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예규·판례
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판례국승
주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 비과세 특례가 인정되는 대체주택의 양도에 해당하지 않음
서울행정법원-2025-구단-52681생산일자 2025.10.29.
AI 요약
요지
원고들은 거주기간 요건을 충족하지 못하여 구 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 비과세 특례가 인정되는 대체주택의 양도라고 볼 수 없고, 가산세 감면의 정당한 사유도 인정되지 않음
상세내용

문서번호

서울행정법원-2025-구단-52681

결정유형

국승

세목

양도

생산일자

귀속연도

2018년

제목

주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 비과세 특례가 인정되는 대체주택의 양도에 해당하지 않음

요지

원고들은 거주기간 요건을 충족하지 못하여 구 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 비과세 특례가 인정되는 대체주택의 양도라고 볼 수 없고, 가산세 감면의 정당한 사유도 인정되지 않음

내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

관련법령

소득세법 제89조 【비과세 양도소득】, 소득세법 시행령 제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】, 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】

상세내용

사 건

2025구단52681 양도소득세부과처분취소

원 고

A, B

피 고

C세무서장

변 론 종 결

2025.9.24.

판 결 선 고

2025.10.29.

주 문

1. 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청구취지

피고가 2024. 2. 15. 원고 A에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 00,000,000원 포함) 및 원고 B에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 0,000,000원)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 법률상 부부이다.

나. 원고 A은 2002. 11. 30. 서울 송파구 가락동 D아파트 00동 000호를 상속받았다(이하 ‘상속주택’이라 한다). 위 D아파트는 2008. 4. 1. 사업시행인가, 2015. 1. 27. 관리처분계획인가를 거쳐, 2015. 10. 22. 착공하여 2018. 12. 28. 서울 송파구 가락동 H아파트로 준공되었다. 상속주택은 H 아파트 000동 0000호(공유지분 원고 A 70%, B 30%)로 재건축되었다(이하 ‘재건축주택’이라 한다).

다. 원고들은 2010. 8. 9. 서울 서초구 반포동 S빌라 000호(공유지분 원고 A 70%, B 30%, 이하 ‘쟁점주택’이라 한다)를 취득하여 보유하다 2018.6. 22. 쟁점주택을 양도하였다. 원고들은 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 시행령 제29242호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제155조 제2항에 따른 선순위 상속주택과 일반주택을 1개씩 소유한 1세대가 선순위 상속주택이 조합원입주권으로 전환된 후 일반주택을 양도한 경우에 해당한다는 이유로 양도소득세를 비과세로 신고하였다.

라. 피고는 상속주택이 소득세법 시행령 제155조 제2항에서 정한 선순위 상속주택에 해당하지 않는다는 이유로 1세대 비과세 특례 적용을 부인하고, 2024. 2. 15., 원고 A에게 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 00,000,000원 포함)을, 원고 B에게 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 0,000,000원)을 각 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고들은 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 12. 12. 기각결정을 받았다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

❶ 대체주택의 양도로서 비과세

원고들은 2018. 12. 31. 실제 재건축주택으로 이사하였으나 전입신고만 2019. 1. 17.에 하였다. 원고들 자녀가 학교에 적응하지 못해 알레르기서 피부질환이 생기는 등 문제가 있어 전학을 위해 2019. 12. 23. 하남시로 전출을 하면서 형식상 거주요건 1년을 다 채우지 못하였다. 실질과세원칙이나, 원고들 세대의 특별한 사정을 고려하면, 쟁점주택의 양도는 구 소득세법 시행령 제156조의2(주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례) 제5항 요건을 충족하여 비과세되어야 한다(원고들은, 구 소득세법 시행령 제155조 제2항을 적용하여 최초 비과세 신고한 것이 잘못되었다는 것에 대해 다투지 않는다).

❷ 가산세 취소

2018년 8월경 C세무서 민원담당자와 상담을 받았을 때 선순위 상속주택으로 비과세라고 안내받았고, 세무사 사무실로부터 비과세로 결정되었다고 연락을 받아 세금문제가 정리된 것으로 알았다. 2018년 10월경 C세무서 담당직원은 원고 A에게 비과세가 아니고 중과세라고 전화를 하였고, 세금고지를 할 테니 이의신청을 하라고 하였으나 세금고지를 하지 않았다. 2년 정도 지나 반포세무서로부터 비슷한 연락이 왔으나 고지가 없었다. 피고의 잘못된 안내와 늦은 부과로 대처하지 못하였다.

나. 관계 법령

별지. 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

① 원고들 사이에 자녀가 1인 있고, 원고들 세대 주민등록 변동 내용은 다음과 같다.

순번

전입일

주소

구분

1

2010.8.25.

서울특별시 서초구 반포동 S빌라

쟁점주택

2

2018. 7.3.

서울특별시 서초구 E아파트

·

3

2019.1.17.

서울특별시 송파구 H아파트

재건축주택

4

2019.12.23.

경기도 하남시 L아파트

하남시주택

5

2021.12.3.

서울특별시 송파구 H아파트

재건축주택

원고들은 2018. 12. 31. 재건축주택의 시공사로부터 ‘재건축주택의 열쇠를 인계, 인수하고 주택을 인도한다’는 내용의 주택인도증서를 받았다. 주택인도증서상 입주예정일은 2019. 1. 1.이다.

③ 원고들이 재건축주택으로 이사한 이사견적서상 운송일은 2018. 12. 31.이고, 원고들은 2019. 1. 1. 이사비용 잔금을 지급하였다.

④ 원고들은 2019. 9. 16. F와 사이에, F에게 쟁점주택을 임대기간 2019. 12. 20.부터 24개월간으로 하여 임대하기로 임대차계약을 체결하였다. F는 2019. 12. 20. 재건축주택으로 전입신고를 마쳤다.

⑤ 원고들의 자녀는 2019. 3. 4. J고등학교에 입학하였다가, 2020. 2. 13. W고등학교 1학년으로 전학하였으며, 2022. 1. 6. W고등학교를 졸업하였다.

라. 비과세 여부에 관한 판단

1) 관계 법령

소득세법 제89조 제2항 본문은 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다 그 주택을 양도하는 경우 원칙적으로 제89조 제1항의 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 않는다고 규정하고 있다. 다만 같은 항 단서는 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 예외적으로 1세대 1주택 비과세 특례를 적용한다고 규정하고 있다.

그 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제156조의2 제5항은, 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택을 취득한 경우로서 ①재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것(제1호), ②재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하여 1년 이상 계속하여 거주할 것(제2호), ③재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전에 대체주택을 양도할 것(제3호)의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보고, 같은 시행령 제154조 제1항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는다고 규정하고 있다.

즉 구 소득세법 시행령 제156조의1 제5항은, ‘재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 대체주택을 취득하는 경우’ 그 대체주택은 실제 거주를 위한 것이므로 대체주택 취득에 대해 1세대 1주택의 보유기간(2년) 및 거주기간(2년) 제한없이 대체주택의 양도에 대해 양도소득세를 비과세하기 위한 특례규정이다.

2) 관련 법리

조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게되므로 허용되어서는 아니 된다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2006.5. 25. 선고 2005다19163 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

3) 구체적 판단

처분의 경위 및 인정사실에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 쟁점주택 양도를 구 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 비과세 특례가 인정되는 대체주택의 양도라고 볼 수 없다.

❶ 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(제4조 제1항 제3호), 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세하는데(제89조), 재건축사업의 시행기간중 거주를 위하여 대체주택을 취득하는 경우 일정 요건을 갖춘 경우 비과세하여 구 소득세법 시행령 제156조의2 제5항은 명백한 특혜규정이다. 엄격해석의 원칙에 따라 조세공평의 원칙에 부합하도록 요건을 엄격하게 해석하여야 한다.

❷ 원고들은 2008. 4. 1. 사업시행인가일 후 대체주택인 쟁점주택을 취득하여 1년 이상 거주하였고, 관리처분계획에 따라 취득하는 재건축주택이 완성된 후 2년 이내에 쟁점주택을 양도하여, 구 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 제1, 3호의 요건은 충족하였다. 원고들이 2018. 12. 31. 재건축주택으로 이사하였고, 임차인이 2019. 12. 20. 재건축주택으로 전입신고를 마쳐 원고들은 2018. 12. 31.부터 2019. 12. 20.까지 재건축주택에서 거주한 것으로 볼 수 있다. 구 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 제2호 재건축주택에서 1년 이상 거주 요건을 충족하지 못하였다.

❸ 구 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 제2호 괄호 부분은 취학 등 부득이한 사유로 ‘세대원 중 일부’가 이사하지 못하는 경우도 ‘세대전원’이 이사한 것에 포함된다는 것이어서, 1년 이상 계속 거주 요건을 완화한 것은 아니다. 원고들 세대는 세대 전원이 취학 등을 이유로 1년 이상 계속 거주하지 않고 이사한 것이어서 위 괄호 부분에 포함되지 않는다.

❹ 구 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 제2호 단서는, 취학 등 사유의 ‘국외’로 출국하는 경우에도 출국사유가 해소되어 입국한 후 1년 이상 계속 거주할 것을 요구하고,출국사유 해소도 출국한 후 3년 이내로 제한하고 있다. 국외 출국의 경우도 출국 후 3년 이내 입국하고, 입국 후 1년 이상 계속 거주하여야 하여, 1년 이상 계속 거주 요건이 엄격하게 요구된다. 원고들 세대는 국외 출국이 아니어서 위 단서 부분이 적용될 수도 없다.

❺ 세대원 전원의‘국내’ 이사까지 구 소득세법 시행령 제156조의2 제5항 제2호 단서‘국외’ 출국 규정에 포함된다고 보는 것은 문언의 해석 가능한 범위를 넘어선다. 그와 같이 확대해석하면, 취학 연령의 자녀가 있는 세대에 대하여 사실상 거주기간 요건이 적용되지 않는 결과가 되거나 최소 3년이 지나 재건축주택에 거주하는 경우까지 비과세혜택을 확대하는 결과가 돼 과세형평에도 반한다.

❻ 이 사건 처분은 대체주택의 양도소득에 대해 비과세특례를 배제한 것일 뿐 중과세율을 적용하지는 않았다[세율은 35%(원고 A), 24%(원고 B). 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 기간 중 취득한 주택을 2018. 4. 1. 이후 양도(조정대상지역 내 소재)한 경우 법률 제9270호 부칙 제14조 제1항에 따라 소득세법 제104조 제1항 제1호 세율을 적용, 기획재정부 재산세제과-1422(2023. 12. 26.)]. 원고들이 적용을 주장하는 판례(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등)는 투기목적이 없어 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정에 관한 것이다. 원고들은 비과세특례의 적용이 문제될 뿐이어서, 거주기간 요건에서 10일 정도 부족하다고 하여 요건이 충족되지 않은 비과세 특례를 인정할 수 없다.

마. 가산세 부과의 취소 여부

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

2) 처분의 경위 및 인정사실에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 원고들에게 신고의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

❶ 원고들의 양도소득세 신고 당시 첨부서류에 원고들이 소득세법 시행령 제155조에 따라 비과세로 신고하게 된 ‘사실관계’가 명시되어 있다. 원고 A의 부 G의 상속개시일(2002. 11. 30.)에 구 소득세법 시행령 제155조 제1호 ‘피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택’을 원고가 상속받았는지 원고의 형이 상속받았는지는 상속재산의 등기 및 상속세 신고 과정에서 명확하게 확인이 가능하다. 원고들은 비과세 가능 여부를 잘못 판단하여 신고하였다.

❷ 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위해 취득한 대체주택의 양도에 관한 1세대 1주택 특례 규정(제156조의2 제5항)은 장기간 인정되었다(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호에서 신설). 원고들의 양도소득세 신고 당시 대체주택 양도에 관한 비과세특례 규정은 이미 존재하여, 대체주택 취득, 재건축주택으로 거주 요건에 대해 충분히 알수 있었다.

❸ 양도소득세는 납세의무자의 신고로 확정되는 세목이다. 피고 소속 공무원이 원고 A에게 어떻게 상담을 했는지 알 수 있는 증거도 없을 뿐 아니라, 그러한 안내에 상관없이 원고들이 확인하여 신고하고, 잘못이 있는 경우 경정신고도 가능하다. 이 사건 처분 전까지 원고들은 아무런 조치를 취하지 않았다.

3. 결 론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.