 화해참가인은 이를 매수한다.

2. 화해참가인과 피고는 화해참가인이 피고에게 위1항 기재 매매대금을 이미 지급하였음을 확인한다.

3. 피고는 화해참가인에게 위1항 기재 매매를 원인으로 한 토지거래허가신청절차를 이행하고, 화해참가인이 이 사건 토지에 관하여 토지거래허가를 받는 것을 조건으로 화해참가인에게 이 사건 토지에 관하여 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행한다.

4. 원고와 피고, 화해참가인은 피고와 주식회사 ccc간에 2003. 12. *. 체결된 이 사건 토지에 대한 매매계약이 합의해제 되었음을 확인한다.

5. 원고는 이 사건 소를 취하한다.

6. 소송비용은 각자 부담한다.

 4) MMM은 2011. 6. *. HHH에게 ‘골프장 용지로 변경해 주겠다는 계약사항을 이행하지 않고, 현재까지 계약금 등도 환불하지 않은 채 장기간 방치되고 있다’는 취지로 부동산 매매계약 이행을 촉구하였다.

 5) 원고는 2021. 5. *. 이 사건 부동산에 관하여, 채권자 **신용협동조합, 채권 최고액 *,*50만 원인 근저당권설정등기를 마쳤다.

[인정근거] 갑 제3 내지 5, 9 내지 11호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

 1) 처분의 경위 및 인정사실에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 이 사건 토지의 취득가액은 거래신고된 *,100만 원으로 봄이 상당하다.

 ❶ 쟁점법인과 HHH 사이에 체결된 2003. 12. *.자 매매계약은, ### 토지 6필지에 대한 매수계약이고, 매도인 책임 하에 골프장 용지로 변경해 주는 조건이었다. HHH는 관련 민사소송 소장에서 이 사건 토지의 매수대금을 *,400만 원이라고도 주장하였다. 2003. 12. *.자 매매계약에서 이 사건 토지의 매수대금을 별도로 특정하지는 않았고, 위 매매계약 조건이 토지 형질변경 등이 포함되어 있는 점 등을 고려하면, 쟁점법인이 HHH로부터, HHH에게 지급한 *억 원 중 *억 5,000만 원만 돌려받았다고 하여, 이 사건 토지의 취득가액을 *억 5,000만 원이라고 할 수 없다.

 ❷ 재판상 화해는 확정 판결과 동일한 효력이 있고, 화해 내용에 따라 기존의 법률관계는 소멸되고 새로운 법률관계가 창설되는 효과가 있다(민사소송법 제220조, 민법 제732조 참조). HHH, LLL, 원고는 재판상 화해를 통해, 쟁점법인과 HHH 사이에 체결된 2003. 12. *.자 매매계약이 합의해제되었음을 확인하고, 이 사건 토지의 매수대금을 *,100만 원으로 정하였으며, 원고가 이 사건 토지를 매수한 것으로 정하였다.

당초 매매계약 내용, 소 제기 과정, 원고가 재판상 화해를 통해 토지거래허가를 받아 소유권이전등기까지 마친 점 등을 고려하면, HHH, LLL, 원고가 이 사건 토지에 관하여 새로운 법률관계를 창설한 것이고, 그 내용을 무효라고 할 수 없다.

 2) 처분의 경위 및 인정사실에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 이 사건 토지의 실질적인 소유자를 쟁점법인이라 할 수 없고, 원고가 소유자이다.

 ❶ 쟁점법인은 원고 및 원고 배우자가 각 50%의 지분을 소유한 회사이고, 2007년경 폐업하여 더 이상 법인으로 실체가 남아있지 않다.

 ❷ 쟁점법인이 아니라 MMM이 HHH에게 2003. 12. *.자 매매계약에 따라 지급된 금원의 반환을 독촉하였다.

 ❸ 원고는 2007년경 토지거래허가를 받고 재판상 화해에 따라 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다. 2021년경 이 사건 토지에 관하여 근저당권설정등기를 마치고 금원을 대출받기도 하였다. 원고가 장기간 토지의 소유 명의자로서 이 사건 토지를 사용, 수익하였다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.