사 건 2025구합50539 부가가치세등부과처분취소

원 고 AAA

피 고 BBB세무서장

변 론 종 결 2026. 4. 10.

판 결 선 고 2026. 4. 24.

청 구 취 지

피고가 원고를 주식회사 CCC하이테크의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고에 대하여 한 별지2 표 기재 각 부가가치세 및 법인세 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 CCC하이테크(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)는 자동차 부품 코딩, 도료 및 도장업 등의 사업을 목적으로 2013. 5. 30. 설립되었다.

나. 피고는 이 사건 법인에 2024. 4. 9. 2014년도 1기 등 부가가치세 합계 170,332,300원을, 2024. 6. 1. 2014년도 ~ 2016년도 법인세 합계 259,259,840원을 고지하였으나, 이 사건 법인은 이를 체납하였다.

다. 피고는 원고가 이 사건 법인의 지분 65%를 보유한 과점주주로서 위 체납세액에 대한 제2차 납세의무자에 해당한다고 보아, 별지1 표 기재와 같이 2024. 6. 7. 및 2024. 7. 8. 원고를 이 사건 법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 원고에게 부가가치세 및 법인세(각 가산금 포함)를 납부고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 하고, 그 내역은 별지2표 기재와 같다)하였다.

라. 원고는 2024. 9. 4. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은 2024. 12. 17. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

제2차 납세의무자인 ‘과점주주’에 해당하기 위해서는 과반수 지분을 보유한 실질적 주주로서 납세의무자인 이 사건 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자이어야 한다. 그러나 원고는 이 사건 법인 설립 당시 자본금을 납입하지 않았고, 이 사건 법인의 실질적인 대표자이자 친족관계인 ○○○의 부탁으로 주주 명의를 빌려준 형식상의 주주에 불과하며, 이 사건 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자가 아니다. 따라서 원고를 제2차 납세의무자라고 본 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지3 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 규정 및 법리

1) 국세기본법이 2020. 12. 22. 개정되기 전

가) 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호(이하 ‘구법조항’이라고 한다)에 의하면, 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 ‘그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’은 해당 법인이 체납한 국세에 대한 제2차 납세의무자인 ‘과점주주’에 해당한다.

나) 구법조항의 ‘주식의 소유사실’은 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결 등 참조).

다) 구법조항의 ‘주식에 관한 권리 행사’는 반드시 현실적으로 주주권을 행사할것을 요구하는 것은 아니고, 국세의 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두8418 판결 등 참조).

2) 국세기본법이 2020. 12. 22. 개정된 후

가) 2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정된 국세기본법 제39조 제2호(이하 ‘개정법조항’이라고 한다)에 의하면, 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 ‘그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’은 해당 법인이 체납한 국세에 대한 제2차 납세의무자인 ‘과점주주’에 해당한다. 이처럼 개정법조항이 과점주주의 실질적 요건을 ‘주식에 대한 권리를 실질적으로행사하는 자들’에서 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 변경한 것은 주주의 유한책임 원칙을 고려하여 과점주주의 범위를 축소한 것이다.

나) 국세기본법 부칙(2020. 12. 22. 법률 제17650호) 제1조는 ‘이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다’, 제2조는 ‘제39조의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’고 정하고 있으므로, 2021. 1. 1. 이후 성립한 법인의 납세의무부터 개정법조항의 적용대상이 된다.

3) 이 사건의 경우

2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정된 국세기본법 제39조 제2호는 국세기본법부칙(2020. 12. 22. 법률 제17650호) 제1조 및 제2조에 따라 2021. 1. 1. 이후 성립한법인의 납세의무에 대하여 적용된다. 그런데 이 사건 처분에 관한 이 사건 법인의 미납 세목은 2014년도, 2015년도 귀속 법인세 및 2014년도 1기, 2015년도 1기, 2015년도 2기 귀속 부가가치세로서 그 납세의무의 성립 시점이 모두 2021. 1. 1. 이전이므로,이 사건 처분에 대하여는 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호가 적용된다. 따라서 이 사건에서 원고가 ‘이 사건 법인의 경영에대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자’인지 여부는 이 사건 법인의 제2차 납세의무자인 ‘과점주주’에 해당하는지 여부를 판단함에 고려할 사항으로 볼 수 없다.

나. 구체적 판단

앞서 든 각 증거들, 갑 제5호증, 을 제1 내지 4호증, 제6 내지 8호증의 각 기재에변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래의 사실 내지 사정에 비추어 보면,원고는 이 사건 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하는 주식을 소유하면서‘그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자’로서 제2차 납세의무자인 과점주주에 해당한다고 봄이 상당하고, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 법인의 주주 명의만을 빌려준 형식상의 주주에 불과하다거나, 보유 주식에 관하여 주주권을 행사할 수있는 지위에 있지 않았다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 주식등변동상황명세서, 주주명부, 주식․출자지분 양도명세서 등에 의하면 원고는 아래 표 기재와 같이 2013. 3.경부터 2016. 5. 31. EEE1)에게 보유주식 전부를 양도할 때까지 이 사건 법인의 발행주식 총수 10,000주 중 6,500주(65%)를 보유한 것으로 기재되어 있다.

1) EEE은 2006. 5. 16. ○○○와 혼인신고하였고, 2024. 6. 19. 협의이혼하였다(갑 제6호증의2 제4쪽 참조). 연해련은 원고의 배우자 연해화와 자매이다.

② 원고는 아래와 같이 이 사건 법인으로부터 급여를 수령하였다.

귀속연도 근무기간 시작일 근무기간 종료일 급여 총액(원)

③ 원고는 2013. 6.경 대표자 원고, 사업 개시일 2013. 3. 20., 주업태 제조업, 주종목 자동차부품코팅으로 하는 내용의 이 사건 법인에 대한 설립신고 및 사업자등록신청서를 제출하였고 이 사건 법인에 관한 등기사항전부증명서에는 원고가 대표이사이자 사내이사로 기재되어 있으며 이 사건 법인의 정관에는 원고와 서석필이 발기인으로 기재되어 있는데, 원고의 이름 옆에는 원고 인영이 날인되어 있다.

④ 이 사건 법인 사업장에 대한 2013. 5. 14. 자 임대차계약서의 임차인 란에는 원고의 이름, 주민등록번호, 주소, 전화번호가 기재되어 있고, 2013. 5. 14. 자 전대동의서의 전차인 란에는 ‘주)CCC하이테크 대표 AAA’이라고 기재되어 있다.

⑤ 2013. 5. 20. 원고 명의 ****은행 000-00000-01-016 계좌의 5,000만 원에 대한 통합잔액증명서가 발급되었고 EEE 명의 @@@@은행계좌에서 2013. 4. 22.2,000만 원이, EEE 명의 ##은행 계좌에서 2013. 4. 24. 3,000만 원이 위 원고 명의 ****은행 계좌로 각 이체되었고, 위 원고 명의 ****은행 계좌에서 2013. 9. 17. ‘CCC’(○○○의 형인 kkk이 운영하는 법인으로 보인다)으로 5,000만 원이 이체된 내역은 확인되나, 이러한 사정만으로는 원고가 아닌 제3자가 이 사건 법인의 자본금을 납입하였다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

⑥ 이 사건 법인 명의 계좌의 계좌거래내역에서 ○○○ 휴대전화 요금, EEE, △△△(○○○의 형), ●●●(△△△의 처), kkk(○○○의 형) 또는 CCC(kkk의 사업체) 등으로 금원이 이체된 내역이 존재하기는 하나 ‘CCCkkk‘으로부터 이 사건 법인으로 이체된 내역이 존재하고, CCC과 이 사건 법인 사이에 거래관계가 있었던 것으로보이는 사정을 고려할 때, 위와 같은 사실 내지 사정만으로는 원고가 이 사건 법인의실질적인 주주가 아니라고 보기는 어렵다.

⑦ 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어 있는 자는 특별한 사정이 없는 한 회사에 대한 관계에서 주식에 관한 의결권 등 주주권을 행사할 수 있으므로(대법원 2017.3. 23. 선고 2015다248342 판결 참조), 원고의 주장과 같이 ○○○가 이 사건 법인의실질적 운영자라 하더라도 원고가 국세기본법 소정의 제2차 납세의무자에 해당하지 아니한다고 볼 수는 없다.

⑧ 원고는 피고가 법인세와 관련하여 2024. 2. 27.경에는 귀속자를 원고로 하여 과세예고통지(갑 제7호증의1)를 하였다가 이후 2024. 3. 28. 귀속자를 ○○○로 변경하여과세예고통지(갑 제7호증의2)를 하여 피고도 이 사건 법인의 실질적 운영자가 ○○○라는 점을 인지하고 있었다는 취지로 주장하나, 이 사건 법인이 2014년부터 2016년까지 ㈜□□□테크놀로지로부터 가공매입세금계산서를 수취하고는 이를 손금(가공매입)으로 계상하여 법인세를 과소신고하였고, 가공매입비용 상당의 법인의 수익이 사외로유출되고 사외유출된 현금의 귀속이 분명하지 않으면 대표자의 상여로 소득처분하는

데, 귀속자가 ○○○로 확인되어 피고가 귀속자를 ○○○로 변경한 것으로 보이며 이러한 사정만으로는 피고가 위와 같이 과세예고통지를 하는 과정에서 원고의 과점주주지위를 부정하였다고는 보기 어렵다.

⑨ 원고는 ○○○의 부탁을 받고 당초부터 형식상 주주명부에만 주주로 등재된 명의수탁자에 불과하다고 주장하고, 이에 부합하는 듯한 증거로 갑 제6호증의 사실확인서를 제출하였으나 위 사실확인서는 이 사건 법인의 국세체납 이후에 비로소 작성된것으로 보일 뿐만 아니라, 원고가 명의수탁자에 불과하다는 사실을 입증할 수 있는 객관적이고 구체적인 사실이 기재되어 있지 않으며 그 작성명의인, 작성경위에 비추어이를 그대로 믿기 어렵다.

⑩ 이 사건에서 원고가 ’이 사건 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자‘인지 여부는 이 사건 법인의 제2차 납세의무자인 ’과점주주‘에 해당하는지 여부와는 관련이 없고, 앞서 본 바와 같이 원고가 실제 주주명부상 주주로 등재된 이상 충분히 이 사건 법인의 주주로서의 권리를 행사할 수 있는 지위에 있었다고 할 것이며, 달리 원고에게 주주의 권리를 행사하는데 사실상・법률상 장애사유를 찾아볼 수 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이판결한다.