1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 6. 16. 원고에 대하여 한 2016년 제2기분 부가가치세 7,430,230원(가산세 포함), 2017년 제1기분 부가가치세 18,203,990원(가산세 포함), 2017년 제2기분 부가가치세 1,290,900원(가산세 포함), 2018년 제1기분 부가가치세 2,826,490원(가산세 포함), 2018년 제2기분 부가가치세 5,001,000원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2016. 2. 19.1) 제조업을 주업종으로 설립된 법인으로, 전자부품 제조업을 영위하다가 2019. 10. 31. 직권 폐업되었다.

나. 원고는 2016년 제2기부터 2018년 제2기 부가가치세 과세기간에 ㈜제BBBBB 외 18개 업체에 공급가액 합계 1,823,913,637원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발급하고, ㈜에CCCCC 외 14개 업체로부터 공급가액 합계 1,464,800,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 하고, 이 사건 매출세금계산서와 합하여 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하는 각 거래에 관하여 위 각 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하였다.

다. 피고는 원고에 대하여 2023. 3. 1부터 2023. 4. 21.까지 ‘부가가치세 일반세목별 조사’를 실시하여(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다), 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 수수한 거짓세금계산서로 판단하고, 2023. 6. 16. 원고에 대하여 2016년 제2기분 부가가치세 7,430,230원(가산세 포함), 2017년 제1기분 부가가치세 18,203,990원(가산세 포함), 2017년 제2기분 부가가치세 1,290,900원(가산세 포함), 2018년 제1기분 부가가치세 2,826,490원(가산세 포함), 2018년 제2기분 부가가치세 5,001,000원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)

라. 원고에는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2024. 2. 15. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2024. 5. 29. 위 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제2, 4, 5호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

1) 피고는 이 사건 세무조사를 위한 세무조사통지를 공시송달의 방법으로 하였는데, 위 공시송달이 위법하므로, 이 사건 세무조사는 위법하고, 그에 근거한 이 사건 각 처분도 위법하다.

2) 이 사건 세금계산서는 실물거래에 기초한 적법한 것이다.

 나. 세무조사통지서의 공시송달과 이 사건 세무조사의 위법 여부

   세무공무원은 국세기본법 제81조의7 제1항에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시할 때, 사전통지 사항, 사전통지를 하지 아니한 사유, 그 밖에 세무조사의 개시와 관련된 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 하나, 납세자가 세무조사 대상이 된 사업을 폐업한 경우 등에는 그러하지 아니하다(국세기본법 제81조의7 제6항 제1호, 국세기본법 시행령 제63조의6 제2항 제1호).

   살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고의 사업은 이 사건 세무조사 전인 2019. 10. 31. 직권 폐업되어, 위 규정에 따라 세무조사통지서를 납세자에게 교부하지 않아도 되는 예외에 해당하므로, 공시송달을 포함하여 세무조사통지서의 송달 절차에 하자가 있더라도 그로 인하여 이 사건 세무조사가 위법하여지는 것은 아니다. 따라서 이 부분 원고의 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다[국세청 훈령인 조사사무처리규정 제21조 제4항은 ‘납세자가 세무조사 대상이 된 사업을 폐업한 경우’에도 세무조사 통지서류를 송달하도록 정하고 있으나, 위 조사사무처리규정은 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어려우므로, 피고가 이 사건 세무조사를 함에 있어 위 규정에 정한 세무조사 통지 서류의 송달을 하지 않았거나 그 송달 절차에 하자가 있다고 하더라도 그러한 사유만으로 이 사건 처분을 위법하다고 볼 수 없다(상고를 심리불속행으로 기각한 대법원 2009. 4. 23.자 2009두2580 판결의 원심인 서울고등법원 2008. 12. 19. 선고 2007두34707 판결 참조)].

 다. 이 사건 세금계산서가 거짓세금계산서인지 여부

   민사재판에 있어서는 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것이 아니라고 하더라도 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 유력한 증거자료가 되므로 민사재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실을 인정할 수 없다(대법원 1996. 5. 28. 선고 96다9621 판결, 대법원 2009. 2. 12. 선고 2007다71233 판결 등 참조). 이는 민사소송법 규정이 준용되는 행정재판에 있어서도 마찬가지이다.

   살피건대, 을 제3, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고에 대하여 원고가 발급하거나 수취한 이 사건 세금계산서가 모두 재화나 용역의 공급 사실이 없는 허위의 세금계산서라는 취지의 유죄판결이 선고되어 확정된 사실(인천지방법원 부천지원 2024. 7. 5. 선고 2023고합215 판결, 서울고등법원 2025. 4. 17. 선고 2024노2002 판결 등)이 인정되는바, 갑 제5 내지 29호증의 각 기재만으로는 위 형사확정판결에서 유죄로 인정한 사실을 뒤집기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서가 아님을 전제로 한 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

4. 결론

 그렇다면, 원고의 청구를 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.