[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인 A, B, C, D, E(이하 “청구인들”이라 한다)는 2015.3.11. OOO에서 ‘A’이라는 상호로 개업하여 ‘부동산업 및 임대업, 비주거용 건물 임대업’을 영위한 개인사업자이고, 위 소재지 건물 1,498.91㎥(2종근린생활시설 및 업무시설, 이하 “쟁점건물”이라 한다) 및 토지 943㎥를 2016.6.8. 당시 공동으로(A, B, C, D 각 4분의 1 지분)으로 소유하고 있었다.

나. 청구인들은 2015.5.18. 공동으로(각 20%) 지분을 출자하여 위 소재지에서 ‘부동산 임대업, 부동산의 임대관리’를 목적사업으로 하는 ‘주식회사 B’(이하 “㈜B”라 한다)를 설립하였고, 2015.12.9. 청구인 B(청구인 A의 배우자)이 대표이사로 등기되었다가 2021.5.24. 이후 청구인 A이 대표이사로 등기되어 있다.

다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.11.27.부터 2025.3.18.까지 청구인 A에 대한 2019년〜2023년 귀속 종합소득세 일반통합조사(가공세금계산서 수수 혐의로 2015년〜2018년 귀속 종합소득세 일반통합조사와 2024년 제1기 부가가치세 세목별조사로 범위를 확대함)를 실시한 결과, ‘A’사업장이 ㈜B로부터 실제 용역을 제공받지 아니하고 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 업무무관 사적경비 OOO원을 지출한 것으로 보아 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 역삼세무서장 및 강남세무서장은 2025.5.9., 2025.5.23. 청구인들에게 2015년〜2023년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을, 부평세무서장(역삼ㆍ강남세무서장과 합하여 이하 “처분청”이라 한다)은 2025.5.9. ‘A’에 2015년 제1기부터 2024년 제1기까지 부가가치세 합계 OOO원을 아래 <표1>과 같이 각 경정ㆍ고지하였다.

<표1> 이 건 종합소득세 및 부가가치세 부과 내역

ㅇㅇㅇ

라. 청구인들은 이에 불복하여 2025.7.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

 (1) 청구인들은 부동산관리라는 필요한 목적을 달성하기 위하여 법인을 설립한 것으로서 이 건 처분은 사실상 삼중과세에 해당한다.

  (가) 법인 설립을 통한 부동산 관리용역을 수행할 필요성이 존재하였다.

   청구인들은 2015년부터 쟁점건물의 지분을 4인 내지 5인의 공유지분으로 나누어 가지고 있었으므로, 청구인들이 각 지분별로 업무를 나누어 수행하는 대신, ㈜B를 설립하여 부동산관리용역을 수행하도록 하는 방식을 선택하였다.

   처분청 의견은 쟁점건물에 대한 지분을 나누어가지고 있는 청구인들이 각자의 지분대로 업무를 수행하도록 직접 강요하는 것으로서, 이는 업무의 효율성을 달성하기 위한 선택을 할 수 없도록 하는 것으로, 납세자가 선택한 법률관계를 존중하여야 한다는 대법원 판결의 내용을 부정하는 것이다(OOO).

   특히 청구인 A이 부동산관리업무를 수행한 것이 A이 임대인의 지위에서 업무를 수행한 것에 불과하다는 처분청 의견은 법인 설립을 통한 방식 외에 공동사업자의 지위에서 1인에게 업무를 수행시키는 방식조차도 인정할 수 없다는 것으로서 청구인들에게 업무의 비효율을 강요하고 있다.

   대법원은 실질과세원칙을 적용할 때, 명의귀속자인 법인이 오로지 조세회피 목적으로 설립된 것이 아니라면, 그 명의귀속자 법인에게 소득이 귀속된 것으로 보아야 한다고 판단하였는바(OOO), ㈜B는 건축물 신축과 관련하여 공사도급계약, 감리 등 건축 관련업무, ㈜B의 운영자금을 담보로 운영자금을 대출하는 등의 자금조달, 계약종료 통지, 전기차 충전시설 관련 확약서 관리, 임대차계약 연장 및 변경합의 관련 통지, 원상회복관련 통지 등의 부동산관리용역을 수행하였으므로 조세회피 목적을 위해서 설립된 것이 아닌 독립적으로 납세의무를 부담하는 주체에 해당한다.

  (나) ㈜B는 부동산관리용역을 제공하기 위한 인적·물적 설비를 갖추고 있다.

   ① (물적 설비 관련) 처분청은 하급심 판결(OOO)을 근거로 ㈜B가 인적·물적 설비를 갖추지 못하였으므로 부동산관리용역의 실재성을 인정할 수 없다는 의견이나, ㈜B와 업종이 상이한 ‘제조업’과 관련된 판결을 근거로 삼고 있어 ㈜B에 적용할 수 있는 사안이 아니다.

    처분청이 제시한 판결(OOO)에서는, 제조업은 물품공급이 ‘물리적 생산활동’의 결과로서 발생하는 구조이므로 물적 설비가 존재하지 않았다면 물품공급의 실재성(實在性)을 부정하였으나, 이 건의 경우 ㈜B는 제조업과는 달리, ‘물리적 생산활동’의 결과물이 아닌 부동산관리용역을 제공한 것이므로 물적 설비가 존재하지 않더라도, 그 실재성(實在性)이 인정될 수 있는 것이고, 이는 회계법인이나 법무법인 등 전문서비스 제공자 역시 물적 설비가 필수적이지 않는 점을 감안하면 위와 같은 처분청 의견은 용역의 성질과 거래구조를 도외시한 것에 불과하다.

   ② (인적 설비 관련) ㈜B와 같은 부동산관리회사의 경우, 물적 설비가 아니라 ‘인적 설비(업무를 수행하는 관리자·담당자)’가 필수적이고, ㈜B의 인적 설비는 부동산관리용역을 실제로 수행한 A이다.

    처분청은 청구인 A이 수행한 용역은 A이 임대인의 지위에서 한 것일 뿐, 이를 법인인 ㈜B가 수행한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 이사는 회사로부터 사무처리를 위탁받은 자이고, 대표이사는 회사를 대표하는 이사이므로(「상법」 제382조 제2항, 「민법」 제680조, 제389조 제1항), A은 ㈜B의 대표이사의 지위에서 부동산관리용역이라는 업무를 수행한 것이다.

    따라서 ㈜B라는 회사를 대표하는 업무수행기관의 지위에서 업무를 수행한 A이 쟁점건물의 지분을 가지고 있었다는 사실과 A이 ㈜B로부터 급여를 지급받지 않았다는 사실만으로, A이 ㈜B의 기관으로 업무를 수행한 사실 자체를 부인할 수는 없고, 처분청 의견대로라면 개인사업자의 지위와 다를 바 없는 1인 주주가 설립한 법인의 소득은 모두 부인되어야 하는 부당한 결과를 초래한다.

   ③ (계약서 관련) 처분청은 ㈜B와 체결한 계약서가 존재하지 않는다는 점을 들어 부동산관리용역이 실제 존재하지 않았다는 의견이나, 요물계약이 아닌 한 계약서가 계약의 효력을 인정하는데 필수적인 요건이 아니고[OOO], 계약서는 사후 분쟁의 발생을 예방하기 위한 것이므로, ㈜B가 가족법인이라는 특수성으로 인해 분쟁의 발생가능성이 존재하지 않는 상황에서 단순히 계약서를 보관하고 있지 않다고 하여 부동산관리용역의 실재성을 부인하는 것은 타당하지 않다.

  (다) ㈜B는 부동산관리용역을 실제로 수행하였다.

   부동산관리용역은 청구인 A이 주도적으로 수행하였고, A은 ㈜B의 대표이사였으므로, A의 행위는 곧 ㈜B가 수행한 행위와 동일한 의미를 가지는 것인바, 한 개인은 하나의 고정된 지위만을 가지는 것이 아니라, 상황에 따라 복수의 사회적 지위를 동시에 가질 수 있으므로, 개인의 행위를 하나의 지위로만 한정하여 해석하는 것은 실제 사회적·조직적 역할 수행의 복합성을 충분히 반영하지 못하는 것이다.

   이와 마찬가지로, A이 ㈜B의 대표이사로서의 지위에서 해당 업무를 수행한 것인지, 아니면 단순히 건물의 지분권자 지위에서만 행한 것인지를 이분법적으로 구분해서는 안 되고, A의 중첩된 여러 지위 중에서도 법적·조직적으로 가장 명확한 지위인 ‘대표이사’로서 수행된 행위로 평가하는 것이 타당하다.

   ㈜B는 건물신축 업무 등 쟁점건물 부동산관리용역을 수행하였고, 채권등의 투자로 인한 금융수익 등 영업외수익이 발생하고 있고, 관리비 등의 지출이 발생하는 등 실제 업무를 수행하는 법인에 해당하므로 ㈜B가 영업활동과 관련이 없다고 볼 수 없다.

  (라) 처분청 의견대로라면, 이중과세를 넘어 삼중과세 문제가 발생한다.

   「법인세법」에서는 법인이 실현한 소득을 법인 단계에서 과세하고, 「소득세법」에서는 법인의 소득이 주주에게 이전될 때 주주 단계에서 과세하는 2단계의 과세체계를 갖추고 있는데, 이러한 법인세의 체계에 대해서는 법인이라는 틀을 통해 징세의 효율을 추구하는 것이라는 해석이 다수의 견해로, 우리 세법에 가장 큰 영향력을 미친 일본에서도 같은 견해를 취하고 있으며, 일본의 소득세가 처음 도입된 1899년에도 징세의 효율을 근거로 법인세를 도입하였다.

   현행 「법인세법」의 체계상 ㈜B가 법인세를 정상적으로 납부하고 있고, ㈜B가 주주에게 배당을 실시할 경우 각 주주에게 소득세가 과세되지만, 현행 세법의 체계상 이러한 이중과세 문제는 특별히 부당하다고 단정할 수는 없다.

   다만, 이 건 처분과 같이 ㈜B의 거래 자체를 부인할 경우에는, 이 건 처분으로 이미 소득세를 부담하게 된 주주가 이후 배당 시점에 동일한 소득에 대해 다시 소득세를 부담하게 되는 중복과세(사실상 삼중과세) 문제가 발생하고, 이는 이 건 과세처분으로 인해 사법상 효력까지 부인되는 것은 아니어서 ㈜B가 보유하는 자산과 소득은 여전히 ㈜B의 소유로 남기 때문이다.

   따라서 처분청의 이 건 과세처분은 단순히 실질과세 원칙 적용의 문제에 그치지 않고, 조세법 영역에서 법인격 부인을 근거로 한 과세를 인정하지 아니하는 판례 등에 비추어 위법ㆍ부당하다.

 (2) ㈜B는 실제 임대차계약상 관리업무를 수행하였으나, 부동산 관리용역의 특성상 외형상 드러나지 않을 뿐이다.

  (가) 처분청은 ㈜B가 특별히 수행하는 용역이 존재하지 않으므로 손금이 부인된다는 의견이나, 부동산 관리용역은 그 본질상 건축물 및 부대시설의 안정적 운영과 기능적 유지보수를 목적으로 하는 일상적이고 반복적인 업무라는 특성을 고려하여야 한다.

   쟁점건물은 신축 이후부터 지금까지 별다른 문제가 발생하지 않은 것일 뿐, ㈜B는 쟁점건물의 신축 이후로 발생한 특별한 사건인 전기차 충전소 설치, 임대차계약의 만료와 관련한 업무 등 부동산관리용역을 제공하였다.

  (나) ㈜B는 쟁점건물의 소유자들이 출자한 회사로서, 특수목적 법인과 같이 특별한 목적으로 부동산관리업무의 효율을 달성하기 위하여 설립된 회사이므로, ㈜B에 지급한 비용이 가공거래에 따른 것이라고 볼 수 없다.

   ㈜B는 소유자가 다수인 구조로 인해 공동소유자들이 직접 업무를 수행하지 않아도 되는 경영효율화를 도모하기 위해 설립되었고, 특수목적법인과 같이 출자자들을 대신하여 업무를 수행한 것이므로 가공거래를 한 것이 아니다.

 (3) 처분청 의견은 부동산관리용역의 속성을 간과한 것이다.

  (가) 임차인이 이 건 조사 시 제출한 확인서는 그 내용의 신빙성이 의심된다.

 처분청이 제출한 임차인 확인서에는 “A 외 3, ㈜B”로부터 일체의 용역을 제공받은 사실이 없다고 기재되어 있는데, 부동산관리용역의 공급관계는 ㈜B와 ‘OOO’이고, C㈜ 부평지점은 그 용역계약의 당사자가 아니므로 제3자인 임차인(C㈜)이 알 수 없는 것이 당연하고 “OOO”이라는 표현은 통상적으로 사용하는 것이 아니므로, 해당 확인서는 처분청의 현장조사 결과를 일방적으로 받아 적은 것으로 추정된다.

   한편 위 임차인 확인서상 확인자는 부평지점 지점장 “F”으로, 4년 전 게시된 영상을 통해 당시 확인자는 부평지점이 아닌 양재지점에 근무한 사실이 확인되므로 2015년부터 임대차계약이 시작된 쟁점건물에 대해 2024년 1월 이전까지 부평지점에서 근무하지도 않은 자가 진술한 내용은 신빙성이 낮다.

   또한 위 확인자는 부평지점의 지점장으로, 통상 지점의 지점장이 부동산 임대와 관련된 업무를 하지 않고, 부동산 관리용역이 아닌 ‘임대용역’의 경우 C㈜ ‘본사’의 업무에 해당하는 것이어서 ‘지점’ 근무자인 확인자가 인지할 수 있는 내용이 아니다.

  (나) 임대차목적물을 목적외의 용도로 사용하지 못하도록 방지하는 것은, 「민법」상 소유권의 방해제거를 청구하는 것으로서 부동산관리용역에 해당한다.

 처분청은 임차목적물을 목적외의 용도로 사용하는 것을 방지하는 관리용역이 부동산관리용역에 해당한다고 볼 수 없다는 의견이나, 「민법」상 소유권자는 소유권을 방해하는 자에 대하여 방해의 제거를 청구할 수 있도록 정하고 있다는 점에서(제214조, 제211조), C㈜가 전기자동차 충전시설을 임의로 설치하는 것을 금지하도록 한 ㈜B의 행위는 소유권자를 대신하여 건물의 원물을 보전한 것으로 이는 부동산관리용역에 해당한다.

  (다) 처분청은 청구인 A이 수행한 임차인과의 협의, 자금의 대출 등은, 임대인의 지위에서 임대사업을 영위하는 자가 수행하여야 하는 사업상 절차에 불과하므로, 부동산관리용역이 실재하는 용역의 공급이라고 볼 수 없다는 의견이나, 처분청의 의견대로라면 임대인 4인이 모두 임차인과의 협의, 자금의 대출을 각자가 수행해야 하나, 부동산관리용역은 임대인의 업무를 대리(또는 대행)하도록 하여 임대인 4인이 각자 업무를 직접 업무를 수행하여야 하는 비효율을 방지하고자 계약을 체결하는 것이다.

  (라) 임대료의 입금과 관련된 부동산관리용역은, 임대료가 연체되었거나 장기간 지급되지 않는 등의 상황에서 발생할 수 있는 문제이므로, 단순히 수취만 하였다고 하여 부동산관리용역이 공급되지 않았다고 볼 수 없다.

   처분청은 임대료는 임차인 C㈜가 입금하는 것이므로 부동산관리용역에 해당한다고 볼 수 없다는 의견이나, 임대료 수취는 단순한 입금 확인이 아니라, 연체·불이행 상황에서 적극적인 관리와 법적·행정적 조치를 포함하는 종합적 업무에 해당하고, 쟁점건물의 임차인이 정상적으로 임대료를 납부하여 연체·불이행과 관련된 업무를 수행하지 않았을 뿐이다.

  (마) 임차인으로부터 수취한 공문이 2025년에 발송되었다는 사실은 임대차용역이 2015년부터 공급되었고, 그에 수반하여 부동산관리용역이 공급되었다는 것을 보여준다.

   처분청은 C㈜로부터 수취한 공문(“임대차계약 만료에 따른 계약 종료 통보의 건”)은 2025년 2월 12일에 작성된 자료로, 조사대상기간에 부동산관리용역이 공급되었다는 것을 증명할 수 있는 자료에 해당하지 않고, 그 신빙성이 떨어진다는 의견이나, 해당 공문은 2015년부터 청구인들이 C㈜에 공급한 부동산임대차용역의 종료 시점에 수취한 것으로, 해당 공문의 작성 시점이 조사대상기간 이후라는 사실이 조사대상기간 동안 부동산관리용역이 공급되지 않았음을 의미한다고 볼 수는 없다.

   그동안 쟁점건물과 관련된 임대차계약이 평온·공연하게 유지되어 왔기 때문에, 임대차계약 만료에 따른 계약 종료 통보의 건을 조사대상기간 이후에 수취하게 된 것일 뿐, 쟁점건물의 임대차계약이 만료됨에 따라 현재 임차인과의 단기의 임대차기간 연장을 협의하는 한편, 임대차계약의 연장과 관련된 임대료의 증감 등에 대해 협의하였으며, 임차인의 퇴거에 따른 원상회복의무에 대해 세 차례에 걸쳐 통지를 하는 등 부동산관리용역과 관련한 업무를 수행하였다.

   임대차계약이 종료되거나 분쟁이 생기는 경우에는 실재 용역으로 인정하면서 계약이 평온하게 유지된 기간에는 가공거래로 보는 것은 용역의 실재성 판단을 결과에 따라 달리하게 되는 모순된 결과를 가져오고, 특히 조사 시점에 따라 평가가 달라진다면 과세의 형평성과 예측가능성이 침해되며, 부동산관리용역이 비용으로 인정되지 않는다면 부동산관리를 타인에게 위탁하더라도 비용을 인정받지 못하는 부당한 결론을 초래한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인들이 공동으로 운영한 ‘A’과 ㈜B 간 용역제공에 관한 계약서가 없어 대가 및 용역의 내용을 확인할 수 없고, ㈜B는 용역을 제공할 수 있는 인적ㆍ물적 자원을 가지고 있지 아니하다.

  (가) ㈜B는 2015.5.18.부터 2015.5.30.까지 설립 시 소재지인 OOO에 소재하고 있다가 위 소재지 건물을 C㈜에 임대한 2015.6.1. 이후부터는 실제 사업장과 물적 시설이 없는 법인이다.

   ㈜B의 근로소득자는 청구인의 A의 배우자인 청구인 B이 유일하고, 그 밖에 ㈜B에 근로용역을 제공한 자는 확인되지 아니한다.

  (나) 쟁점거래의 계약서가 확인되지 아니하여 ㈜B가 어떠한 용역을 제공하였는지 확인하기 위하여 조사한바, 청구인 A(또는 ‘A’ 사업장)이나 ㈜B가 C㈜에 제공하는 부동산 관련 용역은 전혀 없다고 진술하였고, C㈜ 또한 공동사업장이나 ㈜B로부터 부동산관리 등의 어떠한 용역도 제공받지 아니한 사실을 확인하였다.

 (2) ㈜B 대표이사인 청구인 A은 C㈜가 임차목적물을 임의로 변경하는 등 목적 외로 사용하는 것을 방지하기 위한 관리용역을 ‘A’ 사업장에 제공했다고 주장하나, 아래와 같이 청구주장은 근거가 없다.

  (가) 청구인들이 제출한 임차인 확약서는 수신자가 ㈜B임을 확인할 수 없고, 대표이사인 청구인 A이 ㈜B로부터 급여를 지급받은 사실은 없는 점, C㈜ 임대차계약서 제3조에서 임대인의 사전동의를 서면으로 얻는 경우 다른 용도로 사용할 수 있다고, 제13조에서 임대인은 임차인의 임차목적물의 관리 및 사용에 간섭할 수 없다고 기재한 점 등으로 보아 임차목적물을 임의로 변경하는 등 목적 외로 사용하는 것을 방지하기 위해 취해지는 관리용역의 실체가 무엇인지 확인되지 아니한다.

  (나) 청구인들은 건물 신축계획, C㈜와의 협의, 건물신축과 관련된 관계기관과의 협의, 건물신축을 위한 자금의 대출 등 금융기관과의 협의 등의 용역을 제공받았다고 주장하나, 임대차계약서 제9조에서 임차인이 설계한 건물을 임대인의 비용으로 신축하기로 한다고 되어있고, 신축과 관련된 모든 인허가 및 공사절차는 임차인의 책임으로 진행한다고 되어있어 위와 같은 청구주장은 근거가 없다.

   또한 청구인들은 건물신축과 관련된 관계기관과의 협의 등은 임대차계약서 상 임차인이 하는 것으로 명시되어 있고, 임차인과의 협의, 자금의 대출 등을 ㈜B의 대표이사인 청구인 A이 실제로 수행하였다고 주장하나, 이는 청구인 A이 임대인의 지위에서 임대사업을 영위하면서 수행하는 것일 뿐, ㈜B가 독립된 거래주체로서 ‘A’ 사업장에 용역을 제공한 것으로 볼 수 없고, 이와 같은 용역을 ㈜B가 수행하였음을 입증할 객관적인 증빙은 없다.

  (다) 청구인들은 임대료 관리와 세금계산서 발급용역 등은 ㈜B의 대표이사인 청구인 A의 지시하에 D㈜에서 근무하는 G 차장을 통해 이루어졌고 이는 ㈜B 대표이사를 대신하여 수행한 것이라고 주장하나, 임대료를 입금받는 것을 용역을 제공한 것으로 볼 수 없고, ㈜B 소속이 아닌, ㈜B로부터 급여를 지급받은 사실도 없는 D㈜ 소속 직원이 수행한 용역을 ㈜B가 제공한 용역이라고 볼 근거는 없다.

  (라) 청구인들은 부동산 취득자금 관련 차입금 관리, 이자지급 및 대환 등 금융업무를 ㈜B 대표인 청구인 A이 주도적으로 처리하였다고 주장하나, 이자지급 및 공동사업자들에 대한 배분 등은 자동이체로 출금되었고, 부동산 취득시 대출 및 대환 등 금융업무는 임대사업자의 지위에서 행하여진 것이어서 이를 ㈜B가 제공한 용역으로 볼 수 없다.

  (마) 청구인들이 이 건 세무조사 기간 중 제출한 서류 중 ㈜B가 언급되는 유일한 자료는 ㈜B를 수신자로 하는 2025.2.12.자 “임대차계약 만료에 따른 계약종료 통보의 건” 문서인데, 이는 이 건 세무조사 대상기간의 자료가 아니어서 ‘OOO’ 사업장에 대한 ㈜B로부터 제공받은 용역을 입증하는 자료라고 보기 어렵다.

 (3) ㈜B는 청구인들이 절세 컨설팅을 받고 설립한 업체로서, ‘OOO’ 사업장이 용역계약서도 작성하지 아니하고 지급한 대금은 필요경비로 인정받기 위한 통상성이 결여되어 있다.

  (가) 청구인 A이 실제 부동산 관리용역을 하였다고 주장하나, 이는 청구인 A이 ‘A’ 사업장을 대표해서 한 것이고, 개인사업자인 ‘A외 3명’ 사업장의 대표자 인건비는 「소득세법」상 필요경비로 인정되지 아니하며, 청구인들이 절세 컨설팅을 받고 ㈜B를 설립하였으나 쟁점세금계산서 관련 거래를 제외하면 어떠한 매출도 발생하지 않았고, 개인사업자와 법인사업자의 세율 차이를 이용하여 종합소득세를 과소신고한 것으로 보인다.

  (나) ㈜B가 매출액(OOO원)의 대부분을 청구인 B의 근로소득(OOO원)을 지급하는데 사용하였지만, 청구인 B이 ㈜B에 실제로 제공한 근로는 확인되지 아니하므로 ㈜B는 청구인들의 종합소득세를 줄이기 위해 설립한 사업장으로 보인다.

 (4) 청구인들은 ㈜B가 임차인의 전기차충전소 설치와 임대차계약 만료와 관련한 업무를 수행하였다고 주장하나, 조사대상기간에 공동사업장이 ㈜B로부터 실제로 용역을 제공받은 것으로 볼 수 있는 객관적인 자료는 없다.

  (가) 청구인들이 제출한 임차인 C㈜가 작성한 전기차충전시설 관련 확약서는 수신자가 ㈜B가 아닌 ‘OOO’으로 되어 있고, ‘A’ 사업장과 ㈜B간 용역계약서가 없는 반면, 인적·물적 시설이 없는 ㈜B가 실제로 용역을 제공하였다는 근거로 제출한 2023.6.26.자 위 확약서만으로 청구인들의 공동사업장인 ‘A’ 사업장이 실제 용역을 제공받았다고 볼 수 없다.

  (나) 청구인들이 증빙서류로 제출한 ‘C㈜ 계약종료통지서’와 ‘임대차목적물 원상복구 이행통지’는 이 건 세무조사 진행 중 또는 종결 후에 작성되었고, 세무조사 대상기간이 아닌 2025년에 작성된 서류는 이 건 세무조사와 관련성이 없거나 그 진위를 확인하기 어려워 ‘A’ 사업장과 ㈜B와의 쟁점세금계산서 관련 거래의 증빙으로 보기 어렵다.

(5) 청구인들은 ㈜B는 특수목적법인과 같이 특별한 목적으로 설립되어 부동산관리업무의 효율을 달성하기 위하여 설립된 회사이므로 쟁점세금계산서 관련 거래를 가공거래로 볼 수 없다고 주장하나, 실제 용역을 제공한 사실을 입증할 수 있는 객관적인 자료는 제시된 사실이 없다.

  (가) 대법원은 법인세 과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다고 판시하였다(OOO).

  (나) 일반적으로 관리 용역 등을 제3자에게 월 수백만원을 지급하면서 위탁하는 경우 위탁받은 업체는 업무보고서, 출퇴근 기록, 용역 제공 내역, 인건비 등의 경비투입 내역, 견적서, 청구서 등의 각종 서류를 구비하여야 할 것인데, 이 건의 경우 ‘A’ 사업장이 청구인들이 출자하여 설립한 ㈜B로부터 용역을 제공받고 대가를 지급하였다는 사실을 입증할 수 있는 서류를 제출하지 못하는 이상, 이를 일반적으로 용인되는 통상적인 필요경비로 볼 수 없다.

 (6) 청구인들의 항변에 대한 처분청 답변은 다음과 같다.

  (가) 청구인들은 쟁점건물 임차인 C㈜ 부평지점 직원 F이 조사청에 제출한 “2015년 임대 개시부터 임대인 ‘A’, ㈜B로부터 부동산임대관리 용역 등 일체의 용역을 제공받은 사실이 없고, C㈜ 부평지점에 ㈜B의 사업장은 없음을 확인한다”는 내용의 확인서에 대해, 위 직원은 2024년 2월 이전의 쟁점건물 사정에 대해 알 수 없는 자로서 확인서의 신빙성이 낮다고 주장하나, 위 확인서를 통해 ㈜B의 사업장이 없는 것이 확인되고, 지점장은 인수인계 등을 통하여 부임 이전의 일에 대해 아는 것이 통상적이므로 임차인인 C㈜의 부평지점장이 지점장의 지위에서 작성한 확인서는 신뢰할 수 있는 내용으로 보인다.

  (나) 청구인들은 부동산관리용역이 무엇인지를 설명할 뿐 쟁점세금계산서와 관련하여 실제 용역을 제공받았다는 사실을 객관적으로 확인할 수 있는 계약서, 사업장, 용역수행자, 용역결과물 등 입증자료를 제출하지 않고 있다.

   또한 청구인 A이 ㈜B 소속으로 부동산관리용역을 제공하였다고 주장할 뿐, 청구인 A이 ㈜B 소속으로 출장을 나간 기록, 하이패스 이용내역, 메일, 카카오톡 문자, 전화 녹취, 문자메시지 기록 등을 제출한 사실이 없고 청구인 A이 ㈜B로부터 용역을 제공한 댓가로 급여를 수령한 사실은 없다.

  (다) 청구인들은 2025.2.12.자로 ㈜B가 C㈜에 발신한 공문은 임대차계약 종료에 맞추어 작성된 실제 문서로서 부동산관리용역이 제공된 사실을 입증하는 것이라고 주장하나, 세무조사 기간 혹은 세무조사 종결 이후 사실에 대한 공문 등은 쟁점세금계산서 관련 용역제공의 입증자료가 될 수 없고, 부동산관리용역을 타인에게 위탁할 경우는 일반적으로 용인되는 통상적인 거래에서 확인되는 계약서, 사업장, 용역수행자, 용역결과물 등이 당연히 있어야 하는데도 이와 같은 자료는 확인되지 아니한다.

  (라) 청구인들은 청구인 A이 ㈜B 소속으로 관리용역을 제공하였다는 객관적인 근거를 제시하지 못하고 있고, 계약서나 견적서가 없어 ㈜B의 용역 제공 범위와 용역대가 산정 근거를 확인할 수 없으며, 청구인들이 추가로 제출한 자료에는 ㈜B가 부동산관리용역을 제공한 사실을 확인할 수 있는 객관적인 내용은 확인되지 아니하는 반면, 단지 건축주인 청구인들과 시공사인 E(주) 간의 2015〜2016년 서류만 확인될 뿐이다.

  (마) 청구인들은 청구인 A이 ㈜B의 인적자원이며 실제 관리용역을 제공하였다고 주장하나, ㈜B로부터 급여를 수령한 사실이 없는 A이 실제 업무를 하였다는 객관적인 증빙은 없고, 세무조사를 통하여 ㈜B의 세금계산서 발급업무를 청구인 A이 대표로 재직하고 있는 D㈜의 직원이 발급한 사실이 확인되었으며, ㈜B의 유일한 근로소득자 B도 ㈜B에서 실제 근무한 사실이 확인되지 아니하는 등 ㈜B에는 인적자원이 없었다.

  (바) 처분청은 ㈜B의 법인격을 부인하는 것이 아니고 청구인들이 ㈜B로부터 제공받은 용역에 대한 객관적인 증빙이 확인되지 아니하므로 이를 가공거래로 보아 이와 관련하여 청구인들이 종합소득세 신고 시 필요경비로 산입한 비용을 부인한 것이고, 이는 향후 ㈜B의 배당 시 청구인들이 종합소득세를 부담하는 것과는 별개의 과세처분이므로 삼중과세 문제가 발생한다는 청구주장은 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

나. 관련 법률

 (1) 소득세법(2024.1.1. 법률 제19933호로 개정된 것)

제27조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

 (2) 부가가치세법(2024.1.1. 법률 제19931호로 개정된 것)

제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) ‘A’의 사업장인 OOO 소재 건물 등기사항전부증명서에 의하면, 아래 <표2>와 같이 2016.6.8. 청구인 A, B, C, D가 각 4분의 1 지분으로 공동으로 소유권보전등기를 경료하였고, 2017.11.29. 청구인 A과 B은 자신이 소유한 지분 각 8분의 1을 E에게 매매로 이전하였으며, 2021.4.28. 청구인 A은 지분 40분의4를 청구인 D에게, 청구인 B은 지분 전부를 청구인 C에게 증여로 이전하였다.

<표2> ‘A’ 사업장 소재지 건물 지분 변동 내역

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  (나) 법인등기사항전부증명서에 의하면, ㈜B는 OOO에서 2015.5.18. 설립되어 ‘부동산의 임대관리 등 부동산의 관리대행, 부동산임대업 등’을 목적사업으로 하여 청구인들이 각 20%의 지분을 출자하여 설립되었고(지분변동 내역은 아래 <표3>), 2021년 5월 현재 사내이사는 청구인 A, B, D, C이고, 대표이사는 청구인 B(2015.12.9. 등기)에서 2021.5.24. 청구인 A으로 변경되었다.

<표3> ㈜B 지분 변동 내역

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  (다) 조사청은 2024.11.27.부터 2025.3.18.까지 ‘A’ 사업장에 대한 개인통합조사(부분조사 및 세목별 조사 포함)를 실시하여, ‘A’ 사업장이 2015년 5월 개업하여 OOO 건물 및 토지를 C㈜에 임대하면서 청구인들이 출자하여 설립한 ㈜B로부터 아래 <표4>와 같이 용역수수료 명목으로 수취한 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서를 실제 용역제공 없이 수취한 가공세금계산서로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였다.

<표4> 쟁점세금계산서 내역

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  (라) 청구인들(A, B, C, D)과 C㈜ 간 2015.4.7.자 임대차계약서 주요내용은 아래와 같다.

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  (마) ‘A’과 ㈜B 간 2015.5.18.자 ‘부동산임대차계약서’에 의하면, ‘A’은 위 C㈜에 임대한 부동산의 1층 일부(25㎥)를 ㈜B에 보증금 OOO원, 월차임 OOO원에 임대한 것으로 나타난다.

  (바) 청구인 A의 진술서(2025.2.3.자) 주요 내용은 다음과 같다.

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  (사) C㈜의 임대차계약 종료 통보서(2025.2.12., 수신자 ㈜B), C㈜ 직원 F의 확인서(2024.12.23.)는 다음과 같다.

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  (아) ‘A’ 사업장에 대한 조사종결보고서 보충조서에 의하면, 조사청은 ‘A’이 ㈜B로부터 부동산관리용역을 제공받지 아니하고 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 ㈜B 관련 2015〜2023년 필요경비 합계 OOO원 및 2020년 제1기부터 2024년 제1기 부가가치세 매입세액 합계 OOO원을 불공제하였고, 2015〜2019년 과세기간에 대해서는 부가가치세 제척기간(5년) 경과로 인해 가산세만 부과하였으며, 거짓세금계산서 수수금액이 연간 OOO원 미만인 점, ㈜F가 아래 <표5>와 같이 관련 부가가치세를 모두 납부한 점을 감안하여 범칙조사는 하지 않은 것으로 확인된다.

<표5> ㈜F 부가가치세 신고ㆍ납부 내역

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 (2) 청구인이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) ‘A’ 사업장 소재지인 OOO 소재 건물 등기사항전부증명서에 의하면, 2016.6.8. 청구인 A, B, C, D가 각 4분의 1 지분으로 공동으로 소유권보전등기를 경료하였고, 2017.11.29. 청구인 A과 B은 지분 각 8분의 1을 E에게 매매로 이전하였으며, 2021.4.28. 청구인 A은 지분 40분의4를 청구인 D에게, 청구인 B은 지분 전부를 청구인 C에게 증여로 이전하였다.

  (나) 법인등기사항전부증명서에 의하면, ㈜B는 2015.5.18. 위 ‘A’ 사업장 소재지와 동일한 OOO에서 ‘부동산의 임대관리 등 부동산의 관리대행, 부동산임대업 등’을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2021년 5월 당시 사내이사는 청구인 A, B, D, C이고, 대표이사는 청구인 B(2015.12.9. 등기)에서 2021.5.24. 청구인 A으로 변경되었다.

  (다) 청구인들은 ㈜B가 부동산관리용역을 수행하였다고 주장하면서, 임차인으로부터 전기차충전소 설치후 임대차계약의 만료시 원상복구하겠다는 내용의 확약서(2023.6.26.자), C㈜ 계약종료 통지서(2025.2.12.자), 임대차 목적물 원상복구 이행통지서(날짜 미상) 등을 제출받아 심리자료로 제시하였다.

  (라) 청구인들은 2025년에 수령한 ‘임대차계약 만료에 따른 계약종료 통보의 건’ 문서는 2015년부터 부동산관리용역을 공급하면서 임대차계약이 평온하게 유지되어 오다가 임대차계약의 연장과 관련된 협의를 한 것이고 주장하면서, 임대차계약 연장 검토 의견 회신의 건(2025.3.24.자, 수신자 청구인들), 임대차계약 변경 합의서(2025.10.13.자, 수신자 청구인들), 임대차목적물 원상복구 이행 관련 건(날짜미상, 발신자 ㈜B), 원상복구 이행 및 임대차 연장의 건(2025.8.4.자, 2025.9.22.자 발신자 C㈜, 수신자 ㈜B, 참조 청구인들), 임대차목적물 원상복구 및 연장계약에 대한 회신(2025.8.25.자, 2025.10.19.자, 발신자 ㈜B, 수신자 C㈜, 참조 청구인들) 자료를 심리자료로 제시하였다.

  (마) 청구인들은 2015.1.21.자 G공인중개사사무소(H)의 부동산임차 의향서(용도 수입자동차서비스센터, 계약기간 10년), OOO서비스센터 신축공사 예상비용 내역서(총비용 OOO원) 등을 심리자료로 제시하였다.

  (바) 청구인들은 ‘A’이 법인 설립을 통해 부동산 신축 및 관리용역을 수행하였고, ㈜B가 실질적으로 부동산관리용역을 수행하였으며, ‘A’이 건축물 신축공사와 관련된 업무를 수행하였다고 주장하면서, 건축공사 도급계약서(2015.11.24.자, 건축주 청구인들, 시공자 H), E㈜의 신축공사비 기성 청구서(2016.3.21.자, 2016.5.10.자, 2016.6.17.자, 수신자 ‘A’), 건축물 설계감리비 지급증빙(2016.1.20., OOO원, 입금자 ‘A’, 수취인 ㈜I)을 심리자료로 제시하였다.

  (사) 청구인들은 ㈜B의 제3자 여신에 대한 담보물(예금) 제공 안건 이사회 의사록(2023.8.1.자), 연도별 손익현황(아래 <표6>)을 심리자료로 제시하였다.

<표6> ㈜B 연도별 손익현황

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 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인들은 청구인 A이 주축이 되어 ㈜B가 이 건 부동산의 건물신축 및 이후 관리 용역을 ‘A’ 사업장에 제공하였으므로 처분청이 쟁점세금계산서 전부를 실물 거래 없는 가공세금계산서로 본 것은 부당하다고 주장하나, 청구인들이 부동산임대업을 영위하기 위해 ‘A’이라는 상호로 2015.3.11. 개업한 사업장 소재지에는 청구인 A, A의 배우자인 청구인 B, A의 자녀들인 청구인 C 및 D가 공동으로 소유한 건물과 토지가 있고, 청구인들이 부동산 관리용역을 제공받았다고 주장하는 ㈜B는 2015.5.18. 청구인들이 출자하여 설립된 법인으로서 청구인들 이외에 타인이 주식지분을 소유하거나 청구인 B 이외 다른 임직원은 없으며, ‘A’에게 쟁점세금계산서를 발급한 거래 이외에 다른 매출은 없는 점, 청구인들이 증빙서류로 제출한 2025.2.12.자 ‘C㈜ 계약종료통지서’와 2023.6.26.자 ‘임대차목적물 원상복구 이행통지서’ 등은 이 건 세무조사 대상 기간 이후에 수신하거나 수신인이 ‘부평서비스센터 임대관리자’로 된 서류로서 ㈜B로부터 ‘A’ 사업장이 부동산관리용역을 제공받았다는 청구주장을 뒷받침하는 증빙자료라고 인정하기 어렵고, 청구인 A이 ‘A’ 사업장과 ㈜B의 대표자로서 일부 부동산관리에 필요한 업무를 한 사실이 있다고 하더라도 이를 독립한 거래주체로서 ‘A’ 사업장에 ㈜B가 용역을 공급한 거래라고 평가하기는 어려워 보이는 점,

  ‘A’ 사업장이 소유한 부동산을 임차한 C㈜ 부평지점장 F은 조사청에 “임대인인 ‘A’ 또는 ㈜B로부터 부동산임대관리 등 용역을 제공받은 사실이 없고, 위 임차건물에 ㈜B 사업장은 없다”는 취지로 진술한 사실이 확인되고, 이 건 ㈜B가 발행한 세금계산서에 기재된 용역대금은 청구인 B에게 근로소득으로 지급된 사정 등으로 미루어 보면, ‘A’ 사업장의 대표자인 청구인 A이 ‘A’과 ㈜B의 예금계좌 입출금 거래 등을 실질적으로 관리 및 통제하면서 이를 통해 세금을 줄이거나 회피하고자 쟁점세금계산서를 통하여 청구인 A 본인과 가족들 명의의 사업체인 ㈜B에 용역비를 지급하는 거래의 형식을 취한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 실물거래를 동반한 정상적인 세금계산서로 보기는 어렵다 하겠다.

  따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 ‘A’ 사업장에 부가가치세를 부과하는 한편, 쟁점세금계산서 매입액 상당액을 필요경비 불산입하여 ‘A’ 사업장의 공동사업자인 청구인들에게 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.