1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 12. 6. 원고에 대하여 한 2019년 제1기 부가가치세 00,000,000원의 부과 처분을 취소한다(원고는 가산세 00,000,000원에 대하여는 취소를 구하지 않는다).

1. 처분의 경위

가. (1) 원고는 2017. 7. 4. aaaa 유한회사(이하 ‘aaaa’이라 한다)로부터 부산 남구 ○○대로000 0층 000호(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 0,000,000,000원에 분양받고, 비주거용건물 임대업으로 사업자등록을 하였다.

(2) 원고는 aaaa으로부터 수취한 매입세금계산서상 공급가액 000,000,000원에 대하여 2017년 제2기부터 2019년 제1기까지 매입세액 공제를 받았다.

나. aaaa은 이 사건 부동산에 관한 원고와의 분양계약 해제를 원인으로 2019. 6. 10. ‘작성일자를 2019. 5. 28.(aaaa가 중도금 대출금을 대위변제한 날), 공급가액을 (-)000,000,000원’으로 한 수정세금계산서(이하 ‘이 사건 수정세금계산서’라고 한다)를 발급․신고하였다.

다. 피고는 원고가 이 사건 수정세금계산서에 대한 부가가치세 수정신고를 누락한 것으로 보고 2023. 12. 6. 2019년 제1기 부가가치세 86,352,400원, 가산세 49,328,808원 등 합계 136,681,208원을 경정․고지하였다(이 중 원고가 취소를 구하는 부가가치세 86,352,400원 부분을 편의상 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 8. 22. 조세심판원에 심판을 청구하였으나 2024. 12. 10. 기각되었고, 그 결정문이 같은 달 13. 원고에게 송달되었다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑2호증, 을1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

(1) aaaa이 원고에게 귀책사유가 없음에도 일방적으로 분양계약 해제통보를 하고, 이 사건 수정세금계산서를 발급하였다. 원고는 aaaa을 상대로 민사소송을 제기하여 분쟁중이었고, 관련 민사소송 판결은 2025. 8. 2.에야 확정되었으므로, 그때 비로소 분양계약 해제의 효과가 생긴다고 보아야 한다. aaaa이 발급한 수정세금계산서를 근거로 관련 민사소송 판결 확정시(2025년 제2기)가 아닌 이 사건 수정세금계산서 발행시(2019년 제1기)를 수정신고의무 발생시로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고는 aaaa과 원고 사이의 실질관계를 충분히 조사하지 않고 만연히 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 ① 처분사유의 존재에 대한 사실오인, ② 실질과세의 원칙에 위반되어 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 본 증거들과 을6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

가. 원고는 2017. 7. 4. aaaa과 이 사건 부동산에 관한 분양계약을 체결하고 2017. 8. 23.까지 계약금 106,335,240원을 지급하였다.

나. 분양계약 제4조 제6항은 “을(원고)이 금융기관으로부터 정(aaaa)의 알선으로 대출을 받은 후 을의 귀책 사유로 동 대출기관이 갑(신탁회사) 등에게 대위변제를 청구한 때에는 갑은 을에게 사전 통보 및 최고 등의 절차 없이 대출기관으로부터 청구받은 금액과 갑 등이 대납한 대출이자를 을이 기납부한 공급금액에서 우선 변제하고 이 계약을 해제할 수 있다. 계약 해제 시 을이 기납부한 공급금액에서 위 대위변제 금액, 대출이자 및 위약금을 공제한 나머지 금액을 을에게 반환한다”고 정하고 있다.

다. 원고가 대출받은 중도금을 변제하지 않자 　aaaa은 2019. 5. 28. 금융기관에 000,000,000원(=000,000,000원 × 3회)을 대위변제하고, 원고에게 ‘분양계약 제4조 제6항에 따라 분양계약을 해제한다’는 내용증명을 발송하여 2019. 5. 31. 원고에게 도달하였다.

라. 원고는 2020. 8. 14. aaaa을 상대로 ‘기망으로 체결된 분양계약을 취소하므로, 지급한 계약금 000,000,000원 및 2017. 8. 23.부터의 지연손해금을 지급하라’는 청구를 하였다. 제1심(부산지방법원 2020가단332278호)은 2024. 3. 28. ‘기망으로 분양계약이 체결되었다고 볼 만한 증거가 없고, 분양계약 제4조 제6항에 따른 위약금(aaaa의 계약해제에 따른 위약금 몰취 주장에 대한 판단임)이 과다하다고 볼 수 없다’는 이유로 원고 청구기각 판결을 선고하였다. 원고가 항소하였으나 항소심(부산지방법원 2024나49100호)도 2025. 7. 11. ‘기망의 증거가 없고, 분양계약이 적법하게 해제되었다’는 등의 이유로 원고의 항소를 기각하여 2025. 8. 2. 판결이 확정되었다(이하 ‘관련 민사소송’이라 한다).

라. 판단

(1) 관련 민사소송 판결 확정시에 비로소 수정신고 의무가 발생한다는 주장

aaaa이 2019. 5. 28. 원고가 대출받은 중도금 000,000,000원을 대위변제하고, 분양계약 제4조 제6항에 따라 분양계약을 해제한다는 의사표시를 하여 2019. 5. 31.원고에게 도달한 사실, aaaa이 위와 같은 사유로 2019. 5. 28.자 이 사건 수정세금계산서를 발행한 사실은 각 앞서 본 바와 같으므로, 분양계약은 2019. 5. 31. 적법하게 해제되었다. 따라서 원고로서는 당초 환급받은 매입세액을 계약해제가 발생한 때가 속하는 과세기간(2019년 제1기)의 부가가치세로 신고납부하여야 한다. 이와 다른 전제에서 나온 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 처분사유의 부존재, 실질과세 원칙 위반 주장

가) 부가가치세법은 ‘공급자로부터 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있다’고 규정하면서(제32조 제7항), 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우에는 폐업일이 속한 달의 다음달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하도록 규정한다(제49조 제1항). 한편 부가가치세법 시행령 제70조 제1항은 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우의 구체적 수정세금계산서의 발급절차를 정하고 있다.

aaaa이 원고와의 분양계약 해제를 이유로 이 사건 수정계산서를 발급․신고한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑2호증의 기재에 의하면, ○○세무서장은 aaaa이 발급한 이 사건 수정세금계산서와 관련한 내용을 피고에게 통보하였고, 이에 피고가 사실 확인을 거쳐 이 사건 처분을 한 것으로 보인다. 여기에 앞서 본 바와 같이 이 사건 수정세금계산서에 따른 원고의 신고의무가 수정세금계산서 발급시에 발생한다는 점까지 보태어 보면, 피고가 원고에게 2019년 제1기 부가가치세 86,352,400원을 부과한 이 사건 처분에 처분사유가 없다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

나) 국세기본법 제14조 제1항은 실질과세 원칙을 정하고 있는데, 소득이나 수익, 재산, 거래 등 과세대상에 관하여 그 귀속명의와 달리 실질적으로 귀속되는 사람이 따로 있는 경우에는 형식이나 외관에 따라 귀속명의자를 납세의무자로 삼지 않고 실질적으로 귀속되는 사람을 납세의무자로 삼겠다는 것이다(대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두128 판결 등 참조). 원고는 자신이 납세의무자임을 전제로 이 사건 처분의 위법성을 다투고 있고, 이 사건 처분도 원고를 납세의무자로 보고 한 것이며, 실질적 귀속자가 따로 있다고 볼 만한 아무런 사정이 없다. 또, 과세관청의 세금부과는 조세법령에 따라 이루어지므로, 설령 원고가 부가가치세 납부(매입세액 불공제) 등의 불이익을 예상하지 못하였다고 하더라도(더구나 원고는 aaaa으로부터 분양계약 해제통보를 받은 이후에야 관련 민사소송을 제기하였다), 이는 원고와 aaaa 사이의 이해관계 조정으로 해결되어야 할 문제이고, 이로 인하여 피고의 이 사건 처분이 위법하게 되는 것도 아니다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

마. 소결론

이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.