1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 11. 16. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 395,585,920원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2021. 7. 29. 주권비상장법인이자 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는 주식회사 메BB(이하 ‘메BB’라 한다) 주식 43,400주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 CCCCCC증권 주식회사에게 2,408,700,000원(1주당 55,500원)에 매도하였다(이하 ‘이 사건 매매’라 한다).

나. 원고는 2022. 2. 7. 피고에게 자신이 대주주가 아님을 전제로 비상장주식의 소액주주의 세율 10%를 적용하여 이 사건 매매로 인한 양도소득세를 238,709,250원으로 한 양도소득세 예정신고․납부를 하였다.

다. 피고는 2022. 11. 16. 원고에게 구 소득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호에 따라 위임된 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제167조의8 제1항 제2호 나목, 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제165조(이하 위 제167조의8 제1항 제2호 나목과 통틀어 ’이 사건 조항‘이라 한다)에 따라 순손익가치와 순자산가치를 가중평균[1주당 시가총액 = {(순손익가치 x 3) + (순자산가치 x 2)} ÷ 5]하여 평가하였을 때 이 사건 주식의 시가총액은 10억 원 이상으로서 원고가 메BB의 대주주에 해당한다는 이유로, 이 사건 주식 양도소득세의 적용 세율을 ’6,000만 원 + 25%(양도소득 과세표준 3억 원 초과 부분)‘로 하여 추가 납부세액 395,585,920원(가산세 53,022,039원 포함)을 부과하는 처분을 하였고(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 원고는 2022. 11. 22. 이를 납부하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023. 4. 19. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2022. 3. 20. 위 심판청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

   이 사건 조항은 아래와 같은 사유로 인해 무효이고, 위와 같이 무효인 이 사건 조항에 따라 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

1) 이 사건 조항은, 주권비상장법인의 주주로서 2020. 4. 1.부터 2022. 12. 31.까지의 기간 동안 주식을 양도하는 경우 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 소유하고 있는 주식의 시가총액이 10억 원 이상이면 주권비상장법인의 대주주로 보도록 정하고 있다. 그런데 대주주 요건인 직전 사업연도의 시가총액을 알기 위하여는 공시되는 회계자료 외에 당해 법인의 재무자료, 법인세 세무자료가 필요하고, 이는 3월 무렵 확정되므로, 사주가 아닌 일반 주주가 1월부터 3월 사이에 비상장주식을 매도하는 경우에는 시가총액을 구할 수 없고, 4월부터 12월 사이에는 당해 법인의 시가총액을 산출할 수 있는 재무제표, 세무조정계산서, 자산 명세서 등 관련 자료를 구하기 어려워 현실적으로 시가총액을 구할 수 없다. 즉, 사주가 아닌 일반 주주는 주식 양도 당시 대주주인지 여부를 파악하기 어려워 정확한 세율을 알 수 없는바, 이는 조세법률주의에 위반된다.

2) 소득세법은 주권비상장법인의 대주주 판단 기준을 ‘시가총액’이라는 개념을 사용하여 대통령령에 위임하였는데, 이 사건 조항은 위 ‘시가총액’의 개념을 ‘당해 주식의 종가’ 또는 그에 준하는 실제 거래가액이라는 일반적인 개념이 아닌 ‘세법상 보충적 평가액’ 방식으로 규정하고 있다. 또한 다른 세법 규정과 달리 매매사례가액 등 실제 시가가 존재하더라도 이를 인정하지 않고 오로지 보충적 평가방법에 의한 가액만을 기준으로 삼고 있다. 이는 소득세법에서 정한 ‘시가총액’의 문언적 한계를 벗어난 것이며, 모법의 규정만으로 예측가능하기 어려워 위임입법의 한계를 일탈한 것이다.

3) 위와 같이 이 사건 조항은 납세자가 양도소득세의 세율, 세액을 처분 당시 알기 어려운 상황에서 재산처분의 의사결정을 하도록 하고 있으므로, 헌법 제23조에서 정한 재산권을 침해한다.

4) 설령 이 사건 조항이 유효하다 하더라도, 이 사건 매매일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일인 2020. 12. 31. 현재 원고가 이 사건 주식의 발행인인 메BB의 대주주에 해당함(즉 이 사건 주식의 보충적 평가액이 10억 이상에 해당함)을 인정할 자료가 충분하지 아니하므로, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

 나. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

 다. 판단

   1) 조세법률주의 위반 여부

 가) 관련 법리

우리 헌법은 제38조에서 ‘모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다.’ 라고 규정하는 한편, 제59조에 ‘조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.’ 라고 규정하고 있다. 조세법률주의는 조세평등주의와 함께 조세법의 기본원칙으로서, 법률의 근거 없이는 국가는 조세를 부과·징수할 수 없고 국민은 조세의 납부를 요구당하지 않는다는 원칙이다. 이러한 조세법률주의는, 조세는 국민의 재산권을 침해하는 것이 되므로, 납세의무를 성립시키는 납세의무자, 과세물건, 과세표준, 과세기간, 세율 등의 과세요건과 조세의 부과 징수절차는 모두 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 이를 규정하여야 한다는 과세요건법정주의와 아울러 과세요건을 법률로 규정하였다고 하더라도 그 규정내용이 지나치게 추상적이고 불명확하면 과세관청의 자의적인 해석과 집행을 초래할 염려가 있으므로 그 규정내용이 명확하고 일의적이어야 한다는 과세요건 명확주의를 그 핵심적 내용으로 하고 있다. 결국 과세요건법정주의와 과세요건명확주의를 핵심내용으로 하는 조세법률주의의 이념은 과세요건을 법률로 명확하게 규정함으로써 국민의 재산권을 보장함과 동시에 국민의 경제생활에 법적 안정성과 예측가능성을 보장함에 있다[헌법재판소 2006. 2. 23. 선고 2004헌바71, 2005헌바103(병합) 결정

등 참조].

 나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 더하여 앞서 든 증거들, 을 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하여 보면, 이 사건 조항이 조세법률주의에 위배되어 무효라고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 법규범의 문언은 어느 정도 가치개념을 포함한 일반적, 규범적 개념을 사용하지 않을 수 없는 것이기 때문에 명확성 원칙이란 기본적으로 최대한이 아닌 최소한의 명확성을 요구하는 것으로서, 법 문언이 법관의 보충적인 가치판단을 통해서 그 의미 내용을 확인할 수 있고, 그러한 보충적 해석이 해석자의 개인적인 취향에 따라 좌우될 가능성이 없다면 명확성원칙에 반한다고 할 수 없다.

(2) 이 사건 조항은 2020. 4. 1.부터 2022. 12. 31.까지의 기간동안 주식을 양도하는 경우, ‘주권비상장법인의 주주로서 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 주주가 소유하는 주식의 시가총액이 10억 원 이상인 경우’를 대주주라고 규정하고 있고, 위 시가총액은 ‘순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액’으로 한다고 규정하고 있는바, 그 규정내용이 명확하고 일의적이어서 이를 해석·적용함에 있어 법적 안정성과 예측가능성을 해할 염려가 없다.

(3) 원고는, 사주가 아닌 일반 주주의 경우 주식 양도 당시 대주주인지 여부를 확인하기 어려우므로 이 사건 조항이 조세법률주의에 위반된다는 취지로 주장하나, 단지 주식양도인이 자신이 소유한 주식의 시가총액을 파악하는 것이 용이하지 않다는 이유만으로 과세요건이 명확하게 규정되지 아니하였다고 볼 수 없다.

(4) 설령 원고 주장과 같이 일반 주주의 경우 시가총액 산출을 위한 정보에 접근하기 어려운 경우가 발생한다고 하더라도, 대주주의 비상장주식 양도와 관련하여 조세법률주의의 원칙은 양도소득세 과세요건과 그 효과를 명확하고 일의적으로 규정하는 것을 의미하는 것이지, 조세법상 시가총액 산출에 관한 정보 접근권까지 제도적으로 규정하여야 하는 것을 의미하는 것은 아니다.

(5) 나아가, 주주에게는 상법 제448조(재무재표 등의 비치․공시), 제466조(주주의 회계장부열람권) 등 일정한 권리가 보장되어 있으므로, 이 사건 조항에 따른 대주주 여부를 판단함에 있어 납세자에게 어느 정도 예측가능성 및 법적안정성을 보장하고 있다. 더욱이 원고는 2021. 7. 29. 이 사건 주식을 양도하였고, 그 이전인 2021. 3.경 2020. 12. 31.을 기준으로 하는 재무제표 등이 비치되어 이 사건 매매 당시 이를 확인하는 것이 충분히 가능하였을 것으로 보이는 점, 메BB는 연결재무제표 등 자료를 공시하고 있고(법인세 관련 자료, 일자별 주식선택권의 행사가격 및 주식보상원가내역 포함. 이 사건 매매 이후 메BB에게 요청하여 교부받은 것이기는 하나, 원고는 2020. 12. 31. 기준으로 메BB의 주식가치를 평가받은 주식가치평가보고서를 제공받기도 하였다), 비상장주식 거래를 중개하는 사이트에서도 분기별, 반기별 보고서를 제공하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고는 매매가만 하더라도 24억 원에 달하는 주식을 보유한 주주로서 조금만 관심과 주의를 기울였다면 자신이 이 사건 조항에 따른 대주주에 해당하는지 여부를 충분히 예측할 수 있었을 것으로 보인다.

   2) 위임입법의 한계 일탈 여부

 가) 관련 법리

어느 시행령의 규정이 모법의 위임범위를 벗어난 것인지 여부를 판단함에 있어서 중요한 기준 중 하나는 예측가능성인바, 이는 당해 시행령의 내용이 이미 모법에서 구체적으로 위임하고 있는 사항을 규정한 것으로서 누구라도 모법 자체로부터 그 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위 내에 속한 것이어야 함을 의미한다. 이러한 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 법률의 입법 취지 등을 고려하여 관련 법조항 전체를 유기적·체계적으로 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19570 판결 등 참조)

 나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 더하여 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 조항은 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목의 위임범위 내에서 정당하게 규정된 것이라 할 것이며, 사주와 일반 주주를 불합리하게 차별한 것이라고 볼 수도 없으므로, 이 사건 조항이 모법의 위임범위를 벗어난 무효의 규정이라고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 이 사건 조항이 규율하고 있는 대상은 주식양도로서 주식양도의 형태, 방식 내지 목적은 매우 다양할 뿐만 아니라, 주식양도가 이루어지는 주식시장은 여러 가지 사회적·경제적 사정의 변화에 의하여 주가가 급등·급락하는 등 수시로 변동할 수 있다. 따라서 이 사건 조항이 규율하고 있는 대상은 지극히 다양하거나 수시로 변화하는 성질의 것으로서 이에 따라 위임의 구체성·명확성의 요건은 결과적으로 완화된다고 보아야 한다[헌법재판소 2006. 2. 23. 선고 2004헌바71, 2005헌바103(병합) 결정 등 참조].

(2) 구 소득세법 제104조 제1항 제11호의 규정은 ‘소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 주식’이라고 규정하고 있어 그 자체에서 이미 이 사건 조항에서 정하는 대주주 해당 여부를 예측할 수 있을 정도의 기준으로서 ‘소유주식의 비율·시가총액’ 등을 규정하고 있으므로, 대주주인지 여부에 대해 시가총액에 의해 결정될 수 있음을 예측할 수 있다. 또한, 구 소득세법 제99조 제1항 제4호는 비상장주식의 기준시가에 관하여 ‘상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목을 준용하여 평가한 가액’이라고 규정하고 있는데, 구 상속세 및 증여세법(2021. 12. 21. 법률 제18591호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제1항 제1호 나목은 ‘비상장주식 등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다’고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 상속세 및 증여세법 시행령(2021. 10. 19. 대통령령 제32063호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제1항은 ‘비상장주식 등은 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다’고 규정하여 이 사건 조항과 같은 방식으로 비상장주식의 시가를 평가하고 있는바, 이러한 관련 규정을 고려하여 보면, 위 ‘시가총액’에 관하여 어느 누구라도 당해 법률 그 자체로부터 대통령령 등에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있다고 봄이 상당하다.

(3) 한편, 상장주식은 주권상장시장 및 코스닥시장에 상장되어 불특정 다수에 의하여 그 시세가 결정되고, 상장주식의 특성상 시세가 조작될 위험이 크지 않으며, 불특정 다수가 거래를 지속하므로, 매매사례가액 등 시가를 인정함에 문제가 없다. 그러나 비상장주식의 경우에는 일반적으로 거래 건수가 매우 적고, 이에 따라 그 가격이 올바른 주식의 가치를 반영하지 못할 가능성이 높다. 특히 비상장주식의 경우 다수의 법인이 혈연 위주로 운영된다는 점, 그에 따라 그 시세가 비교적 급격하게 변동되고 부정확한 점 등을 고려하면, 비상장주식의 경우 매매사례가액 등 다른 평가방법을 인정하는 것이 오히려 납세자들의 예측가능성을 저해하는 요인이 될 수 있다. 따라서 이 사건 조항이 비상장회사의 주주가 보유한 시가총액을 계산할 때 보충적 평가방법만을 허용한 것은 비상장주식의 특성을 고려한 것이어서 정당한 사유가 있다고 할 것이다.

(4) 즉, 비상장주식은 공개시장에서 경쟁을 통하여 자유로이 가격이 형성되는 것이 아니고 그 가치가 수시로 변화하는 특성을 갖고 있기 때문에 시가의 판정이 매우 어려워 비상장주식의 객관적인 교환가치가 없는 경우 객관적이고 합리적인 방법으로 평가하여 가액을 결정할 수밖에 없다. 결국 비상장주식의 가액은 자산가치, 수익가치, 상대가치 등을 결합하여 객관적이고 합리성을 담보할 수 있는 가액을 도출하는 보충적 평가방법으로 산출해야 하고, 그 평가방법은 절대적인 기준이 아닌 여러 방법이 있을 수 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 조항에 따른 비상장주식의 시가총액 평가방법은 당시의 조세정책적 고려에 따라 비상장주식의 시가를 반영할 수 있는 여러 방법들 중 하나의 방법을 선택한 것이라고 할 것이며, 이렇게 평가한 비상장주식의 가액이 객관성과 합리성을 결여한다고 할 수 없다.

(5) 또한 위와 같이 비상장주식의 시가를 반영할 수 있는 방법이 다양하므로 비상장주식의 시가총액 평가방법은 조세정책적 고려에 따라 이를 선택할 수 있는 것이고, 이에 따라 구 소득세법 제99조 제1항 제4호에 의하여 준용되는 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제1항이 비상장주식의 평가방법으로 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균하여 시가를 산정하는 보충적 평가방법을 정하고 있기도 하므로, 비상장주식의 시가산정방법으로 매매사례가액 등이 아니라 보충적 평가방법을 적용하는 것이 납세의무자의 예측가능성을 벗어나거나 구 소득세법 제104조 제1항 제11호의 ‘시가총액’의 문언적 한계를 벗어난 것이라 보기도 어렵다.

   3) 납세자의 재산권 침해 여부

 가) 관련 법리

 오늘날 세원(稅源)이 극히 다양하고, 납세의무자인 국민의 담세능력에도 차이가 많을 뿐만 아니라, 조세도 국가재원의 확보라는 고전적 목적 이외에 다양한 정책적 목적으로 부과되고 있기 때문에 조세법의 영역에서는 입법자에게 광범위한 형성권이 부여되어 있다. 따라서 주식 양도소득에 대한 소득세의 입법과 관련하여서도 입법자는 모든 과세대상을 동일하게 취급할 것인가 아니면 특정 대상에 대하여는 상대적으로 높은 세율 또는 낮은 세율을 적용할 것인가, 그러한 높은 세율 또는 낮은 세율을 적용하는 대상을 무엇으로 한정할 것인가 등에 관하여 광범위한 입법형성의 자유를 갖는다(헌법재판소 2012. 4. 24. 선고 2010헌바448 결정 등 참조). 조세 관련 법률이 헌법 제38조 및 제59조에서 선언하고 있는 조세법률주의의 원칙에 따라 과세요건을 명확히 규정하고 있다 하더라도, 그 법률의 목적이나 내용이 기본권 보장의 헌법이념과 이를 뒷받침하는 과잉금지원칙 등 헌법상의 제반 원칙에도 합치되어야 하므로, 조세 관련 법률이 과잉금지원칙 등에 어긋나 국민의 재산권을 침해하는 때에는 헌법 제38조에 의한 국민의 납세의무에도 불구하고 헌법상 허용되지 아니한다(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 결정 등 참조). 다만, 오늘날에 있어서 조세는 국가의 재정수요를 충족시킨다고 하는 본래의 기능 외에도 소득의 재분배, 자원의 적정배분, 경기의 조정 등 여러 가지 기능을 가지

고 있으므로, 국민의 조세부담을 정함에 있어서 재정ㆍ경제ㆍ사회정책 등 국정전반에 걸친 종합적인 정책판단을 필요로 하고, 상장주식의 양도차익에 대하여 어느 범위까지 과세할 것인지, 특정 대상에 대하여 세율을 어떻게 정할 것인지 등에 대해서는 입법자가 당시 경제정책 등 여러 가지 상황을 고려하여 결정하는 것이 바람직하다는 점에서 비례심사의 강도는 다소 완화될 필요가 있다(헌법재판소 2011. 10. 25. 선고 2010헌바21 결정 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 더하여 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 조항은 입법자가 형성권의 범위 내에서 여러 사정들을 고려하여 규정한 것으로서 조세법률주의, 위임입법의 한계, 과잉금지원칙, 평등원칙 등에 위반하여 원고의 재산권을 침해한다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 앞서 본 바와 같이 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목 및 이 사건 조항은 그 규정내용이 명확하고 일의적이어서 이를 해석·적용함에 있어 법적 안정성과 예측가능성을 해할 염려가 없고, 이 사건 조항은 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목의 위임범위 내에서 정당하게 규정된 것이므로, 이 사건 조항이 조세법률주의에 위배된다거나 모법의 위임범위를 벗어나 무효의 규정이라고 할 수 없다.

(2) 이 사건 조항은 비상장주식을 이용한 변칙증여 방지와 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 도모하고, 대주주가 당해 사업연도에 행하는 해당 법인의 주식 양도 일체를 과세하고자 하는 것으로서 그 입법목적이 정당하고, 대주주 요건을 판단하면서 시가총액을 보충적 평가방법으로 정하도록 한 것은 이러한 입법목적을 달성하기 위한 적절한 수단에 해당한다. 또한 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목은 대주주가 아닌 자가 중소기업 주식을 양도하는 경우에 한하여 10%의 감경세율을 적용할 수 있도록 하고 있으므로, 이 사건 조항으로 인하여 원고가 대주주로서 20~25% 세율의 양도소득세를 부담하게 된다고 하더라도 이를 두고 원고에게 지나치게 가혹하거나 불합리하다고 볼 수 없고, 원고가 대주주로서 부담하는 불이익은 이 사건 조항으로 인하여 얻게 되는 비상장주식을 이용한 변칙증여 방지 및 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평이라는 공익에 비하여 균형을 상실할 정도로 크다고 할 수 없다.

(3) 비상장주식의 일정 비율 또는 일정 가액 이상의 주식을 보유한 대주주와 그렇지 아니한 주주는 일반적으로 담세력의 측면에서 현저한 차이가 있고, 대주주는 내부 정보에 대한 접근이 비교적 용이하여 향후 주가에 대한 예측이 가능하므로, 해당 회사의 주식 매매를 통한 변칙증여 가능성 또한 다른 주주에 비하여 높다는 점 등을 고려하면, 이 사건 조항이 시가총액에 따라 주주를 달리 취급하는 데에는 합리적인 이유가 있다고 보아야 한다.

(4) 헌법 제23조 제1항 후문은 “재산권의 내용과 한계는 법률로 정한다”라고 규정하고 있으며, 헌법 제38조는 “모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다”라고 규정하고 있는데, 이 사건 조항은 위와 같은 헌법상 국민의 납세의무에 기초하여 양도소득세의 세율 적용대상을 규정하고 있다. 그리고 비상장주식의 양도로 차익을 얻은 경우 그 차익 범위 내에서 담세력이 있다고 할 것이므로, 그 양도차익에 대한 세금을 부담하는 것이 조세정의나 과세형평에 부합한다.

(5) 나아가, 원고와 같이 이 사건 조항에서 정한 대주주에 해당될 정도의 규모로 비상장주식을 소유한 주주로서는 회사에 비치된 재무제표를 확인하거나 회사에 회계장부의 열람을 요청하는 등의 주주권의 행사를 통하여 조금만 관심과 주의를 기울인다면 자신이 보유한 주식의 시가총액 및 그에 따른 대주주 해당 여부를 충분히 확인할 수 있을 것으로 보인다.

   4) 원고가 메BB의 대주주에 해당하는지 여부

 가) 관련 규정 및 법리

(1) 구 소득세법 시행령 제167조의8 제1항 제2호 나목, 제3항 및 같은 시행령 제165조 제4항 제1호에 따르면, 주권비상장법인의 주주로서 2020. 4. 1.부터 2022. 12. 31.까지의 기간 동안 주식을 양도하는 경우 주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주가 소유하고 있는 해당 법인 주식의 시가총액이 10억 원 이상이면 대주주에 해당하고, 1주당 가액의 평가는 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 산정하여야 한다.

(2) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다. 그렇지만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 문제로 된 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 사건에서 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한, 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2016. 6. 10. 선고 2015두60341 판결 등 참조).

 나) 구체적 판단

(1) 원고가 2021. 7. 29. 주권비상장법인에 해당하는 메BB 주식 43,400주, 즉 이 사건 주식을 CCCCCC증권 주식회사에게 2,408,700,000원(1주당 55,500원)에 매도한 사실은 앞서 본 바와 같다.

그리고 갑 제17호증, 을 제4, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호에 따라 주권비상장법인인 메BB의 2020 사업연도 표준대차대조표, 표준손익계산서, 소득금액조정합계표(익금산입 및 손금불산입, 손금산입 및 익금불산입), 과목별 소득금액조정명세서, 주요계정명세서, 농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서, 법인세 과세표준 및 세액신고서 등을 참조하여, 2020사업연도의 소득(37,097,117,999원)을 산정한 후 접대비한도초과액(1,553,306원), 법인세(5,504,314,963원), 농어촌특별세(148,586,000원), 지방소득세(550,431,496원)를 공제하여 순손익액(30,892,232,233원)을 계산하고 이를 발행주식총수(8,288,963주)로 나누어 1주당 순손익액(3,726원)을 산정한 다음 금융실명 거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조 제1호에 따른 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률(10%)을 고려하여 산정한 순손익가치 환원율 10을 곱하여 1주당 순손익가치 평가액을 37,260원으로 결정하고, 표준대차대조표상의 자산총액(99,955,608,959원)에서 부채총액(18,590,065,929원)을 공제하여 순자산가액(81,365,543,030원)을 계산하고 이를 발행주식총수(8,288,963주)로 나누어 1주당 순자산가치 평가액을 9,816원으로 결정한 후, 위 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균하여 최종적으로 위 회사의 1주당 평가액을 26,282원으로 산정한 뒤, 여기에 원고가 보유한 이 사건 주식의 수량(43,400주)을 곱하여 2020. 12. 31. 기준 위 주식의 시가 총액을 1,140,638,900원으로 산정한 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면 이 사건 주식의 양도일, 즉 이 사건 매매가 체결된 날이 속하는 2021 사업연도의 직전 사업연도 종료일인 2020. 12. 31. 현재 보충적 평가방법에 따른 이 사건 주식의 시가총액이 1,140,638,800원에 해당하는 사실이 상당한 정도로 증명되었다고 보이므로, 특별한 사정이 없는 한 원고는 위 시점에 이 사건 주식의 발행인으로서 주권비상장법인에 해당하는 메BB의 주식을 10억 이상 보유하고 있는 대주주에 해당한다고 봄이 상당하다.

(2) 이에 대하여 원고는, 피고가 이 사건 주식에 대하여 한 보충적 평가방법에 따른 시가총액 산정과 관련하여, ① 순손익액 부분에 관하여는, ㉮ 2020 사업연도 소득에서 공제할 항목 중 지방소득세 550,431,496원이 정확한지 여부를 알 수 없고, ㉯ 잡손실 중 가산세 등 항목의 38,116,900원, 업무용승용차 감가상각비 한도초과 손금불산입액 항목의 7,552,883원이 추가로 공제되어야 하며, ② 순자산가액 부분에 관하여는, ㉮ 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 나목이 비상장법인이 발행한 주식에 대한 양도 당시 기준시가를 산정할 때 토지의 순자산가치는 장부가액이 아니라 개별공시지가에 따라 산정하도록 정하고 있는데, 피고는 메BB의 표준대차대조표(을 제4호증, 1면)에 기재된 토지의 장부가액(취득가액) 10,718,987,146원을 그대로 순자산가액에 반영한 것으로 보여 적정한 자산가치 산정이 이루어졌다고 보기 어렵고, ㉯ 자산차감항목인 대손충당금 및 부채항목인 A/S 충당부채는 아직 비용으로 확정되지 않은 것이므로, 세무회계상 대손충당금 696,109,304원은 순자산가액의 자산에 가산되어야 하고, A/S 충당부채 758,993,855원은 부채에서 차감되어야 하며, ㉰ 기업회계기준에 따라 자산이나 부채로 계상된 이연법인세자산이나 이연법인세부채는 세무회계상 자산이나 부채가 아니므로, 자산에 계상한 이연법인세자산 639,017,823원과 부채에 계상한 이연법인세부채 648,715,000원은 각각 자산 및 부채 항목에서 차감되어야 하므로, 이를 반영할 경우 이 사건 매매가 체결된 날이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일인 2020. 12. 31. 현재 이 사건 주식의 시가총액이 10억 원 이상이라고 단정할 수 없다고 주장한다.

그러나 앞서 든 증거들과 을 제6 내지 8호증의 각 기재, 이 법원의 ○○시 ○○구청장에 대한 2025. 7. 11.자 및 2025. 7. 14.자 과세정보 제출명령 회신 결과에 의하면, 메BB가 2020년 법인세로 7,743,205,959원을 신고․납부한 후 2021. 4.경 2020년 (법인)지방소득세로 765,622,050원, 농어촌특별세로 146,848,000원을 납부한 사실, 메BB는 2020년 당시 ○○ ○○구 ○○동5가 15-27 대 1,044㎡, 102-94 대 284㎡, 102-95 대 326㎡를 보유하고 있었는데, 2020년 기준시가(공시지가)에 따를 경우 위 각 토지의 가액은 합계 8,293,308,000원[= (○○ ○○구 ○○동5가 15-27 대 1,044㎡ × 2020년 공시지가 5,359,000원 = 5,594,796,000원) + (○○ ○○구 ○○동5가 102-94 대 284㎡ × 2020년 공시지가 4,233,000원 = 1,202,172,000원) + (○○ ○○구 ○○동5가 102-95 대 326㎡ × 2020년 공시지가 4,590,000원 = 1,496,340,000원)]인 사실, 메BB의 2020년 소득금액조정합계표 등에 의하면 메BB의 잡손실 중 가산세 등 항목의 비용이 38,116,900원(을 제4호증, 3, 5면), 업무용승용차 감가상각비 한도초과 손금불산입액 항목의 비용이 7,552,883원(을 제4호증, 3, 5면), 대손충당금이 696,109,304원, A/S 충당부채가 758,993,855원(을 제4호증, 5면), 이연법인세자산이 639,017,823원, 이연법인세부채가 648,715,000원(을 제4호증, 1면)인 사실을 인정할 수 있고, 이러한 인정사실에 기초하여 원고의 주장에 따라 이 사건 매매가 체결된 날이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일인 2020. 12. 31. 현재 이 사건 주식의 시가총액을 보충적 평가방법에 의하여 산정하면 1,127,445,200원(= 43,400주 × 1주당 평가액 25,978원)임이 인정되어[자세한 산정내역은 2025. 8. 20.자 피고 준비서면 3면 2.항 부분 참조, 다만 피고가 위와 같이 원고의 주장에 따라 이 사건 주식의 시가총액을 보충적 평가방법에 의하여 산정하면서 2020년 (법인)지방소득세 납부액은 실제 납부액 765,622,050원이 아니라 2020년 법인세 납부액 7,743,205,959원의 10% 상당액인 774,320,595원으로 계상하였으나, 이는 순손익액 산정과 관련하여 공제되는 금액을 늘린 것에 해당하여 원고에게 유리한 것이므로, 이를 그대로 반영하여도 위와 같은 결론에 지장을 주지 않는다], 주권비상장법인의 대주주 기준을 초과하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 결국 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

 라. 소결론

   따라서 이 사건 조항이 조세법률주의를 위반하거나, 위임입법 한계를 일탈하거나, 납세자의 재산권을 침해하여 위법․무효인 조항이라고 볼 수 없고, 이 사건 매매가 체결될 당시 원고가 메BB의 대주주에 해당하므로, 이러한 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.