1. 피고가 202X. X. XX. 원고에게 한 201X년 법인세 XXX,XXX,XXX원, 202X년 법인세 XX,XXX,XXX원, 201X년 1기분 부가가치세 XXX,XXX,XXX원의 각 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 이 사건 신탁계약 및 이 사건 최초 도급계약의 체결

1) 유한회사 BBBBBB(이하 ‘이 사건 위탁회사’라 한다)은 〇〇시 〇〇구 〇〇

동 XXXX 대 X,XXX㎡ 지상에 X개동 XX세대의 연립주택 및 부대시설(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)하여 분양하는 사업을 시행하기 위하여,201X. XX. XX. 주식회사 CCCCCC(이하 ‘이 사건 신탁회사’라 한다), DDDDDDDDD 주식회사(이하 ‘이 사건 대출금융기관’이라 한다), EEEE 주식회사(이하 ‘이 사건 시공회사’라 한다. 당초 주식회사 FFFFFF이었으나, 201X. X. XX. 계약당사자의 지위를 승계받았다)와 사이에 이 사건 대출금융기관을 1순위 우선수익자, 이 사건 시공회사를 2순위 우선수익자로 하는 관리형 토지신탁계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건신탁계약’이라 한다).

2) 이 사건 시공회사는 201X. X. XX. 이 사건 위탁회사와 사이에 공사대금X,XXX,XXX,XXX원(부가가치세 포함)에 이 사건 공사를 도급받기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 최초 도급계약’이라 한다)을 체결하였고, 이 사건 신탁회사는 201X. X. XX. 이 사건 위탁회사의 이 사건 최초 도급계약상 도급인 지위를 신탁재산의 범위 내에서 승계받기로 하는 계약을 체결하였다.

나. 이 사건 하도급계약 및 이 사건 직불합의의 체결

1) 원고는 인테리어 디자인업 등을 영위하는 회사로서 201X. X. XX. 이 사건 시공

회사와 사이에 이 사건 공사 중 인테리어 공사 부분을 하도급대금 X,XXX,XXX,XXX원(201X. XX. XX. 증액된 금액을 기재하였다)에 하도급받기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 하도급계약’이라 한다)을 체결하였다.

2) 원고는 이 사건 하도급계약을 체결할 무렵 이 사건 위탁회사, 이 사건 신탁회

사, 이 사건 시공회사와 사이에 원고가 이 사건 신탁회사로부터 이 사건 하도급계약상 공사대금을 직접 지급받기로 하는 내용의 합의(이하 ‘이 사건 직불합의’라 한다)를 하면서, 이 사건 신탁회사에 아래와 같은 내용의 확약서를 작성해주었다.

다. 이 사건 변경 도급계약의 체결 및 이 사건 최초 도급계약상 공사대금 지급

1) 이 사건 시공회사는 201X. X. XX.부터 201X. X. XX.까지 이 사건 위탁회사와 사이에 3차례에 걸쳐 이 사건 최초 도급계약의 공사대금을 XX,XXX,XXX,XXX원(부가가치세포함)으로 증액하기로 하는 계약을 체결하였으나(이하 ‘이 사건 변경 도급계약’이라 한다), 이 사건 신탁회사, 이 사건 대출금융기관으로부터 공사대금 증액에 관한 동의를받지는 못하였다.

2) 이 사건 건물은 201X. X. X. 준공되었다. 이 사건 신탁회사는 201X. X. XX.까지 원고에게 X,XXX,XXX,XXX원을 지급하는 등 이 사건 공사의 하수급인들에게 이 사건 최초 도급계약의 공사대금 X,XXX,XXX,XXX원을 초과하는 돈을 지급하였다.

라. 이 사건 시공회사의 공사대금 소송 패소 확정

1) 이 사건 시공회사는 201X. X. X. 서울중앙지방법원 201X가합XXXXXX호로 이 사건 신탁회사를 상대로는 이 사건 변경 도급계약상 공사대금 XX,XXX,XXX,XXX원 중 일부인 X,XXX,XXX,XXX원의 지급을 구하고, 이 사건 위탁회사, 이 사건 대출금융기관을 상대로는 이 사건 신탁회사가 이 사건 시공회사에게 위 X,XXX,XXX,XXX원을 지급하는 데 각 동의를 구하는 소송을 제기하였다.

2) 위 법원은 201X. X. X. 이 사건 시공회사의 이 사건 위탁회사에 대한 청구는 자백간주를 이유로 인용하였으나, 이 사건 신탁회사, 이 사건 대출금융기관에 대한 각 청구는 이 사건 신탁회사가 이 사건 최초 도급계약상 공사대금 이상의 금전지급의무를 부담하지 않는다는 이유로 기각하였고, 이 사건 시공회사가 항소를 제기하였다가 취하하여 위 판결이 그대로 확정되었다(이하 ‘제1 소송’이라 한다).

마. 이 사건 신탁수익의 배당 및 이 사건 위탁회사의 폐업

1) 이 사건 신탁회사는 이 사건 건물을 모두 분양한 후 201X. X. XX. 1순위 우선수익자인 이 사건 대출금융기관에게 신탁계좌에 남아있던 XX,XXX,XXX,XXX원 전부를 지급하였다.

2) 이 사건 위탁회사는 201X. XX. XX. 사업자등록을 폐업 처리하였다.

바. 원고의 불법행위 손해배상 소송 패소 확정

1) 원고는 이 사건 시공회사의 불법행위로 원고가 이 사건 하도급계약의 하도급대금 X,XXX,XXX,XXX원(=하도급대금X,XXX,XXX,XXX원 – 기지급대금 X,XXX,XXX,XXX원, 이하‘이 사건 금원’이라 한다)을 지급받지 못하였다고 주장하면서, 201X. X. XX. 서울남부지방법원 201X가합XXXXXX호로 이 사건 시공회사를 상대로 불법행위를 원인으로 이 사건 금원의 지급을 구하는 소송을 제기하였다.

2) 위 법원은 201X. XX. XX. 원고와 이 사건 시공회사 사이에 부제소합의가 있었다는 이유로 원고의 소를 각하하였고, 원고가 항소를 제기하였다가 취하하여 위 판결이그대로 확정되었다(이하 ‘제2 소송’이라 한다).

사. 원고 등의 하도급대금 및 부당이득반환 소송 패소 확정

1) 원고를 비롯한 이 사건 공사의 하수급인들은 201X. X. XX. 서울중앙지방법원

201X가합XXXXXX호로 주위적으로 이 사건 신탁회사를 상대로는 이 사건 변경 도급계약상 공사대금의 한도 내에서 각 하도급계약상 하도급대금 중 미지급된 부분(원고의 경우 이 사건 금원)의 지급을 구하고, 이 사건 위탁회사, 이 사건 대출금융기관을 상대로는 위 금원 지급에 대한 동의2)를 구하면서, 제1 예비적으로 이 사건 신탁회사, 이 사건 대출금융기관을 상대로 사용자책임을 원인으로 위 금원의 지급을 구하고, 제2 예비적으로 이 사건 시공회사를 상대로 부당이득을 원인으로 위 금원의 지급을 구하는 소송을 제기하였다.

2) 위 법원은 202X. X. XX. 이 사건 공사의 하수급인들과 이 사건 시공회사 사이에 각 부제소합의가 있었다는 이유로 이 사건 시공회사에 대한 소를 각하하면서 이 사건 신탁회사, 이 사건 위탁회사, 이 사건 대출금융기관에 대한 청구를 모두 기각하였다.

원고를 비롯한 이 사건 공사의 하수급인들은 서울고등법원 202X나XXXXXXX호로 항소하였고, 위 법원은 202X. X. XX. 위 소송이 부제소합의의 대상이나 그 효력 범위에 포함되지 않는다는 이유로 이 사건 시공회사에 대한 청구를 인용하고, 자백간주를 이유로 이 사건 위탁회사에 대한 청구를 인용하되, 이 사건 신탁회사, 이 사건 대출금융기관에 대한 청구는 모두 받아들이지 않았다.

원고를 비롯한 이 사건 공사의 하수급인들과 이 사건 시공회사가 대법원 202X다

XXXXXX호로 상고하였고, 위 법원은 202X. X. XX. 원고를 비롯한 이 사건 공사의 하수급인들의 상고를 모두 기각하면서, 이 사건 공사의 하수급인들이 이 사건 위탁회사와 직불합의를 하면서 이 사건 시공회사에게 이 사건 공사와 관련한 모든 사항에 관하여 부제소합의를 하였다고 볼 수 있다는 이유로, 이 사건 시공회사의 패소 부분을 파기ㆍ환송하였다.

환송 후 항소심법원(서울고등법원 202X나XXXXXXX호)은 202X. X. XX. 위 대법원판결의 취지에 따라 이 사건 시공회사에 대한 소를 각하하였고, 위 판결이 그대로 확정되었다(이하 ‘제3 소송’이라 한다).

아. 원고의 경정청구에 대한 거부처분

1) 당초 원고는 201X. X. XX. 이 사건 하도급계약의 공사를 완료한 후, 이 사건 금

원을 각 과세표준에 포함하여 201X년 법인세, 201X년 1기분 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

2) 원고는 이 사건 하도급계약상 하도급대금 중 미지급된 X,XXX,XXX,XXX원이 도

급받은 자의 공사에 관한 채권으로 201X. X. XX. 민법 제163조 제3호가 정한 3년의 단기소멸시효가 완성되었다고 주장하면서, 202X. X. XX. 피고에게 법인세법상 201X년 대손금으로 손금산입하여 201X년 법인세 XXX,XXX,XXX원, 202X년 법인세 XX,XXX,XXX원을 환급하고, 부가가치세법상 대손세액 공제를 적용하여 201X년 1기분 부가가치세 XXX,XXX,XXX원을 환급하여 달라는 각 경정청구를 하였다.

3) 피고는 이 사건 금원은 제3 소송의 판결에 의하여 확정된 채권으로 민법 제165

조 제1항에 따라 10년의 소멸시효기간이 적용된다는 이유로, 202X. X. XX. 원고의 각 경정청구를 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

원고는 이 사건 처분에 불복하여 202X. X. XX. 조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은 202X. X. X. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12, 23 내지 35호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법령

1) 법인세법 제19조의2 제1항, 같은 법 시행령 제19조의2 제1항 제1호, 부가가치

세법 제45조 제1항, 같은 법 시행령 제87조 제1항 제1호는 ‘상법에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금’을 법인세법상 대손금의 손금산입 사유이자 부가가치세법상 대손세액 공제사유로 규정하고 있고, 상법 제64조는 본문에서 상행위로 인한 채권의 소멸시효기간을 5년으로 정하되 단서에서 다른 법령에 이보다 단기의 시효의 규정이 있는 때에는 그 규정에 의한다고 규정하고 있는데, 민법 제163조 제3호는 도급받은 자의 공사에 관한 채권의 소멸시효기간을 3년으로 규정하고 있다.2) 한편 민법 제165조 제1항은 판결에 의하여 확정된 채권은 단기의 소멸시효에 해당한 것이라도 그 소멸시효는 10년으로 한다고 규정하고 있는데, 위 규정에 따라 채권이 확정되었다고 하려면 그 채권의 존부가 소송물이 되어야 한다.

나. 판단

1) 이 사건 금원은 민법 제163조 제3호가 정한 ‘도급받은 자의 공사에 관한 채권’

에 해당하고, 원고가 201X. X. XX. 이 사건 하도급계약의 공사를 마쳤으므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 금원은 그로부터 3년이 경과한 201X. X. XX. 시효완성으로 소멸하였다.

2) 이에 대하여 피고는 제3 소송의 판결에 의하여 이 사건 금원의 소멸시효기간이

10년으로 연장되었다고 주장하나, 제3 소송의 판결에 의하여 확정된 채권은 이 사건 위탁회사가 원고에게 이 사건 신탁회사에 대하여 (신탁재산의 범위 내에서) 이 사건 금원 인출 요청의 의사표시를 할 의무가 있다는 것일 뿐이고, 이 사건 위탁회사가 원고에게 이 사건 금원을 고유재산으로 지급할 의무가 있다는 것이 아니다.

또한 확정판결의 기판력은 그 판결의 주문에 포함된 것, 즉 소송물로 주장된 법률

관계의 존부에 관한 판단의 결론 그 자체에만 생기는 것이고, 판결이유에 설시된 그 전제가 되는 법률관계의 존부에까지 미치는 것이 아니므로(대법원 2010. 12. 23. 선고2010다58889 판결 참조), 제3 소송에서 자백간주를 이유로 이 사건 위탁회사에 대한 청구를 인용한 판결의 이유 부분에 ‘이 사건 신탁회사가 원고에게 이 사건 금원을 지급할 의무가 있다’는 기재가 있다고 하여 이 사건 신탁회사가 원고에게 이 사건 금원을 지급할 의무가 있다고 볼 수는 없고, 오히려 같은 소송에서 이 사건 신탁회사에 대한 청구를 기각하는 판결이 확정되었으므로, ‘이 사건 신탁회사가 원고에게 이 사건 금원을 지급할 의무가 없다’는 점에 관하여 기판력이 발생하였다.

따라서 피고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

3) 한편 민법 제170조 제1항은 ‘재판상의 청구는 소송의 각하, 기각 또는 취하의

경우에는 시효중단의 효력이 없다’고 정하고 있으므로, 원고가 제2, 3소송에서 이 사건 시공회사를 상대로 이 사건 금원의 지급을 구하였다가 각 각하판결을 받고, 제3 소송에서 이 사건 신탁회사를 상대로 이 사건 금원의 지급을 구하였다가 기각판결을 받은 것을 두고 시효중단의 효력이 인정된다고 볼 수는 없고, 그로부터 6개월 내에 재판상 청구 등을 하지 않은 이상 민법 제170조 제2항에 따라 시효중단의 효력이 인정된다고 볼 수도 없다.

4) 피고는 소멸시효 완성이 법인세법상 대손금의 손금산입 사유 또는 부가가치세

법상 대손세액 공제사유가 되려면 납세의무자인 원고가 소멸시효 완성 이전에 해당 채권의 회수를 위한 최선의 노력을 다하였음이 증명되어야 한다고도 주장하나, 법인세법 제19조의2 제1항, 같은 법 시행령 제19조의2 제1항 제1호, 부가가치세법 제45조 제1항, 같은 법 시행령 제87조 제1항 제1호는 ‘상법에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금’을 법인세법상 대손금의 손금산입 사유이자 부가가치세법상 대손세액 공제사유로 규정하고 있을 뿐이므로, 조세법률주의의 엄격해석 원칙에 비추어 피고의 위 주장을 받아들이기 어렵다(부가가치세법상 대손세액 공제사유로 규정하는 ‘채무자의 파산으로 회수할 수 없는 채권’이란 채무자의 파산으로 인하여 채권 전부의 회수불능 사실이 객관적으로 확정된 채권을 의미하는 것으로, 납세의무자가 해당 채권의 회수를 임의로 포기한 것이라는 등의 특별한 사정이 없는 한 구체적인 사안에서 채권의 회수불능 사실이 객관적으로 확정되기 이전에 이를 회수할 가능성이 있었다는 사정만으로그 적용이 부정된다고 할 수는 없다고 판단한 대법원 2025. 9. 11. 선고 2024두60435판결 참조).

5) 이 사건 금원은 시효완성으로 소멸하여 법인세법상 대손금의 손금산입 사유와

부가가치세법상 대손세액 공제사유가 모두 인정된다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.