1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2022. 11. 8.1) 원고에 대하여 한 2019 사업연도 법인세 28,235,953,770원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 2. 26. 부동산개발업 등을 목적으로 설립되었다가 2019. 2. 7. 청산 종결된 프로젝트금융투자회사이다.

나. 원고는 2016. 3. 31.부터 2019. 5. 31.까지 서울 ㅇㅇ ㅇㅇㅇㅇ가 ***-* 일원의 BBB촉진지구 ***, *구역 대지 10,032㎡ 지상에 연면적 144,682.14㎡의 상업용 건물을 신축한 후 2019. 6. 28. 이를 매각하여 대금을 지급받았다.

다. 원고는 2019. 10. 23. 주주들에게 합계 92,835,399,586원을 배당한 후 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조의2 제1항 제9호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따라 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우로서 그 금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 공제된다고 보아 위 배당금을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 2019. 1. 1.부터 2019. 7. 31.까지의 사업연도 법인세 3,478,767,242원을 신고ㆍ납부하였다.

라. 서울지방국세청장은 2022. 7. 7.부터 2022. 9. 28.까지 조사대상기간을 2018 내지 2020년 사업연도로 하여 원고에 대한 법인통합조사를 실시하였고, 그 결과 원고가 이 사건 조항에서 정한 소득공제 요건을 갖추지 못하였다고 보아 피고에게 관련 과세자료를 통보하였다. 이에 따라 피고는 2022. 11. 8. 원고에게 2019 사업연도 법인세 28,235,953,770원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 6호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

법인세의 기간과세 원칙에 따라 이 사건 조항에 따른 소득공제 요건의 충족 여부는 각 사업연도별로 판단하여야 하므로 이 사건 조항에 따른 소득공제 요건이 적용되지 않는 ‘자산관리회사로부터 계속적으로 보수를 지급받고 있는 자를 이사로 둔 경우’란 ‘이사가 해당 사업연도에 계속적으로 보수를 받은 경우’를 의미하는데, 원고의 대표이사였던 aaa은 이 사건 법인세의 해당 사업연도인 2019년에 자산관리회사인 CCC 주식회사(이하 ‘CCC’라 한다)로부터 보수를 지급받지 않았으므로 소득공제의 요건이 충족되었다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 관련 규정의 내용과 그 해석 등

가) 구 법인세법 제51조의2 제1항은 ‘각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다’고 규정하면서 각 호에서 자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사(제1호), 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사 및 투자유한책임회사(제2호), 기업구조조정 투자회사법에 따른 기업구조조정투자회사(제3호) 등과 함께 ‘제1호부터 제8호까지와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것’(제9호, 이 사건 조항)을 열거하고 있고, 위 각 목의 요건 중 이 사건과 관계된 것은 바.목으로2) ’이사가 ｢기업구조조정투자회사법｣(이하 “구조조정회사법”이라 한다) 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니할 것’을 규정하고 있다. 그리고 구조조정회사법 제12조 제3호는 ‘자산관리회사로부터 계속적으로 보수를 지급받고 있는 자는 이사가 될 수 없다’고 규정하고 있다.

나) 프로젝트금융투자회사는 부동산개발사업의 효율적 추진을 위한 특수목적법인의 일종으로, 해당 시행사업에서 투자 도관체의 역할을 수행함으로써 사업 위험 및 참여주체들의 부담을 경감시키고 궁극적으로는 해당 사업을 활성화시킬 목적으로 도입된 제도이다. 그리고 구 법인세법 제51조의2는 이러한 프로젝트금융투자회사와 같은 특수목적회사가 자산의 운용을 목적으로 설립된 명목상의 회사로서 일반법인과는 달리 도관으로 기능한다는 점을 고려하여 특수목적회사가 각 목에서 정하는 요건을 갖추고 배당가능이익의 90% 이상을 배당하는 등 일정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 배당된 금액을 특수목적회사의 소득금액에서 공제하여 줌으로써 법인 단계에서 그만큼의 법인세를 부과하지 않는 대신 주주 등의 구성원 단계에서 과세하도록 하는 것이다. 결국 위 조항은 특수목적회사가 원칙적으로 과세 가능한 납세의무자임을 전제로 하면서도, 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 부동산, 자원개발 등 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정 사업을 활성화하고자 해당 사업을 추진하는 법인 단계에서는 법인이 얻은 소득 중 일정 부분에 대하여 비과세하는 방식으로 조정함으로써 특수목적회사에 대한 조세 지원을 도모하기 위한 것으로 결국 투자 활성화와 효율적인 과세를 지향하고자 함에 그 취지가 있다.

다) 이와 같은 프로젝트금융투자회사와 같은 특수목적회사에 대한 소득공제 제도의 취지 등을 고려하여 이 사건 조항은 소득공제를 받기 위한 법인요건 중 하나로‘자산관리ㆍ운용 및 처분에 관한 업무를 당해 회사에 출자한 법인 등인 자산관리회사에게 위탁할 것’을 규정하면서 관리 및 운영을 별도의 자산관리회사에서 하도록 하고있다 이 사건 조항 아.목, 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제86조의2 제5항 . 그런데 프로젝트금융투자회사의 이사가 자산관리회사로부터 계속적으로 보수를 지급받는 경우에는 이사의 독립성이 저해되어 자산관리회사의 이해관계가 프로젝트금융투자회사의 투자 및 배당정책 등에 부당한 영향을 줄 수 있고 이는 투자 활성화와 효율적인 과세라는 조세지원의 목적에도 부합하지 않으므로, 이 사건 조항 바.목은 기업구조조정투자회사와 자산관리회사 사이에 발생할 수 있는 부당내부거래의 소지를 차단하기 위하여 마련된 구조조정회사법 제12조 제3호를 준용함으로써 ‘이사가 자산관리회사로부터 계속적으로 보수를 지급받고 있는 자인 경우’ 구 법인세법 제51조의2에 따른 소득공제의 혜택을 허용하지 않고 있다. 다만 구 법인세법 시행령 제86조의2 제6항은 ‘이 사건 조항에 해당하는 법인이 제5항 제5호에 따라 신고한 후에 이사가 이 사건 조항 바.목의 요건을 충족하지 못하게 되는 경우로서 그 사유가 발생한 날부터 1개월 이내에 해당 요건을 보완하는 경우에는 그 법인은 해당 요건을 계속 충족하는 것으로 본다’고 규정함으로써 일시적으로 요건을 이탈한 경우까지 과세상 불이익을 부과하는 것은 제도의 취지에 부합하지 않는다는 점을 고려하여 사후적인 시정 기회를 부여하고 있다.

라) 이러한 프로젝트금융투자회사제도의 도입취지와 구 법인세법 제51조의2의 입법취지 및 관련 법령 문언의 체계와 내용 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 조항 바.목에서 구조조정회사법을 준용하여 ‘이사가 자산관리회사로부터 계속적으로 보수를 지급받고 있는 자인 경우’ 구 법인세법 제51조의2에 따른 소득공제의 혜택을 허용하지 않는 것은 프로젝트금융투자회사와 같은 특수목적회사 운영의 독립성을 확보하여 투자 활성화와 효율적인 과세라는 조세지원 취지에 부합하도록 하기 위한 것으로 당해 사업연도 또는 배당시점에서 일시적으로만 충족하여서는 아니되는 점, ② 만일 그와 같이 해석할 경우 해당법인이 배당을 실시하여 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도에만 위 요건을 갖추도록 함으로써 위 요건을 둔 취지를 형해화할 우려가 있는 점, ③ 이 사건 조항에서 정하는 각 목의 다른 요건들은 투자회사의 목적, 발기인, 자본금 규모 등 세제 지원의 전제가 되는 대상법인의 요건에 관한 것으로 특정 과세연도에만 갖추어서는 아니 되는 것이므로 같은 항목에 있는 ‘이사’ 요건 역시 특정 과세연도가 아닌 해당 법인이 세제 지원을 받기 위해 계속적으로 갖추어야하는 요건으로 볼 수 있는 점 등을 고려하면, 법인세의 해당 사업연도만을 기준으로 이 사건 조항 바.목의 ‘이사’ 요건 충족 여부를 판단하여야 한다고 보기는 어렵다.

2) 원고가 이 사건 조항 바.목의 요건을 갖추었는지 여부

가) 인정사실

(1) 원고는 BBB촉진지구 ***구역 도시재정비촉진사업의 건설과 운영등을 목적으로, DDD 주식회사(이하 ‘DDD’라 한다)는 BB 3구역 도시환경정비사업의 시행 등을 목적으로, CCC는 부동산 개발업 및 임대업을 목적으로 한 법인이고, 이들은 모두 EEE 소속이다. 한편 CCC는 2014. 6. 7.경부터 원고의 자산관리회사로 되어 있다.

(2) aaa은 2013. 11. 11.부터 2016. 11. 11.까지, 2017. 3. 31.부터 2019. 3. 8.까지 원고의 대표이사로 재직하였고, CCC로부터 2016. 3. 1.부터 2018. 12. 31.까지, 2020. 3. 1.부터 2020. 6. 30.까지, 2020. 10. 1.부터 현재까지, DDD로부터 2019. 1. 1.부터 2020. 2. 29.까지(다만 2019. 7. 25.에는 CCC로부터 10,959,050원을 급여 명목으로 이체받았다) 보수를 지급받았으며, 2017. 12. 31. 무렵에는 EEE의 부사장으로서 ***, ***구역을, 2018. 12. 31. 무렵부터 2020. 12. 31.무렵까지는 EEE의 사장으로서 ***, ****, ***구역 등의 업무를 총괄하였다.

(3) EEE은 법무법인(유한) FFF에 이 사건 조항에 의한 소득공제 요건에 관한 자문을 구하였고, 2019. 2. 25. ‘원고의 대표이사가 자산관리회사인 CCC로부터 계속적으로 보수를 지급받는 자에 해당하므로 소득공제의 결격사유가 있다고 볼 가능성이 상당하다. 다만 결격사유가 보완된 이후의 사업연도에는 소득공제가 가능하다고 볼 여지가 있다’라는 취지의 답변을 받았다. 이후 원고는 2019. 3. 21. ‘aaa이 2019. 3. 8. 대표이사에서 사임하고 bbb이 같은 날 대표이사로 취임하였다’고 등기하였다.

(4) aaa은 2019. 4. 29. ‘BB6-3구역 오피스사업 관련 임대차계약 동의 및 날인 요청’이라는 제목의 CCC 명의 공문에, 2019. 5. 29. ‘BB6-3-1, 2구역 4, 5월분 관리비 청구의 건’이라는 제목의 원고 명의 공문에, 2019. 6.경 ‘BB6-3-1, 2구역 PF대출 기한 전 상환 관련’이라는 제목의 원고 명의 공문에, 2019. 7.경 ‘BB6-3-1, 2구역 부동산담보신탁 매매대금계좌 유보금액 관련’이라는 제목의 원고 명의 공문에 사장으로서 각 결재하였고, 2019. 9. 20. 원고의 청산 관련한 회의에 원고의 사장 지위에서 참석하였다.

(5) bbb은 2022. 7. 19. 서울지방국세청 조사 과정에서 아래와 같이 진술하였다.

(6) aaa은 2022. 8. 8. 서울지방국세청 조사 과정에서 아래와 같이 진술하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거들, 갑 제8, 9호증, 을 제2, 3, 5, 6, 11, 12호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

나) 구체적 판단

(1) 위 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, aaa은 원고의 대표이사로 2013. 11. 11.부터 2016. 11. 11.까지, 2017. 3. 31.부터 2019. 3. 8.까지 각 재직하면서, 원고의 자산관리회사가 CCC로 변경된 2014. 6. 7. 이후인 2016. 3. 1.부터 2018. 12. 31.까지 CCC로부터 보수를 계속하여 지급받아 왔고 이는 ‘원고의 이사가 자산관리회사로부터 계속적으로 보수를 지급받은 경우’에 해당하므로 이 사건 조항 바.목의 요건을 갖추지 못하였다고 볼 수 있다.

(2) 나아가 설령 원고의 주장과 같이 원고의 이사가 이 사건 처분 대상이 되는 2019 사업연도에 자산관리회사로부터 계속적으로 보수를 지급받는 경우에만 소득공제 요건을 충족하지 못한 것으로 보아야 한다고 하더라도, ① aaa은 2019. 3. 8.까지 원고의 대표이사로 등기되어 있었을 뿐만 아니라, 원고가 대표이사를 bbb으로 변경하는 등기를 한 이후에도 aaa이 원고 명의 공문에 결재하거나 원고의 청산 관련 회의에 참석하는 등 원고의 대표이사로서 업무를 계속한 점, ② aaa이 2019. 1. 1.부터 2020. 2. 29.까지 DDD로부터 보수를 받기는 하였으나 그 업무 내용이 달라지지 않았고 그 전후로는 CCC로부터 보수를 계속 지급받아 왔으며 이 사건 조항에 따른 소득공제를 받기 위한 목적 이외에 달리 DDD로부터 보수를 지급받을 합리적인 사정 등은 없었다고 보이는 점, ③ aaa은 2019. 7. 25. CCC로부터 10,959,050원을 급여 명목으로 이체받기도 한 점 등에 비추어 보면, 원고의 이사인 aaa은 2019 사업연도에도 CCC로부터 계속적으로 보수를 지급받았다고 봄이 타당하다.

(3) 따라서 aaa은 자산관리회사인 CCC로부터 계속적으로 보수를 지급받는 원고의 이사이므로 원고가 이 사건 조항 바.목의 요건을 갖추지 못하여 소득공제를 받을 수 없다고 본 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.