[주 문]

OO세무서장이 2024.12.9. 청구인에게 한 2020년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2017.9.1.부터 2020.10.13.까지 ‘A’이라는 상호로 서울특별시 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 사업장 소재지로 하여 건설업/주택신축판매를 영위하는 개인사업자로, 쟁점사업장과 그 외 3개 사업장의 사업소득에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조 제1항의 중소기업에 대한 특별세액감면(이하 “쟁점감면”이라 한다) 적용 대상으로 보아 감면세액 OOO원(쟁점사업장에 대한 쟁점감면 적용에 따른 세액은 OOO원으로, 이하 “쟁점감면세액”이라 한다)을 적용하여 2020년 귀속 종합소득세를 신고․납부하였다.

나. OO지방국세청장은 2023.10.16.부터 2023.11.3.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 운영하는 쟁점사업장을 2020.10.13. 폐업하여 2020년 과세연도 종료일 현재 계속사업자에 해당하지 않으므로 쟁점감면세액을 부인하고, 2020년 귀속 종합소득세를 경정하도록 처분 지시함에 따라 처분청은 쟁점감면세액을 부인하여 2024.12.9. 청구인에게 2020년 귀속 종합소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.4. 이의신청을 거쳐, 2025.7.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 조특법 제7조 제1항 및 같은 법 시행령․시행규칙 어디에도 과세연도 중에 폐업한 경우 쟁점감면을 적용하지 못한다는 규정은 없으므로 쟁점사업장에 대한 쟁점감면은 정당하고, 이 법 조문을 적용할 때 유추해석이나 확대해석을 하지 않아야 함에도 처분청은 이를 간과하고 이 건 처분을 하였으므로 취소되어야 한다.

 (2)처분청의 의견대로 쟁점감면을 통해 중소기업의 재무구조 개선 및 원활한 투자 등을 지원하려는 취지라면, 비록 쟁점사업장은 폐업되었지만, 청구인이 당해연도에 폐업된 쟁점사업장 외 타 사업장에서 동일업종을 영위하고 있어 청구인의 입장에서 감면제도 취지에 부합하는 동종사업을 계속 영위하고 있으므로 쟁점감면제도의 취지에 부합할 뿐만 아니라, 법원의 판례(대법원 2014.10.30. 선고 2014두38927 판결)와 과세관청의 유권해석(기준-2020-법령해석소득-0246, 2020.11.11.)에 의하면 초과인출금에 대한 차입금이자 손금불산입도 사업장별로 판단하지 않고 인별로 하고 있으므로 쟁점감면 역시 인별로 판단함이 타당하다.

<표> 청구인의 총사업내역

○○○

 (3)주택신축판매업은 업종 특성상 분양이 완료되면 폐업이 당연한데, 과세연도 중에 폐업하는 경우 쟁점감면을 할 수 없다고 한다면, 납세자가 의도적으로 주택의 양도시기를 과세연도 말 또는 해당 과세연도가 경과된 이후로 지연시켜 쟁점감면을 받는 등 폐업일을 인위적으로 조정함으로써 쟁점감면을 적용받을 수 있어 형평성 측면에서 불공정을 야기할 수 있다.

나. 처분청 의견

 (1)과세연도 종료일 당시 당해 사업을 영위하지 않고 중도 폐업한 자는 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용할 수 없다.

  중소기업에 대한 특별세액감면제도의 입법 취지는 경쟁력이 취약한 중소기업의 보호․육성을 위해 소득세 및 법인세를 감면해 줌으로써 재무구조개선 및 설비투자 촉진을 지원하기 위함에 있는바, 재무구조개선 및 설비투자를 위해서는 적어도 감면적용의 대상이 되는 과세기간 종료일 당시 당해 사업을 영위하여야 한다.

  법원에서도 청구인의 주장과 달리 과세연도 중 중도 폐업자의 경우 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하는 것으로 일관되게 판시(대법원 2006.1.13.선고 2005두685 판결, 대법원 2021.2.4.선고 2020두52047 판결, 대법원 2020.9.24.선고 2020두40518 판결 등 다수, 같은 뜻임)하고 있다.

 대법원 판례와 같이 계속사업을 영위하지 않는 경우 쟁점감면세액을 적용할 수 없다는 판결은 당초 입법 취지가 변경되지 않았다는 것을 의미하므로 계속사업 요건이 없어졌다는 청구인의 주장은 타당하지 않다.

 (2)세액감면은 감면 요건을 갖춘 사업장별로 적용하는 것이므로 폐업한 사업장에 대해 감면을 적용할 수 없는바, 동일 업종의 타 사업장을 영위하면서 감면 요건에 해당한다면 해당 사업장별 소득에 대해 감면을 적용할 수 있는 것이지 인별로 감면을 적용할 수는 없다.

조특법 제7조 제1항에서도 감면대상에 대해 “중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다.” 라고 규정하고 있는바, 청구인이 타 사업장에서 동일업종을 영위한다고 하여도 인별로 쟁점감면을 적용해야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구인이 과세연도 중 쟁점사업장을 폐업함에 따라 기 신고한 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 조세특례제한법

  (가) 2002.12.11. 법률 제6762호 일부개정 법률로 개정되기 전의 것

제145조(기업합리화적립금의 적립) ① 제5조 내지 제7조, 제7조의2, 제7조의3, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제26조, 제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제37조, 제62조, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제68조, 제94조, 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제‧세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 "감면등"이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도 후 대통령령이 정하는 이익이 최초로 발생하는 사업연도의 이익금처분 시까지 이를 적립할 수 있다.

③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 당해 금액은 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 기업합리화적립금은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야 한다.

1. 이월결손금의 보전

2. 자본에의 전입

⑤ 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)은 공제받은 세액에서 공제받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 한다.

 제146조(감면세액의 추징) 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 내국인에게 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고 시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.

  (나) 2020.12.29., 법률 제17759호로 일부개정되기 전의 것

 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2020년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종

 사. 건설업

2. 감면 비율

 가.대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10

 나.소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20

 다.소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30

 라.소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장 : 100분의 5

 마.중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장 : 100분의 10

 바.중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 15

3. 감면한도 : 다음 각 목의 구분에 따른 금액

 가.해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우 : 1억원에서 감소한 상시근로자 1명당 5백만원씩을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 한다)

 나. 그 밖의 경우 : 1억원

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 중소기업의 경우에는 제1항 제2호의 규정에도 불구하고 제1항 제2호에 따른 감면 비율에 100분의 110을 곱한 감면 비율을 적용한다.

1.해당 과세연도 개시일 현재 10년 이상 계속하여 해당 업종을 경영한 기업일 것

2.해당 과세연도의 종합소득금액이 1억원 이하일 것

3.「소득세법」 제59조의4 제9항에 따른 성실사업자로서 제122조의3 제1항 제1호, 제2호 및 제4호의 요건을 모두 갖춘 자일 것

 (2) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15., 대통령령 제32413호로 일부개정되기 전의 것)

 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 “평균매출액등”은 “매출액”으로 본다.

⑦ 법 제7조 제5항에 따른 상시근로자의 범위 및 상시근로자 수의 계산방법에 관하여는 제23조 제10항부터 제13항까지의 규정을 준용한다.

⑧ 법 제7조에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 (3) 소득세법

 제80조(결정과 경정) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

 (4) 중소기업기본법

제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사는 제외한다.(각 호 생략)

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 5년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

 (5) 부가가치세법

 제7조(폐업일의 기준) ① 법 제5조 제3항에 따른 폐업일은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1.합병으로 인한 소멸법인의 경우 : 합병법인의 변경등기일 또는 설립등기일

2.분할로 인하여 사업을 폐업하는 경우 : 분할법인의 분할변경등기일(분할법인이 소멸하는 경우에는 분할신설법인의 설립등기일)

3.제1호 및 제2호 외의 경우 : 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날. 다만, 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 제13조 제1항에 따른 폐업신고서의 접수일

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구인은 쟁점사업장을 2017.9.1. 개업하여 건설/주택신축판매업을 영위하였고, 2020.10.13. 쟁점사업장을 폐업한 것으로 확인되고, 청구인의 총사업내역은 아래 <표>와 같다.

<표> 청구인의 총사업 내역

○○○

<표> 폐업신고서 접수내역

○○○

  (나) 청구인은 쟁점사업장과 그 외 3개 사업장의 사업소득에 대하여 쟁점감면에 해당하는 것으로 보아 감면세액 OOO원(쟁점감면세액 : OOO원)을 적용하여 2020년 귀속 종합소득세를 신고․납부하였다

  (다) OO지방국세청장은 2023.10.16.부터 2023.11.3.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 운영하는 쟁점사업장을 2020.10.13. 폐업하여 2020년 과세연도 종료일 현재 계속사업자에 해당하지 않으므로 기 적용한 쟁점감면세액을 부인하고 2020년 귀속 종합소득세를 경정하도록 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점사업장에 대한 쟁점감면세액을 부인하여 2024.12.9. 청구인에게 이 건 처분을 하였다.

  (라) 쟁점사업장이 조특법 제7조에 규정된 감면대상의 ‘업종 요건’과 ‘소기업 요건’을 충족하였다는 사실에 대하여는 양 당사자간에 다툼이 없다.

  (마) 쟁점사업장의 건물 등기사항전부증명서에 따르면 청구인은 2018.4.20. 쟁점사업장에 지하1층, 지상 5층(옥탑 제외)의 건물을 신축하였고, 2020.10.14. B 외 1인에게 양도한 사실이 확인된다.

 (2) 조특법 제145조에서 규정한 쟁점감면을 비롯한 감면세액 사후관리제도는 2002.12.11. 폐지된 것으로 나타나는데, 기획재정부에서 발간한 2002년 간추린 개정세법 해설책자에 밝힌 조특법 개정취지는 아래 <표>와 같다.

<표> 감면세액 사후관리 제도 폐지

 (3) 국세청 예규를 보면 조특법 제145조 폐지 이전에는 폐업한 연도에 쟁점감면의 적용을 부정하였다가, 폐지 이후에는 폐업연도에 쟁점감면을 인정한 것으로 변경된 사실이 나타난다.

<표> 폐업 연도에 쟁점감면을 적용할지 여부에 대한 예규

○○○

 (4) 처분청은 2002.12.11. 법률 제6762호로 조특법이 일부 개정되어 조특법 제145조가 폐지된 이후에도 법원에서는 중소기업이 폐업한 연도에는 쟁점감면을 배제하는 것으로 판단한다는 의견으로 서울행정법원의 판결(서울행정법원 2019.6.27. 선고 2018구합87392 판결) 및 서울고등법원의 판결(서울고등법원 2020.10.8. 선고 2019누65162 판결) 등을 제출하였다.

 (5)「중소기업기본법」 및 조특법에서 중소기업이 폐업한 연도에 중소기업을 육성하기 위한 시책을 적용할지에 대해 명시적으로 규정하고 있지는 아니하나, 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 중소기업으로 보도록 한 유예기간에 대한 규정을 두고 있는데, 이를 보면 「중소기업기본법」제2조 제3항에서 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 5년간은 중소기업으로 보도록 규정하고 있고, 조특법 시행령 제2조 제2항에서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 5개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보도록 규정하고 있으며, 국세청 및 기획재정부는 예규에서 중소기업인 법인이 사업연도 종료일 현재 해당 사업을 폐업한 경우에도 중소기업에 한해 적용되는 「법인세법」제72조에 따른 결손금 소급공제를 적용받을 수 있다고 해석(서이46012-10949, 2003.5.13., 재정경제부 법인 46012-75, 2003.4.30.)한 것으로 나타난다.

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 조특법 제7조 제1항에서 제1호의 감면 업종을 경영하는 중소기업에 대해서는 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면하도록 규정하고 있고, 각 목에서 감면업종을 규정하고 있다.

  처분청은 중소기업이 사업을 폐업한 연도에는 쟁점감면의 적용대상이 아니라는 의견이나, 조특법 제7조 제1항 제1호에서 중소기업이 각 목에서 규정한 감면대상 업종을 영위할 것을 쟁점감면의 요건으로 규정하고 있을 뿐 과세연도 중에 사업을 폐업한다고 하여 쟁점감면을 배제되는 것으로 명시하고 있지 아니한 점, 「중소기업기본법」 및 조특법에서 중소기업이 폐업한 연도에 중소기업을 육성하기 위한 시책을 적용받을 수 있는지에 대한 명시적인 규정은 확인되지 아니하지만 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 중소기업으로 보도록 유예기간에 대한 규정을 두고 있고, 국세청 및 기획재정부는 예규에서 중소기업인 법인이 사업연도 종료일 현재 해당 사업을 폐업한 경우에도 중소기업에 한해 적용되는 「법인세법」제72조에 따른 결손금 소급공제를 적용받을 수 있다고 해석[서이46012-10949(2003.5.13.), 재정경제부 법인46012-75(2003.4.30.)]한 사실 등을 볼 때 중소기업이 폐업한 연도에도 중소기업으로서 적용받던 세제 혜택은 명시적인 배제 규정이 없는 이상 적용하는 것이 타당해 보이는 점, 2002.12.11. 조특법 제145조가 폐지되어 쟁점감면을 비롯한 감면세액에 대한 사후관리 제도가 폐지되었는데, 당시 기획재정부에서 조세감면 사후관리제도는 기업의 주주배당 및 자금운용을 지나치게 규제하므로 자금운용에 대한 자율성을 높여주는 것이 필요하여서라고 개정이유를 밝히고 있는바, 중소기업이 폐업을 하여 감면받은 세액을 중소기업의 재무구조개선 및 설비투자 등에 사용하지 못한다는 이유로 쟁점감면의 적용이 배제되는 것으로 해석하기는 어려운 점, 국세청도 예규에서 2002.12.11. 법률 제6762호로 일부개정된 조특법이 적용된 사안에 대해서는 중소기업이 폐업한 연도에도 쟁점감면을 적용받을 수 있다고 해석[법인46012-182(2003.3.14.), 서이46012- 10540(2003.3.18.) 외]한 점 등에 비추어 처분청이 당해 과세연도 중에 쟁점사업장을 폐업하였다는 이유만으로 쟁점감면의 적용을 배제하여 청구인에게 2020년 귀속 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.