주 문

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고 aa세무서장이 2022. ×. ×. 원고 AAA에게 한 2018년 귀속 종합소득세 ×××원(가산세 포함, 이하 같다), 2019년 귀속 종합소득세 ×××원의 각 부과처분, 피고 bb세무서장이 2022. ×. ×. 원고 BBB에게 한 2018년 귀속 종합소득세 ×××원, 2019년 귀속 종합소득세 ×××원의 각 부과처분, 피고 cc세무서장이 2022. ×. ×. 원고 CCC에게 한 2018년 귀속 종합소득세 ×××원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 피고 서울특별시 ee구청장이 2022. ×. ×. 원고 AAA에게 한 2018년 귀속 지방소득세 ×××원, 2019년 귀속 지방소득세 ×××원의 각 부과처분, 2022. ×. ×. 원고 BBB에게 한 2018년 귀속 지방소득세 ×××원, 2019년 귀속 지방소득세 ×××원의 각 부과처분, 피고 ○○○도 ff군수가 2022. ×. ×. 원고 CCC에게 한 2018년 귀속 지방소득세 ×××원의 부과처분을 모두 취소한다.

3. 피고 dd세무서장이 2022. ×. ×. 원고 BBB에게 한 2018년 1기분 부가가치세 ×××원, 2018년 2기분 부가가치세 ×××원, 2019년 1기분 부가가치세 ×××원, 2019년 2기분 부가가치세 ×××원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이    유

1. 처분의 경위

가. 당사자들의 지위

   1) 원고들은 GG대학교 의과대학 동문 사이로, 원고 AAA, BBB은 2014년경부터 2019. 12. 31.까지, 원고 CCC는 2014년경부터 2018. 9. 30.까지 ‘HH성형외과의원’ 명칭의 성형외과 의원(이하 ‘이 사건 공동사업장’이라 한다)을 아래와 같은 손익분배비율로 공동으로 운영하였다.

   2) 원고 BBB은 이 사건 공동사업장을 폐업한 후 2020. ×. ×.부터 ‘JJ성형외과의원’ 명칭의 성형외과 의원(이하 ‘JJ성형외과’라 한다)을 인수하여 운영하고 있고, 원고 AAA는 JJ성형외과 봉직의로 근무하고 있다.

   3) 주식회사 KK(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)는 2018. ×. ×. 설립되어 이 사건 공동사업장 및 JJ성형외과의 광고 등을 대행한 병원경영지원회사(Management Service Organization, MSO)로서, LLL이 대표자이고 원고 BBB이 97.5%의 지분을 보유하고 있다.

 나. 탈세 제보에 따른 세무조사 및 이 사건 이중장부의 일시 보관

   1) ○○지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 이 사건 공동사업장에서 이중장부의 작성, 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루하였다는 제보를 받고 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 보아, 2021. ×. ×. 사전통지 없이 원고 AAA(이 사건 공동사업장의 대표공동사업자, 조사대상 과세기간 2018. 1. 1.부터 2019. 12. 31.까지), BBB(JJ성형외과의 운영자, 조사대상 과세기간 2020. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지)과 이 사건 회사(조사대상 과세기간 2018. 2. 14.부터 2020. 12. 31.까지)에 대한 세무조사를 개시하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 세무조사’라 한다).

   2) 이 사건 세무조사 당시 서울 ××구 ×××로 ××× 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 4층에는 이 사건 회사의 사무실이 있었고, 5층에는 JJ성형외과의 재무팀 사무실이 있었다.

    조사청의 조사공무원은 2021. ×. ×. 원고 AAA, BBB과 이 사건 회사의 대표자 LLL으로부터 ‘장부 등 일시보관 안내 확인 및 동의서’를 받고, 이 사건 건물의 4층에 위치한 이 사건 회사 회의실에서 이 사건 회사의 대표자 LLL의 입회 아래 JJ성형외과의 재무팀 부장 MMM으로부터 이 사건 공동사업장의 금전출납부, 2018년 부터 2019년까지 진료기록부(이하 통틀어 ‘이 사건 이중장부’라 한다)를 제출받았다.

   3) 조사청은 이 사건 세무조사 결과 원고들이 2018년부터 2019년까지 아래 표 기재와 같이 이 사건 공동사업장의 수입금액 ×××원(이하 ‘이 사건 매출누락액’이라 한다)에 대한 신고를 누락한 사실을 확인하였다.

(표 생략)

 다. 이 사건 처분

   1) 조사청은 2022. ×. ×. 원고들에게 세무조사의 결과를 통지하는 한편, 이 사건 공동사업장을 관할하는 피고 dd세무서장에게 과세자료를 통보하였고, 이 사건 매출누락액에서 부외원가로 인정된 2018년 인건비 및 외국인 환자 소개 수수료 합계 ×××원을 제외하여 소득금액을 확정한 후, 원고들의 각 주소를 관할하는 피고 bb세무서장, aa세무서장, cc세무서장에게 각 과세자료를 통보하였다.

   2) 이에 따라 피고들은 2022. ×. ×.부터 2022. ×. ×.까지 원고들에게 아래 표 기재와 같이 2018년, 2019년 귀속 각 종합소득세 및 지방소득세, 2018년 1기분 내지 2019년 2기분 각 부가가치세 합계 ×××원(각 가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

(표 생략)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제 호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고들의 주장

   1) 우선적 세무조사 대상 선정사유 부존재 주장

     가) 국세기본법 제81조의6 제3항은 ‘세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다’고 규정하면서, 제3호에서 ‘납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우’를(이하 ‘제3호 사유’라 한다), 제4호에서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를(이하 ‘제4호 사유’라 한다) 각각 들고 있다.

     나) 이 사건 세무조사의 세무조사통지서 조사 사유 란에는 제4호 사유만 기재되어 있고, 제3호 사유는 기재되어 있지 않으므로, 제3호 사유는 국세기본법 제81조의6 제3항이 정한 우선적 세무조사 대상 선정사유가 될 수 없다. 설령 제3호 사유가 우선적 세무조사 대상 선정사유가 된다고 보더라도, 이 사건 세무조사에 제3호 사유가 있다고 볼 수 없다.

     다) 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보는 제3호 사유에 해당하므로, 제4호 사유가 될 수 없다. 설령 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 제4호 사유가 될 수 있다고 보더라도, 이 사건 세무조사에 제4호 사유가 있다고 볼 수 없다.

     라) 따라서 이 사건 처분에는 국세기본법 제81조의6 제3항 각 호가 정한 우선적 세무조사 대상 선정사유가 없음에도 세무조사 대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 과세처분을 한 중대한 절차적 하자가 있다.

   2) 장부 등의 보관 금지 위반 주장

     가) 국세기본법 제81조의10은 제1항에서 ‘세무공무원은 세무조사의 목적으로 납세자의 장부 등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다’고 규정하면서, 제2항에서 ‘제1항에도 불구하고 세무공무원은 제81조의6 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있다’고 규정하고 있다.

     나) 원고 AAA, BBB과 이 사건 회사의 대표자 LLL은 ‘장부 등 일시보관안내 확인 및 동의서’에 서명할 당시 일시 보관 대상이 되는 장부 등이 무엇인지 알지 못하였으므로, 이 사건 이중장부의 일시 보관에 납세자의 동의가 있었다고 볼 수 없고, JJ성형외과의 재무팀 부장 MMM에게 이 사건 이중장부를 제출할 권한이 있다고 볼 수도 없다.

     다) 설령 이 사건 이중장부의 일시 보관에 납세자의 동의가 있었다고 보더라도, 그 동의는 조사청의 우선적 세무조사 대상 선정사유에 관한 기망행위에서 비롯된 것이 므로, 이 사건 이중장부는 사기의 방법으로 위법하게 수집된 과세자료에 해당한다.

     라) 따라서 이 사건 처분에는 이 사건 이중장부의 일시 보관과 관련하여 국세기본법 제81조의10 제2항을 위반한 중대한 절차적 하자가 있다.

   3) 영장주의 및 조사사무처리규정 제40조 제1항 위반 주장

     가) 국세청훈령인 조사사무처리규정 제40조 제1항은 ‘조사공무원은 조사 시작시 각 세법의 질문조사권에 따라 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등의 제출을 요구하고, 국세기본법 제81조의10 제2항에 따라 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자의 동의를 받아 세무조사 기간 동안 관련 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등을 조사관서에 일시보관할 수 있다’고 규정하고 있다.

     나) 조사청은 원고들에게 질문조사권에 따라 장부 등의 제출을 요구하지 않은 채, 영장 없는 수색의 방법으로 과세자료를 수집하였으므로, 이 사건 이중장부는 영장주의 및 조사사무처리규정 제40조 제1항을 위반하여 위법하게 수집된 과세자료에 해당한다.

     다) 따라서 이 사건 처분에는 이 사건 이중장부의 제출과 관련하여 영장주의 및 조사사무처리규정 제40조 제1항을 위반한 중대한 절차적 하자가 있다.

   4) 필요경비 추가 산입 주장

     원고들이 2018. 9.경 가슴 확대 및 지방흡입수술을 받다가 심정지가 발생한 NNN의 유가족에게 지급한 합의금 ×××원(이하 ‘이 사건 합의금’이라 한다)은 필요경비에 추가로 산입되어야 한다.

 나. 판단

   1) 우선적 세무조사 대상 선정사유 부존재 주장에 관한 판단

     가) 국세기본법 제81조의6 제3항에 따르면 ‘세무공무원은 정기선정에 의한 조사외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다’고 규정하면서, 제4호에서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 우선적 세무조사의 대상이 되는 사유로 들고 있다. 한편 같은 법 제81조의4 제2항은 ‘세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 규정하면서 제1호에서 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 들고 있다.

      위 각각의 경우 모두 (조세)탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우로 규정하고 있어 그 표현에 있어서는 동일한 측면이 있으나, 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점에 비추어 우선적 세무조사의 대상이 되는 경우보다 엄격히 제한하여 해석되어야 한다.

      따라서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 ‘조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우’로 한정되어야 하고(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결 참조), 세무공무원에게 탈세제보가 있더라도 그 탈세제보가 객관성과 합리성 있는 자료로 뒷받침되어 그것에 의하여 조세탈루의 개연성이 상당한 정도로 인정되는 경우가 아닌 한 그 제보내용이 구체적이라는 사정만으로는 여기에 해당한다고 보기 어렵다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2008두1146 판결 참조).

     나) 반면 우선적 세무조사의 대상이 되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’는 위와 같은 재조사나 범칙조사의 요건이 아니라 납세자의 성실성 추정이 배제되어 우선적 세무조사의 대상이 되는 사유인 점을 고려할 때 ‘객관적인 자료에 의하여 조세의 탈루나 오류 사실이 확인될 가능성이 뒷받침되는 경우’를 의미한다고 봄이 타당하고, 이 경우 당해 자료에 의하여 조세의 탈루나 오류 사실이 명백할 필요까지는 없다고 볼 것이다.

       따라서 우선적 세무조사의 대상이 되는 제3호 사유(납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우)는 그로 인하여 조세의 탈루나 오류 사실이 확인될 가능성이 뒷받침되는 이상 제4호 사유(신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우)에 대한 하나의 예시에 지나지 않는다고 보이고, 세무공무원은 국세기본법 제81조의13 제1항에 따라 과세정보에 대하여 비밀유지의무를 부담하는 점, 특히 국세청훈령인 ｢탈세제보자료 관리규정｣ 제3조 제3항 제3호는 세무공무원으로 하여금 제보처리 과정에서 일체의 제보 관련 자료를 노출하지 않음으로써 제보자의 신원이 노출되지 않도록 할 것을 규정하고 있는 점을 더하여 보면, 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보에 따라 증거인멸 등의 이유로 사전통지를 하지 않고 조사를 개시한 다음 납세자에게 교부하는 세무조사통지서에 제4호 사유만이 기재되어 있다고 하여 과세처분에 중대한 절차적 하자가 존재한다고 볼 수는 없다.

     다) 피고가 제출한 각 분석보고서(을 제14호증)의 기재 내용에 의하면, 일부 가림 처리된 부분을 제외하더라도 이 사건 공동사업장에 대한 탈세 제보가 매우 구체적 이어서 조세의 탈루나 오류 사실이 확인될 가능성이 충분히 뒷받침된다고 보이므로, 이 사건 세무조사에는 제3호 사유 및 제4호 사유가 모두 인정된다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

   2) 장부 등의 보관 금지 위반 주장에 관한 판단

     가) 국세기본법 제81조의10 제2항은 ‘세무공무원은 우선적 세무조사의 대상이 되는 경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부 등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있다’고 규정하고 있을 뿐이고, 납세자의 동의를 받기에 앞서 일시 보관의 대상이 되는 장부 등을 개별적으로 제시하여야 한다고 규정하고 있지 않다. 여기에 국세기본법 제81조의10이 제4항 본문에서 ‘세무공무원은 일시 보관하고 있는 장부 등에 대하여 납세자가 반환을 요청한 경우에는 그 반환을 요청한 날부터 14일 이내에 장부 등을 반환하여야 한다’고 규정하고, 제5항에서 ‘제4항에도 불구하고 세무공무원은 납세자가 일시 보관하고 있는 장부 등의 반환을 요청한 경우로서 세무조사에 지장이 없다고 판단될 때에는 요청한 장부 등을 즉시 반환하여야 한다’고 규정하고 있는 점을 더하여 보면, 장부 등이 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자에 의하여 임의로 제출되었음이 인정되는 이상 납세자가 사전적ㆍ포괄적으로 그 일시 보관에 동의하는 것도 허용된다고 봄이 타당하다.

     나) 앞서 든 증거, 갑 제6, 12 내지 14호증의 각 기재, 증인 OOO, PPP의 각 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, ① 이 사건 공동사업장의 대표공동사업자인 원고 AAA와 JJ성형외과의 운영자 원고 BBB 및 이 사건 회사의 대표자 LLL은 ‘조사공무원이 요청한 장부ㆍ서류 등을 제출하여 이를 세무관서에 일시보관하는 것에 대하여 동의합니다’라고 기재된 ‘장부 등 일시보관 안내확인 및 동의서’에 자발적인 의사에 따라 서명한 것으로 보이는 점, ② 세무공무원이 탈세 제보에 대하여 비밀유지의무를 부담하고 있음을 고려하면 조사청의 조사공무원이 대표공동사업자인 원고 AAA로부터 장부 등의 일시 보관에 대한 동의를 받기에 앞서 이 사건 공동사업장에 대하여 탈세 제보가 있었음을 밝히지 않았다고 하여 위법한 기망행위에 해당한다고 평가하기는 어려운 점, ③ 조사청의 조사공무원은 이 사건 이중장부를 보관하고 있던 이 사건 회사의 대표자 LLL 등의 입회 아래, JJ성형외과의 재무팀 부장 MMM으로부터 이 사건 이중장부를 제출받은 다음, MMM에게 ‘일시보관서류 등의 목록’을 교부하고 서명을 받은 점, ④ JJ성형외과는 이 사건 회사의 97.5% 지분을 보유한 원고 BBB이 운영하고 원고 AAA가 봉직의로 근무하고 있는 사업장으로, 원고들의 주장에 의하더라도 이 사건 공동사업장의 공동사업자인 원고 AAA, BBB이 이 사건 이중장부의 제출 당시 입회하지 못하였던 것은 수술 일정이 있었기 때문이라는 것이고, 원고 BBB이 조사청의 조사공무원에게 ‘JJ성형외과 관련 자료는 MMM에게 안내 받으면 된다’고 말하였다는 것인 점, ⑤ MMM의 이 사건 이중장부의 제출이 입회하고 있던 LLL 등의 의사에 반하여 이루어졌다거나, 원고들이 일시 보관된 이 사건 이중장부의 반환을 요청하였다고 볼 만한 아무런 사정이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 이중장부의 일시 보관과 관련하여 국세기본법 제81조의10 제2항 위반에 따른 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보기 어렵다.

     다) 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

   3) 영장주의 및 조사사무처리규정 제40조 제1항 위반 주장에 관한 판단

     가) 조사사무처리규정 제40조 제1항은 ‘조사공무원은 우선적 세무조사 대상 선정사유에 해당하고 납세자의 증거인멸 우려 등으로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 판단되는 경우 장부ㆍ서류 등의 일시보관 방법에 의한 조사 계획을 수립할 수 있으며, 조사 시작 시 각 세법의 질문조사권에 따라 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등의 제출을 요구하고, 국세기본법 제81조의10 제2항에 따라 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자의 동의를 받아 세무조사 기간 동안 관련 장부ㆍ서류ㆍ증빙 등을 조사관서에 일시보관할 수 있다’고 규정하고 있다.

     나) 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 조사청은 국세기본법 제81조의10 제2항에 따라 이 사건 공동사업장의 대표공동사업자인 원고 AAA의 동의를 받고 이 사건 이중장부를 수집한 것이고, 형사소송법이나 조세범 처벌절차상의 압수수색 조항에 따라 과세자료를 수집한 것이 아닌 점, ② 헌법이 규정한 영장주의는 법관의 승인 없는 압수수색 등 수사상 강제처분이 이루어질 수 없도록 하려는 것이므로, 과세관청이 국세기본법에 근거하여 납세자의 동의를 받고 과세처분 근거 자료를 수집하기 위한 활동을 하는 경우에까지 영장주의가 적용된다고 할 수 없는 점, ③ 조사사무처리규정은 국세청훈령으로 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 조사청의 조사공무원은 조사사무처리규정 제40조 제1항에 따라 이 사건 이중장부를 보관하고 있던 이 사건 회사의 대표자 LLL 등의 입회 아래, 원고 AAA, BBB과 이 사건 회사의 대표자 LLL으로부터 묵시적으로나마 제출 권한을 위임받은 JJ성형외과의 재무팀 부장 MMM에게 이 사건 이중장부의 제출을 요구하고 일시 보관하게 된 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 이중장부의 제출과 관련하여 영장주의 및 조사사무처리규정 제40조 제1항을 위반한 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보기 어렵다.

     다) 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

   4) 필요경비 추가 산입 주장에 관한 판단

     가) 종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이다. 그러나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2009. 3. 26. 선고 2007두22955 판결 참조).

     나) 원고들은 NNN의 유가족에게 이 사건 합의금을 지급함에 따라 필요경비가 추가로 발생하였다고 주장하면서, NNN을 진료한 의사 QQQ이 작성한 사실확인서, 워드프로세서로 작성된 합의서, 이 사건 합의금 지급 당시 통역 아르바이트를 하였다는 RRR이 자필로 작성한 진술서를 제출하고 있을 뿐이고, NNN의 유가족의 인장이 날인된 합의서 원본 또는 그 사본, 출금내역 내지 계좌이체 내역, 영수증 등 객관적인 자료를 제출하고 있지 못하고 있으므로, 원고들이 주장하는 사정이나 제출한 증거만으로는 원고들이 이 사건 합의금을 지급함에 따라 필요경비가 추가로 발생하였다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

     다) 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

4. 결론

 그렇다면, 원고들의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.