주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 9. 5. 원고에 대하여 한 2021 사업연도 법인세 00,000,000,000원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 A그룹의 지주회사로서, 자회사의 주식 또는 지분을 취득·소유함으로써 자회사의 제반 사업내용을 지배·경영지도·정리·육성하는 지주사업 및 디지털 기술을 기반으로 하는 종합 IT 서비스 사업 등을 영위하고 있는 내국법인이다.

나. 소외 주식회사 B는 충전기 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사이다. B는 초급속 배터리 충전기 최대시장인 미국에서 202×년 기준 시장점유율 0위(약 00%)인 회사로, 202×. ×. ×. 벤처기업육성에 관한 특별법 제25조에 따른 벤처기업확인을 받았다(확인유형 : 벤처투자유형, 유효기간 : 202×. ×. ×. ~ 202×. ×. ×.).

다. 원고는 2021년경 A그룹이 핵심적으로 추진하는 반도체와 배터리 분야에 대한 첨단소재 및 기술투자 정책의 일환으로 B의 주식을 취득하여 경영권을 취득하기로 하였다.

라. 이에 원고는 2021. 4. 15. B의 최대주주 C제일호사모투자 합자회사(이하 ‘C PEF’라 한다)와 사이에 원고가 C PEF가 보유한 B의 주식 0,000,000주(지분율 약 00.0%, 이하 ‘이 사건 구주’라 한다)를 000억 000만 원에 매수하는 내용의 주식매매계약을 체결하고 같은 해 ×. ×.경 이 사건 구주를 취득하였다(이하 ‘이 사건 주식매수’라 한다).

마. 또한, 원고는 202×. ×. ×. B 및 C PEF와의 사이에 B가 원고에게 전환우선주식 0,000,000주(주당 액면가 000원, 이하 ‘이 사건 신주’라 한다)를 제3자 방식으로 발행하면 원고가 이를 인수대금 0,000억 0,000만 원에 전부 인수하는 내용의 신주인수계약을 체결하고, 같은 해 ×. ×.경 이 사건 신주를 인수하였다(이하 ‘이 사건 신주인수’라 한다).

바. 1) 이 사건 주식매수 및 신주인수 전인 202×. ×. ×. 현재 B의 최대주주 C PEF는 위 회사 지분 00.00%(전환우선주식 0,000,000주, 1주당 액면가 000원)를, B의 대표자 갑은 지분 00.00%(000,000주)를 각 보유하고 있었다.

2) 이 사건 주식매수 및 이 사건 신주인수 결과 202×. ×. ×. 현재 원고는 B의 지분 00.0%(전환우선주식 0,000,000주)를 보유하여 최대주주가 되었고, 갑은 B 지분 0.0%(000,000주)를, C PEF는 지분 0.00%를 각 보유하였다.

사. 원고는 202× 사업연도 법인세 신고 당시 원고가 C PEF로부터 취득한 이 사건 구주는 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제12조의4 제1항 제2호의 ‘인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등’(이하 ’이 사건 세액공제대상 주식등‘이라 한다)에 해당하나, 이 사건 신주는 이에 해당하지 않는다고 보고, 위 제12조의4에서 정한 ‘기술혁신형주식취득에 대한 세액공제’(이하 ‘이 사건 세액공제’라 한다)를 신청하지 않았다.

아. 이후 원고는 이 사건 구주뿐만 아니라 이 사건 신주도 이 사건 세액공제대상 주식등에 해당한다는 전제하에, 원고가 이 사건 주식매수와 신주인수를 통하여 B 발행주식총수의 50%를 초과하는 00.0%의 주식을 취득하였으므로 이 사건 세액공제가 적용되어야 한다고 보고, 202×. ×. ×. 피고에게 원고가 납부한 202× 사업연도 법인세 중 00,000,000,000원을 감액 경정하여 환급하여 달라는 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다).

자. 그러나 피고는 이 사건 구주는 이 사건 세액공제대상 주식등에 해당하나 이 사건

신주는 이에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 경정청구를 받아들이지 않았다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 거부처분의 위법 여부

가. 관련 규정 및 이 사건의 쟁점

1) 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제제도

구 조세특례제한법 제12조의4에서는 ‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제’에 관하여 정하고 있다(이하 ‘제12조의4 과세특례규정’라 한다). 이는 내국법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업의 주식 또는 출자지분을 일정한 요건을 모두 갖추어 취득하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는금액을 법인세에서 공제하여 주는 제도이다.

구 조세특례제한법 제12조의4 제1항은 ‘내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있다.

그리고 같은 조 제1항 각 호에서는 위 세액공제 요건에 대하여 정하면서, ① 제1호에서 ‘인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것’, ② 제2호에서 ‘인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것’, ③ 제3호에서 ‘인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것’, 가목에서 ‘취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130’, 나목에서 ‘취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)’, ④ 제4호에서 ‘대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것’, ⑤ 제5호에서 ‘피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것’을 규정하고 있다.

2) 이 사건의 쟁점

제12조의4 과세특례규정에서는 세액공제 요건인 ‘주식등의 취득’의 범위에 대하여 명시적으로 정하지 않고 있어, 이 사건 세액공제대상 주식등에 ‘인수법인이 매수한 피인수법인의 구주’뿐만 아니라 ‘인수법인이 피인수법인의 유상증자를 통하여 인수한 신주’도 포함되는지 문제된다.

나. 판단

살피건대, 다음과 같은 이유로 이 사건 세액공제대상 주식등에는 ‘인수법인이 피인수법인의 유상증자를 통하여 인수한 신주’는 포함되지 않는다고 봄이 타당하므로 이 사건 거부처분이 위법하다고 할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2013. 3. 28. 선고2012두26678 판결 등 참조). 해당 법령 자체에 그 법령에서 사용하는 용어의 정의나포섭의 구체적인 범위가 명확히 규정되어 있지 않은 경우에, 그 용어의 해석은 해당 법령의 전반적인 체계와 취지·목적, 해당 조항의 규정 형식과 내용 및 관련 법령을 종합적으로 고려하여 해석할 수밖에 없다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두59624 판결,대법원 2025. 7. 16. 선고 2023두50516 판결 등 참조).

2) 제12조의4 과세특례규정에서 정하고 있는 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제제도는 조세특례제한법이 2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되면서 처음 신설된 규정으로, 벤처기업 등의 창업주 또는 발기인에 해당하는 주주가 그 주식을 매각한 자금으로 일정 기간 내에 재투자한 경우에 재투자로 취득한 주식등을 처분할 때까지 과세를이연 받을 수 있도록 한 ‘기업매각 후 벤처기업 등 재투자에 대한 과세특례제도’(제46조의8)와 함께 도입되었다.

위 과세특례제도를 신설한 목적은 기술혁신형 중소기업의 인수를 촉진하여 벤처기업의 창업주, 발기인 등 기존 주주가 투자자금을 회수하고 해당 자금을 새로운 벤처기업 등에 투자하도록 유도하기 위한 것이다. 이 경우 피인수회사 주식등의 취득대가가 피인수기업의 창업주나 발기인 등 기존 주주에게 귀속되어 그 투자금이 다시 새로운 벤처기업에 투자되는 경우이어야만 위 과세특례제도의 입법 목적을 달성할 수 있고, 만약 그 취득대가가 기존 주주가 아닌 피인수회사 자체에 귀속되는 경우에는 설령 그 자금이 피인수회사의 기술개발 등에 투자되었다고 하더라도 위 과세특례제도에서 예정하고 있는 입법목적을 달성하기 어렵다.

3) 제12조의4 과세특례규정에서는 기술혁신형 주식취득에 대한 법인세액 공제액을 ‘매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액’으로 규정하여 ‘주식등 매입가액’을 기준으로 공제액을 산정하는데, 일반적으로 ‘매입가액’이란 ‘주식등의 매수가액’을 의미하는 것으로, 상법상 신주인수의 대가인 ‘신주인수가액’(상법 제421조)과는 용어상 명백히 구별되고, 관련 법령 등에서 위 ‘매입가액’에 ‘주식등의 매매대가’ 외에 ‘신주인수가액’이 포함된다고 볼만한 별도의 규정도 찾을 수 없다.

4) 더욱이 조세특례제한법 제13조의2에서는 투자 여력이 있는 내국법인의 벤처기업투자를 유도하기 위한 목적으로 내국법인이 직접 또는 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구 등을 통하여 벤처기업 등에 출자하는 경우 출자액의 5퍼센트를 해당사업연도의 법인세에서 세액공제 하도록 하는 ‘내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례제도’를 별도로 두고 있다(이하 ‘제13조의2 과세특례규정’이라 한다). 구 조세특례제한법 제13조의2 제1항은 ‘대통령령으로 정하는 내국법인이 2022년 12월 31일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 주식 또는 출자지분 취득가액의 100분의 5에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 다만, 대통령령으로 정하는 특수관계인의 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 그 금액에 대해서는 공제하지 아니한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’을 정하고 있고, 제2항에서 ‘제1항 각 호의 규정을 적용할 때 출자는 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다’고 규정하고 있으며, 제2호에서 ‘해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법’이라고 규정하고 있다. 또한, 같은 조 제3항에서는 ‘제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 주식 또는 출자지분을 취득한 후 5년 이내에 피출자법인의 지배주주 등에 해당하는 경우에는 지배주주 등이 되는 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 주식 또는 출자지분에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 더하여 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다’고 규정 하고 있다.

이와 같이 구 조세특례제한법이 ‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제제도’와 별도로 ‘내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례제도’를 두면서, 이 사건 신주인수와 같이 내국법인이 벤처기업 등이 유상증자하는 경우 증자대금을 납입하는 방법으로 주식을 취득하는 때에는 제13조의2에서 규정한 세액공제요건을 구비하여야만 과세특례를 적용받을 수 있도록 하고, 이 사건 주식매수와 같이 타인소유의 주식을 매입에 의하여 취득하는 경우는 위 과세특례규정이 적용되지 않는다고 명시적으로 규정하고 있으며(제13조의2 제2항 후문), 제13조의2 과세특례규정은 제12조의4 과세특례규정과세액공제요건 및 세액공제범위 등에 있어 상당한 차이가 있다. 또한, 제13조의2 과세특례규정은 제12조의4 과세특례규정이 도입된 이후 조세특례제한법이 2016. 12. 20.법률 제14390호로 개정되면서 신설된 것으로 이는 ‘유상증자의 경우 증자대금을 납입하는 방법으로 주식을 취득하는 때’에는 제12조의4 과세특례규정의 적용대상이 아니었기 때문으로 보인다. 그렇다면 내국법인이 유상증자로 신주인수를 취득하는 경우에는제13조의2 과세특례규정의 적용이 문제될 뿐 주식매수를 전제로 한 제12조의4 과세특례규정은 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.

5) 이에 대하여 원고는, ① 제12조의4 과세특례규정은 다른 조항들과 달리 조세특례를 적용받기 위한 주식등의 취득방식을 구체적으로 제한하지 않고 있고, ② 다수의 판례 및 조세심판원 결정례를 살펴보더라도 제12조의4 과세특례규정에서 정한 ‘주식등의 취득’에는 유상증자를 통한 신주인수가 포함된다고 보아야 하며, ③ 원고가 유상증자를통해 이 사건 신주를 취득하여 B의 기술을 이전받고 B가 유상증자 대금으로 관련 기술 및 인프라를 개발 및 투자하여 새로운 시장 및 일자리까지 창출한 것은 제12조의4 과세특례규정의 입법취지에도 부합하고, ④ 제3자 배정방식의 유상증자는 주주배정 방식의 유상증자로 신주를 인수한 주주가 제3자에게 증자로 인수한 주식을 양도하는 것과 그 경제적 실질이 동일함에도 이 사건 주식매수와 이 사건 신주인수를 세법상 다르게 취급하는 것은 조세중립성 및 공평과세원칙에 반하므로, 이 사건 세액공제대상 주식등에는 ‘인수법인이 피인수법인의 유상증자를 통하여 인수한 신주’도 포함되는 것으로 해석해야 한다고 주장한다.

그러나 ① 앞서 본 바와 같이 제12조의4 과세특례규정은 주식매매를 통한 취득을 전제로 한 것으로 봄이 타당한 점, ② 원고가 들고 있는 판례 및 조세심판원 결정례1)는 취득세 과세요건인 과점주주 해당 여부, 법인세법상 손익의 귀속과 관련한 자산의 취득가액 평가, 구 증권거래법상 단기매매차익반환의무 존부 등에 관한 것으로 제12조 의4에서 정한 ‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제제도’와는 제도의 목적과 취지가 전혀 달라 위 판례와 조세심판원 결정례의 해석을 제12조의4 과세특례규정에 그대로 적용할 수 없는 점, ③ B가 이 사건 신주인수 대금으로 관련 기술을 개발하고 인프라를 확충하여 새로운 시장 및 일자리를 창출한 사정이 있더라도 앞서 본 제12조의4 과세특례제도와 제13조의2 과세특례제도의 입법목적 등을 고려할 때 그러한 사정만으로 이 사건 세액공제대상 주식등에 ‘인수법인이 매수한 피인수법인의 구주’뿐만 아니라 ‘피인수법인의 유상증자를 통하여 인수법인이 인수한 신주’도 포함된다고 해석할 수는 없는 점, ④ 앞서 본 인정사실과 원고의 주장 및 원고가 제출한 증거들을 모두 살펴보더라도 이 사건 신주인수와 이 사건 주식매수가 경제적 실질이 동일하다고 볼 아무런 근거를 찾을 수 없는 점 등에 비추어, 원고의 위 주장은 모두 받아들일 수 없다.

1) 대법원 1980. 2. 12. 선고 79누257 판결, 대법원 1995. 5. 12. 선고 94누4356 판결, 대법원 2020. 12. 10. 선고 2018두56602판결, 서울고등법원 2001. 5. 18. 선고 2000나22272 판결, 조심 2014서1119, 2017. 7. 24.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.