서 울 행 정 법 원 제5부 판 결

사 건 2024구합93046 제2차납세의무자지정처분취소

원 고 1. 주식회사 AAA

     2. BBB

피 고 CCC세무서장

변 론 종 결 2025. 12. 4.

판 결 선 고 2026. 2. 12.

주 문

1. 피고가 2024. 6. 17. 원고들에 대하여 한 별지 1 표 기재 각 부과처분(가산세 포함)중 순번 12, 13, 14 기재 각 부과처분을 각 취소한다.

2. 원고들의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10은 원고들이, 1/10은 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고가 2024. 6. 17. 원고 주식회사 AAA를 소외 주식회사 DDD의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고 주식회사 AAA에 대하여 한 2022년 귀속 사업소득세(가산세 포함,이하 같다) 합계888원, 2022년 귀속 법인세 ***원, 2022년 제 1, 2기및 2023년 제1, 2기 귀속 부가가치세 합계 ***원 1) 의 각 부과처분을 취소한다.

2. 피고가 2024. 6. 17. 원고 BBB을 소외 주식회사 DDD의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고 BBB에 대하여 한 2022년 귀속 사업소득세(가산세 포함, 이하 같다) 합계***원, 2022년 귀속 법인세 ***원, 2022년 제 1, 2기 및 2023년 제1,2기 귀속 부가가치세 합계***원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 주식회사 AAA(이하 ‘원고 회사’라 한다)는 인터넷 보안서비스, 소프트웨어개발 및 공급 등을 목적으로 설립된 회사이고, 원고 BBB은 원고 회사의 대표이사이자 2015. 8. 19.경 소프트웨어 개발 및 공급 등을 목적으로 하는 주식회사 DDD(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)를 설립하고 사내이사로 취임하여 2023. 5.경까지 이 사건 회사

의 사내이사로 등기되어 있던 사람이다.

1) 원고들은 청구취지란에 ‘원고 주식회사 AAA에 대하여 한 사업소득세, 법인세, 부가가치세 합계 ***원의 부과처분 및원고 BBB에 대하여 한 사업소득세, 법인세, 부가가치세 합계 ***원의 부과처분을 취소한다’는 취지로 기재하였으나,각 귀속연도의 사업소득세, 법인세, 부가가치세 부과처분은 별개의 처분이므로 위와 같이 선해한다. 한편, 원고들은 청구취지기재란에는 위와 같이 각 부과처분의 취소를 구하는 것으로 기재하면서도, 청구원인란에는 ‘처분청이 2024. 6. 17. 원고들에게 한 제2차 납세의무자 지정 처분은 취소되어야 한다’고 기재하기도 하였으나(소장 19쪽 등), 변론 전체의 취지에 비추어 볼때, 원고들이 제2차 납세의무자임을 전제로 한 위 각 부과처분의 취소를 구하는 것으로 봄이 타당하다.

나. 피고는 이 사건 회사가 2022년 제1기 부가가치세 등을 체납하자 이 사건 회사의 재산으로 국세 등을 충당하여도 부족할 것으로 보아, 체납된 부가가치세 등의 납세의무 성립일 현재 원고들이 이 사건 회사의 발행주식 100%를 보유한 과점주주라는 전제하에 원고들을 제2차 납세의무자로 지정하고, 2024. 6. 17. 원고들에게 이 사건 회사의 2022년 귀속 사업소득세, 법인세 및 2022년 제1, 2기, 2023년 제1, 2기 부가가치세 체납(이하 이를 통틀어 ‘ 이 사건 체납액 ’이라 한다)과 관련하여 각 별지 1 표 기재와 같이 납부고지하였다(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 각 처분 ’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 관계법령

별지 2 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

가. 원고들 주장의 요지

원고들은 이 사건 체납액의 납세의무 성립 시기(2022년 및 2023년)전인 2021년경이미 이 사건 회사의 주식을 EEE에게 모두 양도하고 이 사건 회사의 공인인증서,통장, 법인인감 등도 모두 EEE에게 넘겼으며 이후 이 사건 회사에 대하여 어떠한권리도 행사한 사실이 없다. 따라서 원고들은 이 사건 체납액에 대한 제2차 납세의무자에 해당하지 않는다.

나. 관련 법리

구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제2호에서 법인의 발행주식 총수의 50%를 초과하는 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 주주집단의 일원을 과점주주라고 하여서 그에 대하여 법인의 체납국세에대한 제2차 납세의무를 지우는 것은, 그 소유주식수에 따라 주주총회에서의 의결권의행사 등을 통하여 회사경영을 사실상 지배할 가능성이 있는 지위에 있다고 보기 때문이므로, 위 규정에서 말하는 50%를 초과하는 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사할 것을 요구하는 것은 아니고, 국세의 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 보아야 할것이다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두8418 판결 참조).

주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 증명하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 증명하여야 한다(대법원 2004. 7. 9.선고 2003두1615 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2008두983 판결 참조).

다. 구체적인 판단

1) 살피건대, 앞서 든 증거, 갑 제5, 9, 21호증(가지번호 포함,이하 같다)의 각 기재및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉, ① EEE의 배우자인 FFF이 2021. 10. 12. 이 사건 회사의 대표이사로, EEE가 같은 날 이 사건 사내이사로 취임한 점, ② 이 사건 회사의 세무대리인이라는 ZZZ이 제출한 사실확인서는 ‘이 사건 회사는 2021. 10.경 법인명, 대표이사 등을 변경하면서 EEE가 운영을 하게 되었고, 이후에는 원고들로부터 이 사건 회사의 업무 및 경영과 관련하여일체의 지시나 연락을 받은 적이 없다’는 취지인 점, ③ EEE가 2022. 10.경 원고에게 ‘이 사건 회사를 그냥 매각하려 한다’는 취지로 메시지를 보내기도 한 점 등에 비추어 보면, 원고 주장과 같이 2021. 10.경부터 EEE가 이 사건 회사를 주도적으로 경영하였다고 보이기는 한다.

2) 그러나 원고들이 주장하는 위와 같은 사정들은 EEE가 2021. 10.경부터 이 사건 회사를 실질적으로 운영하였다거나 경영에 직접 관여하였다는 점을 뒷받침할 뿐인데, 이는 원고들이 과점주주 인정의 요건인 ’주주권을 행사할 수 있는 지위‘에 있다는것과는 별개의 사정이다.

앞서 든 증거 및 갑 제6, 7, 8, 26, 27호증, 을 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 위 법리에 비추어 볼 때, 원고들이 제출한 증거들과 그 주장의 사정을 모두 고려한다 하더라도, 원고들이 2021. 10.경 EEE에게 이 사건 회사의 주식을 모두 양도하여 그때부터는 단지 이 사건 회사의 형식상의 주주에 불과하였다고 볼 수 없고, 2023. 5.경까지는 이 사건 회사 주식의 100%를 보유하면서 이 사건 회사의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하였거나 이를 행사할 지위에 있다고 봄이 상당하다. 따라서 원고들이 이 사건 체납액에 관한 제2차 납세의무자에 해당함을 전제로 한 이 사건 각 처분 중 2023. 5. 이전 납세의무가 성립한 v부분은 위법하다고 볼 수 없으나, 2023. 5.경에는 이 사건 회사의 주식을 EEE에게양도한 것으로 보이므로 2023. 5. 이후 납세의무가 성립한 부분에 대하여 원고들이 제2차 납세의무자임을 전제로 한 부분은 위법하다. 따라서 원고들의 청구는 위 인정범위내에서 이유 있다.

가) 이 사건 회사가 제출한 주식등변동상황명세서에 의하면, 2016년 초 기준 원고BBB이 이 사건 회사의 사내이사이자 대표이사로 이 사건 회사 주식의 40%(2400주), JJJ이 30%(1800주), KKK가 30%(1800주)를 각 보유하고 있었는데, 이후 유상증자등을 거치고 JJJ과 KKK가 2018. 2. 22. 각 그 보유의 이 사건 회사 주식을 원고들에게 양도함으로써, 2018년 말에는 원고 회사가 76.85%(50,157주), 원고 BBB이23.15%(15,109주) 합계 100%의 주식을 보유하게 되었다. 위 2018년 이후 이 사건 회사의 주식 양도 등과 관련하여 주식ㆍ출자지분 양도명세서, 주식등변동상황명세서 등 관련 신고 내역이 존재하지 않는다. 따라서 이에 의하면 이 사건 체납액의 납세의무성립 당시인 2022년 및 2023년 원고들은 이 사건 회사의 주식 100%를 보유한 과점주주에 해당한다.

나) 원고들 주장에 의하더라도 ’EEE에게 2021. 10.경 이 사건 회사의 주식을 양도하기로 하였으나, EEE가 2023년경까지 그 주식의 매매대금을 지급하지 않았다‘는것이고, 2) 이 사건 회사의 세무대리인이라는 ZZZ이 제출한 사실확인서 역시 ’원고회사가 이 사건 회사의 주식을 EEE에게 양도하려 하였으나, EEE가 지분인수를마무리하지 않고 회사 운영에 관한 제반 권한을 취득하고 사업을 진행하였다‘는 취지이다. 따라서 원고들 주장과 제출한 증거에 의하더라도 원고들이 2021. 10.경 이미 EEE에게 이 사건 회사 주식을 모두 양도한 것이 아니라, 그 주식양도는 2023. 5.경 이루어졌던 것으로 보인다.

다) 원고들이 제출한 이 사건 회사의 주주명부에 의하면, 2021. 11. 1. 기준 원고들이 이 사건 회사의 주식을 100% 보유하고 있었으나, 2021. 11. 18.자 기준 위 주식중 25,000주는 김다인이, 20,000주는 EEE가, 20,266주는 원고 회사가 보유하고 있다고 기재되어 있고, 원고 BBB은 주주명부에 기재되어 있지 않기는 하다. 그러나 위주주명부는 그 작성 경위 등을 알기 어려운 점, 3) 2021. 11. 18.자 주주명부의 기재사항은 원고들이 제출한 2023. 5. 12.자 주식매매계약서(갑 제6호증)의 기재와도 모순되는점 4) 등에 비추어 볼 때 그대로 믿기 어렵다.

2) 조세심판원 결정문에 의하더라도, 원고들은 조세심판 단계에서도 ‘EEE가 원고들의 이 사건 회사 주식 100%를 ***원에 양수하기로 하였으나 계속 이를 미루다가 원고 BBB이 2021. 9.경 이 사건 회사와 관련된 일체의 권한과 서류를 EEE에게 넘겼고 EEE가 이 사건 회사를 2년간 운영하다가 원고들의 독촉에 의하여 2023. 5.경 주식 전부를 인수하였고, 원고들은 당초 약속한 ***만 원의 절반에 못미치는 5천만 원을 주식매매대금으로 지급받았을 뿐이다’라고 주장하였던 것으로 보인다.

라) 한편, 위 2023. 5. 12.자 주식매매계약서 및 주식매매대금 수령내역 등에 의하면 원고들은 2023. 5. 12.경 그 보유의 이 사건 회사 주식을 EEE에게 양도하고 매매대금(합계 ***원)을 수령한 것으로 보이고, 피고도 이에 관하여 ’위 증거들은이 사건 회사의 주식양도가 2023. 5. 12.에야 이루어졌음을 나타내는 증거이다‘라고 주장하였던 점, 위와 같은 주식매매계약서 및 주식매매대금 수령내역에도 불구하고 원고들이 2023. 5. 12.경 이후에도 이 사건 회사의 주주라고 인정할만한 자료가 없고 이 법원의 석명에도 불구하고 피고도 이에 대하여 별다른 주장ㆍ증명을 하지 못하고 있는점, 원고 BBB은 2023. 5. 8. 이 사건 회사의 사내이사에서 사임하였던 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 회사의 주식은 2023. 5. 12.자 주식매매계약 및 그에 따른 주식양도대금의 수령으로 모두 EEE에게 양도되었고 이로써 원고들은 더 이상 이 사건 회사의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하거나 이를 행사할 지위에 있지 않았다고 봄이 타당하다. 따라서 위 2023. 5. 12. 이후로는 원고들이 이 사건 회사의 과점주주로서제2차 납세의무자에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 원고들은 조세심판원에 행정심판을 청구할 당시에는 위 주주명부를 입수하지 못하여 제출하지 못하였으나, 이 사건 소 제기무렵인 2024. 12.경 위 주주명부를 찾아 제출하게 되었다고 주장하고 있다.

4) 2023. 5. 12.자 주식매매계약서는 원고 회사가 소유하고 있는 이 사건 회사의 주식 ***주를 EEE에게 양도한다는 것이므로, 위 2023. 5. 12.까지 원고 회사가 이 사건 회사의 주식 ***주를 보유한 주주임을 전제로 한다.

3) 따라서 이 사건 처분 중 2023. 5. 12. 이후 납세의무가 성립한 부분, 즉, 2023년제1기 부가가치세액 중 2023. 6. 30. 납세의무가 성립한 부분 및 2023년 제2기 부가가치세액 부분인 별지 1 표 기재 각 부과처분 중 순번 12, 13, 14 기재 각 부과처분은위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 주문과 같이 판결한다.