수 원 지 방 법 원

사 건 2024구단13808 양도소득세경정거부처분취소

원 고 aaa

피 고 bbbb세무서장

판 결 선 고 2026. 3. 24.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 1. 23. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 정정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고는 2010. 12. 21. 서울 ○○구 ○○동 ○○○○외 2필지 지상 제○○동 제○○호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2021. 4. 29. 이 사건 주택을 27억 5천만원에 양도하였는데, 원고의 세대는 이 사건 주택 양도 당시 이 사건 주택을 포함하여 3개의 주택을 보유하고 있었고 이 사건 주택이 소재한 서울 ○○구는 조정대상지역으로 지정되어 있다.

나. 원고는 조정지역 내 주택을 양도하는 다주택자에 해당하여 중과세율을 적용하고장기보유특별공제 적용을 배제하여 2021. 6. 15. 피고에게 2021년 귀속 양도소득세886,846,135원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고는 2023. 11. 23. 피고에게, 이 사건 주택의 취득일이 소득세법 부칙(2008.12. 26. 법률 제9270호, 2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것, 이하 ‘이 사건 부칙’이라 한다) 제14조 제1항(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)에서 정한 ‘2009년 3월16일부터 2012년 12월 31일까지’ 이내라는 이유로 이 사건 부칙조항에 따른 특례에 따라 양도가액 9억 원 초과분에 대한 양도차익을 계산하고 기본세율 및 장기보유특별공제를 적용할 수 있어 425,073,276원을 환급하여 달라는 내용의 정정청구를 하였다.

라. 피고는 원고의 정정청구를 검토한 후 그중 기본세율 적용 주장에 관한 정정청구에 대하여 2024. 1. 18. 이 부분 정정청구를 인용한 후 원고에게 29,998,796원을 환급하였으나, 장기보유특별공제 주장에 관한 경청구에 대하여는 이 부분 경정청구를 인용할 수 없다고 보아 국세기본법 제45조의2 제3항 본문에 따른 환급기한(청구일로부터 2개월 이내)까지 환급 결정을 하지 않았다.

마. 원고는 이 사건 처분이 장기보유특별공제 주장에 관한 정정청구를 거부한 것으로 보고(이하 위 환급 기한 내 환급 결정을 하지 않은 것을 ‘이 사건 처분’이라 한다)국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 따라 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 7. 2. 기각되었다.

을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 부칙 제14조 제2항은 ‘제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유 기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.’라고 규정하고 있었는데, 이후 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 위 제14조 제2항이 삭제되었다. 법제처의 소득세법 일부 개정 이유 등을 검토하면 입법자가 다주택자에 대한 장기보유특별공제의 배제를 규정하던 이 사건 부칙 제2항을 삭제한 이유는 부동산 시장 정상화 및 주택공급 활성화를 위하여 “이 사건 부칙 제14조 제1항이 적용되는 경우에도 장기보유특별공제가 적용되도록 목적한 것”으로 보아야 한다.

결국 이 사건 부칙 제14조 제1항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여는 원칙으로 돌아가 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 부당하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 소득세법 제95조 제1항은 ‘양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.’라고 규정하고, 같은 조 제2항은 양도차익에서 공제할 ‘장기보유 특별공제액’을 규정하면서 그 본문에서 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가 및「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.’라고 규정한다. 위 규정의 문언과 형식에 의하면, 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서

정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다.

이와 같이 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정은 ‘구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 장기보유특별공제 대상이 되는 자산에서 제외하고 있고, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 주택이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에 해당함은 앞서 본 바와 같으므로, 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정에 따라 이 사건 주택의 양도에 관하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다.

2) 원고는 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제되었으므로, 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 이 사건 주택의 양도에 관하여는 원칙으로 돌아가 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 주택의 양도에 관하여 장기보유특별공제가 적

용된다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도 시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할것은 아니다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조).

나) 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙 제14조 제2항이 삭제되었을 뿐이고, 위 제14조 제2항이 삭제된 것은 당시 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정을 ‘제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다’부분을 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다’로 개정하여

다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하도록 하면서 그 개정 취지에 따르기 위한 것으로 보이므로, 위 제14조 제2항이 삭제된 것을 두고 이 사건 부칙 제14조 제1항에서 정한 기간 내에 취득한 자산에 대한 장기보유특별공제의 특례를 특별히 정한 것이라고 볼 수는 없다.

다) 이후 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 소득세법이 개정되면서 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정이 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다’에서 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다’로 개정되면서 다시 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않도록 하였고, 그 개정 소득세법의 시행과 관련하여 부칙 제1조, 제2조 제2항은 ‘양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2018. 1. 1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하고, 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문의 개정규정은 2018. 4. 1.부터 시행한다.’라고 규정하였다.

라) 이 사건의 쟁점과 동일한 쟁점이 문제가 된 관련 사건인 양도소득세 부과처분취소청구 사건(서울행정법원 2023구단78036호)에서 위 법원은 2024. 7. 17. 이 사건부칙 제14조 제1항 기간 내에 조정대상지역에서 계쟁주택을 취득한 다주택자의 계쟁주택 양도에 대하여 앞서 본 이유로 장기보유특별공제가 적용될 수 없다는 취지로 판단하였고, 이에 서울고등법원에 항소(2024누55534호)되었으나 2025. 4. 3. 항소가 기각되었으며 대법원에 상고(2025두33460호)되었으나 2025. 7. 17. 심리불속행 상고기각 판결을 받았다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.