1. 처분개요

가. 청구인은 2005.4.16. 서울특별시 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 신축으로 취득한 후 2006.5.29. 서울특별시 OOO구청에 임대사업자등록(OOO)을 하는 한편, 2005.7.1. 처분청에 주택임대업 사업자등록을 하였다.

나. 처분청은 2025년 8월 국세청의 ‘2025년 종합부동산세 임대주택 등 합산배제 점검 계획’에 따라 청구인의 종합부동산세 결정 내용을 검토한 결과, 쟁점임대주택에 대한 임대사업자등록이 2020.9.24. 자동말소된 사실을 확인하고 쟁점임대주택을 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따른 합산배제 임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2025.9.22. 아래 <표1>과 같이 청구인에게 2021〜2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

<표1> 이 건 종합부동산세 등 고지내역

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호에 의하면, 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 민간임대주택은 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하고, 민간임대주택법 제2조 제1호에 의하면, ‘민간임대주택’이란 임대목적으로 제공하는 주택 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함하는 것인바, 쟁점임대주택은 각 공시가격이 3억원 이하인 주택으로서 민간임대주택에 해당한다.

 (2) 청구인은 쟁점임대주택을 민간임대주택으로 등록한 이후 이를 약 20년 동안 계속하여 임대하고 있는바, 임대사업자등록이 말소되었다고 하더라도, 민간임대주택법 제6조 제6항에 따라 그 등록은 그대로 유효하므로 청구인의 임대사업자 지위도 그대로 유지되어야 한다. 즉, 청구인은 장기간 실질적으로 쟁점임대주택을 단절없이 임대사업에 제공하여 있고, 사업장현황신고서를 매년 제출하였는바, 임대사업자등록의 말소 여부와 관계없이 쟁점임대주택은 실질적으로 민간임대주택법상 민간임대주택임이 명백하므로, 실질과세원칙에 따라 이를 합산배제 임대주택으로 보아 종합부동산세 과세표준에서 제외함이 타당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 「종합부동산세법」 제8조 제2항에 따라 이 건 종합부동산세 과세기준일 현재 민간임대주택법에 의한 임대사업자로서의 요건을 갖추지 못하였다. 청구인은 쟁점임대주택에 대한 임대사업자등록이 자동말소되었다고 하더라도 실질적으로 주택임대업을 계속하여 영위하고 있으므로 쟁점임대주택을 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서 과세기준일 현재 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서의 요건을 갖춘 자가 「소득세법」 제168조에 따른 주택임대업 사업자등록을 하고 임대하고 있는 주택을 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함하지 아니하도록 규정하고 있는바, 청구인은 위 법령에서 규정한 임대사업자로서의 요건을 갖추지 못하였으므로 쟁점임대주택은 합산배제 대상에서 제외되고, 설령 청구인이 실질적으로 주택임대업을 계속하여 영위하고 있다고 하더라도 청구인이 임대사업자로서의 요건을 갖추지 못한 이상 이를 달리 볼 것은 아니다.

 (2) 민간임대주택법 제6조 제6항은 임대사업자 등록이 말소된 경우에도 임대사업자는 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다는 것인바, 청구인은 서울특별시 OOO구청장이 임대사업자 등록을 말소한 경우에도 민간임대주택법 제6조 제6항에 따라 민간임대주택의 임대사업자로 등록이 그대로 유효한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 위 법률 제6조 제6항에는 ‘제1항 각 호(제5호 중 제43조 제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 제외한다) 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다’고 규정하고 있을 뿐이므로, 이는 임차인이 아닌 과세관청에 대한 관계에서 청구인을 계속하여 임대사업자로 볼 근거 규정이 될 수 없다.

 (3) 한편, 국세청은 매년 9월 중 언론보도자료와 국세청 홈페이지 등을 통해 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 제도에 대하여 안내하고 있는데, 그 안내 내용에는 기존에 임대주택 합산배제를 신청한 경우에는 계속 적용되므로 다시 합산배제를 신청하지 않아도 되나, 합산배제 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 반드시 변동내용을 신고해야 한다는 것이 포함되어 있는바, 청구인이 서울특별시 OOO구청에 한 임대사업자등록이 정부의 ‘2020.7.10. 주택시장 안정 보완대책’에 따라 2020.9.24. 자동말소되었음에도 쟁점임대주택을 종합부동산세 합산배제 제외로 신청하지 아니함에 따라 쟁점임대주택은 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호에 의한 과세표준 합산배제 주택의 요건인 임대사업자 등록을 충족하지 못하게 되었다. 따라서 처분청이 쟁점임대주택을 합산배제 제외로 처리하여 청구인에게 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 임대사업자 등록이 말소되었다고 하더라도 주택임대업을 계속 영위하는 경우 동 주택을 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 종합부동산세법

  제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

 (2) 종합부동산세법 시행령

  제3조【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

 (3) 민간임대주택에 관한 특별법

  제6조【임대사업자 등록의 말소】① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(「주택법」 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

⑥ 제1항 각 호(제5호 중 제43조 제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 제외한다) 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청은 당초 2021〜2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 청구인이 보유한 쟁점임대주택을 주택분 과세대상 물건에서 제외하여 종합부동산세 등을 결정하였으나, 이후 쟁점임대주택의 임대사업자등록이 2020.9.24. 자동말소된 사실을 확인하여 아래 <표2>와 같이 청구인에게 이 건 종합부동산세 등을 각 경정·고지하였다.

<표2> 이 건 처분 내역

○○○

 (2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 서울특별시 OOO구청장이 발급한 쟁점임대주택에 대한 임대사업자등록증은 다음과 같고, 동 임대사업자등록증에 따르면 청구인은 2006.5.29. 쟁점임대주택을 매입임대주택으로 하여 임대사업을 등록(OOO)한 것으로 나타나며, 위 임대사업자등록은 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법에 따라 2020.9.24. 자동말소된 것으로 확인된다.

○○○

  (나) 국세청의 국세통합시스템에 의하면 청구인은 2005.7.1.부터 쟁점임대주택을 사업장으로 하고 주택임대업을 주업종으로 하는 부가가치세 면세사업자등록을 한 후 계속하여 주택임대업을 영위하면서 매년 쟁점임대주택에 관하여 사업장현황신고를 한 것으로 나타난다.

  (다) 그 밖에 이 건 과세기간 동안 쟁점임대주택의 공시가격은 아래 <표3>와 같다.

<표3> 쟁점임대주택의 공시가격

○○○

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 임대사업자등록이 말소되었다고 하더라도 주택임대업을 계속 영위하는 경우 동 주택을 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 보아야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 그 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 그 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2007.10.26. 선고 2007두9884 판결 등, 같은 뜻임).

 이 건의 경우 「종합부동산세법 시행령」 제3조에서 ‘합산배제 임대주택’이란 민간임대주택법 제2조 제7호에 따라 주소지 관할 지방자치단체에 임대업등록을 한 자로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 주택을 말하고, 여기서 ‘임대업사업자등록을 한 자’는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록뿐만 아니라 그 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다 할 것인바, 쟁점임대주택은 2020.9.24. 기존 임대사업자등록이 자동말소됨으로써 이 건 종합부동산세 과세기준일 현재 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못하는 점, 청구인의 임대사업자등록이 말소된 것은 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법 제6조 제3항에 의하여 직접 이루어진 것으로 지방자치단체장의 등록말소 처분의 존재나 효력 여하에 영향을 받는다고 보기 어렵고, 민간임대주택법과 「종합부동산세법」 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 아니한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.