1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고는 원고에게 XXXX원 및 이에 대하여 2019. 7. 31.부터 이 사건 소장 송달일까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

1. 기초사실

가. 이 사건 1차 세무조사 등

1) 원고는 2008. 8. 1.부터 2023. 3. 17.까지 XX XX구 XX동 소재 BBB병원(이하, ‘이 사건 병원’이라 한다)을 운영하였다.

2) XX세무서는 2019. 1. 14.부터 2019. 6. 19.까지 원고에 대한 개인통합조사(이하, ‘이 사건 1차 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 원고가 2013년 내지 2017년 귀속 부가가치세 및 종합소득세 신고 당시 소득금액 합계 XXX원을 누락하였다고 판단하고, 2019. 7. 1. 원고에게 2013년 내지 2017년 귀속 부가가치세 합계 XXX원, 종합소득세 합계 XXX원을 각 경정ㆍ고지하였으며, 현금영수증 미발행으로 인한 과태료 XXX원을 부과하였다(이하, ‘이 사건 1차 처분’이라 한다).

3) 원고는 2019. 7. 31. 피고에게 위 부가가치세 합계 XXX원, 종합소득세 합계 XXX원, 과태료 XXX원을 모두 납부하였다.

나. 이 사건 2차 세무조사

1) 원고는 이 사건 1차 처분에 불복하여 2019. 9. 27. 이의신청, 2020. 1. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2021. 1. 4. 재조사 결정을 하였다.

2) 이에 따라 XX세무서는 2021. 2. 4.부터 2021. 6. 28.까지 원고에 대한 재조사(이하, ‘이 사건 2차 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 원고가 2013년 내지 2017년 귀속 부가가치세 및 종합소득세 신고 당시 소득금액 합계 XXX원을 누락하였다고 판단하고, 그 무렵 원고에게 2013년 내지 2017년 귀속 부가가치세 합계 XXX원, 종합소득세 합계 XXX원을 각 경정ㆍ고지하였으며, 현금영수증 미발행으로 인한 과태료 XXX원을 부과하였다(이하, ‘이 사건 2차 처분’이라 한다)

다. 관련 형사사건

1) XX세무서는 수사기관에 원고에 대하여 이 사건 1차 세무조사 결과에 따라 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였으나, 이후 이 사건 2차 세무조사 결과에 따라 소득신고 누락액을 XXX원으로 진술하였다.

2) 그러나 수사기관은 위 XXX원 중 약 XXX원 상당을 실제 매출이라고 인정할 객관적인 증거나 반박할 자료가 부족한 상태라는 등의 이유로, 2022. 6. 13. 서울중앙지방법원 2022고단XXXX호로 원고에 대하여 ‘2015년 내지 2017년 귀속 부가가치세, 2016년, 2017년 귀속 종합소득세 각 신고 당시 이중장부의 작성, 장부의 거짓 기장, 세무조사 당시 위 이중장부의 파기 등 사기 기타 부정한 행위로 총 XXX원의 소득 신고를 누락하여, 총 XXX원의 부가가치세 및 종합소득세를 포탈하였다.’라는 조세범처벌법위반 혐의로 기소하였고, 위 법원은 2023. 2. 14. ‘징역형의 유죄 판결이 확정된 사건[서울고등법원 2021노XXX호 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기)]과 함께 판결할 경우에 종전 선고형(징역 3년 6개월)보다 더 중한형이 선고되었을 것으로 보기 어렵다.’라는 이유로 형을 면제하는 판결을 선고하였다.

3) 이에 대하여 쌍방 항소하였고, 항소심 법원(서울중앙지방법원 2023노XXX호)은 2023. 9. 1. 형법 제37조 후단 경합범 관계라 하여도 형 면제 판결은 부당하다는 이유로 1심 판결을 파기하고 벌금 XXX원의 유죄 판결을 선고하였다. 이에 대하여 원고가 상고하였으나, 상고심(대법원 2023도12868호)에서 상고 취하하여, 위 항소심 판결은 그 무렵 확정되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지

2. 당사자 주장의 요지

가. 원고의 주장

XX세무서는 이 사건 2차 세무조사 당시 원고의 실제 소득 신고 누락액 XXX원을 포함하여 이 사건 1차 처분과 마찬가지로 소득 신고 누락액을 총 XXX원으로 결정하겠다고 겁박하였고, 이로 인하여 원고는 부득이하게 실제 소득 신고 누락액 XXX원 이외에도 소득금액 XXX원을 누락하였다는 취지로 허위의 수기차트, 마약대장 및 확인서를 제출하였다. 결국 이 사건 2차 처분의 근거가 된 위 수기차트, 마약대장 및 확인서는 XX세무서의 일방적이고 억압적인 강요로 원고의 자유로운 의사에 반하여 작성된 것이므로, 이에 터 잡은 이 사건 2차 처분은 그 하자가 중대하고, 명백하여 무효이다. 따라서 피고는 원고에게 부당이득으로 이 사건 2차 처분에 따른 2013년 내지 2017년 귀속 종합소득세 및 부가가치세, 현금영수증 미발행으로 인한 과태료 납부액 합계 XXX원(= 부가가치세 XXX원 + 종합소득세 XXX원 + 과태료 XXX원)에서 실제 소득 신고 누락액XXX원을 기준으로 한 2013년 내지 2017년 귀속 종합소득세 및 부가가치세, 현금영수증 미발행으로 인한 과태료 합계 XXX원(= 부가가치세 XXX원 + 종합소득세 XXX원 + 과태료 XXX원)의 차액인 XXXX원(=XXX원- XXX원) 및 이에 대한 법정이자 또는 지연손해금을 반환할 의무가 있다.

나. 피고의 주장

원고는 이 사건 2차 세무조사 당시 자유로운 의사에 따라 수기차트, 마약대장 및 확인서를 제출하였을 뿐이고, XX세무서의 일방적이고 억압적인 강요로 이를 제출하였다고 볼 수는 없다. 또한 원고가 제출한 수기차트, 마약대장 및 확인서 중 일부 허위 내용이 존재하다고 하더라도, 이 사건 2차 처분은 그 하자가 중대하고, 명백하여 무효라고 볼 수 없다.

3. 판단

가. 관련법리

일반적으로 과세대상이 되는 법률관계나 소득 또는 행위 등의 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이지만 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세요건 사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2024. 3. 12. 선고 2021다224408 판결 참조).

또한 행정처분의 당연무효를 주장하여 그 무효확인을 구하는 행정소송에 있어서는 원고에게 그 행정처분이 무효인 사유를 주장ㆍ증명할 책임이 있다(대법원 2000. 3. 23. 선고 99두11851 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

수사기관은, XX세무서가 이 사건 2차 세무조사 결과에 따라 원고의 소득신고누락액으로 진술한 XXX원 중 약 XXX원 상당을 실제 매출이라고 인정할 객관적인 증거나 반박할 자료가 부족한 상태라고 판단한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 2차 처분 중 일부는 과세대상이 되지 아니하는 소득에 관하여 이루어진 것으로서 위법하다고 볼 여지가 있다.

그러나 앞서 든 증거들, 을 제1 내지 4, 6 내지 8호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사실 및 사정들을 종합하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 2차 처분의 하자가 외관상 명백하다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 청구는 이유 없다.

① 원고는 2021. 2.경 세무사 CCC에게 이 사건 2차 세무조사와 관련한 조사에 입회하거나 의견을 진술할 수 있는 권한을 위임하였고, 그 무렵부터 위 세무사로부터 이 사건 2차 세무조사와 관련한 자문을 받은 것으로 보인다. 그럼에도 원고는 이 사건 2차 세무조사 과정에서 XX세무서에 이 사건 2차 처분의 근거가 된 수기차트, 마약대장 및 확인서(을 제2호증, 이하 ‘이 사건 확인서’라 한다)를 제출하였고, 원고가 2021. 6.경 작성한 이 사건 확인서에는 2013년 내지 2017년 귀속 부가가치세 및 종합소득세 신고시 소득금액 누락액이 합계 XXX원으로 기재되어 있다. 한편 위 수기차트, 마약대장 및 이 사건 확인서 제출과 관련하여, XX세무서가 원고에게 일방적이고 억압적인 강요를 하였다고 볼 만한 직접적인 증거는 제출되지 아니하였다. 이에 비추어 보면, 원고가 이 사건 2차 세무조사 당시 XX세무서의 일방적이고 억압적인 강요로 위 수기차트, 마약대장 및 이 사건 확인서를 제출하였다고 보기는 어렵다.

② 원고는 2021. 2. 16. XX세무서장에게 증빙서류 검토에 상당한 시일이 소요된다는 이유로 이 사건 2차 세무조사 기간을 2021. 3. 15.까지 연장하여 달라는 내용의 신청을 하였고, XX세무서장은 이에 따라 이 사건 2차 세무조사 기간을 2021. 3. 15.까지로 연장하였다. 또한 원고는 2021. 3. 10. XX세무서장에게 자료소명 준비가 필요하다는 이유로 2021. 3. 10.부터 2021. 5. 3.까지 이 사건 2차 세무조사를 중지하여 달라는 내용의 신청을 하였고, XX세무서장은 이에 따라 이 사건 2차 세무조사 기간을 2021. 5. 9.까지로 변경하였다. 나아가 원고는 2021. 4. 20. XX세무서장에게 세무조사를 정상적으로 진행하기 어려운 기타 사유가 발생하였다는 이유로 2021. 5. 4.부터 2021. 6. 22.까지 이 사건 2차 세무조사를 중지하여 달라는 내용의 신청을 하였고, XX세무서장은 이에 따라 이 사건 2차 세무조사 기간을 2021. 6. 28.까지로 변경하였다.

즉, XX세무서는 원고의 이 사건 2차 세무조사 연장 및 중지 신청을 모두 받아들여주었고, 이 사건 2차 세무조사 기간인 2021. 2. 4.부터 2021. 6. 28.까지 중 2021. 3. 10.부터 2021. 6. 22.까지는 세무조사가 중지되어 있기도 하였다.

③ 원고는 2021. 7. 13. XX세무서로부터 이 사건 2차 세무조사 결과를 통지 받은 이후 과세전적부심사를 청구하지 않을 것이라는 이유로 조기결정을 신청하였고, 2021. 7. 28. 국세환금금 충당동의서를 제출하기도 하였을 뿐이고, 그로부터 약 3년이 도과한 이 사건 소 제기 이전까지 이 사건 2차 처분의 위법성에 관한 주장을 하지 아니하였다.

④ 원고는, 이 사건 1차 처분의 근거가 된 이 사건 병원의 이동식저장매체(USB)에저장 후 삭제된 매출액 엑셀파일(이하, ‘이 사건 엑셀파일’이라 한다) 중 약 XXX원은 중국투자회사의 투자를 유치하기 위한 목적으로 허위로 기재된 것인데, XX세무서는 이 사건 2차 세무조사 당시 원고에게 위 XXX원이 허위 매출임을 증명하라는 사실상 불가능한 요구를 하였다는 취지로 주장한다. 그러나 세무조사는 그 목적을 달성하는 데 최소한의 범위에서 납세자의 동의와 승인을 전제로 하여 이루어지는 임의조사의 성격을 가진다 할 것인바(대법원 2020. 6. 11. 선고 2020두35578 판결 및 제1심 판결인 대구지방법원 2019. 5. 29. 선고 2018구합22052 판결 참조), XX세무서는 원고의 협조에 따라 원고의 실제 매출내역, 수기차트 및 마약대장 등을 확인할 수 있을 뿐이므로, 원고의 주장과 같이 XX세무서가 원고에게 이 사건 엑셀파일에 기재된 XXX원이 허위 매출임을 증명하라고 요구하였다고 하더라도, 이를 부당하다고 보기는 어렵다.

⑤ 원고는, 이 사건 2차 처분의 근거가 된 수기차트에는 현금수납일이 초진일보다 앞서는 명백히 허위임을 알 수 있는 내역이 포함되어 있고, 피고가 이와 같은 허위성을 검증하지 아니하였으므로, 이 사건 2차 처분의 하자는 중대하고, 명백하다는 취지로도 주장한다. 그러나 ㉮ 이 사건 2차 처분의 기준이 된 원고의 소득 신고 누락액은 원고가 제출한 이 사건 확인서(을 제2호증)에 근거한 것으로 보이는 점, ㉯ 원고의 주장과 같이 위 수기차트에 허위 내용이 기재되어 있다고 하더라도, 이 사건 2차 처분의 근거가 된 수기차트, 마약대장 및 이 사건 확인서는 원고가 스스로 제출하였고, 이 사건 1차 처분의 근거가 된 이 사건 엑셀파일도 존재하였던 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 확인서에 기재된 원고의 소득 신고 누락액을 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있다고 봄이 타당하고, 그것이 과세대상이 되는지의 여부는 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우에 해당하므로, 원고가 주장하는 사정들만으로는 이 사건 2차 처분의 하자가 명백하다고 보기는 어렵다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.