[주 문]

OO세무서장이 2025.9.22. 청구인에게 한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 충청북도 청주시 OOO 임야 112㎡ 및 같은 리 290-2 전 2,314㎡의 양도소득을 2025년 귀속으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2024.7.1.(계약일 2024.6.11.) 충청북도 청주시 OOO 전 3,729㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)를 양수인 A에게 OOO원에 양도하고, 2024.9.30. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조를 적용하여 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 감면세액 OOO원으로 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

 이후 청구인은 2025.1.7.(계약일 2024.6.11.) 위 같은 리 290 임야 112㎡ 및 같은 리 290-2 전 2,314㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고, “쟁점토지①”과 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 B에게 OOO원에 양도하고, 2025.3.31. 조특법 제69조를 적용하여 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 감면세액 OOO원으로 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 2025.6.18.부터 2025.7.7.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 쟁점토지를 2024년 및 2025년에 2회에 걸쳐 각각 양도한 것이 아니라 일괄매매계약에 따른 하나의 거래로 2024년에 양도한 것으로 보아 양도소득세 8년 자경 감면한도 초과분 감면을 부인하고, 과소신고가산세 등을 포함하여 2025.9.22. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점토지①과 쟁점토지②는 청구인이 취득(1996.09.10.)하기 전부터 구분 등기된 서로 다른 필지로, 이 건 부동산거래는 각 매매대금을 구분 수수하여 각각 독립된 별건의 거래에 해당하므로 처분청이 쟁점토지①ㆍ②의 양도를 하나의 거래로 보아 청구인에게 한 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

  (가) 쟁점토지에 대한 매매계약서는 계약의 조건, 이행 및 권리의 무관계가 서로 다른 별도의 계약서로 작성되었는데, 청구인은 해당 계약내용을 근거로 잔금청산일인 2024.7.1.과 2025.1.7.을 쟁점토지①과 쟁점토지②의 양도일로 보아 각각 양도소득세 과세표준과 세액을 신고납부하였다.

   청구인과 양수인은 「민법」상 사적자치의 원칙에 따라 당사자 간 자유의사로 서로 다른 쟁점토지들에 대하여 각각 매매계약을 체결 하고, 정상적인 절차를 거쳐 소유권이전등기를 하였음에도 처분청이 법령에서 정하는 엄격한 과세기준에 반하여 하나의 부동산거래를 2회로 분할ㆍ매매한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 것은 계약자유의 원칙을 심각하게 침해하는 재량권의 일탈 내지 남용에 해당한다.

  (나) 청구인이 쟁점토지①을 2024년에, 쟁점토지②를 2025년에 양도하고 양도소득세를 각각 신고한 것에 대하여 처분청은 거래의 흐름을 재구성하여 2024년에 일괄양도한 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세 부과처분을 하였으나, 국세청 해석사례(서면2015부동산-0339, 2015.7.14.)에 따르면 1필지의 농지를 지분으로 분할하여 양도연도를 달리하는 경우에도 각각의 과세기간에 따라 양도소득세 감면한도를 적용하는 것으로 회신하였고, 국세청에서 매년 발간ㆍ보급하고 있는 「세금절약가이드」에서도 “두 건 이상의 부동산을 양도하는 경우 양도시기를 조절하면 세부담을 줄일 수 있다”고 홍보하고 있어 이를 신뢰하여 부동산의 거래시기를 달리한 납세자에게 불이익을 주는 것은 신뢰보호원칙에도 위배되는 부당한 처분이라 하겠다.

 (2) 「국세기본법」 제14조 제3항의 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래형식을 부인하고, 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다.

  납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적인 목적을 달성하기 위하여도 여러가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이고(OOO), 그것이 과중한 세금의 부담을 회피 하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 하며, 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어야 하는 것이다(OOO).

  또한 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약의 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바(OOO), 이 건의 경우 쟁점토지①ㆍ②는 청구인이 소유하기 전부터 분할되어 있었고, 양도인이 거래의 안전성을 높이기 위해 각 계약을 달리하여 매매대금 또한 각각 구분하여 수령하였다면 이는 하나의 거래가 아닌 각각 독립된 별 건의 거래로 보아 양도시기를 판단하여야 할 것이다.

 (3) 조특법(2023.12.31. 법률 제19936호로 개정된 것) 제133조 제2항은 “제1항 제1호를 적용할 때 토지를 분할(해당 토지의 일부를 양도한 날부터 소급하여 1년 이내에 토지를 분할한 경우를 말한다)하여 그 일부를 양도하거나 토지의 지분을 양도한 후 그 양도한 날로부터 2년 이내에 나머지 토지나 그 지분의 전부 또는 일부를 동일인이나 그 배우자에게 양도하는 경우에는 1개 과세기간에 해당 양도가 모두 이루어진 것으로 본다”고 규정함으로써 분할양도에 대한 감면적용 요건을 명료하게 규정하였다.

  이 건의 경우 청구인은 쟁점토지를 취득(1996.9.10.)한 후 이를 분할한 사실이 없고, 쟁점토지①과 쟁점토지②의 양수인은 남매지간으로서 배우자에 해당하지도 않으므로 처분청이 이를 하나의 거래로서 1개 과세기간에 양도한 것으로 본 것은 부당하다(조심 2021구1547, 2021.10.19., 조심 2023중811, 2023.3.22., 조심 2025구1263, 2025.6.27., 등 참조).

나. 처분청 의견

 (1) 청구인이 연접토지인 쟁점토지①·②를 2개년도에 걸쳐 양도한 것은 연간 감면한도 및 누진세율을 회피하기 위해 양수인들(서로 특수관계인 남매 사이)에게 단순·형식적으로 분할하여 양도한 것으로서 처분청이 이를 사실상 하나의 거래계약에 따른 양도에 해당하는 것으로 보아 한도를 초과하는 감면세액을 부인하고 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

  (가) 청구인은 쟁점토지①·②의 양도가 각각 독립된 별건의 거래라고 주장하나, 쟁점토지①·② 모두 2024.6.11. 같은 날 서로 특수관계인 양수인 2명과 계약을 체결하였고, 쟁점토지①의 잔금일은 계약 이후 2024.7.1.까지 1개월 내인 것과 달리, 쟁점토지②의 잔금일은 6개월 후 다음 과세연도의 3일째인 2025.1.3.로 정한 것은 청구인이 양도소득세 감면한도를 과세연도별로 최대한 적용받음으로써 부당하게 조세를 회피하기 위한 목적 이외 과세연도를 달리하여 매매계약을 체결할 수밖에 없는 특별한 사정이 있다고 볼 수 없다.

   또한 청구인은 모텔 운영상 자금압박(근저당 OOO원 상당으로 현재 신탁 중)이 심해 대금의 조기 회수가 절실한 상황이었고, 이를 해소하기 위해 실제 계약 내용과는 다르게 2024년도 중에 대부분의 매매대금을 지급받은 것으로 보이고[총 매매대금 OOO원 중 OOO원(96.3%) 회수], 쟁점토지②의 양수인(B)은 처분청에 유선으로 매매대금을 지급할 여력이 충분함에도 청구인의 요구에 따라 쟁점토지②의 잔금지급일을 2025년으로 이월하여 계약하였고, 청구인이 매매대금을 수시로 요구하여 2024.7.1.∼2024.11.29. 기간동안 총 6회에 걸쳐 잔금 OOO원 중 OOO원을 조기 지급하였다고 진술한 사실이 있다.

  (나) 쟁점토지①·② 매매계약서를 보면, 매매대금 지급일자가 동일하고, 특약사항에 ‘콘테이너 4동은 잔금완료 일주일전 이전’이라고 잘못 기재한 문구까지 두 개 계약서에 동일하게 기재되어 있고(위 문구가 사실일 경우 자경농지에 대한 감면 자체가 부인될 수 있음), 쟁점토지①·② 전부 2024.7.1.에 잔금지급과 권리이전이 가능하였음에도 쟁점토지②의 양수인에게 소유권이전청구권 가등기(매매예약) 조건으로 일부 잔금을 6개월 후에 지급하도록 하였으며, 이에 따라 발생할 수 있는 구체적인 권리보존에 관한 사항도 특약사항에 명시하지 않는 등 쟁점토지 매매계약서는 그 진정성을 인정하기 어려운, 등기용으로 작성된 형식적 계약서에 불과한 것으로 보인다.

   또한 쟁점토지와 연접한 공장에서 발생한 물류 출입 시 발생하는 소음에 대한 잦은 불만 제기 등의 민원을 해소하고 진입로를 확장하기 위한 목적(현재 쟁점토지에는 공장진입로 확장공사가 진행 중임)으로 쟁점토지를 취득한 사실은 이 건 토지거래가 하나의 거래임을 뒷받침하고 있다.

 (2) 청주인이 제시한 국세청 해석사례(서면-2015부동산-0339, 2015.7.14.)는 지분 분할한 해당 농지의 양도가 연도를 달리하는 경우 과세연도에 따라 감면한도를 적용하는 내용이었는데, 잘못 해석될 수 있는 점을 우려하여 국세법령해석심의위원회를 거쳐 2023.5.8. 이후 삭제(비공개)된 사례이고, 국세청에서 매년 발간·보급하고 있는 「세금절약가이드」 책자(93페이지, “제2장 양도소득세 알뜰정보”) 내용 중 “두 건 이상의 부동산을 양도하는 경우 양도시기를 조절하면 세부담을 줄일 수 있다”는 내용은 1세대 2주택자가 1주택 양도 후 다음연도에 1주택을 양도 시 낮은 누진세율과 기본공제 2회 적용에 대한 혜택을 안내하는 내용으로서 이 건과 사실관계가 달라 원용하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점토지의 양도거래가 실질적으로 하나의 거래에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

 (2) 소득세법

제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

 (3) 소득세법 시행령

제162조[양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

 (4) 조세특례제한법(2023.12.31 법률 제19936호로 일부개정된 것)

제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

제133조[양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

② 제1항 제1호를 적용할 때 토지를 분할(해당 토지의 일부를 양도한 날부터 소급하여 1년 이내에 토지를 분할한 경우를 말한다)하여 그 일부를 양도하거나 토지의 지분을 양도한 후 그 양도한 날로부터 2년 이내에 나머지 토지나 그 지분의 전부 또는 일부를 동일인이나 그 배우자에게 양도하는 경우에는 1개 과세기간에 해당 양도가 모두 이루어진 것으로 본다.

 부 칙 <법률 제19936호, 2023.12.31.>

제1조[시행일] 이 법은 2024년 1월 1일부터 시행한다.

제34조[양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례] 제133조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 토지의 일부 또는 토지의 지분을 양도하는 경우부터 적용한다. 이 경우 이 법 시행 전에 이루어진 양도는 같은 개정규정에 따라 1개 과세기간에 이루어진 것으로 보는 양도에 포함하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구인은 쟁점토지①을 2024년에, 쟁점토지②를 2025년에 각각 양도한 것으로 하여 2024년 및 2025년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였으나, 처분청은 이를 하나의 거래로 보아 아래 <표1>과 같이 2024년 귀속 양도소득세 부과처분을 하였다.

<표1> 이 건 신고 및 경정처분 내역

ㅇㅇㅇ

  (나) 청구인은 2024.6.11. 쟁점토지①의 매매계약서 1건을 양수인 A과, 쟁점토지②의 매매계약서 1건을 B와 체결하였고, 계약서에 기재된 양도가액 및 대금지급 일정 등은 아래 <표2>와 같으며, 그 밖에 다른 내용(특약사항 포함)은 동일하다.

<표2> 쟁점토지 계약서 주요 내용

ㅇㅇㅇ

  (다) 쟁점토지 매매계약서상 대금지급 일정과 청구인 명의의 OOO계좌(OOO), OOO계좌(OOO) 입출금내역으로 확인되는 실제 입금 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점토지 계약서상 대금 지급일정 및 실제 입금 내역

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  (라) 청구인은 쟁점토지①(양수인 A)과 쟁점토지②의 계약금 합계 OOO원(쟁점토지① OOO원, 쟁점토지② OOO원)을 2024.6.12. 쟁점토지①의 양수인 A(OOO)로부터 OOO원을, 쟁점토지②의 양수인 B(OOO)로부터 OOO원을 청구인 명의의 OOO로 입금받았고, A으로부터 입금받은 OOO원의 입금기록사항에 ‘B’로 기재된 사실이 OOO은행 거래내역 확인증을 통해 확인된다.

  (마) 쟁점토지 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지①과 쟁점토지②에 대하여 청구인을 채무자로 하는 채권최고액 OOO원의 OOO 근저당권이 2024.7.1.자(쟁점토지① 양도일)로 모두 해지된 사실이 확인된다.

  (바) 쟁점토지①과 쟁점토지②의 양도계약서상 특약사항으로 “콘테이너 4동은 잔금완료 일주일 전에 이전하기로 한다”는 내용이 동일하게 기재되어 있고, 처분청은 위와 같은 특약사항을 목적물이 다른 2개의 계약서에 동일하게 기재한 것은 오류이고, 실제 쟁점토지①ㆍ②의 지상에 콘테이너 4동이 존재하였다면 이 건 토지는 8년 이상 자경감면 적용대상이 아니라는 의견이다.

  (사) 쟁점토지①(아래 291전) 및 쟁점토지②[아래 준보전산지(290임), 290-2전]의 지적도 및 2025.7.7.자 쟁점토지 공사 사진은 아래와 같고, 처분청은 쟁점토지는 공장진입로를 확장하기 위한 동일한 목적으로 양수된 것이라는 의견이다.

ㅇㅇㅇ

  (아) 청구인은 2008년 다음지도 위성사진, 2024년 1월 네이버 위성사진, 2025년 4월 네이버지도 옹벽공사사진을 아래와 같이 제시하였다.

ㅇㅇㅇ

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 납세의무자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이며, 실질과세의 원칙에 따라 특정 거래행위를 조세회피행위로 보아 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것인바(OOO),

  이 건 쟁점토지① 및 쟁점토지②의 거래는 각각의 매매계약서에 따라 대금이 지급되고, 소유권이전등기가 경료되어 두 매매계약서가 형식적으로 작성되었다고 단정하기 어려운 점, 청구인이 제시한 금융증빙 및 토지 등기사항전부증명서 등에 의하면 쟁점토지는 청구인이 취득한 이후 분필한 사실이 없고, 청구인은 쟁점토지①은 양수인 A에게 2024.7.1. 잔금 청산 및 소유권이전등기를, 쟁점토지②는 A의 배우자가 아닌 B에게 2025.1.7. 잔금 청산 및 소유권이전등기를 경료하여 주었는바, 당초부터 분리된 별개의 필지를 매매함에 있어 대금 지급일을 달리하였다는 사정만으로 여기에 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 보기 어려운 점, 납세자는 다수의 부동산을 양도할 때 조세부담이 적은 방법으로 거래를 선택할 수 있고, 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 과세관청이 조세회피 목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식을 부인하고 세법상 과세기간을 합산한 과세가 정당화된다고 보기 어려울 뿐만 아니라 이를 무시할 경우, 조세법의 예측가능성과 법적안정성이 심각하게 훼손될 우려가 있는 점(조심 2025중30, 2025.4.3., 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지①과 쟁점토지②의 양도를 하나의 거래로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.