[주 문]
심판청구를 기각한다.
[이 유]
가.청구법인은 미국법인으로, 컴퓨터, 네트워크 아키텍처(network architectures), 게임 장비, 모바일폰, 프로세서(processors), 반도체 메모리 및 기타 집적회로기능(integrated circuit functionality)에 사용되는 데이터 상호연결(data interconnects) 및 인터페이스를 포함한 반도체 회로 설계(semiconductor circuit designs) 관련 특허를 개발 및 확보하여 이를 대여하는 사업을 영위하고 있다.
나.청구법인은 2019.5.8. 보유중이던 특허권 359개에 관하여 a 주식회사(이하 “a”라 한다)와 라이선스 계약을 체결하였고, 2019.5.10. 보유중이던 특허권 325개(a와 라이선스 계약 체결한 특허권과 합쳐 “쟁점특허권”이라 한다)에 관하여 b 주식회사(이하 “b”라 한다)와 라이선스 계약을 체결하였으며, 해당 계약기간 동안 b, a 및 그 계열사들에게 대상 특허에 대한 변경·양도가 불가능한 비(非) 배타적인 전 세계적 사용권을 부여하였다.
다.b는 2020년, 2021년, 2022년 및 2023년 16차례에 걸쳐 총 OOO원의 사용료를 청구법인에게 지급하고, 본 계약에 포함된 325개의 특허에 대한 지급 사용료 전액을 청구법인의 국내원천소득으로 보아 사용료 소득에 대한 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 “한미조세협약”이라 한다)의 제한세율 15%를 적용하여 법인세 총 OOO원을 원천징수하여 처분청 AA세무서장에게 신고 및 납부하였다.
라.a는 2021년 OOO원의 사용료를 청구법인에게 지급하면서, 지급 사용료 전액을 청구법인의 국내원천소득으로 보아 사용료 소득에 대한 제한세율 15%를 적용하여 법인세 OOO원을 원천징수하여 처분청 BB세무서장에게 신고 및 납부하였다.
마.청구법인은 2025.2.7. 처분청에 쟁점특허권 중 다수가 국내에 등록되지 않고 국외에서만 등록된 특허권이므로, 그 사용 대가는 국내원천소득으로 볼 수 없다는 이유로 처분청 AA세무서장에게 원천징수분 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청 BB세무서장에게 2021사업연도 법인세(원천분) OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 처분청들은 2025.4.21., 2025.4.9. 이를 각 거부하였다.
바.청구인은 이에 불복하여 2025.7.5. 심판청구를 제기하였다.
2.청구법인 주장 및 처분청 의견
가.청구법인 주장
(1) 청구법인이 수령한 사용료 소득 중 국내 미등록 특허권의 경우, 관련 특허기술이 국내에서의 제조·판매 등에 사실상 사용되었는지에 대한 재조사가 필요하다.
대법원 2025.9.19. 선고 2021두59908 판결(이하 “쟁점판결”이라 한다)은 원심법원이 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서의 제조ㆍ판매 등에 사실상 사용되었는지를 살피지 않은 위법이 있다고 판단하였다.
쟁점판결에서 대법원은 한미조세협약은 구 「법인세법」 제93조 제8호가 규정하는 ‘사용지를 기준으로 하여 사용료소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 이중과세 방지협약’에 해당하는데, 위 협약이 ‘사용’의 의미를 별도로 정의하고 있지 않으므로, ‘사용’의 의미를 동 협약 제2조 제2항에 따라 ‘조세가 결정되는 체약국의 법’인 우리나라의 「법인세법」에 따라 해석해야 한다고 전제하였다.
이어 구 「법인세법」 제93조 제8호 단서 후문의 “국내 미등록 특허권이 국내 제조, 판매 등에 사용된 경우”란 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 특허기술을 사용한다는 의미로 보아야 하고, 따라서 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다고 판단하였다.
대법원은 위 법리에 따라, 쟁점판결의 원고가 미국법인에게 지급한 사용료가 국내 미등록 특허권에 대한 것이라는 이유만으로 그 특허기술이 국내에서의 제조ㆍ판매 등에 사실상 사용되었는지를 살피지 아니한 채 곧바로 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단한 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하였다.
(2) 청구법인의 경정청구는 쟁점판결 선고 이전에 이루어진 것으로, 쟁점판결 선고 이전 판례의 경향(국내 미등록특허에 대해 지급한 대가는 국내원천 사용료 소득에 해당하지 않음)에 따르면 특허기술의 국내 사용 여부에 관한 납세자의 주장 내지 입증이 필요하지 않았다.
청구법인은 특허권자로서 b 및 a에 라이선스 특허를 허여하고 라이선스 계약서에 합의된 바에 따라 그 사용 대가를 수령할 뿐, 국내 고객사가 라이선스 받은 특허를 실제 사용하는 과정에는 관여하지 않으며, 국내 고객사가 라이선스 특허의 사용 내역을 청구법인에게 제공할 계약상 의무도 존재하지 않는바, 청구법인은 국내 고객사에 의해 라이선스 특허가 어디에서 어떻게 사용되는지 알지 못하며 관련 자료가 없으므로 쟁점특허권이 사용되는 분야 및 제품에 대한 자료를 제출할 수 없다.
(3) 라이선스 계약상, 쟁점특허권에 대한 사용료 전체가 라이선스 특허 및 관련 특허기술을 국내에서 사용하는 것에 대한 대가로 지급된 소득이라고 단정할 근거가 없다.
(가) 라이선스 계약서에는 청구법인이 국내 고객사 및 그 자회사 내지 계열사들에게 라이선스 특허를 전 세계적으로 사용할 수 있는 권한을 부여한다는 점이 명시된바, 라이선스 특허가 국내 고객사의 자회사 내지 계열사들에 의해 국내뿐 아니라 해외에서도 사용될 것임이 예정되어 있다.
즉, 라이선스 계약상 라이선스 특허 사용의 지리적 범위가 국내로 한정되어 있지 않은바, 처분청의 주장대로 ‘계약 체결 사정 및 내용’ 상 쟁점특허권에 대한 사용료가 라이선스 특허 및 관련 특허기술을 국내에서 사용하는 것에 대한 대가로 지급된 것으로 단정할 근거가 없다.
라이선스 특허의 등록지는 제출된 특허목록에서 확인 가능하듯이 중국, 미국, 독일, 프랑스, 영국, 대만, 일본, 스페인, 이탈리아 등으로 다양한바, 청구법인은 국내 고객사에게 전세계 여러 국가에서 사용할 수 있는 라이선스 특허 및 관련 특허기술을 허여한 것이고, 국내 고객사는 라이선스 특허 및 관련 특허기술의 전세계적인 사용에 대한 지급하는 대가라는 점을 인식하고 사용료를 지급한 것으로 봄이 타당하다.
라이선스 계약서상 특허목록 전체에 대한 총 사용료 금액이 정해져 있고 특허별로 대가가 특정되지는 않았다는 점은 오히려 국내 고객사가 별도의 지리적 제약 없이 라이선스 특허 및 관련 특허기술을 라이선스 목적에 따라 자유롭게 사용 및 수익하고자 하는 의사가 반영된 것으로 해석함이 타당하다.
(나) 쟁점특허권에 대한 사용료의 상당 부분은 국내에서 사용된 특허기술에 대한 대가에 해당하지 않는다.
라이선스 계약상 기술된 라이선스 특허 및 관련 특허기술은 대부분 반도체 사업에 필요한 것이며, 국내 고객사의 반도체 제조 및 판매 사업은 국내 시장이 아닌 글로벌 공급망과 수출에 중점을 둔 사업이다.
앞서 설명한 바와 같이 라이선스 계약서상 청구법인은 국내 고객사뿐 아니라 해외 제조 및 생산법인 등 전 세계 자회사 및 계열사 등에도 라이선스 특허 및 관련 특허기술의 사용을 허락하고 있다. 즉, 쟁점특허권에 대한 사용료는 국내 고객사가 지리적 제약 없이 해외 제조 및 글로벌 판매 과정 등에서 자유롭게 라이선스 특허 및 관련 특허기술을 사용하기 위한 대가에 해당한다.
최근 5년간 b와 a의 글로벌 반도체 시장 점유율은 매우 높은 수준을 유지해 왔는데, 2024년 기준 b는 전 세계 반도체 매출 1위로서, 메모리 반도체 시장에서 DRAM 점유율 약 42.5%, NAND 플래시 메모리에서 약 32.8%를 차지하며 글로벌 1위 자리를 차지하고 있으며, a 역시 DRAM 분야에서 약 29.1%의 점유율로 b와 함께 메모리 시장을 주도하고 있다.
특히 2023년과 2024년에 b는 OOO을 제치고 반도체 매출 1위로 올라섰고, 두 회사는 최근 5년간 글로벌 전체 반도체 시장에서 약 20∼25% 이상의 점유율을 합산하여 차지한 것으로 추정된다.
b 및 a는 국내뿐 아니라 전세계적으로 반도체 관련 판매법인, 생산법인 및 연구개발법인을 운영하고 있는바, 라이선스 특허 및 관련 특허기술은 실제로 전세계적으로 사용되고 있다.
즉, b, a 및 각 해외 자회사 및 계열사는 라이선스 특허 또는 특허기술을 이용해 라이선스 제품을 해외에서 제조 및 판매하였으며, 국내에서 제조한 제품 역시 대부분을 수출하였으므로 사용료의 상당 부분은 해외 제조 또는 판매에 대한 대가로서 ‘국내 제조, 판매 등에 사용된 부분’과 무관한 것으로 봄이 합리적이다.
(다) 쟁점특허권에 대한 사용료의 국내원천소득 여부를 판정하는 것은 라이선스 특허 및 특허기술의 실제 국내사용여부를 검토해야 하는 사실판단의 문제로서, 이전가격 측면에서 접근해야 할 것이 아니다.
처분청은 디지털경제 상황을 고려해 ‘사용장소’는 핵심기술설계장소 또는 생산관련 주요 의사결정을 한 곳, 즉, 이전가격측면에서 사업의 주체인 ‘본사’가 위치한 곳으로 취급해야 한다고 주장한다.
이전가격분석은 거주자 등이 국외특수관계인과 국제거래를 함에 있어서 동 거래와 관련된 가액이 적정한지의 여부를 판정하여 관할국가 별로 적절히 소득이 배분되도록 하기 위해, 재화나 용역의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 사용되는 자산, 계약 조건, 경제 여건, 사업전략 등의 요소 등을 분석하여 정상가격을 산출하는 것을 목적으로 한다.
그러나 이 사건에서는 쟁점판결의 취지를 고려하여 사용료가 국내에서 사용된 특허기술에 대해 지급된 대가로서 국내원천소득으로 취급될 수 있는지를 판단하기 위해 실제 사용장소에 대한 사실판단이 필요한 상황인바, 이전가격 측면에서 사업의 주체인 본사가 위치한 곳이 곧 사용장소에 해당한다는 주장은 납득하기 어렵다.
(4) 청구법인의 특허기술이 실제 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우인지 여부가 구체적으로 검토되어야 한다.
쟁점판결은 ‘원심이 그 특허기술이 국내에서의 제조·판매 등에 사실상 사용되었는지를 살피지 아니한 채 곧바로 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단한 것’을 지적하고 있는바, 구 「법인세법」 제93조 제8호 단서 후문(해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다)에 따라 ① 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었는지 여부 및 ② 해당 특허권등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우인지 여부가 구체적으로 검토되어야 한다.
하지만, 구 「법인세법」 제93조 제8호 단서 후문 및 쟁점판결 어디에서도 처분청의 주장처럼 “유형물 제조에 관한 핵심기술설계를 한 곳” 또는 “생산에 관한 주요 의사결정을 한 곳”을 곧 특허기술을 사용한 곳으로 단정할 수 있는 근거는 존재하지 아니하는바, 처분청의 해석은 구 「법인세법」 제93조 제8호 단서 후문의 문언 및 쟁점판결에 배치되어 타당하지 않다.
(5) 쟁점판결에 따르면 국내에서 사용된 특허기술에 대한 보상만이 국내원천소득이며, 이에 대한 입증책임은 처분청에게 있다.
감액경정청구를 받은 과세관청은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사·확인할 의무가 있고(대법원 2008.12.24. 선고 2006두13497 판결 등 참조), 과세요건사실의 존부 및 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있는 것이며(대법원 2024.7.25. 선고 2022두51031 판결, 대법원 2009.7.9. 선고 2009두5022 판결, 대법원 2004.8.16. 선고 2002두9261 판결 등), 이에 대한 입증이 없는 경우 그 불이익은 과세관청이 부담해야 한다.
대법원(대법원 2022.2.24. 선고 2019두47100 판결)은 원고로 하여금 사용료 지급 대상인 각 특허권의 개별적인 가치를 기준으로 국내원천소득에 해당하지 않는 국내 미등록 특허권의 사용료 액수를 증명하여야 한다는 취지의 피고 주장과 관련해 이를 배척한 원심의 판단이 잘못이 없다고 판시한 바 있으며, 서울행정법원에서 발간한 조세소송실무에서도 ‘감액경정청구 거부처분 취소소송에서 거부처분의 적법성에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 한다’고 하고 있다.
즉 처분청은 이 사건에서의 특허기술이 ‘국내 제조, 판매 등에서 사용되었음’을 입증하고, 그 부분에 해당하는 사용료 산정 방법을 증명해야 할 책임을 부담하는 것이다.
만약 처분청이 쟁점특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다는 점 및 그 부분에 대한 대가 산정 방법을 입증하지 못하면 처분청의 처분은 취소되어야 한다.
대법원은 경정거부처분 취소소송에서 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할만한 자료가 없는 이상 과세처분 취소소송과 마찬가지로 법원은 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다는 입장이며(대법원 1995.4.28. 선고 94누13527 판결11 등), 미국 법인에 지급된 특허 로열티가 국내 원천 소득인지 여부를 다툰 사안에서 법원(서울고등법원 2021.1.29. 선고 2019누37013 판결)은 상기 대법원 판례를 참조하여 “세무처분 취소소송에서 적정 과세액이 자료를 근거로 산출된다면 초과 부분만 취소되어야 하나, 그렇지 않으면 전부 취소되어야 한다”고 판시하였고, 이는 대법원에 의해 확정된 바 있다(대법원 2021.6.24. 선고 2021두35391 판결).
한편, 증명책임과 관련하여 쟁점판결에서 “상호주의” 내지 “미국 판례나 국세청(IRS)의 행정해석”이 언급된 부분은 “6. 다수의견에 대한 대법관 OOO, 대법관 OOO의 보충의견”(31면 내지 53면)으로서 대법원 판결의 다수의견(법정의견)이 아닌 보충의견에 해당한다. 해당 보충의견이 설시 된 부분에서도 “증명책임 배분 기준은 장차 실무에서 순차적으로 정립해 나가야 할 문제로서 이 사건에서 정면으로 다룰 쟁점은 아니다”고 명시하고 있다.
나.처분청 의견
(1) 청구법인은 경정청구 당시에 청구법인의 특허기술이 국내에서 사용되지 않았다는 주장을 한 사실이 없으며, 이와 관련한 입증책임을 다하지 않았으므로 재조사 결정을 요구하는 것은 타당하지 않다.
청구법인은 경정청구 시에는 “국내에 등록되지 않은 특허 사용에 대한 대가 부분은 국내사용 여부와 관계없이 국내원천소득이 될 수 없다”고 주장하였다. 경정청구시 특허권의 등록 여부에 대한 증빙만 제출하였을 뿐, 청구법인의 쟁점특허권에 포함된 특허기술이 국내에서 사실상 사용되었는지 여부에 대하여 어떠한 주장이나 입증도 하지 않았다.
(2) 청구법인은 처분청이 쟁점특허권의 특허기술이 실제 국내에서 사실상 사용되었는지에 대한 조사나 확인 없이 이 사건 경정청구를 기각하였다고 주장하나, 이는 사실과 다르다.
처분청은 2025.2.20. 청구법인의 특허기술의 실제 국내 사용 여부를 확인하기 위하여 “특허가 사용되는 분야 및 제품”에 대한 추가서류 제출을 요구한 바 있다. 그러나 청구법인은 2025.3.14. “특허는 b가 사용하게 되는 바, 청구법인에게는 관련 서류가 없다”고 회신하였다.
(3) 라이선스 계약이 체결된 사정 및 계약 내용에 따르면 청구법인이 지급받은 사용료는 쟁점특허권의 특허기술을 국내에서 사실상 사용함에 따라 지급된 소득임을 알 수 있다.
라이선스 계약에 의하면 특허목록 전체에 대하여 총 계약금액을 정하였을 뿐, 특허별로 얼마의 대가를 지급하기로 하였는지 특정되어 있지 않다.
경제적인 관점에서 볼 때, 국내 미등록 특허가 국내에서 제품을 제조･판매하는 데 사실상 사용되지 않는다면 원천징수의무자가 이에 대한 사용대가를 국내에서 지급할 이유가 없을 것이다. 만일 사용료 중 국내 미등록 특허를 국외에서 사용한 데에 대한 대가가 포함되어 있다면, 그와 같은 금액이 얼마인지 특정하여야 할 것이나 이를 특정할 만한 명확한 자료가 없다.
(4) 한미조세협약 상 “사용”의 개념은 특허에 국한된 것이 아니라 모든 무형자산에 포괄적으로 적용되는 것으로서, “특허의 사용”이라 함은 특허기술을 활용하여 소득을 창출하는 모든 경제적 활동을 의미하는 것으로 보아야 한다.
한미조세협약 제14조 제4항 제a호 문언에 따르면 “사용”은 ‘특허’를 포함한 모든 ‘무형자산’ 전체에 포괄적으로 적용되는 개념이므로, “사용”이란 등록 여부와 관계없이 해당 ‘무형자산’이 가지는 재산적 가치를 소득으로 전환시키는 경제적 활동이라고 봄이 타당하다.
쟁점판결에서도 “한미조세협약 제14조 제4항 제a호의 ‘사용’은 단지 ‘특허’에만 개별적으로 분리되어 조응하는 것이 아니라 이 조항에 제시된 무형자산 일체에 총체적･포괄적으로 조응하는 개념”이라고 판시하였으며(대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 판결), 그 보충의견에서 “‘특허의 사용’은 특허기술을 활용하여 소득을 창출하는 모든 경제적 활동을 의미하는 것으로 보아야 한다”고 언급한바 있다.
이에 대하여 「법인세법」 제93조 제8호 다목은 “특허권 등 등록이 필요한 권리가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법･기술･정보 등이 국내에서의 제조･생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것”을 “사용”으로 본다고 규정하였다.
한편, 현시대의 디지털경제 상황을 고려하였을 때 “특허기술을 사용하는 곳”은 단순히 물리적인 제품을 생산하는 곳에 국한되지 않을 것이다.
디지털경제라는 변화된 시대현실을 염두에 둘 때, 특허기술에 내재한 경제적 가치를 실현하고 소득을 창출하는 핵심활동, 즉 유형물 제조에 관한 핵심기술설계를 한 곳 또는 생산에 관한 주요 의사결정을 한 곳이야말로 제조･생산과 관련하여 특허기술을 사실상 사용한 곳이라고 보는 것이 타당하다.
이에 대한 참고자료로, OOO 교수가 저작한 아래 논문(‘국내 미등록특허에 따른 지급금의 과세 여부’, 조세법연구 제31권 제2호, 한국세법학회, 2025, 제659∼660면 주석 참조)에도 같은 내용이 기재되어 있다.
<표1> ‘국내 미등록특허에 따른 지급금의 과세 여부’, 조세법연구 제31권 제2호, 한국세법학회, 2025, 제659∼주석 참조)
이 사건 원천징수의무자인 b와 a의 감사보고서에 따르면 b와 a는 모두 국내에 본점을 두고 있으며, 본점 소재지에서 국내･외 생산에 관한 주요 의사결정을 하고 있다.
또한 b의 2023사업연도 개별기업보고서에 의하면, “b와 그 국외특수관계법인이 국내･외 사업을 통하여 발생시키는 이익은 본사의 사업전략 및 경영 의사결정 등을 주요 원천으로 하고 있다”는 사실을 확인할 수 있다.
a 또한 2021사업연도 귀속 개별기업보고서에 따르면, “경영 전반에 대하여 영향을 끼치거나 전략적 중요성을 가지는 등의 중대한 의사결정은 대표이사가 의사결정권한을 가진다”고 되어 있으며, 최종 의사결정권자의 소재지는 대한민국으로 기재되어 있다.
쟁점특허권의 라이선스 계약 내용 중 국내･외 사용 귀속이 구분되지 않는 점, 특허권의 사용대가가 국내･외 사용대가로 구분되어 있지 않는 점, 이 사건 특허기술의 사용자인 b와 a의 본점 소재지가 국내에 있고 생산에 관한 주요 의사결정을 국내에서 하는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청은 쟁점특허권의 특허기술이 국내에서의 제조･판매 등에 사실상 사용되는 것으로 보았다.
(5) 원칙적으로 처분의 적법성에 관한 증명책임은 과세관청이 부담하나, 과세관청이 과세요건을 증명하여 처분의 적정성을 입증하였다면, 이를 반박하는 입증책임은 청구법인이 부담한다.
쟁점판결의 보충의견에서 “국내 미등록 특허권에 포함된 특허기술이 국내 제조･판매 등에 사실상 사용되는 사정이 증명되고 나면, 그 특허에 관한 사용료소득은 일단 그 전액이 국내원천소득으로 사실상 추정된다. 이를 번복시키려면 납세자는 해당 사용료소득 중 일부가 국외 사용분에 상응하는 것이어서 국외원천소득이라는 점을 증명해야 한다”고 밝힌 바 있다.
<표2> 쟁점판결(대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 판결) 참조
b와 a는 생산에 관한 주요 의사결정이 이루어지는 국내 본점을 거점으로 하여 이 사건 사용계약을 체결하고 그 사용료 전액을 국내원천소득으로 보아 원천징수를 이행한바, 이는 쟁점판결에서 설시한 “특허기술이 국내에서 사실상 사용되는 사정이 증명된 경우”에 해당한다.
따라서 이 사건 사용료 중 전부 또는 일부가 국외원천소득이라는 주장에 대하여는 입증의 용이성 및 증거 소지 측면에서 과세관청이 아니라 납세의무자인 청구법인이 이를 입증할 책임이 있다
참고자료로 OOO 교수의 논문(‘한·미조세조약상 미등록 특허사용료의 소득원천에 대한 연구’, 2025, OOO법학연구원 ‘법학논고’ 제88집, 제202면 참조)에도 같은 내용이 기재되어 있다.
<표3> OOO교수의 논문(‘한·미조세조약상 미등록 특허사용료의 소득원천에 대한 연구’, 2025, OOO법학연구원 ｢법학논고｣ 제88집, 제202면 참조)
(6) 청구법인은 이 사건 거부처분의 위법성을 입증할만한 자료를 제시하지 못하고 있으며, 청구법인이 이 사건 사용료 중 국외원천소득에 해당하는 부분을 증명하지 못하고 있으므로 이 사건 사용료 전액을 국내원천소득으로 본 당초 처분은 적정하다.
청구법인은 특허기술이 국외에서도 사용될 가능성이 있다고 주장할 뿐 특허기술이 국외에서 사용되었는지, 국내･외 사용분을 구분할 수 있는지 등 청구법인의 주장을 뒷받침할 근거자료를 제시하지 못하고 있다.
청구법인은 이 사건 라이선스 계약에 따라 b 및 a와 그 관계사들이 대상 특허를 사용할 수 있도록 허여하였으므로 이 사건 특허기술이 해외 국가에서도 사용될 수 있다고 주장하나, 실제 특허기술이 어떤 관계사에서 사용되었는지, 해외 사용분이 얼마나 되는지에 대하여 입증하지 못하고 있다.
또한 청구법인은 대상 특허의 등록지가 전세계 여러 국가이므로 이는 전세계적인 사용에 대한 대가라고 주장하나, 특허의 등록지가 여러 국가라는 사실은 이 사건 사용료의 국내원천소득 해당 여부에 영향을 미치지 않는다.
쟁점판결의 요지는 등록지가 아닌 사실상 사용된 장소를 기준으로 과세권을 판단해야 한다는 것이며, 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 특허기술은 국내에서 사실상 사용되었다.
청구법인은 이 사건 사용료가 국내원천소득에 해당하지 않는다는 주장을 뒷받침할 자료를 제시하지 못하고 있으므로 이를 기각한 당초 처분은 정당하며 청구법인이 재조사를 청구할 이유가 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
국내 미등록된 특허권 사용대가가 국내원천소득에 해당하는지 여부
나. 관련 법령 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은 b 및 a 아래 <표4>∼<표12>과 같이 전세계적으로 반도체 관련 판매법인, 생산법인 및 연구개발법인을 운영하고 있으므로 쟁점특허권 관련 기술은 전세계적으로 사용되고 있다고 보아야 한다고 주장한다.
<표4> 라이선스 계약서 중 일부
<표5> b의 글로벌 거점
<표6> b의 제조법인
<표7> b의 연구개발법인
<표8> a의 판매법인
<표9> a의 생산법인
<표10> a의 연구개발법인
<표11> b의 사업보고서 일부
<표12> a의 사업보고서 일부
(나) 처분청은 특허기술에 관하여 ‘유형물 제조에 관한 핵심기술설계를 한 곳 또는 생산에 관한 주요 의사결정을 한 곳’이 제조･생산과 관련하여 특허기술을 사실상 사용한 곳이라는 의견을 제출하며 아래와 같은 자료를 제출하였다.
<표13> b 개별기업보고서
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<표14> a 개별기업보고서
(다) 기획재정부가 발간한 2008년 및 2019년 간추린 개정세법에 따르면, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된「법인세법」제93조 제9호 및 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된「법인세법」제93조 제8호의 개정 내용 및 개정이유를 아래 <표15> 및 <표16>과 같이 밝히고 있다.
<표15> 2008년 간추린 개정세법
<표16> 2019년 간추린 개정세법
(라) 쟁점판결의 주요내용은 아래 <표17>와 같고, 이에 대하여 청구법인은 이 건 특허기술이 국내에서 사실상 사용되었는지에 대하여 재조사를 하여야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 쟁점계약상 특허기술이 국외에서 사용되었다는 근거나 국·내외 사용분에 대한 구분 등에 대한 입증을 청구법인이 하여야 한다는 의견이다.
<표17> 대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 판결(쟁점판결)
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 국내 미등록된 쟁점특허권 관련 기술이 국내에서 사용되었는지 여부를 조사하여 사용된 특허권의 사용료만을 국내원천소득으로 보아야 한다고 주장하나, a 및 b는 생산에 관한 주요 의사결정이 이루어지는 국내 본점을 거점으로 하여 쟁점계약을 체결하고 쟁점사용료를 국내원천소득으로 보아 원천징수를 이행하였는바, 이는 쟁점계약에 따른 이 건 특허기술이 국내에서 사실상 사용되고 있는 것으로 일응 볼 수 있는 점, a나 b가 국내에서 제품을 제조·판매하는데 있어 국내 미등록 특허권 관련 이 건 특허기술을 사실상 사용하지 않았다면 이에 대한 사용대가를 국내에서 지급할 이유가 없어 보이는 점, 쟁점계약에 따른 이 건 특허기술이 국외에서 사용되었는지 여부, 국내·외를 구분하여 사용한 근거 등에 대해서는 그 입증의 용이성 및 증거 소지 측면에서 청구법인이 입증해야 할 것으로 보이나(조심 2025중2982, 2025.12.30., 같은 뜻임), 청구법인은 이를 뒷받침할 근거자료 등을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지> 관련 법령
(1) 법인세법
제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.
8. 국내원천 사용료소득 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 이 경우 제4호에 따른 산업상·상업상·과학상의 기계·설비·장치 등을 임대함으로써 발생하는 소득을 조세조약에서 사용료소득으로 구분하는 경우 그 사용대가를 포함한다.
다. 사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 "사용지 기준 조세조약"이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 "특허권등"이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법·기술·정보 등이 국내에서의 제조·생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다]
(2) 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약
제2조(일반적 정의) (2) 이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다. 상기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 따른 그러한 용어의 의미가 타방 체약국의 법에 따른 용어의 의미와 상이하거나, 또는 그러한 용어의 의미가 어느 한 체약국의 법에 따라 용이하게 결정될 수 없는 경우에, 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 방지하거나 또는 이 협약의 기타의 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적상 동 용어의 공통적 의미를 확정할 수 있다.
제6조(소득의 원천) 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.
(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.
제14조(사용료) (4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다.
(a) 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권·특허·의장·신안·도면·비밀공정 또는 비밀공식·상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리·지식·경험·기능(기술)·선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금