서 울 행 정 법 원

제 2 부

판 결

사 건 2024구합90337 부가가치세부과처분취소

원 고 주식회사 A

피 고 B세무서장

변 론 종 결 2026. 2. 26.

판 결 선 고 2026. 4. 9.

주 문

1. 피고가 2023. 2. 1. 원고에게 한 별지 1 기재 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 주식회사 A은 2013. 6. 27. 개업하여 화장품 도매업을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 2019년 제1기에서 2021년 제1기 부가가치세 과세기간동안 주식회사 C 등 5개 업체(이하 ‘이 사건 매입처’라 한다)로부터 화장품을 매입하고, D 및 주식회사 D(이하 ‘이 사건 매출처’라 한다)등에 화장품을 매출하면서 아래와 같이 세금계산서를 수취하거나 발급하였다(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다).

다. OO지방국세청장은 2022. 7. 14.부터 2023. 1. 11.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 이 사건 세금계산서의 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 과세자료를 피고에게 통보하였다. 피고는 2023. 2. 1. 원고에게 별지 1 기재와 같이 부가가치세 2019. 제1기 – 2021. 제1기분 합계 1,325,713,800원(각 가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 갑 제1-3, 98호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 세금계산서의 매입·매출처와 실제 화장품 매입·매출 거래를 하였으므로 이를 가공거래로 본 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법리

부가가치세법 제9조 제1항은 과세대상 거래로서 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.“고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제9조 제1항에 규정된 ‘인도 또는 양도’는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고, 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

그러나 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

다. 구체적 판단

앞서 든 증거, 갑 제4-97, 99-109호증, 을 제2-8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지로부터 알 수 있는 다음 사정을 위 법리에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들 및 주장 사유만으로는 이 사건 매입·매출처와의 거래가 가장행위에 해당한다거나 이 사건 세금계산서가 허위로 작성되었다고 인정하기에 부족하다. 이 사건 처분은 위법하다.

1) 주식회사 C과의 거래

가) 피고의 주장은 다음과 같다. 주식회사 C(이하 ‘C’이라고만 한다)이 실제 거래 없이 세금계산서 수수 및 대금 전달 역할만 하는 이른바 ‘자료상’이라는 점이 확정판결에 의하여 확인되었고, 원고가 C에 입금한 돈이 그 대금 중 일부 수수료를 제외하고 하위 업체 즉 C의 매입처 계좌로 입금된 것이 확인되었으므로, 원고와 C 사이의 거래 또한 가공거래이다.

나) C의 대표자 E은 2019. 9.경부터 2020. 6.경 사이 밀수입한 면세 국내화장품을 국내에 유통하였다는 이유로 관세법위반 등으로 기소되어 1심에서 무죄 판결을 받았고(서울중앙지방법원 2025. 12. 17. 선고 20xx고합xxx 판결) 현재 항소심 계속 중이다. 위 판결에 따르면 C과 그 거래처인 F 사이에는 실물 거래가 이루어졌고, 거래 당사자, 일시, 물품, 대금 등 정보를 사실대로 기재한 세금계산서가 수수되었던 것으로 보인다. 위와 같은 사정에 비추어 보면 C이 실물 거래 없이 세금계산서만을 수수하는 단순 자료상이라고 단정하기 어렵다.

다) 원고는 2019. 11. 11.부터 2021. 1. 12. 사이 C으로부터 55회에 걸쳐 수취한 매입세금계산서의 각 주문 내역, 물품거래명세표, 물품 발송 사진 등을 제시하였다(갑 제7-61호증). 위 증거에 따르면, 원고는 필요에 따라 카카오톡, 위챗 등을 통하여 C 측 직원에게 화장품의 종류와 수량을 특정하여 주문한 뒤 대금을 선입금하고, C은 원고가 지정하는 장소로 이를 배송하여준 것으로 보인다. 거래 초기에는 원고가 몇 차례 직접 수령하기도 하였다.

라) 위 거래 과정에서 사업자의 인장이 날인된 계약서 등이 오고 가지는 않았고, C이 물건을 제공하였던 장소 역시 수시로 바뀌었던 것으로 보인다. 그러나 원고와 C 사이에 거래 물품의 종류, 수량, 대금에 관하여 의사의 합치가 있었고 그 계약에 따라 실물이 인도되고 대금이 지급되었던 점, 그와 동일한 내용의 세금계산서가 작성되어 수수된 점, 실물 거래가 이루어졌다면 물품의 인도 장소는 부차적 요소인 점 등을 고려하면 위 사정만으로 원고가 발행한 세금계산서가 허위라 보기는 어렵다.

2) G, H와의 거래에 관한 판단

가) 피고는 G, H와의 거래 역시 가공거래라는 취지로 주장하는데, 근거는 다음과 같다. G과 H의 경우 대금이 입금되면 1시간 내 현금으로 인출되고, 매출 대비 현저히 적은 매입금액만 있다. G, H, 주식회사 I 사이에 사무실을 공유하고 재고가 혼융되어 있었던 것으로 보인다. 원고와 G 대표 사이에 가공거래를 의심케 하는 대화가 오갔다.

나) G의 대표 J은 거래처들에 허위세금계산서를 교부하였다는 이유로 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반으로 기소되었는데, 원고와의 거래에 관하여는 무죄 판결이 확정되었다(수원지방법원 안산지원 2024. 6. 14. 선고 2023고합114 판결 확정). 위 판결에 의하면 G과 원고 사이에 주고받은 세금계산서는 모두 실제 이루어진 거래에 관한 것이고, 대금의 현금 인출 및 매출규모에 비하여 현저히 적은 매입규모는 G이 중국인들로부터 현금으로 화장품을 구입했기 때문이다.

다) 원고는 2019. 1. 25.부터 2021. 3. 30. 사이 G, H로부터 수취한 매입세금계산서의 각 주문 내역, 물품거래명세표, 물품 발송 사진 등을 제시하였다(갑 제62-68호증). 위 증거에 따르면, 원고는 필요에 따라 카카오톡 등을 통하여 G, H에게 화장품의 종류와 수량을 특정하여 주문한 뒤 대금을 선입금하고, 위 업체들은 원고에게 자신의 사무실에서 물품을 인도하여 주었다.

라) J과 H의 대표 K는 사업상 긴밀한 관계로 바로 옆 호실의 사무실을 사용하며 화장품 창고를 공유하였다. J이 2018. 5.경 K로부터 주식회사 I을 양수하고 G과 함께 운영하여 결과적으로 3사가 하나의 창고를 사용하였으나, 위 3사의 재고는 창고 내부에서 구획을 나누어 관리되고 있었던 것으로 보인다. 거래 상대방으로부터 약정한 물건을 인도받은 뒤 같은 내용의 세금계산서를 발행하였다면 원고로서는 거래 상대방의 재고 관리 상황까지 고려할 필요는 없다 할 것이고, 각자의 재고가 구분 관리된다면 위와 같은 창고 공유가 이례적이라 하기도 어렵다.

마) 한편 피고가 지적하는 ‘대금 리턴’, ‘제주도 팀이 기존보다 2% 싸게 받을 수 있다’는 취지의 각 발언, 원고의 중국 주소 요청 및 가산세 대납 정황은 모두 피고가 주장하는 것과는 다른 맥락이었던 것으로 보인다. ‘대금 리턴’은 물품 미인도에 따른 환불을 가리키는 것으로 보이고, ‘제주도 팀’ 발언은 보다 저렴한 단가의 매입처에 관한 발언으로 단순히 위 언급만으로 원고가 불법 면세품 유통을 알았다고 단정하기는 어려우며 그것만으로 가공 세금계산서 발행을 직접 연관 짓기도 어렵다. 중국 주소 요청은 물품 파손과 환불 과정에서 있었던 것으로 보이고, 가산세 대납 요구의 경우 G의 세금계산서 지연발행으로 인하여 원고에게 부과된 지연수취가산세에 관한 것으로서 가공거래와는 무관하여 보인다.

3) D, 주식회사 D와의 매입·매출거래에 관한 판단

가) 피고는 원고가 L이 개인사업자로 운영한 D와 법인으로 운영한 주식회사 D를 구분하지 않은 채 L의 요청에 따라 입금한 뒤 세금계산서를 수수한 점, 날인된 거래명세서 등 객관적 거래의 증빙이 없는 점 등을 근거로 위 두 사업자와 원고 사이의 거래가 가공거래 또는 사실과 다른 세금계산서라고 주장한다.

나) 원고는 2019. 1. 31.부터 2019. 10. 31. 사이 D, 주식회사 D로부터 수수한 매입·매출세금계산서의 각 주문 내역, 물품거래명세표, 물품 발송 사진 등을 제시하였다(갑 제69-86호증). 위 증거에 따르면, 원고는 필요에 따라 카카오톡 등을 통하여 L에게 화장품의 종류와 수량을 특정하여 주문한 뒤 대금을 L 또는 주식회사 D의 계좌에 지급한 뒤 직접 또는 배송을 통하여 물품을 수령하였고, L으로부터 발주를 받아 그가 지정한 장소로 물품을 배송한 뒤 그 대금을 원고 계좌로 입금받기도 하였다.

다) 위 과정에서 L이 개인사업자와 법인사업자 명의를 혼용하였을 가능성이 있다. 그러나 그와 같은 혼용은 L의 사업 영역 내에서 발생한 것이고 원고가 L의 그와 같은 행위를 알면서도 적극 협조하였다고 보기는 어렵다. 날인된 거래명세서 등 일반적 형태의 거래는 아니라 할지라도 원고와 L 사이의 대화 내용, 물품 사진, 입금 내역등 객관적 증거에 의하면 해당 거래를 가공거래라고 할 만한 사정은 보이지 않는다. L이 지정하는 개인사업자 또는 법인사업자 명의에 따라 실물이 오가는 거래를 하고 그에 따른 세금계산서를 수수하였다면 이를 사실과 다른 세금계산서라고 할 수는 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 모두 인용한다.