주             문

처분청들이 청구인 000(2025구3368 소3370), 000(2025소3369), 000(2025소3371), 000(2025소3372)에게 한 <별지> 기재 2019년 귀속 종합소득세 부과 처분 및 2018년 제1기 〜 2022년 제1기 부가가치세 경정청구 거부처분은 이를 각 취소한다.

이             유

1. 처분개요

가. 000세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.6.27.〜2023.9.15. 기간 동안 00광역시에 소재한 000타이어(이하 “쟁점거래처”라 한다)를 대상으로 2018년 〜 2022년 과세기간에 대한 비정기 개인통합 조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하여 쟁점거래처에 대해 과세처분을 하는 한편, 2024년 1월경 처분청들에게 쟁점거래처의 거래 상대방인 청구인들이 쟁점거래처로부터 매입세금계산서를 과다 수취 했다는 내용의 파생 과세자료(이하 “쟁점과세자료”라 한다)를 각 통 보하였다.

나. 쟁점과세자료를 받은 처분청들은 2024년 4월경 청구인들에게 과세자료에 대한 부가가치세 해명자료를 제출하도록 각 안내(이하 “2024 년 해명자료제출안내”라 한다)하였다. 이에 대해 청구인 000, 000는 2024.6.20. 처분청(00세무서장)에게 <별지>와 같이 2018년 제1기〜2022년 제1기 부가가치세 수정신고를 하였다.

다. 한편 쟁점거래처는 쟁점세무조사가 위법하다며 2024.5.20. 국세청 장에게 심사청구를 제기하였는바, 국세청장은 조사청이 쟁점세무조사 당시 쟁점거래처의 사업장 컴퓨터로부터 확보한 전자파일(매입장.xlxs, 매출장.xlsx) 및 개인소유 계좌(00은행 000****00000 및 00은행 000****0000) 등(이하 “쟁점파일등”이라 한다)에 근거하여 이루어 진 과세처분은 위법하다는 취지로 2024.10.14. 심사청구를 인용하였다.

라. 청구인 000과 000는 쟁점거래처의 위 심사청구가 인용되자, 2024.12.4. 처분청(00세무서장)에게 2024.6.20.자 부가가치세 수정신 고에 대해 경정청구를 하였으나, 처분청(000세무서장)은 2025.1.16.

<별지>와 같이 이에 대해 각 거부하였다.

마. 처분청들은 2025년 2월 〜 4월경 청구인들에게 종합소득세 해명자 료 제출안내(이하 “2025년 해명자료제출안내”라 하고, 2024년 해명자 료제출안내와 합하여 “쟁점해명자료제출안내”라 한다)를 한 후, 쟁점 거래처로부터 매입세금계산서를 과다 수취한 분을 반영(필요경비 부 인)하여 2025.5.7.경 <별지>와 같이 청구인 000 000 000에게 종합소득세를 각 경정 고지(이하 “이 건 처분들”이라고 한다)하였다.

바. 청구인들은 이에 불복하여 <별지>와 같이 심판청구를 제기하였다.

1. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장

청구인들은 00광역시 일대에서 자동차 휠 판매 및 수리 등을 목 적으로 각 개업한 소규모 사업자들로서 세법에 대한 이해 부족과 세 금을 조금이라도 줄여보겠다는 욕심으로 세법상 의무를 성실히 지키 지 못한 사실에 대해 뉘우치고 있다. 그러나 이 건 처분들은 위법한 세무조사에 의거하여 파생된 과세자료에 기한 것이므로 이는 취소되 어야 한다.

쟁점거래처에 대한 과세처분은 위법한 세무조사에 기초한 것으로서 국세청 심사청구에서 모두 위법하다는 결정을 받았는데, 관련 법령 및 법리에 비추어 볼 때 이 건 처분들은 결국 위법하게 수집된 과세 자료를 기초로 한 것이다. 법원 역시 위법한 세무조사에서 확보한 과 세자료에 의한 부과통보는 위법하다는 취지로 판시하고 있다.

조사청에서 쟁점파생과세자료를 처분청들에게 통보하지 않았으면, 처분청들은 그 내용을 알 수 없었고 과세자료 해명안내, 수정신고 권 장, 종합소득세 고지 등의 행위는 물론 부과처분도 일어나지 않았을 것이다.

설령 처분청들의 쟁점파생과세자료에 대한 처리가 정당하다고 하더 라도 원인이 된 과세자료가 위법하게 수집한 것으로 결정되었다면, 그로부터 비롯된 모든 처분은 취소되는 것이 상식이다. 이건 심판청 구의 내용은 2015년에 있었던 조사청의 ‘(유)00주류 사건’과도 동일 한데, 당시 00지방법원의 조정권고에 따라 (유)00주류에 대한 00세무서장의 부가가치세 부과처분이 취소되었고, 그 거래상대방들에 대해서는 소송을 통해 과세가 취소되거나 처분청들이 새로운 부과처 분을 자제한 사실이 있는바, 같은 과세당국이 다른 적용을 하는 것은 모순이다.

한편, 쟁점거래처와의 거래를 통해 동일 과세자료로 부과처분을 받 은 000은 심사청구를 거쳐 법원에서 승소판결(00지방법원 2025.11.13. 선고 2025구합20480 판결)을 받았고, 해당 판결은 그대로 확정되었는바, 청구인들에게도 동일한 결정이 이루어져야 마땅하다.

나. 처분청 의견

(1) 이 사건 처분과 관련하여 직접적인 적법절차 위반의 흠이 없다.

조사청은 쟁점세무조사에서 확보한 쟁점파일등과 쟁점거래처 대표 자의 문답서 진술 등을 통하여, 청구인들이 당초 신고한 매입세금계산 서내역과 실제 매입세액이 다를 가능성이 크다는 ‘사실’을 인지하게 되 어 이를 처분청들에게 쟁점과세자료로 각 통보하였다. 이에 따라 각 처분청들은 동 자료를 검토하여 과세처분에 앞서 청구인들에게 소명 (증빙제출) 및 수정신고 기회 등을 제공하였고, 청구인들이 제출한 소 명자료를 검토한 후 과세예고통지 등의 절차를 거쳐 각 부가가치세 및 종합소득세를 부과하였는바, 이 건 처분들에는 어떠한 절차적 위법도 없다.

한편, 청구인들의 사업장은 쟁점세무조사의 대상이 아니므로 청구 인들이 적법절차 위반을 주장할 수는 없다. 조사청은 쟁점세무조사 결 과 청구인들이 조세회피를 위해 쟁점거래처로부터 매입세금계산서를 과다하게 발급받았을 개연성이 높다는 사실을 각 처분청들(부가가치세 과)에 통보1)한 것이고, 이에 따라 처분청들은 청구인들에게 과세자료 내용과 관련하여 사실관계를 해명하여 줄 것을 안내한 후 제출된 자료 등을 개별적으로 검토 확인하여 이 건 처분들에 이르게 된 것으로서, 조사청이 한 쟁점세무조사의 적법절차위반이 처분청들이 한 이 건 처 분들에 그대로 승계된다고 볼 수도 없다.

쟁점세무조사는 「 국세기본법 」 제81조의4 및 제81조의10 등에서 규정하고 있는 공정한 세무조사를 받을 권리를 직접적으로 침해하지 않았고, 조사청은 문답서 진술 당시 쟁점거래처의 대표자 000에게 쟁점파일등을 제시하는 등 이를 부당하게 유용하거나 세무조사의 기간과 범위를 과도하게 확장하였다고 보기도 어렵다. 따라서 쟁점세무 조사에서 수집된 자료가 청구인들의 권리를 중대하게 침해하여 수집 된 자료라고 할 수 없다. 심사청구에 의해 위법하다고 판단된 것은 쟁 점거래처에 대한 조사로서, 조사청은 처분청들로 하여금 청구인들에게 즉시 과세할 것을 통보한 것이 아니라 검토자료인 쟁점과세자료를 통 보한 것일 뿐이다.

쟁점과세자료를 수보한 처분청들은 처리과정에서 청구인들에게 사 실 관계 확인을 위하여 해명자료 제출을 요청하는 등 충분한 소명의 기회를 주었고, 제출된 소명자료 등을 검토한 후 그 소명내용이 타당 하지 않다고 판단하여 개별적인 과세자료처리로 이 사건 부과처분을 하였는바, 이 건 처분들이 청구인들의 절차적 권리를 중대하게 침해했 다고 보기 어렵다. 또한 청구인들 중 일부는 세법에서 정하는 성실한 의무를 지키지 못한 사실을 스스로 인정하여 수정신고를 한 사실도 있 다.

(1) 「국세기본법」에는 위법하게 수집한 증거의 증거능력 배제에 관한 규정이 없고, 형사절차상 위법수집증거 배제법칙이 세무조사에 그대로 적용된다고 볼 수도 없다. 다만, 증거수집의 수단·방법이 현저 히 반사회적이거나 인격권을 중대하게 침해하는 경우 등에는 그와 같 이 수집된 증거의 능력이 없다고 볼 여지가 있을 뿐이다.

과세관청이 세무조사 과정에서 납세자로부터 일정한 부분의 거래 가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서 가 작성자의 의사에 반하여 강제 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특 별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다.

위 법리 등을 기초로 볼 때 쟁점세무조사가 그 본연의 목적이 아닌 부정한 목적을 가지고 있거나 세무조사 과정에서 증거수집의 수단 및 방법이 현저히 반사회적이거나 인격권 등을 중대하게 침해하는 경우 에 해당한다고 보기 어렵다(대법원 2016.12.15. 선고 2016두47659 판결, 같은 뜻임).

또한 쟁점세무조사 과정의 절차 위반에 대한 위법성 여부를 논외로 하더라도, 처분청들은 청구인들에게 과세자료에 대한 사실관계 확인 절차인 해명자료 안내를 하는 과정을 거쳤는바, 이를 통해 쟁점거래처 에 대한 쟁점세무조사의 절차적 위법성과 이 건 처분들은 법률적으로 그 인과 관계가 단절 또는 희석되었다고 볼 수 있다. 위법수집증거의 사용에 따른 처분청들의 쟁점해명자료 제출안내에도 중대·명백한 하자 가 있다고 보기 어렵다.

(1) 설령 쟁점세무조사가 위법하게 이루어졌다하더라도 청구인들이 스스로 수정신고를 하여 확정된 부가가치세에 대해 경정을 거부한 이 건 경정거부처분들은 위법하지 않다.

부가가치세 등은 납세의무자의 신고(수정신고 포함)에 의하여 납세 의무가 확정되는 것으로서, 쟁점해명자료제출안내는 과세자료에 대한 사실관계 확인을 위한 단순 안내문에 지나지 않는다.

위법한 조사절차로 수집한 파생 과세자료도 위법하다는 청구주장 을 논외로 하더라도, 청구인들이 세금계산서 금액을 과다 수취한 부당 한 거래를 한 사실에는 변함이 없고, 쟁점해명자료제출 안내에도 별도 소명없이 청구인들이 과세자료 내용을 인정하여 부가가치세 수정신고서 제출을 완료하여 납세의무가 확정된 것므로 이에 대한 이 건 경정 거부처분은 적법하다.

결국, 쟁점세무조사가 심사결정에 의해 위법하다고 결정되었다고 하더라도 청구인들의 세금계산서 금액을 과다 수취한 부당한 거래 사 실이 다른 것으로 확정된 것이 아닌 이상, 이는 일반적인 경정청구 사 유는 물론 「 국세기본법 」 제45조의2 제2항 제1호 후발적 경정청구 사 유에 해당하지도 않는다.

(1) 세무조사 절차의 위법을 이유로 관련된 모든 거래업체에 대한 과세처분을 무효로 한다면 법률에서 정한 과세요건이 충족되어 당연히 성립하는 조세채무를 징수하지 못하게 되어 공평과세의 원칙에 반하는 결과가 발생할 수 있다(대구지방법원 2019.9.19. 선고 2019구합20121 판결, 같은 뜻임).

이 건 처분들 역시 명명백백한 위법행위가 있었음에도 불구하고 거 래처에 대한 세무조사의 절차상 위법을 이유로 관련된 모든 거래업체 에 대한 과세처분을 취소해야 한다면, 법률에서 정한 과세요건이 충족 되어 당연히 성립하는 조세채무를 징수하지 못하게 되어 공평과세의 원칙을 훼손하고, 국민들의 법감정에도 반하는 결과를 초래하게 될 것 이다.

1. 심리 및 판단 가. 쟁점

2. ① 위법한세무조사에파생생된 쟁점과세자료에 근거하여 거래상대방인 청구인들에게 과세한 처분의 당부

② 쟁점과세자료에 근거하여 거래상대방인 청구인들이 수정신고를 했을 때 그 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법률

(2) 국세기본법

제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기 록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부 와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서 만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

제45조(수정신고) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 (「소득세법」제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당 하는 자를 포함한다) 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고 서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세 무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치 지 못할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급 세액을 초과할 때

1. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완 전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

제81조의10(장부등의 보관 금지) ① 세무공무원은 세무조사( 「 조 세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에 서 같다)의 목적으로 납세자의 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 세무공무원은 제81조의6 제3항 각 호의 어 느 하나의 사유에 해당하는 경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보 관할 수 있다.

③ 세무공무원은 제2항에 따라 납세자의 장부등을 세무관서에 일시 보관하려는 경우 납세자로부터 일시 보관 동의서를 받아야 하며, 일 시 보관증을 교부하여야 한다.

(3) 소득세법

제80조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장 은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제 71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간 의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청들이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같 은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점거래처와 청구인들의 거래관계는 다음과 같다.

1) 청구인들은 쟁점거래처와 타이어 등의 매매 거래를 하는 과정 에서 다음과 같이 매입세금계산서를 과다 수취하였다.

(나) 쟁점거래처에 대한 세무조사(쟁점세무조사) 관련 사항은 다음 과 같다.

1) 조사청은 2023.6.27.〜2023.9.15. 기간 동안 쟁점거래처의 2018 년 〜 2022년 기간의 과세기간에 대하여 비정기 개인통합조사를 실시하 였는바, 조사청은 2023.6.28. 쟁점거래처 사무실에 있던 컴퓨터에서 경 영박사 회계프로그램을 다운 받아 엑셀 파일(매입장, 매출장)로 전환한 후 조사공무원의 국세청 웹메일로 전송(쟁점파일등)하였다.

1) 위 조사결과에 따라, 00세무서장은 2024.1.3. 쟁점거래처에 대해 부가가치세 63,510,689원, 종합소득세 284,538,960원을 경정 고지 하였다.

1) 쟁점거래처에 대한 과세처분과 별도로, 조사청은 ① 쟁점파일 등, ② 쟁점거래처 대표자 000의 문답서, ③ 쟁점거래처 세무대리인이 쟁점거래처 매출장과 매출세금계산서 과다금액을 기재한 소명자료 등을 근거로 하여 처분청들에게 청구인들 사업장에 대한 매입신고과다검토 대상 과세자료(쟁점과세자료)를 통보하였다.

(다) 쟁점거래처 대표자 000는 2024.5.20. 국세청장에게 쟁점세무 조사에 근거하여 부과된 부가가치세 및 종합소득세에 대해 불복 심사 청구(심사 소득2024-0047)를 제기하였는바, 국세청장은 청구주장을 인 용(2024.10.14.)하여 그에 따라 조사청은 당초 과세처분 전체를 취소하 였고, 그 주문과 주요 판단 내용은 다음 <표2>와 같다.

(라) 쟁점세무조사 및 쟁점과세자료에 따라 처분청들은 청구인들에 게 다음 <그림>과 같이 부가가치세와 관련하여 2024년 해명자료제출 안내서를, 부가가치세 경정에 따른 종합소득세(필요경비 부인)와 관련 하여 2025년 해명자료제출안내서를 각 송달하였다.

(마) 청구인들은 위 해명자료제출 안내에 대해 다음과 같이 각 대응 하였다.

1) 2024년 해명자료제출안내(부가가치세)에 대해 청구인들 중 청구인 000 000는 수정신고를 한 후 경정청구를 하였고, 청구 인 000 000(000은 제출안내를 받지 못함)은 수정신고를 하 지 않아 해당 처분청이 직권 고지하였다.

1) 2025년 해명자료제출안내(종합소득세)와 관련하여 청구인들 은 모두 안내를 받았음에도 불구하고 수정신고를 하지 않았다.

(바) 위 청구인들의 각 대응에 따라 처분청들은 <별지>와 같이 처 분하였다.

(사) 청구인들은 심판청구 과정에서 쟁점거래처의 거래처인 000 이 불복한 심사청구 및 판결서를 제출하였는바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

1) 000세무서장은 쟁점거래처의 거래처 000이 쟁점과세자 료에 근거한 자료제출 안내에 대해 수정신고 등을 하지 않자 이에 대 해 부가가치세를 부과하였고, 000은 2025.1.8. 심사청구를 거쳐 (2025.3.5. 기각), 2025.3.24. 000세무서장을 상대로 소송을 제기하였다.

2) 위 소송(00지방법원 2025.11.13. 선고 2025구합20480 판결) 판결서의 주문과 주요 판단 내용은 다음 <표3>과 같고, 동 판결은 그 대로 확정되었다.

<표3> 판결서 주요 내용

(1) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인들은 쟁점세 무조사의 직접 상대방이 아니고, 충분한 소명기회 및 수정신고의 기 회가 있었으므로 이 사건 처분에 직접적인 적법절차 위반의 잘못이 없다는 의견이나,

행정처분에 이르는 일련의 절차에 위법사유가 있는 경우 그 처분 의 효력에도 당연히 영향을 미치는 것으로 보아야 하고, 헌법에서 정 한 적법절차의 원칙은 개인의 생명·자유·재산을 보호하기 위한 기능 과 함께 공무원의 위법행위를 억제한다는 기능도 수행하는 것으로서 조세행정의 영역에도 당연히 적용되는 것으로서,

조사청은 쟁점세무조사를 하며 쟁점파일등을 취득하였는데, 동 자 료에는 쟁점거래처의 거래처, 품명, 공급가액 등 매출 및 매입 내역이 기재되어 있었고 조사청과 처분청들은 이를 기초로 세금계산서가 과 다하게 발급되었다는 사실을 파악한 것으로 보이는 점, 쟁점거래처의 대표자 000에 대한 문답이 쟁점파일등을 기초로 이루어진 것으로 나타나고 조사청은 쟁점파일등이 없었다면 조사과정에서 세금계산서 과다발급에 대해 질의할 수조차 없었을 것으로 보이는 점, 조사청은 청구인들에 대해 별도의 세무조사를 한 사실이 없는 점, 청구인들과 동일한 방식으로 쟁점세무조사에 의해 파생된 쟁점과세자료에 근거하 여 그 거래처에 부가가치세가 부과된 사건에서 법원은 위와 동일한 사유로 해당 과세처분을 위법한 절차에 따른 위법한 처분으로 판단한 점 등에 비추어, 쟁점세무조사에서 확보된 자료에 기초하여 청구인들 에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분들은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청들은 청구인들이 과세자료 내용을 인정하여 스스로 부가가치세 수정신고서 제출을 완 료하여 납세의무가 확정된 이상 이에 대한 경정청구 거부처분은 적법 하다는 의견이나,

앞서 쟁점①과 관련되어 설시된 위법 사유와 함께, 위법한 쟁점세무조사에서 파생된 과세자료를 기반으로 한 수정신고 역시 그 근거가 위법한 점, 쟁점파일등이 위법하게 수집된 것이어서 사용할 수 없는 이상 해당 자료는 존재하지 않는 것인바, 쟁점파일등 및 쟁점과세자 료 없이는 처분청에게 '당초 신고가 위법한 근거 등에 따른 것이어서 이를 당초 신고내용대로 경정하여야 한다'는 청구인의 경정청구를 거 부할만한 적법한 근거가 없어 보이는 점 등을 고려하면, 당초 부가가 치세 수정신고에 대한 청구인들의 경정청구를 거부한 처분 또한 위법 하다고 판단된다.

1. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「 국세기본법 」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.