1.처분개요

가.청구법인은 2019.2.25.부터 경기도 OOO에 ‘A’이라는 상호의 지점법인(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 두고 음식점업을 영위하고 있는 법인으로, 쟁점사업장에 대한 2022년 제1기〜2024년 제2기 부가가치세를 각각 신고한 후 납부하지 않았다.

나.처분청은 아래 <표1>과 같이 청구법인에게 쟁점사업장과 관련된 2022년 제1기〜2024년 제2기 부가가치세 OOO원(이하 “쟁점부가가치세”이라 한다)을 각각 고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.1. 심판청구를 제기하였으나 2025.9.8. 우리 원은 처분청이 청구법인에게 한 부가가치세 무납부고지는 청구법인의 신고에 의하여 이미 확정된 세액을 징수하기 위한 절차일 뿐 불복청구의 대상이 되는 부과처분에 해당하지 않는 것으로 보아 각하 결정을 하였다.

<표1> 처분청의 무납부고지 내역

○○○

다.이와 별도로, 청구법인은 2025.8.26. 처분청에 쟁점사업장의 실사업자를 청구법인 대표이자 과점주주인 B의 지인인 C이라고 주장하며 청구법인 명의로 신고한 쟁점부가가치세의 경정청구(이하 “이 사건 경정청구”라고 한다)를 하였으나, 처분청은 2025.10.23. 이를 거부하였다.

라.청구법인은 이에 불복하여 2025.12.19. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

 (1)「국세기본법」제14조 제1항에 따르면 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 지배ㆍ관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질과세의 원칙에 따라 명의사용의 경위, 당사자 간 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계 등을 살펴 실질적으로 당해 과세대상을 지배ㆍ관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 한다.

 (2)2018.2.6. 청구법인은 C으로부터 경기도 OOO에 소재한 ‘D’이라는 상호의 중식당(이하 “D”이라 한다)을 OOO원에 인수하고 동 사업장을 청구법인의 본점으로 정하였는데,C은 위와 같이 D을 청구법인에게 매각하였음에도 2019년 1월경 쟁점사업장 소재지에서 ‘D’이라는 브랜드를 사용하여 중국음식점을 운영하고 싶다는 의사를 밝히며 청구법인에게 자금대여를 요청하였다.

 (3)이에, 청구법인은 C에게 자금을 대여하되 C의 채무불이행 위험을 고려하여 2019.1.17. 쟁점사업장 임차계약서에 C을 대신하여 청구법인을 임차인으로 기재함으로써 동 임차계약 보증금 OOO원을 C에 대한 금전채권에 상응하는 담보물로 삼고 2019.2.25. 쟁점사업장을 청구법인의 지점으로 등록하였을 뿐 쟁점사업장의 운영에는 관여한 바가 없다.

 (4)청구법인은 실질적으로 D만을 운영하다가 코로나19 확산에 따른 영업 악화로 인하여 2022년 초순경 해당 사업장의 임차 계약을 해지하게 되자 형식적으로나마 법인을 유지하기 위하여 본점 소재지를 C이 운영하는 쟁점사업장으로 이전하였으나 이 또한 쟁점사업장을 청구법인이 운영하였다고 인정할 증거가 되지는 못하는 것이다.

 (5)덧붙여, 쟁점사업장에서 근무한 직원들이 E에 청구법인이 아닌 C을 피신청인으로 하여 퇴직금 체불(「근로자퇴직급여 보장법」위반)에 관한 진정을 하여 C이 피의자로 피소된 사건과 관련하여 법원은 2025.9.18. C이 쟁점사업장을 실질적으로 운영하며 퇴직금을 미지급한 책임이 있다고 판결(OOO)한 점을 보더라도 C이 쟁점사업장의 실사업자임이 명백하다.

  따라서, 쟁점사업장의 실사업자는 청구법인이 아니라 C임이 명백하므로 처분청이 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나.처분청 의견

 (1)일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다고 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없는 것이다(대법원 2002.11.13. 선고 2022두6392 판결).

 (2)청구법인은 C이 청구법인의 명의를 빌려 쟁점사업장을 운영하였으므로「국세기본법」상 실질과세원칙에 따라 쟁점부가가치세가 경정되어야 한다고 주장하나, ①청구법인이 쟁점부가가치세를 자진신고․납부하여 온 점, ②청구법인 명의로 쟁점사업장 임대차계약을 체결하고 관할시청으로부터 영업신고증을 발급받은 점, ③청구법인의 대표이사이자 과점주주인 B이 쟁점사업장을 책임운영한다는 내용을 자필기재한 회의록을 첨부하여 사업자등록을 신청한 점, ④임대료․인건비․물품대 등을 청구법인이 부담하고 거래증빙을 수취한 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점사업장의 운영주체임이 분명하다.

 (3)아울러, 혹여 쟁점사업장의 실사업자가 C이라는 청구법인의 주장이 사실이라면 쟁점사업장과 연계된 청구법인 명의의 계좌 등을 C이 직접 관리․처분하였을 것임에도 청구법인은 이에 대한 자료를 전혀 제출하지 못하였을 뿐만 아니라, 쟁점사업장의 명의대여에 앞서 청구법인이 C에게 상당액의 사업자금을 대여하였다는 주장 또한 금전대차계약서 및 원리금 변제내역 등과 같은 증거물 또는 증거서류가 전무하다는 점에서 청구법인의 주장을 신뢰할 수 없다.

 (4)부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로,「부가가치세법」상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 하는 것이고,

   이에 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서의 인도 또는 양도는 재화를 사용․소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는 자는 위탁매매나 대리와 같이「부가가치세법」에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 그 재화를 사용․소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다고 보아야 하므로(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조), 쟁점사업장에 근무하였던 직원에 대한 퇴직금 미지급과 관련한 소송 결과 C이 쟁점사업장의 실사업자로 지목되었다는 이유만으로 전술한 다수의 사실관계를 일거에 배척하고 C이 쟁점사업장을 전적으로 운영하였다고 단정할 수 없는 것이다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

 청구법인은 실제 사업자가 아닌 명의대여자에 불과하여 쟁점사업장에 관한 납세의무가 없다는 주장의 당부

나.관련 법률

  (1)국세기본법

제14조[실질과세]①과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

②세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제45조의2[경정 등의 청구]①과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1.과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2.과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

②과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1.최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2.소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3.조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4.결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5.제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

 (2)부가가치세법

제2조[정의]이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3.“사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

 (3)근로기준법

제2조[정의]①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “사용자”란 사업주 또는 사업 경영 담당자, 그 밖에 근로자에 관한 사항에 대하여 사업주를 위하여 행위하는 자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1)처분청이 제출한 국세행정통합전산망 내 쟁점사업장 기본사항 및 청구법인 본지점 내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2-1>쟁점사업장(청구법인의 지점) 기본사항

○○○

<표2-2>청구법인 본지점 현황

○○○

 (2)처분청이 제출한 자료에 따르면 처분청은 청구법인이 2025.8.26. 접수한 이 사건 경정청구와 관련하여 2025.10.21. 쟁점사업장의 실사업자가 C이라고 인정할만한 자료가 없어 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다는 취지로 회신한 것으로 나타난다.

 (3)처분청이 제출한 자료에 따르면 청구법인의 세무대리인은 2022.4.19.부터 2025.1.22.까지 총 12회(2024년 제1기 예정분 수정신고서는 서면제출)에 걸쳐 국세청홈택스를 이용하여 처분청에 쟁점부가가치세 신고서를 접수하였으며, 청구법인은 이 사건 심판청구일 현재 쟁점부가가치세 중 OOO원을 자진납부한 것으로 파악된다.

<표3> 쟁점부가가치세 신고납부 현황

○○○

 (4)처분청은 ①쟁점사업장 사업자등록신청서, ②이사회 회의록, ③주주명부, ④임차계약서, ⑤법인등기부, ⑥영업신고증을 제출하였다.

  (가)(①사업자등록신청서)2019.2.15. 청구법인 대표이자 과점주주(100%)인 B이 사업자등록신청서를 직접 작성하여 처분청에 방문접수한 것으로 나타난다.

<표4>쟁점사업장 사업자등록신청서

○○○

<표5>사업자등록증 신청서에 첨부된 B의 신분증 사본

○○○

  (나)(②회의록, ③주주명부)B은 2019.2.25.자로 쟁점사업장 소재지에 신규대리점을 출점하고 해당 대리점을 본인의 책임하에 운영할 것을 승인하는 내용을 <표6>와 같이 자필로 기재한 것으로 나타난다.

<표6>쟁점사업장 신설 관련 이사회 회의록

○○○

<표7>청구법인 주주명부

○○○

  (다)(④임대차계약서등)처분청이 제출한 <표8> 쟁점사업장 임차계약서에는 임차인을 청구법인으로 하여 2019.1.21.부터 2024.1.21.까지 임차보증금 OOO원과 월세 OOO원을 임대인에게 지불하도록 기재되어 있고, 청구법인은 위 임차보증금이 청구법인이 C에게 대여한 쟁점사업장 개업자금의 담보물에 해당한다고 주장하나 이와 관련된 금전대차계약서 및 원리금 상환요청 내역 등은 제출하지 아니한다.

    다만, 청구법인은 추가 항변을 통하여 B 명의 계좌 거래내역 일부를 <표9>와 같이 제출하였는데 그 내용은 2019.1.17. B 명의 계좌OOO에서 OOO원을 인출하여 쟁점사업장의 임대인 F에게 송금한 것으로서 청구법인은 이와 같은 자금흐름이 C에 대한 금전대여의 일부에 해당하고 이와 같은 사실에 비추어 쟁점사업장의 실제 임차인은 C이라는 입장이다.

<표8>쟁점사업장 임차 계약서

○○○

<표9>B 계좌 거래내역

○○○

  (라)(⑤법인등기부,⑥영업신고증)<표10> 청구법인의 등기사항에 따르면 설립 당시 청구법인의 본점은 ‘D’과 동일한 경기도 OOO이었으나 2022.1.10. 쟁점사업장 소재지(경기도 OOO)로 본점을 이전하였으며 2019.2.15. OOO시청에서 발급한 <표11> 영업신고증(OOO)에는 쟁점사업장의 운영주체가 청구법인으로 기재된 것으로 나타난다.

<표10>청구법인 등기부(발췌)

○○○

<표11>쟁점사업장 영업신고증

○○○

 (5)처분청이 제출한 국세통합전산망 자료에 따르면 청구법인은 C에게 <표12>와 같이 2019년부터 2023년까지 총 OOO원의 근로소득을 지급한 것으로 파악된다.

<표12> C의 근로소득 발생내역

○○○

 (6)처분청이 제출한 <표13> 쟁점사업장 관련 퇴직금 체불(「근로자퇴직급여보장법」위반) 사건 수사기록에 따르면 쟁점사업장에서 근무한 직원의 급여는 청구법인 명의 계좌에서 인출되어 지급된 것으로 나타난다.

<표13>쟁점사업장 퇴직급여 체불건 수사기록(발췌)

○○○

 (7)처분청이 제출한 <표14> 건물 등 감가상각자산 취득 명세에 따르면 청구법인은 쟁점사업장 운영과 관련하여 2019.1.1.부터 2024.3.31.까지 기계장치 등 총 OOO원을 취득하고 매입세액 OOO원을 공제받은 것으로 파악된다.

<표14> 쟁점사업장 감가상각자산 취득 명세

○○○

 (8)쟁점사업장 개업 당시 위 <표8>과 같이 C에게 상당 금액을 대여하고 쟁점사업장 임차보증금 OOO원을 담보물로 삼았다는 청구법인의 주장에 대하여, 처분청은 청구법인의 2019년～2024년귀속 재무제표에 C에 대한 채권을 계상한 사실이 확인되지 아니하므로 위와 같은 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다는 입장이다.

 (9)청구법인은 매월 25일마다 쟁점사업장의 월세로 OOO원(부가가치세 포함)을 임대인 F 명의 계좌OOO로 송금하고 매입세금계산서를 수취한 것으로 확인되는 가운데, 처분청은 청구법인의 주장이 사실이라면 ①쟁점사업장과 연계된 청구법인 명의의 계좌를 C이 실질적으로 사용․관리하였는지 및 ②임대료․인건비․물품대 등을 C이 실질적으로 부담하였는지 여부를 입증하기 위한 증거물 또는 증거서류가 추가로 제시되어야 한다는 입장이다.

 (10)쟁점사업장에서 근무한 직원들이 <표15>과 같이 E에 C을 피신청인으로 하여 퇴직금 체불(「근로자퇴직급여보장법」위반)에 관한 진정을 하여 C이 피고인으로 기소된 사건과 관련하여 법원은 2025.9.18. <표16>와 같이 C이 쟁점사업장을 실질적으로 운영하며 퇴직금을 미지급한 책임이 있다고 판결(OOO)한 가운데,

   C이 동 재판 진행과정에서 제출한 <표17> 의견서에는 처분청의 신용카드 채권압류 등으로 인해 쟁점사업장을 정상적으로 운영할 수 없게 되자 쟁점사업장을 폐업하였다고 기재한 것으로 파악된다.

<표15>쟁점사업장 직원 진술조서(발췌)

○○○

<표16>쟁점사업장 퇴직금미지급 관련 판결문(발췌)

○○○

<표17>C 제출 의견서(발췌)

○○○

 (11)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사업장의 실사업자는 청구법인이 아니라 C임이 명백하므로 처분청이 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하나,

 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 사업명의자를 실사업자로 보아 과세를 하면 되는 것이고, 이것이 실체관계와 다르다는 이유로 사업명의자가 아닌 별개의 실사업자에게 실질과세가 가능하다는 점에 대한 주장․입증책임은 명의자 과세를 다투는 자에게 있는 것인바(대법원 1984.6.26. 선고 84누68 판결 등 다수, 같은 뜻임), 쟁점사업장과 관련한 납세의무(사업자등록 신청, 부가가치세․원천세 등 국세 신고․납부)와 운영관리(매출관리, 임대료․인건비․물품대 지출 및 제증빙 수취 등) 모두 청구법인 명의에 따라 자발적으로 이루어진 것으로 나타나는 등의 정황에 비추어 청구법인이 쟁점사업장의 운영에 전혀 관여하지 않았다고 단정할 수 없는 점,

    청구법인이 제출한 쟁점사업장 퇴직급여 관련 판결(OOO)의 경우 쟁점사업장을 C이 실질적으로 운영하였다는 청구주장을 뒷받침하는 것으로 볼 수 있는 사실관계가 없는 것은 아니나, 쟁점사업장의 ‘사용자’ 판정기준이 되는「근로기준법」및「근로자퇴직급여 보장법」과 ‘사업자’ 판정기준이 되는「부가가치세법」은 각각 입법취지가 상이하므로 법원이「근로기준법」상 C을 쟁점사업장의 사용자로 판단하였다고 하더라도 이에 근거하여 C을 쟁점사업장을 운영하는「부가가치세법」상 사업자로 단정할 수는 없는 점에 비추어, 청구법인의 이 사건 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.