주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 12. 6. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 양도소득세 377,762,820원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 동서인 KKK과 함께 2001. 5. 29. OO OO구 OO동 ***-16 대 238.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 ‘구 건물’이라 한다)을 매매를 원인으로 각 1/2 지분씩 취득한 후 구 건물을 철거하고 이 사건 토지 지상에 지하 1층, 지상 6층 규모의 상가 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 신축하여 2002. 1. 18. 원고 등 공동명의로 소유권보존등기

를 마쳤다.

나. 원고와 KKK은 2022. 4. 29. 주식회사 DDD에 이 사건 부동산을 매매대금 158억 원에 매도하고 2022. 6. 14. 주식회사 DDD 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

다. 원고는 2022. 6. 2. 이 사건 부동산 중 1/2 지분에 관하여 양도가액을 7,900,000,000원(매매대금×1/2)으로, 취득가액을 1,455,147,371원(이 사건 토지 환산가액 866,622,950원＋이 사건 건물 환산가액 588,524,421원)으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 1,959,162,211원을 신고·분납하였다.

라. 피고는 2023. 8. 25.부터 2023. 9. 13.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하였는데, 이 사건 부동산 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하지 않는다고 보아 원고가 신고한 이 사건 부동산의 환산취득가액을 부인하고 이 사건 토지의 장부가액 중 1/2인 250,000,000원 및 이 사건 건물의 장부가액 중 1/2인 283,887,235원(이하 ‘이 사건 장부가액’이라 한다)을 실지거래가액으로 적용하여 위 장부가액에서 감가상각비 중 1/2인 134,846,430원을 차감한 금액을 취득가액으로 결정한 결과, 2023. 12. 6. 원고에게 2022년 귀속 양도소득세 377,762,820원(가산세 포함)을 증액하여 경정·고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2024. 3. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2025. 6. 30. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다퉁 없는 사실, 갑 제1~4호증, 을 제1~3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

재무상태표에 기재된 이 사건 부동산의 가액은 기준시가에 해당할 뿐 실지취득가액에 해당하지 않고, 이 사건 건물 신축 무렵인 2002년경에는 양도소득세 신고기준이 기준시가였기 때문에 원고는 공사비 지출에 관한 증빙서류를 수취할 생각을 미처 하지 못했으나 국세청 통합전산에서 확인한 세금계산서 수취내용만에 기초한 이 사건 장부가액은 이 사건 토지 및 구 건물의 매도인이 신고한 양도가액은 물론 실제 이 사건 건물의 건축비용에도 크게 미달하는 금액이다. 과세요건의 입증책임은 과세관청에게 있음에도 피고는 표준재무상태표에 기재된 위 가액이 실지취득가액이라는 점을 입증하지 못하고 있는바, 결국 이 사건 부동산은 실지취득가액을 알 수 없는 경우에 해당하므로 소득세법령에 규정된 환산가액으로 그 취득가액을 산정하여야 한다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령 및 법리

1) 소득세법 제96조, 제97조 및 제114조에 따르면, 양도소득의 과세표준과 세액을 결정함에 있어 양도가액과 취득가액은 실지거래가액에 따라 정하는 것이 원칙이되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있고, 소득세법 시행령 제176조의2 제1항은 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계조사하여 가액을 결정 또는 경정할 수 있도록 정하고 있다.

2) 실지거래가액이란 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하고(대법원 2012. 2. 9. 선고 2010두27592 판결 참조), 양도소득세의 과세표준과 세액은 실지거래가액에 의하여 결정하는 것이 원칙이므로 환산가액을 기준으로 하기 위해서는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 실지거래가액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용된다고 보아야 하며, 이때 실지거래가액을 밝히는 방법은 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없고, 근거 과세의 원칙에 위반되지 않게 일정한 과세자료에 기초하였다면 적법한 실지거래가액에 해당한다고 볼 수 있다.

과세요건의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명할 책임을 부담하므로 양도차익을 계산하기 위한 취득가액 등 필요경비에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 참조). 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자가 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수 있는 것은 아니다(대법원 1988. 2. 9. 선고 87누536 판결 참조).

다. 판단

앞서 본 증거들과 을 제4~6호증의 각 기재를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 피고는 원고가 신고하였던 장부가액을 실지취득가액이라고 볼 수 있을 만한 상당한 사정을 증명하였다고 할 것이나, 장부가액을 부인하려는 원고는 장부의 기재가 실지취득가액과 다르다는 자료를 제출하지 못하고 있다고 볼 수 있으므로, 피고가 이 사건 부과처분을 하는 과정에서 원고가 스스로 기재한 장부의 가액을 이 사건 부동산의 실지취득가액으로 인정한 것은 정당하다고 판단된다.

① 원고가 2001. 10. 19. 이 사건 토지 등에서 ‘TTTT’이라는 상호로 사업자등록을 한 이래 부동산임대업을 영위하였는바, 원고는 소득세법 제160조 제1항에 따른 복식부기의무자에 해당하고, 복식부기는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 의미한다(소득세법 시행령 제208조 제1항).

② 원고가 이 사건 건물을 신축하면서 작성한 종합소득세 신고서의 재무상태표에기재된 토지의 자산 가액은 2000년 및 2001년에 각 500,000,000원으로 확인되고, 2001년 제2기 과세기간에 시공자 MM종합건설 주식회사로부터 총공급가액 550,000,000원의 매입세금계산서를 수취하여 총 28,967,970원 상당의 부가가치세 환급을 받았으며, 이 사건 건물을 취득한 2002년부터 이 사건 부동산의 양도 시까지 복식부기에 기장하며 종합소득세를 신고하면서 임대사업자 ‘TTTT'의 사업소득금액 계산 시 감가상각비를 계상하고 필요경비로 공제를 받았다.

③ 이 사건 건물의 신축공사는 2001년경부터 2002. 1.경까지에 걸쳐 이뤄졌고, 이 사건 건물의 양도는 그로부터 약 20년 3개월이 경과한 2022. 4.경에 있었다. 원고는 이 사건 건물을 직접 신축하였고 2022. 5.경 증축 후 용도변경 후까지 이를 임대하여 주택 또는 근린생활시설 임대업을 영위하였으므로 위 건물의 신축에 소요된 비용, 공사를 도급받아 수행한 거래상대방과 도급금액, 자재를 공급한 거래처와 공급액, 노무를 수행한 근로자들의 내역과 노무비용 등을 잘 알고 있거나 알 수 있는 상황에 있고, 이와 관련된 서류나 장부 등도 직접 소지하거나 이를 관리하고 있었던 상황이라고 보아야 하고, 달리 원고에게 이와 관련된 정보를 알지 못하거나 이와 관련된 자료를 제출 할 수 없는 특별한 사정이 인정되지도 않는다.

④ 원고는 이 사건 부동산의 실지취득가액이 얼마인지 제대로 주장하거나 증명하지 아니하였고, 이 사건 토지에 관하여 취득 당시 가액을 기준으로 신고하였을 취득세 등 이 사건 토지의 실지취득가액을 확인할 수 있는 소명자료를 제출하지 아니하였다.

⑤ 원고가 제시하는 사정만으로는 원고가 스스로 종합소득세 시 신고·제출한 재무상태표에 기재되어 있는 가액이 이 사건 부동산의 실지취득가액이 아니라는 사정이 분히 제시되었다고 보기 어려운바, 납세의무자가 종합소득세 등을 신고할 당시 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 작성·제출한 바 있는 장부를 그 외의 조세에서 쉽사리 부인하도록 허용한다면 조세의 신고·납부체계의 근간이 흔들리게 되고, 결국 양도소득세 산정과 관련한 취득가액의 결정에 있어 환산가액의 적용 여부를 납세의무자로 하여금 취사선택할 수 있게끔 하는 부당한 결론에 이르게 된다.

⑥ 그 밖에 이 사건 부동산의 취득 당시의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부 등 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에 해당한다거나 장부 등 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우에 해당한다고 볼 만한 구체적인 정황이나 자료도 찾아볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.