서 울 행 정 법 원

제 8 부

판 결

사 건 2025구합54836 종합소득세부과처분취소

원 고 A

피 고 B세무서장

변 론 종 결 2026. 3. 18.

판 결 선 고 2026. 4. 8.

주 문

1. 피고가 2024. 4. 17. 원고에게 한 2016년 귀속 종합소득세 281,279,041원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문 기재와 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 6. 1. 주식회사 C종합건설(이하 ‘C’이라 한다)과 서울 B구 OO 506-159번지 외 1필지에서 시행되는 OO7 아파트 재건축 사업(이하 ‘이 사건 재건축 사업’이라 한다)에 관하여 5억 원을 투자하고 확정수익금으로 원금의 100%를 지급받기로 하는 약정을 체결하였는데(이하 ‘이 사건 약정’이라 하고, 원고가 C에 대해 갖는 위 10억 원 채권을 ‘이 사건 채권’이라 한다), 그 주요 내용은 다음과 같다.

나. C은 이 사건 약정 제4조에 규정한 2016. 6. 30.까지 원고에게 원금 5억 원 및 그에 대한 약정금 5억 원(원금의 100%)를 지급하지 못하였다.

다. C은, ① 2017. 12. 22. G(원고의 배우자)에 이 사건 재건축 사업의 사업권을 31억 원에 양도하면서 대금 중 계약금 10억 원은 원고가 C에 대하여 갖고있는 이 사건 약정 상 10억 원 채권으로 갈음하는 내용의 사업권계약이행 합의서(이하 ‘이 사건 제1차 합의서’라 한다), ② 2018. 7. 28. 위 G이 운영하는 H건설 주식회사(이하 ‘H건설’이라 한다)에 OO7주택재건축정비사업조합에 이 사건 재건축 사업의 사업권을 31억 원에 양도하면서 계약 이행시 C과 원고 사이의 이 사건 채권이 소멸한다는 취지를 정한 사업권포괄양도양수계약서(이하 ‘이 사건 제2차 합의서’라 한다), ③ 2018. 9. 20. 위 G이 지배인으로 있는 주식회사 I종합건설(이하 ‘I종합건설’이라 한다)에 OO7주택재건축정비사업조합에 이 사건 사업 사업권을 31억 원에 양도하면서, 그 대금 중 중도금 10억 원을 원고의 이 사건 채권과 상계하고 계약 이행 시 C과 원고 사이의 이 사건 채권이 소멸한다는 취지를 정한 사업권포괄양도양수계약서(이하 ‘이 사건 제3차 합의서’라 한다) 등을 각 체결하였다.

라. C은 2021. 1. 20. 원고와 ‘C이 원고에게 10억 원을 지급한다’는 내용의 합의서를 작성하고(이하 ‘이 사건 최종 합의서’라 한다), 이에 기하여 최종적으로 2021. 4. 27. 원고에게 10억 원을 지급하였는데, 위 사건 최종 합의서 중 주요 내용은 다음과 같다(위 10억 원을 이하 ‘이 사건 지급금’이라 하고, 이 중 이 사건 약정상 원금 5억 원을 초과하는 부분을 이하 ‘이 사건 추가금’이라 한다).

마. 원고가 이 사건 지급금 또는 이 사건 추가금에 대한 종합소득세를 신고하지 않자, 피고는 2022. 6. 7.부터 2022. 8. 5.까지 이 사건 지급금 등에 대한 조사를 실시한 후 이 사건 추가금을 2021년 귀속 ‘기타소득’으로 보아 2022. 8. 1. 원고에게 2021년 귀속 종합소득세 182,500,190원을 결정·고지하고(이하 ‘이 사건 당초 처분’이라 한다), 원고는 2023. 3. 31.경 위 고지 내용에 따라 종합소득세를 납부하였다.

바. 서울지방국세청은 2024. 2. 13.부터 2024. 3. 4.까지 피고에 대한 종합감사를 실시하고 이 사건 추가금이 2021년 귀속 기타소득이 아닌 2016년 귀속 이자소득(비영업대금 이익)이라 보고 2024. 4. 3. 피고에게 부과제척기간 만료가 임박하였음을 고려하여 과세예고통지서 송달 확인 즉시 고지처분하도록 지시하였고, 이에 따라 피고는 원고에게 2024. 4. 5. 과세예고통지를 한 후 2024. 4. 17. 종합소득세 303,080,160원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.

사. 원고는 2024. 5. 8. 이의신청절차를 거쳐 2024. 8. 6. 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 6. 17. ‘납부지연가산세 기간 산정시 납부일을 2022. 8. 24.로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다’는 결정을 하였고, 이에 피고는 위 조세심판 결정에 따라 세액을 303,080,161원에서 281,279,041원(가산세 포함)으로 감액경정하는 내용의 처분을 하였다(이하 감액경정된 세액 부분에 대한 과세처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 제14호증, 을 제1, 6, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 피고는 정당한 사유 없이 부과제척기간 만료가 임박한 사정을 스스로 작출한 후 이를 이유로 과세전적부심사 기회를 박탈한 채 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분에는 국세기본법 제81조의15가 정한 과세전적부심사 절차를 보장하지 않은 절차적 하자가 있다.

2) 피고는 이 사건 추가금 5억 원에 대하여 2021년 귀속분 기타소득에 해당한다는 내용의 공적 의견을 표명하였고 원고는 이를 신뢰하였는바, 이에 반하는 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 위배되어 위법하다.

3) 원고는 이 사건 재건축 사업 참여를 주된 목적으로 이 사건 약정을 체결하였으나 결국 그 이행이 무산되자 이 사건 최종 합의를 통해 위약금 또는 손해배상금으로 이 사건 추가금을 받은 것이므로, 비영업대금 이익 등 이자소득이 아니라 기타소득으로 과세되어야 한다.

4) 설령 이 사건 추가금이 이자에 해당된다고 하더라도 이자제한법상 제한이율 초과부분은 이자소득으로 볼 수 없는바, 이 사건 금전 중 이 사건 약정상 변제기까지 제한이율(연 25%) 범위 내의 돈 1억 2,500만 원은 2016년 귀속 이자소득이라 할 수 있으나, 나머지 3억 7,500만 원은 지연손해금으로서 2021년 귀속 기타소득에 해당한다고 보아야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 과세전적부심 절차 누락의 위법성 판단

1) 관련 법리

가) 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의15 제1항 본문은 ‘세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다‘고 규정하면서, ‘세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우(제1호)’, ‘납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우’(제3호 본문) 등을 과세예고통지를 하여야 할 사유로 들고 있고, 같은 조 제2항 본문 및 그 제2호는 ‘과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다‘고 규정하고 있다.

나) 위 법령의 문언과 체계 및 입법 취지와 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).

다) 한편 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호는 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외적 사유 중 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 과세관청이 정당한 사유없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다. 따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결 참조).

2) 이 사건의 경우

앞서 든 증거, 갑 제11, 12호증, 을 제7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하면, 피고가 원고에게 과세전적부심사청구 기회를 부여하지 않은 채 이 사건 처분에 나아간 데에는 절차상 위법이 있고, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는

등의 정당한 사유가 인정되기도 어렵다. 이 사건 처분은 위법하다.

가) 이 사건 약정에는 원고의 이 사건 채권 이행기가 2016. 6. 30.로 명시되어 있다. 이 사건 처분의 전제와 같이 이 사건 약정에 기한 ‘확정이익금’ 5억 원을 이자소득의 일종인 비영업대금 이익으로 볼 경우 그 수입시기는 약정에 의한 이자지급일인 위 2016. 6. 30.이 되어 원고의 2016년 소득으로 귀속되고, 원고가 위 확정이익금 5억 원 소득을 종합소득세로 신고한 바 없으므로 부과제척기간은 종합소득세 과세표준 신고기한인 2017. 5. 31. 다음날인 2017. 6. 1.부터 7년이 경과한 2024. 5. 31. 만료된다(이하 이 시점을 ‘이자소득 제척기간 만료 시점’이라 한다).

나) 피고는 원고의 이 사건 추가금 수령 사실 및 이에 대한 종합소득세 무신고 사실을 확인하고 2022. 6. 7. 원고에게 해명자료 제출을 요구하였다. 위 요구에는 ① 과세자료 내용으로 ‘2015년 C에 5억 원 대여 후 2021년까지 그에 대한 원리금 1,101,500,000원을 수령하였으나 종합소득세 무신고’라고 기재되어 있고, ② 제출할 해명자료로 ‘대여금과 그에 대한 원리금 상환내역 및 관련 증빙(약정서, 계좌내역 등), 자료내용이 사실과 다른 경우 그에 대한 증빙’이라고 기재되어 있다. 즉 피고는 2022. 6.경 위와 같은 해명요구 당시 이미 이 사건 약정에 기한 원고와 C 사이의 5억 원 금전거래 사실, 이 사건 추가금을 포함한 원고의 약 10억 원의 수령 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이고, 위 각 금전의 성격을 일응 대여금 및 그 상환금으로 파악하고 있었다.

다) 원고는 위 해명요구에 대하여 2022. 7. 19. 피고에게 해명서를 제출하였는데, 위 해명서에는 이 사건 약정 및 그에 후속한 이 사건 제1, 2차 각 합의, 이 사건 최종합의와 그 이행을 둘러싼 분쟁 경위가 구체적으로 기재되어 있고, 원고가 ‘수령한 10억 원 중 5억 원이 당초 약정기일인 2016. 6. 30.에 지급되었을 경우에는 비영업대금에 해당할 수 있으나, C의 계약 위반 경위와 이 사건 약정 및 이 사건 최종 합의의 해석상 이 사건 추가금은 위약에 대한 배상금 성격을 가진다’는 취지가 분명하게 기재되어 있다. 또한 위 해명서에 첨부된 ‘증빙서류’에는 이 사건 약정, 이 사건 제1, 2차 각 합의, 이 사건 최종 합의와 거래내역 및 입금확인증 등이 모두 포함되어 있었던 것으로 보인다.

라) 피고는 적어도 2022. 7. 19.경부터 이 사건 당초 처분이 이루어진 2022. 8. 1.경까지 이 사건 약정에 의할 때 이 사건 채권의 약정 지급기일이 2016. 6. 30.이라는 점을 포함하여 이 사건 약정을 둘러싼 거래내역 및 그 경과를 상세하게 파악할 수 있었던 것으로 보이고, 원고도 비록 이 사건 추가금에 대한 종합소득세 신고를 누락하기는 하였으나 늦어도 2022. 7. 19.경에는 이 사건 약정의 내용 및 그 이행 경과와 이를 증빙할 과세자료를 충실히 제출하였던 것으로 인정된다. 달리 원고가 납세의무를 회피하기 위한 적극적인 조작이나 은폐를 시도한 바는 찾아볼 수 없다.

마) 이자소득 제척기간 만료 시점인 2024. 5. 31.은 위와 같이 피고가 이 사건 추가금 5억 원에 관한 과세자료를 파악한 시점인 2022. 7.~8.경으로부터 약 1년 10개월 후이고, 서울지방국세청의 종합감사가 이루어진 기간인 2024. 2. 12.부터 2024. 3. 4.까지 시점으로부터도 약 2~3개월 후의 시점이다. 한편 피고의 이 사건 당초 처분 이래로 위 서울지방국세청의 종합감사 및 이 사건 처분에 이르기까지 피고가 소득 분류에 대한 종전의 입장을 바꾸어 이 사건 당초 처분에서 이 사건 처분으로 경정하는데 직간접적 영향을 줄 만한 추가적인 사실관계가 확인되었다거나 다른 과세자료가 발견되었다고 볼 정황은 보이지 아니하고, 다만 이미 확정된 사실관계에 대한 과세관청의 해석과 세법상 견해의 변경만이 있었던 것으로 보인다.

바) 피고가 이 사건 추가금 5억 원의 소득 성격과 그 귀속시기에 대한 견해를 언제 변경하느냐 하는 우연하고도 내부적인 사정(구체적으로 이는 서울지방국세청이 이에 대한 어떠한 견해를 가지고 있고, 피고에 대한 종합감사가 언제 이루어졌는가 하는 전적으로 피고 내부의 조직적·행정적 사정에 해당한다)에 따라, 과세전적부심사라는 절차상의 권리구제 기회 부여 여부가 달라진다는 것은 과세전적부심 절차를 둔 법령의 취지에 비추어 심히 불합리한바, 이를 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외적 사유라고 보기 어렵다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.