1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2024. 8. 6. 원고에 대하여 한 2021년 2기분 부가가치세 20,155,780원, 2022년 1기분 부가가치세 18,571,520원, 2022년 2기분 부가가치세 52,481,230원, 2023년 2기분 부가가치세 33,858,750원의 부과처분을 각 취소한다.

가. 원고는 2018. 5. 2. ○○ ○○군 ○○읍 ○○○로22번길 18에서 부동산임대업 및 건물신축판매업(사업자등록번호 : 4**-**-****8, 이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 영위하는 자이다.

나. 원고는 2018. 5.경 위 ○○읍 ○○○로22번길 18에 지상 8층, 오피스텔 12세대로 이루어진 집합건물(건물명: ○○○○○ 6차 에이동, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여, 2019. 5. 7. 사용승인을 받았고, 2019. 6. 11. 소유권보전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2021년 제2기에서 2023년 제2기 과세기간 동안 아래 표와 같이 이 사건 건물 중 일부 세대(이하 ‘이 사건 쟁점오피스텔’이라 한다)를 양도하였음에도 그 양도와 관련한 부가가치세를 신고하지 않았다.

-표 생략-

라. 피고는 이 사건 쟁점오피스텔에 대하여 오피스텔은 주택이 아닌 업무시설에 해당하므로 건물분 공급가액을 부가가치세 과세표준에 가산하여, 2024. 8. 1. 원고에게 아래 표와 같이 2021년 제1기 부가가치세 20,155,770원을, 2022년 제1기 부가가치세 18,571,510원을, 2022년 제2기 부가가치세 52,481,230원을, 2023년 제2기 부가가치세 33,858,750원을 경정·고지하였다(아래 표 참조, 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

-표 생략-

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 11. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 4. 29. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

3. 원고의 주장

가. 원고는 이 사건 건물을 신축완료한 후 임대하는 사업을 하게 되었으나 임대가 제대로 되지 않아 이 사건 건물 중 일부를 양도한 것으로, 이는 사업의 포괄적인 양도에 해당하는바, 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다.

나. 원고는 이 사건 건물 중 오피스텔 1세대를 양도하고 2021. 1. 21. 양도소득세를 신고하였으나, 이와 관련하여 부가가치세 과세처분이 없었기에 원고는 해당 양도가 사업의 포괄양도로서 부가가치세 과세대상이 아니라고 신뢰하였다. 그런데 피고가 원고의 이와 같은 신뢰에 반하여 이 사건 처분으로 부가가치세를 과세한 것은 신의칙에 반하여 위법하다.

4. 판단

가. 관련 법리

1) 부가가치세의 부과대상이 되는 재화의 공급이라 함은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하고, 그 납세의무자는 영리목적의 유무에 불구하고, 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자이므로 사업자가 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경우에는, 부가가치세를 면제하거나 부과하지 아니한다는 특별한 규정이 없는 한 모두 부가가치세의 과세대상인 거래가 되고, 임대사업용 건물을 양도함으로써 그에 의하여 비로소 부동산임대사업을 폐지하게 된 것이라면 이는 사업자가 사업폐지의 목적으로 재화를 공급한 경우에 해당하는 것이고, 그와 같이 사업자가 법률상, 계약상의 원인에 의하여 재화를 공급하는 이상, 그 재화공급의 목적이 사업의 유지·확장을 위한 것이든 사업의 청산·정리를 위한 것이든, 부가가치세법상의 과세대상이 되며, 사업자가 주된 사업으로서 계속적으로 반복하여 하는 재화 등의 공급이 아니고 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 하는 재화 등의 공급이라 하더라도 과세대상이 된다고 할 것이다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2006두14773 판결 등 참조).

2) 부가가치세법 제10조 제9항 제2호 및 부가가치세법 시행령 제23조가 규정하고 있는 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적·인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 의미하므로, 그 사업은 물적·인적시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 한다(대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 등 참조).

3) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것이다(대법원 2001. 11. 27. 선고 99두10131 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거, 갑 제2호증, 을 제5 내지 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 혹은 사정들을 종합해 보면, 이 사건 쟁점오피스텔을 양도한 거래행위는 원고가 영위하던 부동산임대사업에 관한 권리의무가 그 동일성을 유지하면서 포괄적으로 양도된 것이라기보다는 그 사업에 제공되던 건물만을 특정하여 양도의 대상으로 삼았다고 봄이 타당한바, 이를 과세대상으로 보아 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 정당하며, 이 사건 처분이 신의칙에 위배된다고 볼 만한 사정도 찾아보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장은 모두 받아들이지 않는다.

1) 이 사건 사업의 사업자기본사항(을 제1호증)에 의하면 주업태, 주종목이 부동산임대이기는 하지만 부업태, 부종목이 건설업, 건물신축판매에 해당하므로, 원고가 신축한 이 사건 쟁점오피스텔을 양도하여 재화를 공급한 것 역시 이 사건 사업의 수행의 일환으로 이루어진 것이라고 볼 수 있는바, 이는 특별한 사정이 없는 한 부가가치세법 제4조 제1호에 따른 부가가치세의 과세대상이 된다고 할 것이다.

2) 원고와 이 사건 쟁점오피스텔의 매수인들은 이 사건 쟁점오피스텔의 소유권을 양도하는 내용의 매매계약을 체결하였을 뿐이고, 원고의 부동산임대업을 포괄적으로 양도하는 내용의 약정을 한 바가 없으며, 그 매수인들이 부동산임대업으로 사업자등록을 하지도 않은 것으로 보인다.

3) 이 사건 쟁점오피스텔의 양도 과정에서 원고와 매수인들 사이에 부동산임대업과 관련된 사업양도양수의 대가나 원고가 영위하던 부동산임대업과 관련된 자산·부채의 평가 또는 영업권의 평가가 있었다거나 고객관계·사업상 비밀·경영조직 등의 이전이 있었다고 볼 증거도 없다.

4) 양도소득세는 신고납부방식의 조세로서(국세기본법 제22조 제2항 제1호), 과세관청이 납세의무자의 신고에 따라 세액을 수령하는 것은 단순한 사실행위에 불과하므로(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두8014 판결 등 참조), 담당공무원이 2021. 1. 29. 원고의 이 사건 건물 401호(오피스텔)에 관한 양도소득세 신고를 신고한 대로 수리하면서 이의를 제기하거나 부가가치세를 부과하지 않았다고 하더라도, 피고가 원고에게 어떠한 공적인 견해표명을 한 것으로 보기 어려운바, 이러한 사정만으로 이 사건 처분이 신의칙에 반한다고 할 수 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.