대 전 지 방 법 원

사 건 2025구합200482 법인세등부과처분취소

원 고 주식회사 OO하이테크

피 고 천안세무서장

변 론 종 결 2026. 3. 12.

판 결 선 고 2026. 4. 9.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게, 2024. 1. 12.에 한 2018년도 법인세 30,377,990원의 부과처분과 2024. 1. 18.에 한 2018년 귀속 소득자를 정OO, 소득금액을 2,020,416,600원으로 하는 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 이OO은 1994. 8. 24. 사업자등록을 한 개인사업체 ‘OO화학’을 운영하였다. 그후 원고 회사는 2000. 11. 30. 자동차 고무부품 제조 등을 목적으로, 위 이OO로부터 OO화학의 자산과 부채를 포괄적으로 양수하여 설립되었다. 원고 회사의 설립 당시 상호는 ‘주식회사 OO화학’이었으나, 이후 ‘주식회사 OO케미칼’로 변경되었다가, ‘주식회사 OO하이테크’로 최종 변경되었다.

나. 정OO은 원고 회사 설립 당시의 대표이사이자 최대주주였던 이OO의 사위이다. 정OO은 2000. 6. 개인사업체인 위 ‘대성OO’에 사원으로 입사하였는데, 원고 회사가 설립된 후, 원고 회사에 계속 재직하면서 과장 등 직책을 거친 다음 2014. 7.부터 대표이사로 재직한 사람이다.

다. 원고 회사가 최초로 설립될 당시 주주 구성은 대표이사였던 이OO 79%, 정OO 10% 등이었다가, 이후 2018년 이OO 20%, 정OO 10%로 변경되었으며, 2022년 정OO이 이OO으로부터 이OO의 잔여 주식 전부를 양수하여 이OO 0%, 정OO 30%로 변경되었다.

라. 별지 1 기재 표 ‘현재 디자인’란에 표시된 디자인에 관한 디자인권은 2018. 2. 7. 정OO 명의로 출원되어 2018. 4. 10. 등록(이하 위 디자인을 ‘이 사건 디자인’이라 하고, 등록된 디자인권을 ‘이 사건 디자인권’이라 한다)되었다.

마. 원고 회사는 2018. 10. 30. 정OO으로부터, 이 사건 디자인권을 대금 2,020,000,000원에 양수하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 하고, 이에 따른 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다)을 체결하고, 2018. 10. 31. 원고 회사 명의로 이 사건 디자인권에 관한 이전등록을 마치는 한편, 그 무렵부터 2019. 10. 31.까지 정OO에게 위 양수대금을 모두 지급하였다(단, 기타소득세 133,320,000원은 원천징수하여 공제 후 신고․납부함).

바. 그리고 원고 회사는 2018 사업연도 회계처리 시에, 이 사건 디자인권을 무형고정자산 2,020,416,600원(= 위 2,020,000,000원 + 권리이전비용 416,600원)으로, 양수대금 2,020,416,600원을 정OO에 대한 미지급금으로 각 계상하고, 101,020,830원을 위 무형고정자산의 감가상각비로 계상하였다.

사. 한편, 국세청장은 2023. 2. 가장거래를 통한 조세회피 실태점검을 실시하여, 원고회사가 이 사건 디자인권을 스스로 창출한 실질적 권리자였음에도, 이를 정OO 명의로 출원․등록하게 한 다음 양수하는 외관을 취함으로써 원고의 자금을 부당하게 사외로 유출하였다고 판단하고, 피고에게 법인세 부과 등 필요한 처분을 하도록 권고하였다.

아. 이에 피고는, 위 국세청장의 권고 내용이 사실이라고 판단하고, 다음과 같이 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조에 따라 원고에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하면서, 같은 법 제67조, 같은 법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조에 따라 각 소득처분을 하였다. 즉, 피고는 ① 정OO에 대한 미지급금 2,020,416,600원을 손금에 불산입하고 이를 정OO에 대한 상여로 소득처분하며, ② 무형고정자산 2,020,416,600원을 익금에 불산입하고, 이에 대하여 (-) 유보 처분을 하며, ③ 위 무형고정자산에 대한 감가상각비 101,020,830원을 손금에 불산입하고, 이에 대하여 (+)

유보 처분을 하였다. 이에 따라 피고는 원고에게 2024. 1. 12. 2018 사업연도 법인세 30,377,9990원(감가상각비의 손금 부인 부분)의 부과처분을 하고, 2024. 1. 18. 2018년 귀속 소득자를 정OO, 소득금액을 위 2,020,416,600원(상여처분 부분)으로 하는 소득금액변동통지를 하였다(이하, 이를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

자. 원고는 2024. 4. 5 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하였으나, 조세심판원은 2024. 12. 17. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 8, 10 내지 13호증(가지번호 있는 것은 각 가지 번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 을 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고가 정OO과 이 사건 계약을 체결하고 이 사건 디자인권을 이전받기 전, 이 사건 디자인권의 실질적 권리자는 정OO이었다. 원고는 2000. 11. 무렵부터 정OO의 허락에 따라 이 사건 디자인을 무상으로 사용해오다가 이 사건 계약을 통하여 이 사건 디자인권을 정상적으로 이전받았으므로, 이 사건 거래는 가장거래가 아니다. 따라서 이 사건 거래가 가장거래임을 전제로 한 이 사건 처분은 처분사유가 없어 위법하다. 2) 구 법인세법 제19조 제1항은 손금을 ‘자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액’으로 정의하고 있다. 원고가 미지급금을 계상한 것은 순자산을 감소시키는 것인데, 피고가 이를 부인하는 것이므로, 손금불산입으로 보는 것이 타당하다. 3) 구 법인세법 제15조 제1항은 익금을 ‘자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수익의 금액’이라고 정의하고 있다. 원고가 무형고정자산을 계상한 것은 순자산을 증가시키는 것인데, 피고가 이를 부인하는 것이므로, 익금불산입으로 보는 것이 타당하다.

3. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

1) 대법원은 그동안 당사자가 선택한 법률관계에 대하여 그것이 가장행위에 해당하지 않는 한 개별적이고 구체적인 부인 규정 없이 실질과세의 원칙에 의하여 조세회피행위에 해당한다는 이유로 그 효력을 부인할 수 없다는 입장을 여러 사건에서 밝힌 바가 있다. 그러나 거기에서 언급하고 있는 가장행위를 민법 제108조 등에서 그 효력을 인정하지 않는 가장행위와 동일한 개념으로 이해할 필요는 없다. 당사자들 사이에 내심의 의사가 결여된 민법상의 통정허위표시는 그 사법상의 효력도 없으므로 굳이 실질과세의 원칙을 적용할 필요도 없이 그 과세요건 해당성은 가장행위의 배후에 은닉된 실제거래행위를 기준으로 판단하면 된다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조).

2) 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거들과 갑 제5, 7호증, 을 제1 내지 5, 7, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 거래는 원고가 대표이사인 정OO에게 2,020,416,600원을 사외에 유출하기 위하여 한 가장행위에 불과하다. 같은 취지에서 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1) 원고는, 국세청장으로부터 가장거래를 통한 조세회피 실태점검을 받을 때 ‘정OO 이 이 사건 디자인을 2017년에 창작하였다’고 기재한 디자인권 취득관련 소명서(을 제1호증)를 제출하였다가, 이 사건 소송에서는 원고가 2000. 11. 무렵부터 정OO의 허락을 받고 이 사건 디자인을 사용해 왔다고 주장하는바, 이 사건 디자인의 창작 시점 및 사용 시점에 관한 원고의 위 주장은 상호 모순된다. 이 사건 소송에서 원고가 위와 같이 소명서와 모순된 주장을 하는 이유는, 원고가 적어도 2003. 3.부터 별지 1 기재 표 ‘과거 디자인’란에 표시된 디자인(이하 ‘과거 디자인’이라 한다)을 사용해 온 사실이 드러나자 이를 합리화하기 위한 것으로 보인다. 이러한 사정들에 비추어 보면, 정OO이 이 사건 디자인인권에 대한 실권리자인지 강한 의심이 든다. 이에 대하여 원고는 이 사건 디자인의 실제 창작 시점은 2000년이었으나, 이 사건 디자인권의 출원 업무를 위임받은 변리사가 창작 시점은 중요하지 않다고 하여 그 출원일에 가까운 시점을 임의로 위 소명서에 기재한 것일 뿐이라고 주장하나, ① 원고의 대표이사 정OO은 이 사건 디자인권과 관련하여 국세청장으로부터 가장거래에 의한 조세회피 의혹을 받고 이를 해명하기 위하여 위 소명서를 작성하여 제출한 것이고, 이 과거 디자인과 이 사건 디자인에는 다소 차이가 있으나 사실상 그 식별력은 동일한 것으로 보이고, 원고 스스로도 ‘이 사건 디자인은 정OO이 창작한 과거 디자인을 약간 변형한 것에 불과하여 양자는 사실상 동일하다’는 취지로 주장하며 이 사건 디자인을 적어도 2003년부터 사용하여왔다는 증거로 갑 제5호증(CI사용 현황 자료)을 제출하였다.

사건 디자인의 창작 시점은 위 의혹을 해소하는데 중요한 사항인데, 만일 실제로 정OO이 이 사건 디자인을 창작한 시점이 2000년이었다면, 그로부터 17년이나 지난 2017년을 창작 시점으로 기재할 이유는 없어 보이는 점, ② 위 소명서에 기재된 이 사건 디자인 창작 시점과 이후 번복한 이 사건 디자인 창작 시점 사이의 시간적 간격이 약 17년이나 되는 점, ③ 위 소명서에 첨부된 디자인권 출원 변리사 작성의 진술서에는, 정OO이 이 사건 디자인 창작 과정에서 작성한 연구노트를 위 변리사가 직접 본 것으로 기재되어 있으나, 이는 원고가 이 사건 소송에서 주장하는 내용과 배치되는 점, ④ 원고는 위 연구노트를 분실하였다고 주장하나, 정OO이 17년 전에 이 사건 디자인을 창작하면서 작성 및 보관해 온 연구노트를 특허 출원 이후에 분실하였다는 것은 쉽게 납득하기 어렵고, 그 밖에 위 노토의 존재를 뒷받침할 만한 아무런 자료가 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 디자인의 창작 시점에 관한 원고의 위 주장은 믿기 어렵다. 2) 위와 같은 사정들에다가, ① 회사의 상표에 관한 디자인권을 회사가 아닌 직원이나 대표자 개인이 약 17년 동안 가지고 있으면서 이를 회사가 무상으로 사용한다는 것은 매우 이례적인 점, ② 원고 회사가 약 17년 동안 이 사건 디자인에 대하여 등록을 하지 않은 채 상표로 사용하여 오다가, 이 사건 계약을 체결하기 약 8개월 전에야 당시 원고의 대표이사인 정OO 앞으로 등록을 한다는 것도 이례적인 점, ③ 원고 입장에서 볼 때 약 17년간 무상으로 이 사건 디자인을 사용해 오다가 갑자기 2018년에 약 20억 원이라는 거액의 돈을 지급하고 이 사건 디자인권을 매수해야 할 만한 사정을 찾을 수 없는 점, ④ 정OO이 원고의 최대 주주가 된 것은 이 사건 계약 이후이지만, 이 사건 계약 이전에도 최대 주주 내지 대표이사였던 이OO과 친족인 특수관계에 있었던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 디자인은 원고 회사가 창작한 것으로서 이에 대한 권리자는 원고 회사였는데, 원고 회사가 그 대표이사인 정OO에게 양수대금 상당액을 사외로 유출하기 위하여 이 사건 거래를 가장한 것으로 판단되고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 뒤집기 어렵다.

5. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.