1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고는 원고에게

가. 5,460,733,754원 및 이에 대하여 2012. 6. 1.부터 2013. 2. 28.까지는 연 4%의, 2013. 3. 1.부터 2014. 3. 13.까지는 연 3.4%의, 2014. 3. 14.부터 2015. 3. 5.까지는 연2.9%의, 2015. 3. 6.부터 2016. 3. 6.까지는 연 2.5%의, 2016. 3. 7.부터 2017. 3. 14.까지는 연 1.8%의, 2017. 3. 15.부터 2017. 9. 19.까지는 연 1.6%의, 2017. 9. 20.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%의, 그다음 날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각비율로 계산한 돈을 지급하라.

나. 88,780,627,424원 및 이에 대하여 2013. 5. 1.부터 2014. 3. 13.까지는 연 3.4%의, 2014. 3. 14.부터 2015. 3. 5.까지는 연 2.9%의, 2015. 3. 6.부터 2016. 3. 6.까지는 연 2.5%의, 2016. 3. 7.부터 2017. 3. 14.까지는 연 1.8%의, 2017. 3. 15.부터 2017. 9. 19.까지는 연 1.6%의, 2017. 9. 20.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%의, 그다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

1. 기초사실

가. 당사자 지위

원고(변경 전 상호 aaa 주식회사, 이하 변경 전후를 불문하고 ‘원고’라고만 하고, 회사 명칭에서 주식회사는 생략한다)는 2000. 10. 23. bbb에서 분리설립되어 각종 선박과 해양플랜트 등을 설계, 제작 및 판매하는 조선업체이다.

나. 원고의 분식회계

1) 바다에 매장되어 있는 석유, 가스와 같은 해양 자원들을 발굴, 시추, 생산해내는 활동을 위한 장비와 설비를 말한다.

1) 원고가 2015. 8. 17. 2015년도 반기재무제표를 대규모 결손(영업손실 3조 1,998억 원, 당기순손실 2조 4,113억 원)으로 공시하자, 감사원은 해당 원인을 파악하기 위하여 2015. 10. 19.부터 2015. 12. 9.까지 원고의 최대주주인 ○○은행을 대상으로 경영관리 감사를 실시하였는데, 그 결과 원고가 총 공사예정원가를 임의로 과소계상하여 공사진행률을 과다산정한 후 당기순이익을 과대계상한 사실을 확인하고, 그 사실을 금융감독원에 통보하였다.

2) 금융감독원은 2016. 3. 14. 원고에 대한 정밀감리를 진행하던 중 감리대상기간도 2013년도에서 2015년도 3분기까지로 확대하였고, 이후 2016. 6. 16. 2008년도부터 2009년도로 재차 대상기간을 확대하였다.

3) 원고의 외부감사인인 ○○회계법인(이하 ‘외부감사인’이라 한다)도 2015년도에 원고에 대한 회계감사를 수행하던 중 공사진행률 과다 계상 등으로 재무제표가 중대하게 왜곡된 점을 지적하였고, 이에 원고는 2016. 4. 14. 위와 같은 정밀감리가 진행 중인 상황에서 외부감사인의 재무제표 수정공시 권고에 따라 2013, 2014년 사업연도 재무제표를 수정공시하였으며, 외부감사인은 위와 같이 재작성된 재무제표에 대하여 적정의견으로 감사보고서를 재발행하였다.

4) 한편, 위와 같은 금융감독원의 정밀감리가 마무리됨에 따라 2017. 2. 23. 개최된 증권선물위원회 1차 회의에서는 원고의 2008년도부터 2016년도까지의 분식회계 규모를 확정하면서 원고에 대하여 과징금, 담당임원 해임 등의 제재를 의결하였고, 2017. 3. 24. 개최된 증권선물위원회 2차 회의에서는 원고의 외부감사인 및 그 소속 공인회계사에 대한 제재 조치를 의결하였다.

다. 피고의 경정처분

1) 원고는 ○○세무서장을 상대로 2017. 4. 25. 2011년 사업연도 법인세에 대하여, 2017. 7. 19. 2012년 사업연도 법인세에 대하여 분식회계로 인하여 과다납부한 법인세를 환급하여 달라는 취지로 각 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 각 경정청구’라한다).

2) ○○세무서장은 2017. 9. 19. 원고에게 아래와 같은 경정청구 처리결과를 통지하였다(이하 ‘이 사건 경정처분’이라 한다).

3) ○○세무서장은 원고에게 이 사건 경정처분을 하면서도 2012년 사업연도 법인세 중 약 122억 원[위 표에서 (A)]부분만 환급하고, 2011년 사업연도 법인세 부분 및 2012년 사업연도 나머지 법인세 부분[위 표에서 (B)부분]은 개정된 법인세법(2016.12. 20. 법률 제14386호로 개정된 것, 이하 ‘개정 후 법인세법’이라 한다) 제58조의3 제1항(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)을 적용하여 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제의 대상으로 보았다.

4) 2021. 12. 31. 기준 원고의 누적된 결손금은 약 3조 4,985억 원으로, 원고는 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제의 대상이 된 부분에 대하여 결국 환급의 효과를 받지 못하게 되었다(이하 위 세액공제의 대상이 되어 환급의 효과를 받지 못한 부분을 통틀어 ‘이 사건 환급거부 법인세액’이라 한다).

【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

이 사건 법률조항은 다음과 같은 이유로 헌법에 위반되어 무효이므로, 피고는 이 사건 환급거부 법인세액을 원고에게 반환하여야 함에도 불구하고 이를 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있다. 따라서 피고는 원고에게 부당이득으로서 이 사건 환급거부법인세액 합계 94,241,361,178원(= 2011년 사업연도 5,460,733,754원 + 2012년 사업연도 88,780,627,424원) 및 그에 따른 법정이자 또는 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

가. 이 사건 법률조항은 원고와 같이 결손금이 누적된 법인에게는 그 결손이 해손되기 전까지 분식회계로 인하여 과다납부한 세액에 대해 환급이나 세액공제를 받을 수가 없는바, 이는 원고의 환급청구권이라는 재산권을 사실상 박탈함으로써 재산권의 본질적인 내용을 침해한다.

나. 이 사건 법률조항은 분식회계로 인하여 실체법상 납세의무가 없는 과다납부한 법인세 부분에 대한 환급을 제한함으로써 실질적으로 존재하지 않는 소득에 대해 과세를 한 것과 동일한 결과가 발생하므로, 이는 실질적 조세법률주의에 위반된다.

다. 이 사건 법률조항은 결손법인의 환급청구권을 사실상 박탈하고, 그 법인의 주주․채권자의 재산권까지 침해하므로, 헌법상 기본권 제한의 한계로서 기능하는 비례의 원칙에 위반된다.

라. 흑자법인의 경우 이 사건 법률조항을 통해 경정일이 속하는 사업연도로부터 곧바로 세액공제를 받음으로써 5년간 실질적으로 환급금을 돌려받게 되는 반면, 결손법인의 경우 세액공제는 물론 환급도 받지 못하므로 과다납부 세액이 사실상 몰취되는 문제가 발생하는바, 이와 같이 흑자법인과 비교하여 결손법인을 합리적 이유 없이 차별하는 이 사건 법률조항은 조세평등주의에 위배된다.

3. 판단

가. 관련 법률조항

이 사건 법률조항은 다음과 같다.

나. 이 사건 법률조항의 위헌 여부에 관한 판단

1) 재산권의 본질적 내용 침해 여부에 관한 판단

가) 세액공제 환급규정은 기업이 사실과 다른 회계처리(분식회계)로 우량기업을 가장함으로써 주주․채권자 및 사회에 적지 않은 피해를 초래함에 따라 이러한 분식회계 후 세금을 환급받는 것을 제한함으로써 기업경영의 투명성을 유도하기 위한 목적으로 2003. 12. 30. 신설되었다. 그 후 개정과정을 거쳐 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 법인세법’이라 한다)에서는 ‘경정일이 속하는 사업연도의 개시일로부터 5년간 납부할 법인세액에서, 각 사업연도별 공제금액의 한도 제한 없이 과다납부한 세액을 공제하도록 하고 5년 뒤 남은 세액을 일시 환급’하도록 규정(개정 전 법인세법 제58조의3 제1항, 이하 ‘개정 전 법인세법 규정’이라 한다)하였는데, 개정 후 법인세법에 따른 이 사건 법률조항은 ‘각 사업연도마다 공제할 수있는 세액의 범위를 과다 납부한 세액의 100분의 20으로 한정하고, 세액공제의 방식으로 환급하는 연한에 관한 규정을 폐지’하는 것으로 그 내용이 변경되었다.

나) 한편, 재산권 행사의 대상이 되는 객체가 지닌 사회적인 연관성과 사회적 기능이 크면 클수록 입법자에 의한 보다 광범위한 제한이 정당화된다. 특정 재산권의 이용이나 처분이 그 소유자 개인의 생활영역에 머무르지 아니하고 일반 국민 다수의 일상생활에 큰 영향을 미치는 경우에는 입법자가 공동체의 이익을 위해 개인의 재산권을 규제하는 권한을 더욱 폭 넓게 가진다[헌법재판소 1998. 12. 24. 선고 89헌바214, 90헌바16, 97헌바78(병합) 결정 등 참조]. 앞서 본 세액공제 환급규정은 기본적으로 범죄행위에 해당하는 분식회계를 함으로써 법인이 부당한 혜택을 누리는 것을 방지하기 위한 제제의 수단으로서 기능하지만, 위와 같은 분식회계는 금융시장에 왜곡되거나 거짓된 정보를 제공함으로써 사회에 미치는 영향이 중대하다고 볼 수 있으므로, 그 재산권 행사의 대상이 되는 객체, 즉 분식회계로 인하여 과다납부한 세액 부분이 지닌 사회적인 연관성과 기능이 적다고 볼 수 없다. 따라서 분식회계에 따라 과다납부한 세액부분을 어떠한 방식으로 환급할 것인지 여부는 기본적으로 입법자에게 그 입법형성의 재량의 여지가 넓은 부분이라고 할 수 있다.

다) 이에 비추어 볼 때, 이 사건 법률조항은 분식회계로 인해 과다납부한 세액에 대해 그 경정일이 속하는 사업연도부터의 법인세액에서 과다납부한 세액을 20%의 범위에서 공제해주기 때문에 원고의 재산권을 근본적으로 박탈한다고 볼 수 없고(위 사업연도부터 납부할 법인세액이 줄어든다), 이 사건 법률조항에서 원고에게 직접 환급을 제한하는 대신 위와 같이 세액을 공제하는 방식을 채택하였다고 하더라도, 이는 분식회계를 한 법인이 그 이후에도 계속하여 영업을 하되, 더 이상 분식회계를 하지 않고 성실한 납세신고를 하도록 유도하는 측면이 있고, 또한 일시에 예상치 못한 세액의 지출을 방지함으로써 국가재정의 부담을 줄이는 측면이 있으므로, 이 사건 법률조항과 같이 세액공제의 방식을 취한 것을 두고 입법자의 입법형성의 재량 범위를 벗어난 것이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 법률조항은 재산권의 본질적인 내용을 침해한다고 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

2) 실질적 조세법률주의 위반 여부에 관한 판단

가) 국세기본법 제14조 제2항은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득,수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질 내용에 따라 적용한다’고 규정하고 있다. 이러한 실질과세의 원칙에 비추어 법인세의 과세소득을 계산함에 있어서 구체적인 세법 적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장 내용,계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 하여야 한다(대법원2006. 4. 14. 2005두10170, 대법원 1993. 7. 27. 선고 90누10384 판결 등 참조).

나) 살피건대, 개정 전 법인세법 규정이나 이 사건 법률조항 모두 원고가 과다납부한 세액 부분에 대해 환급 자체가 이루어지는 것은 동일하나, 다만 그 세액환급의 방법만 변경된 것으로 보이는바, 이에 따르면 원고가 분식회계로 인하여 납부의무를 지는 조세의 부담 범위 자체는 동일하므로, 법인세법 개정으로 인하여 원고가 부담하는 조세의무의 범위 자체가 변경된 것으로 보기는 어렵다. 따라서 단순히 원고가 분식회계로 인하여 과다납부한 세액 부분에 대하여 직접환급을 제한하는 것만으로는 위 법인세 부분에 대해 실질적으로 과세를 한 것과 동일하게 평가할 수는 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 비례원칙 위반 여부에 관한 판단

가) 목적의 정당성 및 수단의 적합성

① 이 사건 법률조항은 원고와 같이 분식회계를 한 법인이 분식회계로 인하여 과다납부한 세액에 대해 직접 환급받는 것을 제한함으로써 기업경영의 투명성을 유도하고, 향후 분식회계를 예방하며 분식회계에 대한 제재를 강화하고자 하는 것에 그 입법목적이 있으므로, 입법목적의 정당성이 인정된다.

② 위 3.의 나. 1) 다)항에서 살펴본 바와 같이, 위와 같은 분식회계를 한 법인에 대하여 세액공제의 방식으로 환급하는 것은 이와 같은 입법목적 달성을 위하여 적합한 수단으로 볼 수 있다.

나아가 주식회사는 법인으로서 독립된 권리주체이기는 하지만 자연인처럼 그 자체가 활동을 할 수 없기 때문에, 회사의 의사를 결정하고 그 의사에 따라 활동하기 위해서는 일정한 조직이 반드시 필요하고, 그 조직으로 기관을 두고 있다. 일반적으로 주식회사의 의사결정기관은 주주총회와 이사회, 업무집행기관은 대표이사, 감독기관은 감사 등이 있고, 주식회사의 대표이사는 일반적 권한으로서 회사의 영업에 관한 재판상 또는 재판외의 모든 행위를 할 권한을 가진다(상법 제389조 제3항, 제209조 제1항). 따라서 대리인과 달리 대표이사는 회사의 행위를 대신하는 것이 아니라 회사의 구성부분 즉 기관으로서 회사의 행위 자체를 하는 것이고, 이 경우 회사는 의사결정기관을 통해 결정된 회사의 의사를 대표이사를 통해 실현하고, 대표이사의 행위가 곧 회사의 행위이므로, 회사의 의사에 반하는 대표이사의 의사 및 행위를 상정하기 어려운바(대법원 2020. 8. 27. 선고 2019도11294 전원합의체 판결 등 참조), 분식회계를 주도하였던 원고의 대표이사와 같은 경영진의 경우 원고의 기관으로서 곧 원고의 행위 자체를 하는 것이므로, 이 사건 법률조항이 원고에 대해 제재를 하는 것은 원고 본인의 행위에 따른 제재를 가하는 것에 불과할 뿐, 원고가 분식회계의 피해자로서 제재를 받는 것이 아니다. 또한 원고의 주주나 채권자는 단순히 사실상․경제상 또는 일반적․추상적인 이해관계만을 가질 뿐 구체적 또는 법률상의 이해관계를 가진다고는 할 수 없으므로(대법원 2010. 10. 28. 선고 2010다51413 판결 등 참조), 이 사건 법률조항이 원고의 주주나 채권자의 재산권까지 침해한다고 보기도 어려우므로, 입법목적을 달성하기 위한 적합하지 않은 수단이라는 원고의 주장은 이유 없다.

나) 침해의 최소성

살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 법률조항은 개정 전 법인세법 규정과 비교하여 볼 때 원고가 부담해야 하는 조세부담의 범위 자체는 실질적으로 변경되지는 않은 것으로 보이는 점, 개정 전 법인세법 규정의 경우 5년 동안 세액공제를 하였던 반면, 이 사건 법률조항은 ‘기간의 제한 없이’ 매년 과다납부한 세액의 20%를 한도로 세액공제를 하는 것으로 규정함으로써, 비록 일시환급은 제한되었지만 그로 인하여 발생할 수 있는 재산권 침해를 최소화한 점, 이 사건 법률조항은 위와 같이 세액공제를 통해 원고와 같은 법인이 분식회계 이후에도 계속하여 영업을 하는 것을 유도하고, 분식회계를 예방하기 위한 방향으로 개정된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 법률조항이 일시환급을 제한하되, 기간의 제한 없이 세액공제를 하는 것으로 규정한 것은 침해의 최소성 원칙에 위반된다고 볼 수 없다.

다) 법익의 균형성

중대한 경제범죄에 해당하는 분식회계 후 세금을 환급받는 것을 제한함으로써 기업경영의 투명성을 유도하고, 분식회계를 예방 및 성실한 납세신고를 유도하는 등이 사건 법률조항을 통하여 얻을 수 있는 공익은 매우 크다. 반면 이로 인해 원고는 과다납부한 세액에 대해 직접환급을 받을 수 있는 권리가 제한되기는 하지만, 앞서 본바와 같이 기간의 제한 없이 세액공제의 방식을 통하여 사실상 환급을 받는 것과 동일한 결과를 유도하게 되므로 환급 자체가 제한되는 것으로 보기 어렵다. 이에 비추어보면, 위와 같이 직접환급을 받지 못함으로써 제한되는 원고의 사익은 이 사건 법률조항이 달성하려고 하는 공익에 비해 크다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 법률조항은 법익의 균형성에 위반되지 아니한다.

라) 소결

따라서 이 사건 법률조항이 비례의 원칙에 위반된다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 조세평등주의 위반 여부에 관한 판단

가) 조세평등주의는 헌법 제11조 제1항에서 정한 평등원칙의 조세법적 표현으로, 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고, 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이다. 그런데 오늘날 세원이 극히 다양하고, 납세의무자인 국민의 담세능력에도 차이가 많을 뿐만 아니라, 조세도 국가재원의 확보라는 고전적 목적 이외에 다양한 정책적 목적 하에 부과되고 있기 때문에 조세법의 영역에서는 입법자에게 광범위한 형성권이 부여되어 있고(헌법재판소 1996. 8. 29. 선고 92헌바46 결정 등 참조), 재산세의 입법과 관련하여서도 입법자는 특정 대상에 대한 중과세 적용여부, 중과세 대상 선정 및 그 세율 등에 관하여 광범위한 입법형성의 자유를 갖는다.다만 이러한 결정을 함에 있어서도 입법자는 재정정책적, 국민경제적, 사회정책적, 조세기술적 제반 요소들에 대한 교량을 통하여 그 조세관계에 맞는 합리적인 조치를 하여야만 평등의 원칙에 부합할 수 있으며, 그러한 결정이 비합리적이고 불공정한 조치라고 인정될 때에는 조세평등주의에 반하여 위헌이 된다고 할 것이나(헌법재판소 1996. 8. 29. 선고 95헌바41 결정 등 참조), 그 내용이 명백하게 불합리하거나 불공정하지 않는 한 입법자의 판단은 존중되어야 한다.

나) 살피건대, 분식회계라는 범죄행위를 저지른 법인에 대해 국가적 차원에서 제재가 필요할 뿐만 아니라 스스로 분식회계를 한 법인이 법인세의 환급을 통해 경제적 이득을 취하는 것을 막을 필요가 있는 점, 분식회계를 한 납세의무자에 대하여 국가가 보호할 필요성이 크지 않은 점 등에 비추어 보면, 분식회계를 한 법인에 대한 세액 환급규정을 적용할 때 결손법인과 흑자법인과 사이에 차별을 두어야 할 특별한 필요성이 있다고 보기 어렵다. 따라서 분식회계를 한 법인이 결손법인인지 흑자법인인지를 구분하지 않고 이 사건 법률조항이 적용되는 것만으로 평등원칙에 위반된다고 볼 수는 없다. 비록 원고와 같은 결손법인에 대해서만 이 사건 법률조항이 적용되어 사실상 환급을 받는 것이 없다고 하더라도 이는 이 사건 법률조항의 적용에 따른 부수적인 효과에 불과한 것으로 보인다. 나아가 원고는 분식회계라는 범죄행위를 저지른 결과 그에 따라 과다납부한 세액의 환급을 구하고 있는데, 원고가 “분식회계를 한 법인 중에서도 결손법인에 대해서 세액공제 방식으로 환급을 하고, 직접환급을 제한함으로써 불이익을 주는 것은 불평등하다”라고 주장하는 것은, 불법의 평등을 요구하는 것에 지나지 아니할 뿐만 아니라 입법자에게 분식회계를 한 법인 중 결손법인과 흑자법인을 구분하여 세액환급규정을 두어야 할 입법의무가 있다고 보기도 어려운바, 이와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 법률조항은 결손법인과 흑자법인을 합리적 이유 없이 차별 취급하는 것으로 평등원칙에 반한다고 볼 수 없다.

다) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

다. 소결

위 3.의 나.항에서 살펴 본 바와 같이, 이 사건 법률조항은 위헌이라고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.