사 건 2025누535 양도소득세경정거부처분취소

제 1 심 판 결 대전지방법원 2025. 10. 22. 선고 2025구합200664 판결

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 8. 14. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 245,176,485원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제출된 증거들을 원고의 주장과 대조하여 다시 살펴보더라도 제1심의 사실 인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 원고가 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장에 관하여 아래 제2항에서 추가로 판단하는 이외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제3호 적용 여부

1) 원고의 주장 요지

구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의10 제1항 제3호는 ‘직장의 소재지와 같은 시ㆍ군에 소재하는 주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우’를 규정하고 있다. 원고는 서울에 거주하다가 근무상의 형편으로 인하여 안산시에 있는 제1, 2부동산을 취득한 것으로서 제1, 2부동산은 원고 또는 세대구성원인 원고 동생의 직장 소재지와 같은 시․군에 소재하고 있으므로, 제1부동산 중 주택 부분의 양도소득세를 산정함에 있어 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제3호에 따라 중과세율 적용이 배제되어야 한다. 피고는 원고가 같은 시ㆍ군에 소재하는 제1, 2부동산을 동시에 취득하였으므로, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제3호가 적용되지 않는다고 주장하나, 위 규정을 피고의 주장과 같이 해석할 근거가 없다.

2) 판단

  가) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석함이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2025. 9. 4. 선고 2025두32968 판결 등 참조).

  나) 소득세법 제104조 제7항 제1호는 “주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택” 을 양도하는 경우 일반 종합소득세율에 20/100을 더한 중과세율을 적용하도록 하고 있다. 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제3호는 “1세대의 구성원중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시(특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 및 「제주특별자치도 설치및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(학교의 소재지, 직장의 소재지 또는 질병을 치료ㆍ요양하는 장소와 같은 시ㆍ군에 소재하는 주택으로서 취득 당시 법 제99조에 따른 기준시가의 합계액이 3억원을 초과하지 아니하는 것에 한정한다)을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우의 해당 주택(취득 후 1년 이상 거주하고해당 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)"을 조정대상지역에 있는 주택으로서 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택의 범위에서 제외하고 있다.

 다) 앞서 본 법리에 비추어 이러한 요건은 법문대로 엄격하게 해석하여야 하므로, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제3호의 ”취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시․군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우“는 그 문언상 ‘기존 주택이 있는 상태에서 근무상의 형편 등으로 다른 시․군으로 주거를 이전하면서 새로운 주택을 추가로 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우’를 뜻한다고 해석함이 타당하다. 원고의 경우 안산시에 있는 제1, 2부동산을 한꺼번에 취득하였는데, 원고가 근무상의 형편 등으로 인하여 안산시로 주거를 이전하기 위하여 주택을 취득할 필요가 있었다 하더라도, 이를 위하여 안산시에 있는 제1부동산을 취득하는 이외에 굳이 같은 안산시에 있는 제2부동산까지 추가로 취득하여 1세대 2주택이 될 필요는 없으므로, ‘근무상의 형편 등으로 인하여 다른 시․군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우’에 해당하다고 보기 어렵다. 그러므로 제1, 2부동산이 원고 또는 원고 동생의 직장 소재지와 같은 시․군에 소재한다는 사정만으로는 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제3호의 요건을 충족한다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 주장은 받아들이지 않는다. 나. 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제율을 적용 여부

1) 원고의 주장 요지

원고와 원고의 동생은 제1, 2부동산의 취득 시부터 양도 시까지 제1부동산과 제2부동산의 1층에서 사업을 하면서 거주하였고, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 제3호에 따르면 ‘근무상의 형편이나 그 밖에 부득이한 사유’에 해당하는 경우에는 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으므로, 제1, 2부동산 중 주택 부분 양도소득세를 산정함에 있어 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제율이 적용되어야 한다.

2) 관련 법리

구 소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제1호는 과세대상인 양도소득의 하나로 ‘토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득’을 규정하고 있고, 제95조 제1항은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제한 금액인 ‘양도차익’에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 구 소득세법 제95조 제2항은 양도차익에서 차감할 장기보유 특별공제액에 대해 규정하면서 본문에서 ‘소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 표 1에 따른 보유기간별 공제율(보유기간에 따라 6/100부터 30/100까지)을 곱하여 계산한 금액’을, 단서에서 ‘대통령령으로정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2에 따른 보유기간별 공제율(보유기간에 따라 12/100부터 40/100까지)을 곱하여 계산한 금액과거주기간별 공제율(거주기간에 따라 8/100부터 40/100까지)을 곱하여 계산한 금액을합산한 금액’을 각각 규정하고 있다. 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제159조의4는 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’을 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.’고 규정하고 있다. 2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 제159조의3은 구 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대1주택’을 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다.’고 규정하고 있었으나, 위와 같이 소득세법 시행령이 개정되면서 ‘보유기간 중 거주 기간이 2년 이상’이어야 한다는 거주요건이 추가되었고, 이후 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 소득세법 시행령이 개정되면서 제159조의4로 이동하여 현재에 이르고 있다. 이와 같이 거주요건이 추가된 것은 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제율을 적용받기 위한 요건을 엄격히 강화함으로써 1주택 보유자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하는 데에 취지가 있다(대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34935 판결 참조).

3) 판단

가) 제1부동산 중 주택 부분의 양도 관련

앞서 본 바와 같이 원고가 제1부동산 중 주택 부분을 양도한 것은 소득세법 제104조 제7항 제1호에서 정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’을 양도하는 경우에 해당하므로, 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라 장기보유 특별공제 대상에서 제외된다.

나) 제2부동산 중 주택 부분의 양도 관련

원고는 제2부동산에 실제로 거주하였으므로, 구 소득세법 시행령 제159조의4에서 정한 ‘보유기간 중 거주기간이 2년 이상’이어야 한다는 요건을 충족한다고 주장한다. 그러나 을 제1, 3호증에 의하면, 원고는 2002. 5. 27.부터 2021. 9. 15.까지 제1부동산을 거주지로 하는 주민등록을 유지하였고(을 제3호증), 제1부동산 지상 건물과 제2부동산 지상 건물은 각각 독립된 건물로 등기된 사실을 인정할 수 있다(을 제1호증의 2, 4). 이러한 사실에다가 앞서 본 관계 법령의 개정 취지에 비추어 구 소득세법 시행령 제159조의4의 ‘거주기간’은 실제로 거주한 경우에 한하여 엄격하게 해석하여야 하는 점 등을 고려하면, 원고가 주장하는 사정이나 제출한 증거들만으로는 원고가 제2부동산에서 거주하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 한편 원고는, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 제3호에 따르면 ‘근무상의 형편이나 그 밖에 부득이한 사유’에 해당하는 경우에는 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는다는 취지로도 주장한다. 그러나 이는 소득세법 제89조 제1항 제3호에 따른 비과세 양도소득에 관한 규정으로, 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유 특별공제율에 관하여 적용되는 규정이 아니다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 각 처분은 적법하므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 이에 대한 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.