심판청구를 기각한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구인은 2017.8.3. 서울특별시 중구 OOO에서 “A”라는 상호로 개업하여 인쇄업을 영위하고 있는 개인사업자로, 2023년에 지출한 지류 구입비 및 인건비 합계 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 하여 쟁점비용의 100분의 25에 상당하는 금액인 OOO원을 세액공제하여 2023년 귀속 종합소득세 신고를 하였다.
나. 처분청은 청구인의 종합소득세 신고 내용을 검토하여, 청구인이 제출한 연구보고서의 내용이 기등록된 특허 내용과 일치하거나 연구목표와 무관한 내용이 혼재되어 있고, 연구보고서 등에 기재된 기계장치가 확인되지 아니하는 등 쟁점비용이 조특법상 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2025.3.7. 청구인에게 2023년 귀속 종합소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.29. 이의신청을 거쳐 2025.11.19. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인은 2023년 OOO로부터 연구전담부서 인증을 받았고 그에 따라 연구활동 관련 인건비와 재료비 등을 조특법 10조에 따른 연구개발비세액공제 대상으로 하여 종합소득세 신고를 하였다.
(가) 청구인은 연구전담부서 인증에 적합한 인적, 물적 요건을 충족하여 인증을 받았고 실제로 연구 활동을 수행하였다.
청구인의 연구개발활동은 인쇄물의 품질 개선을 위한 색상 정밀도 분석 및 도트 게인 비교, GRACOL 및 JAPAN COLOR 기준과 국산자재 간의 상관 분석, 공정설계 변경에 따른 잉크 효율성 개선실험 등이고, 이러한 연구개발 활동은 제품생산에 대한 데이터수치에 관한 연구와 반복적인 실험기반의 기술개선 활동으로서 현재도 이러한 연구활동을 지속적으로 수행하고 있다.
(나) 청구인이 운영하는 A는 주로 K-CULTURE 관련 엔터테인먼트 회사의 수주를 받아 발주자가 원하는 형태의 인쇄물 및 굿즈(가수앨범 및 상품 등)를 개발하여 공급하고 있는데, 발주자의 요청에 따라 수 차례의 관계자 미팅을 통해 제품의 컨셉을 정하고 독창적인 제품 생산을 위한 인쇄공정 개발과 오류를 개선하기 위해 수십차례 이상의 실패 후 나온 결과값을 통한 잉크비율 산정, 내구성 연구 등의 개발활동에 많은 비용을 지출하고 있다.
(다) A가 거래하는 B, C, D는 국내 유명 엔터테인먼트 회사로서 이들 회사와의 거래에서는 다른 업체와 다른 특징이 있고, 제품 기획 단계부터 거래처에서 요구하는 품질 수준을 충족시키기 위해 기술적 요인뿐만 아니라, K-POP 굿즈 발주자인 엔터회사, 유통채널, 글로벌팬덤 등을 대상으로 한 마케팅 분석과 수요조사가 선행되어야 한다.
이는 기술개발이 시장성과 연계되기 위해 반드시 선행되어야 하는 필수 과정으로서 이러한 실수요 기반분석을 바탕으로 잉크사용의 효율화 및 색상 재현 최적화를 위한 오프셋 인쇄공정 개선실험이 구체화되었다.
결국 A는 발주자의 제품생산 의뢰가 들어오면 발주차측 관계자와 당사 개발팀의 수차례 미팅을 통해 제품의 컨셉을 정하고 당사 연구개발팀이 해당 제품을 생산하기 위한 기획 및 품질테스트, 디자인 개발에 많은 노력을 기울이고 있고, 거래처가 요구하는 제품의 기준에 부합하지 않으면 해당 회사와 거래를 할 수 없기에 연구개발 활동을 통한 독창적인 기술 개발 및 디자인개발과 수많은 샘플 테스트를 통해 매출처의 요구에 맞는 제품 품질을 완성하고 있다.
(라) A는 연구개발활동을 수행하기 위해 전문인력을 채용하였고 제품 생산을 위한 공장등록이 되어 있으며 품질을 테스트 하기 위한 기계장비를 구비하고 있다.
이러한 인적ㆍ물적 요건을 구비한 상태에서 기술적 연구 및 생산공정의 개선활동에 지속적으로 투자한 결과 기술력의 향상으로 품질개선 및 제품의 고급화를 통해 매출 증대 및 수익성 개선에 성과를 내고 있다.
(마) 연구 및 인력개발비 세액공제는 조특법에 규정된 항목으로 회사의 연구개발 활동을 활성화하고 지원해주기 위한 목적으로 입법화되었는바, 중소기업이 큰 비용을 투자하여 연구개발을 하는 이유는 회사의 기술력 향상이 없으면 회사가 존속할 수 없기 때문이며, 이러한 이유로 앞으로도 연구 활동은 지속될 것이다.
(2) 처분청 답변에 대한 청구인의 항변은 다음과 같다.
(가) 청구인이 운영하는 A는 케이팝 굿즈 등을 전문적으로 제작하는 법인으로 상당한 정도의 제품 품질 수준이 유지되지 않을 경우 거래처와의 거래관계가 유지될 수 없는 구조로서 제품에 대한 연구개발 비중이 상당이 높다고 할 수 있고, A는 2023년 OOO로부터 연구전담부서 인증을 받아 연구활동 관련 인건비와 재료비 등을 세액공제 적용하여 신고하였다.
(나) A의 연구개발전담부서는 철저히 연구개발 업무에만 전념하였고, 그 결과 매출액이 전년 대비 105%로 유지될 수 있었으나, 이러한 노력에도 불구하고 처분청은 연구전담직원이 연구외 업무를 수행하지 않았음을 청구인측에 입증토록 요구하여 적은 인원으로 힘들게 사업을 영위하는 기업활동을 저해하고 있고, 이는 기업의 연구개발활동을 지원하기 위한 관련 법령의 취지에도 어긋나는 것이라 하겠다.
(다) 기업의 수익은 직원 수와 반드시 비례하지도 않거니와 그러한 처분청 의견은 합리적이라 볼 수도 없고, 오히려 정상적인 기업에 부담을 주어 창의적인 연구개발활동을 저해하는 요소로 작용할 소지가 있다.
따라서 법에서 정한 요건을 갖추고 물적 기계장비와 전문 연구인력에 의한 연구개발활동을 수행하여 성실히 사업을 영위하고 있는 청구인의 사정을 감안하여 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 청구인이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 자료로 제출한 ‘광고효과 극대화를 위한 오프셋 광고 인쇄물 제작 연구’ 등은 새로운 기술개발이나 연구활동이 아니고, 한국기계연구원이 출원ㆍ등록한 특허(10-2182379, 2020.11.24.)와 내용이 동일하거나 기 발표된 “오프셋 매엽 인쇄의 최적 인쇄 농도 설정 방법 연구” 논문과 내용이 거의 일치하는 등 청구인이 운영하는 A의 연구개발 활동에 따른 세액공제 대상에 해당하지 아니한다.
(가) 조특법상 연구개발이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 시장조사, 판촉 활동 및 일상적인 품질시험 등의 활동을 제외하는데, 청구인이 2024.12.2.에 제출한 1차 소명자료의 내용은 주로 사례 등 분석을 통한 광고 효과 극대화 방법에 대한 것으로 조특법상 연구개발에 해당된다고 보기 어렵다.
또한 2024.12.3. 제출한 2차 소명자료의 내용은 1차 소명자료에 잉크 효율성을 향상시키기 위한 방법에 대한 연구내용이 추가된 것인데, 기 등록된 특허와 내용이 동일하며, 2024.12.10. 제출한 3차 소명자료도 기 발표된 연구논문(“오프셋 매엽 인쇄의 최적 인쇄 농도 설정 방법 연구”)과 내용이 일치하였다.
(나) 조특법상 연구개발이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동으로, 법원은 조특법상 연구개발은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활등 등으로 제한되어야 하고, 제품의 일부 개선이나 변용, 제조방법의 단순한 능률화 등의 활동과는 본질적으로 구별되는 활동이어야 한다고 판시하고 있는바(OOO), 청구인이 제출한 소명자료는 매출 향상을 위한 시장 조사나 마케팅 전략을 수립하거나 특허자료의 내용을 기재한 것에 불과하거나, 연구목표(인쇄 표준화)와 무관한 연구내용이나 기 발표된 논문의 내용과 유사한 내용이어서 실제 조특법상 세액공제 대상인 연구개발활동이 있었는지 여부가 불분명할 뿐만 아니라, 설령 일부 연구개발 활동이 있었다고 하더라도 과학적, 기술적 진전이 있는 체계적이고 창의적인 연구라고 보기 어렵다.
(다) 또한 청구인이 제출한 소명자료에 의하면, 기계장치, 잉크 등의 사용이 필수적임에도 개업일부터 현재까지 유형자산 및 감가상각비 계상내역이 존재하지 아니하고 잉크 매입내역 등도 확인되지 아니한다.
이에 대해 청구인은 연구개발을 위한 지류는 A㈜에서 직접 매입(2023.6.30.〜2023.12.31. 공급가액 합계 OOO원)하고, 연구 시 사용하는 기계장치(고모리UV오프셋 인쇄기 1대, HP디지털프레스 1대)는 2022.12.31.까지 특수관계자인 형(A)이 대표로 있는 B 주식회사에서 무상으로 임차하였다고 소명하였으나, 청구인이 운영하는 A는 옵셋인쇄를 통해 거래처에 제품을 공급하는 업체로, 기계장치를 구비하고 있지 아니하고 외주가공업체에 지류를 제공하여 외주가공으로 납품하고 있다.
(라) 청구인은 연구개발 목적으로 OOO원의 지류를 구입하였다고 주장하나, 처분청이 A의 2022년 및 2023년 손익계산서와 제조원가명세서를 통해 매출액 대비 재료비를 분석한 결과 매출이 증가한 것과 비례하여 외주가공비는 증가한 반면, 재료비는 감소(2022년 38.61%, 2023년 25.14%)한 것으로 나타나, 이와 같은 재료비 감소가 연구개발로 인한 것인지 확인할 수 없다.
특히 청구인이 연구개발비로 공제한 2023년 11월〜12월 지류매입비의 경우 위 기간과 다른 기간에도 유사한 매출ㆍ매입이 발생하고 있었던 사실로 보아 이를 연구개발에 소요된 비용으로 보기 어렵다.
(2) 청구인의 항변에 대한 처분청 답변은 다음과 같다.
(가) 청구인은 2023년 연구전담부서 인증을 받아 연구활동 관련 인건비와 재료비 등을 세액공제하였으나, A의 연구개발전담부서 조직도를 보면, 전체 직원 6명 중 전담직원이 3명(B, C, D)이고, 그 외 업무를 수행하는 직원도 3명(E, F, G)인 사실을 감안하면, 연구전담부서원이 연구업무만 수행했다고 보기 어렵다.
(나) A가 제출한 2022년 지급명세서에 의하면, 직원은 7명(E, G, F, H, D, 중도퇴사자 2명)으로 연구전담부서원을 제외한 5명이 수행하던 업무를 2023년에 3명이 수행하였다는 것인데, 이는 A의 매출이 2022년 OOO원에서 2023년에 OOO원으로 증가한 사실을 감안하면 조직도상 연구개발부서 인원이 연구에만 전담하였다고 보기 어렵다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점비용이 조특법상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2023.4.11. 법률 제19328호로 일부 개정된 것)
제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
11. "연구개발"이란 과학적ㆍ기술적 진전 또는 새로운 서비스 및 서비스전달체계 개발을 위한 체계적이고 창의적인 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.
제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액
1) 중소기업인 경우 : 100분의 25
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 위하여 발생한 비용 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발을 위하여 발생한 것에 한정한다.
(2) 조세특례제한법 시행령(2023.8.29. 대통령령 제33682호로 일부 개정된 것)
제1조의2【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제11호에서 "대통령령으로 정하는 활동"이란 다음 각 호의 활동을 말한다.
1. 일반적인 관리 및 지원활동
2. 시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험
3. 반복적인 정보수집 활동
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동
10. 이미 연구개발된 제품ㆍ기술ㆍ서비스ㆍ설계ㆍ디자인 등과 동일성을 유지하는 범위에서 이를 단순하게 보완ㆍ변형ㆍ개선하는 활동
제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
⑬ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 작성ㆍ보관해야 한다.
⑭ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
별표6【연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용】
1. 연구개발
가. 자체연구개발
1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.
3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비
(3) 조세특례제한법 시행규칙
제9조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 별표 6 제1호 가목 1) 가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6 제1호 가목 1) 가)부터 다)까지 외의 부분 본문에 따른 연구개발서비스업이란 「연구산업진흥법」에 따른 전문연구사업자가 영위하는 같은 법 제2조 제1호 가목의 연구산업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.
1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) A는 2017.8.3. 설립되어 서울특별시 중구 OOO에서 제조업ㆍ경인쇄업을 영위하고 있고, 청구인의 2023년 귀속 종합소득세 신고 내역상 총수입금액은 OOO원(과세표준 OOO원, 산출세액 OOO원)이고, 연구·인력개발비 세액공제액(OOO원) 대상금액은 아래 <표1>과 같다.
<표1> 쟁점비용 내역
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(나) 국세청 전산망자료에 의하면, A 직원 B, D은 A 입사 전 A에 장비를 임대한 ㈜B에 근무한 자이고, A는 A㈜로부터 지류를 구입하고 위 지류비 OOO원을 지급하였다.
(다) A는 2023.5.17. 서울특별시 중구 OOO를 소재지로 연구개발전담부서를 신고하였고(아래 <표2>), 청구인이 제출한 연구개발전담부서 조직도는 아래 <표3>과 같다.
<표2> 기업부설연구소 신고 내역[OOO 기업부설연구소 신고관리시스템 (koita) 화면발췌]
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<표3> A 연구개발전담부서 조직도
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(라) 청구인은 2024.12.2. 처분청에 쟁점비용과 관련한 연구보고서, 연구노트, 회의록 등을 제출하였고, 이에 대해 처분청은 청구인이 제출한 자료에 기재되어 있는 연구활동은 조특법 시행령 제1조의2에서 정하고 있는 연구활동에 해당하지 아니하는 시장조사활동에 해당한다고 보아 청구인에게 추가로 소명자료를 요청하였으며, 청구인은 2024.12.3. 1차 소명 시 제출한 연구보고서에 광고효과 극대화를 위한 오프셋 광고 인쇄물 제작 연구와 관련된 연구개발의 내용 등과 연구노트 기재 내용을 추가하여 수정된 연구보고서를 추가로 제출하였다.
(마) 처분청은 청구인이 추가로 제출한 연구보고서를 검토하여, 아래 <표4>와 같이 일부 내용이 2020.11.24. 특허청에 등록한 다른 특허권자의 특허(특허 10-2182379) 내용과 유사한 사실을 확인하고 이에 대해 추가 소명자료를 요청하였다.
<표4> 2차 연구보고서와 특허청 등록 특허내용 비교
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(바) 청구인은 2024.12.10. 연구활동 사진이 첨부된 연구보고서 등을 추가로 제출하였고(3차 소명자료), 이에 대해 처분청은 청구인이 제출한 보고서가 아래 <표5>와 같이 기 발표된 ‘오프셋 매엽 인쇄 최적 인쇄 농도 설정 방법’에 관한 연구논문(아래 <표6>)의 내용과 일치하거나 그 내용이 성과와 일치하지 아니하고, 구체적인 실험 내용이 없다고 보아 쟁점비용을 조특법상 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 판단한 것으로 나타난다.
<표5> 3차 소명자료(연구보고서)와 처분청의 검토 내용
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가.
<표6> 기 발표된 연구논문(OOO) 내용
ㅇㅇㅇ
나.
다. (사) 청구인은 연구개발 활동에 사용하기 위해 고모리 UV 오프셋인쇄기 1대, HP 디지털프레스 1대를 협력사 ㈜B(대표 A)로부터 임차하였다고 주장하면서, 연구장비임대계약서(계약일자 불명)를 심리자료로 제출하였다.
(아) 청구인은 2023년 연구개발용 구매자료 상세내역(2023.6.1., 2023.8.2., 2023.9.1., 2023.11.1., 2023.12.1.자 전자세금계산서, 거래명세서, 용지설명, 시험성적서 등), 2023년 연구보고서(과제명 : 잉크사용 효율을 향상시킨 오프셋 인쇄방법 연구)를 제출하였고, 연구개발보고서에는 아래 <표7>과 같은 형식으로 작성된 연구노트 17건이 포함되어 있다.
<표7> 연구노트 내용(일부 발췌)
ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점비용이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 대상이라고 주장하나, 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 연구개발 비용은 단순히 조특법 시행령 별표 6의 “전담부서등이 연구용으로 사용하는 원재료 구입비용”에 해당하면 그 요건을 충족하는 것이 아니라 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라는 전제조건을 충족하여야 한다고 보아야 할 것인바, 청구인이 제시한 연구보고서, 연구노트, 사진 등에 나타나는 전담부서 직원의 활동은 인쇄업체인 ‘A’의 일상적인 품질시험과 영업과 관련된 활동으로 보이고, 세액공제의 대상이 되는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에는 해당하지 아니한 것으로 보이는 점, 청구인이 연구활동의 결과로 제출한 ‘광고효과 극대화를 위한 오프셋 광고 인쇄물 제작 연구’ 등은 새로운 기술개발이나 연구활동이 아니고, 한국기계연구원이 출원ㆍ등록한 특허(10-2182379, 2020.11.24.)와 내용이 동일하거나 2009년 한국인쇄학회지에 발표된 “오프셋 매엽 인쇄의 최적 인쇄 농도 설정 방법 연구” 논문과 내용이 유사한 것으로 조사된 점 등에 비추어 쟁점비용에 대하여 처분청이 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용을 배제하여 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.