1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2025. x. x. 원고에 대하여 한 2021 사업연도 법인세 89,975,640원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 기능성음료 생산 및 판매사업 등을 영위하는 회사이고, 설립 당시 원고의 상호는 ‘유한회사 ○○○○’이었는데, 2012. x. x. ‘유한회사 ○○○○○’로 변경되었다가 2014. x. xx. 현재의 상호 ‘유한회사 AAA’으로 다시 변경되었다.

나. 원고는 2012. 6. 13. 주식회사 BBBB로부터 전남 신안군 xx읍 xx리 산 xxx-x 임야 x,xxx㎡와 같은 리 산 xxx-x 임야 x,xxx㎡를 매매대금 36,351,680원에 매수하고, 같은 날 이를 등기원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐 그 소유권을 취득하였다. 또한 원고는 2013. x. xx. CCC으로부터 전남 신안군 xx읍 xx리 산 xxx 답 xxx㎡를 매매대금 6,000,000원에 매수하고, 2013. x. xx. 이를 등기원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐 그 소유권을 취득하였다.

다. 원고는 DDD로부터 100,000,000원을 차용하면서 그 담보로 2020. x. xx. 위 토지들(이하 ‘이 사건 각 토지’)에 관하여 채권최고액을 130,000,000원, 채무자를 원고 및 주식회사 EEE, 근저당권자를 DDD로 한 근저당권설정등기를 마쳤다.

라. DDD는 위 근저당권에 기초하여 광주지방법원 목포지원 2020타경xxxx호로 이 사건 각 토지에 대한 임의경매를 신청하여 2020. 9. 1. 그 개시결정이 이루어졌다. 원고는 FFF으로부터 200,000,000원을 차용하여 DDD에 대한 대여금채무를 변제하였다.

마. 원고는 FFF으로부터 차용한 위 200,000,000원의 채무(이하 ‘이 사건 차용금채무’)를 담보하기 위하여 2021. x. x. 이 사건 각 토지에 관하여 2021. x. x.자 매매예약을 등기원인으로 한 소유권이전청구권 가등기를 마쳤다.

바. 원고는 이 사건 차용금채무를 변제하지 못하였다. 이에 FFF은 2021. xx. x.에 2021. x. xx.자 매매(이하 ‘이 사건 매매’)를 원인으로 하여 위 가등기에 기한 소유권이전의 본등기를 마쳤다. 원고와 FFF이 위 본등기를 경료하기 위하여 등기소에 제출한 부동산매매계약서에 매매대금이 320,000,000원으로 기재되어 있고, 이 사건 각 토지의 각 등기부에도 이 사건 매매의 거래가액이 320,000,000원으로 기재되어 있다.

사. 피고는 이 사건 각 토지의 양도가액을 320,000,000원으로 보고 2025. x. x. 원고에게 2021 사업연도 귀속 법인세 89,975,640원(결정 산출세액 63,294,496원 + 가산세 26,681,159원)의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’)을 하였다.

아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2025. x. x. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2025. x. x. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제4호증의 각 기재, 증인 FFF의 증언 및 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

이 사건 각 토지에 관한 거래대금은 근저당권부 채무의 원금 상당액인 100,000,000원이다. FFF은 이 사건 매매에 의한 본등기를 위하여 170,000,000원을 준비하였는데, 그 중131,000,000원은 원고의 DDD에 대한 근저당권부채무의 원금 100,000,000원과 그 이자 및 경매신청비용 31,000,000원으로서 FFF이 DDD에게 지급하였고, 나머지 39,000,000원은 원고가 FFF으로부터 차용한 금액이다. 이 사건 각 토지의 등기부등본에 그 매매가액이 320,000,000원으로 기재되어 있으나, 이는 위 170,000,000원과 EEE의 대표이사 박연환이 FFF으로부터 대여 받은 120,000,000원 및 그 이자 등 30,000,000원을 합한 금액이다. 또한 이 사건 각 토지는 원고의 목적 사업인 ‘기능성음료 제조 및 판매사업’을 위한 것이었으므로 사업용 토지이다. 따라서 이 사건 각 토지의 매도에 관하여 비사업용 토지로서 양도가액 320,000,000원으로 인정하여 원고의 2021 사업연도 귀속 법인세를 산정ㆍ부과한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

[별지] 기재와 같다.

4. 판단

가. 먼저, 이 사건 각 토지의 양도가액에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들과 을 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합해 보면 이 사건 각 토지의 양도가액은 320,000,000원이므로, 이에 기초한 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 이유 없다.

1) 원고는 2021. 7. 9. DDD의 신청으로 이 사건 각 토지에 관하여 진행된 경매절차를 중단시키기 위한 자금을 마련하기 위하여 FFF으로부터 돈을 차용하는 과정에, FFF으로부터 DDD에 대한 근저당권부 채무 원리금과 경매 비용 131,000,000원과 액면가 39,000,0000원의 자기앞수표를 교부받는 한편, FFF의 EEE에 대한 대여금 채권의 이자와 FFF의 원고에 대한 위 대여금(170,000,000원) 채권의 선이자 명목으로 30,000,000원을 책정하여 지급하기로 약정하고, 그 무렵 위 합계 200,000,000원 채무(이 사건 차용금채무)를 담보하기 위하여 이 사건 각 토지에 ‘2021. 7. 8.자 매매예약’을 등기원인으로 한 소유권이전청구권 가등기를 마쳤다.

2) 앞서 보았듯이 원고는 FFF에게 이 사건 차용금채무를 변제하지 못하였고, FFF은 2021. 10. 6. 위 가등기에 의하여 이 사건 매매를 원인으로 본등기를 마침으로써 이 사건 각 토지의 소유권을 취득하였다. 원고와 FFF은 그 과정에서 원고가 ‘FFF의 EEE에 대한 대여금 120,000,000원 채권을 위 조합을 대위하여 변제’하기로 약정하고, 그 금액과 이 사건 차용금채무 200,000,000원을 합한 총 320,000,000원을 이 사건 매매의 거래대금으로 정하였다.

3) 결국 원고는 이 사건 매매의 대가로 자신의 FFF에 대한 이 사건 차용금채무 200,000,000원을 변제함과 아울러, EEE에 대하여 대위변제 금 120,000,000원의 구상금 채권을 갖게 되었으므로, 이 사건 각 토지의 양도가액은 320,000,000원이라고 볼 수 있다.

나. 다음으로, 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부에 관하여 본다.

1) 관련 규정 및 법리

가) 구 법인세법(2020. 12. 29. 법률 제17799호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’) 제55조의2 제1항 제3호는 ‘내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.’고 규정한다. 같은 조 제2항은 「제1항 제3호에서 “비사업용 토지“란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 논밭 및 과수원(이하 ‘농지’)(제1호 가목), 임야(제2호)를 말한다.」고 규정하고, 다만 농지의 경우, ‘농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지(같은 조 제2항 제1호 가목)’ 등과 임야의 경우, ‘토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것(같은 조 제2항 제2호 다목)’은 제외한다고 규정하고 있다. 또한 같은 조 제3항은 ‘제1항 제3호를적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.’라고 규정한다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2024. 5. 7. 대통령령 제34488호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’) 제92조의5 제3항은 법 제55조의2 제2항 제1호 (가)목 단서에서 비사업용 토지에서 제외하는 토지로 ‘농지법 제6조 제2항 제2호ㆍ제6호ㆍ제10호 (가)목 또는 (다)목에 해당하는 농지(제1호), 농지법 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 기획재정부령이 정하는 농지(제6호)’ 등을 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 시행령 제92조의6 제4항은 법 제55조의2 제2항 제2호 (다)목에서 비사업용 토지에서 제외하는 토지로 ‘종ㆍ묘 생산업자가 산림용 종자 또는 산림용 묘목의 생산에 사용하는 임야(제1호)’, ‘그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령이 정하는 임야(제7호)’ 등을 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호는 법 제55조의2 제3항에서 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있는 토지 및 그 기간으로 ‘그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간’이라고 규정한다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행규칙(2026. 1. 2. 재정경제부령 제1호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행규칙’) 제46조의2 제1항 제5호는 ‘영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안 법 제55조의2 제2항의 각 호에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.’고 규정하고 있다.

나) 건물의 신축 공사에 착수하였다고 보려면 특별한 사정이 없는 한 신축하려는 건물에 관한 굴착이나 축조 등의 공사를 개시하여야 하므로, 기존 건물이나 시설 등의 철거, 벌목이나 수목 식재, 신축 건물의 부지 조성, 울타리 가설이나 진입로 개설 등 건물 신축의 준비행위에 해당하는 작업이나 공사를 개시한 것만으로는 공사 착수가 있었다고 할 수 없다고 할 것이다(대법원 1994. 12. 2. 선고 94누7058 판결, 대법원 2015. 2. 12. 선고 2013두10233 판결 등 참조).

2) 이 사건 각 토지의 지목이 임야 또는 답인 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제9, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2012. 7. 24. GGG건축사사무소(주)에 ‘신안 xx도 xxx’ 생산 공장의 설계 용역비의 착수금 명목으로 12,000,000원을 지급한 사실, 원고가 2013. x. xx. 신안군수로부터 이 사건 각 토지의 지상에 ‘신안 xx도 xxx’ 생산 공장의 신축에 관한 건축허가를 받은 사실을 인정할 수 있으나, 나아가 원고가 위 공장 건축의 착공을 하였음을 인정할 아무런 증거가 없다.

3) 위 인정사실을 관련 규정 및 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 토지는 지목이 ‘임야’ 또는 ‘답’이고 원고는 농업을 주된 사업으로 하는 법인이 아니므로, 이 사건 각 토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제1, 2호에 따라 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하고, 구 법인세법 시행령 제92조의5 제3항, 제92조의6 제4항에 따라 비사업용 토지에서 제외하는 임야 또는 밭에 해당하지 않는다. 원고가 이 사건 각 토지를 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였다면 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안은 비사업용 토지에 해당하지 않을 수 있으나(구 법인세법 제55조의2 제3항, 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호), 원고가 이 사건 각 토지에 공장 신축을 위한 굴착이나 축조 등의 공사를 하지 않은 이상, 건축허가를 받은 것만으로는 공장 신축에 착공하였다거나 이 사건 처분 당시 그 건설이 진행 중이었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 각 토지를 비사업용 토지로 보아 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 원고가 주장하는 하자가 있다고 볼 수 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.