1.처분개요

가.청구인은 2015.7.27. 경기도 양평군 OOO에서 주택 및 토지 분양 관련 건설업을 영위하는 OOO을 개업한 개인사업자로, 2019년부터 2022년까지 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)와 공동개발 계약을 통해 경기도 양평군 OOO일원에 OOO 시행사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 하였다.

나.청구인은 쟁점사업과 관련하여 주택 및 토지 분양수입 2020년 2기 총 OOO원(과세분 OOO원, 면세분 OOO원), 2021년 2기 총 OOO원(과세분 OOO원, 면세분 OOO원)(이하 “쟁점수입금액”이라 한다.)이 발생하였음에도 쟁점수입금액에 대한 부가가치세 매출 신고를 누락하였다.

다.처분청은 쟁점수입금액을 OOO 사업장의 부가가치세 과세표준에 포함하여 2025.1.9. 청구인에게 부가가치세 2020년 2기분 OOO원 및 2021년 2기분 OOO원을 각 결정·고지하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2025.3.31. 이의신청을 거쳐 2025.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

 (1) 청구인과 쟁점법인의 계약관계, 쟁점사업의 대금 정산, 쟁점사업과 관련된 토지의 명의 등을 기준으로 판단할 때 쟁점사업은 지주공동개발로서 실제 분양주체는 청구인이고, 쟁점법인으로부터 수취한 쟁점사업 관련 세금계산서는 매입세액공제 대상이다.

「부가가치세법」 제38조에 따르면 매출세액에서 공제하는 매입세액은 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액으로 규정하고 있다.

 쟁점사업은 지주공동개발 계약에 따라 진행된 것으로 청구인은 지주, 업무 총괄 대리인이며, 쟁점법인은 개발 사업의 시공자 및 분양업무의 협조자이다. 지주공동개발사업이란 지주사(토지소유자)와 시공사(건설회사 등)가 공동으로 주택이나 상가 등을 건설하여 분양하는 시행사업으로서, 지주와 시공사가 공동으로 사업을 수행함에 있어 발생하는 사업이익을 정산하는 형태를 말한다.

 청구인은 소유하고 있었던 경기도 양평군 OOO일대 토지에 주택 신축분양사업을 위해 쟁점법인과 지주공동개발형태의 계약을 체결하였다.

 쟁점사업은 쟁점법인이 대외적으로는 개발, 분양사업의 대리인으로서 건축(주택)공사의 업무 총괄과 토목공사, 건설공사에 따른 비용을 부담하고, 청구인은 준공 시까지 청구인 명의 하에 개발에 필요한 사업부지를 사용할 수 있도록 제공하여 분양 후 분양수익금에 공사비용등을 정산하는 구조로 구성되어 있다.

 다시 말해, 청구인이 토지소유자이자 사업의 주체로서 사업시행에서 발생하는 수익에서 쟁점법인에 공사비용 등을 정산한 후 잔여 이익을 갖게 되는 것이다.

 한편, 분양계약서는 수분양자와 쟁점법인이 당사자로 작성되어 있는데 이는 분양을 원활하게 하기 위한 수단일 뿐이며 분양대금을 쟁점법인의 계좌로 수령하여 쟁점사업과 관련 없는 청구인의 다른 자금과 혼입되는 것을 방지하고, 대금의 정산을 명확하게 하기 위한 것이다.

 이에 따라, 쟁점법인은 분양가액 중 건물 공사 등에 해당하는 부분에 대해 청구인에게 세금계산서를 교부하고 법인의 수익금액으로 회계처리하여 2020년 제2기 및 2021년 제2기 부가가치세를 수정신고·납부하였다. 쟁점법인이 위 과세기간에 대해 부가가치세 수정신고(매출 추가)를 할 사유는 시공비 외에는 달리 매출이 발생할 수 없기에 분명 건축공사비와 관련된 수정신고일 것이다.

 다만 이 과정에서 업무 미숙 등의 사유로 전자세금계산서를 미발급하고 수기(종이) 세금계산서를 발급하였는데, 이는 단순 가산세 대상일 뿐 실질 거래를 부인하지는 못한다.

 (2) 이 사건 처분은 청구인의 분양수익에 관한 처분이므로, 분양 수익과 관련된 건물 시공에 따른 매입세액 또한 공제하여야 한다.

 쟁점법인은 쟁점사업과 관련한 건축, 토목공사 비용, 제세공과금, 중개수수료, 설계비 등의 비용을 정산한 전자세금계산서를 발행해야 하지만, 당시 공인인증서가 들어있는 이동식저장매체(USB)를 분실하고, 유효기간이 만료되는 등 정상적으로 전자세금계산서를 발급하기 어려운 상황이어서 수기(종이) 세금계산서를 발급해주었다.

 다만, 청구인은 이를 착각하였으며, 인지하지 못하고 2020년 제2기와 2021년 제2기 부가가치세 신고를 누락하였을 뿐이다.

 결국, 이 사건 처분에 따른 부가가치세액에서 청구인이 쟁점법인으로부터 수취한 세금계산서상 매입세액이 공제되어야 한다.

 (3) 소급 작성된 세금계산서라 하더라도 곧바로 매입세액 불공제 대상인 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.

 처분청은 세금계산서가 공급시기에 즉시 발급되지 않았고 사후에 작성되었을 가능성이 있다는 점을 들어 이를 사실과 다른 세금계산서로 판단하였다.

 그러나 「부가가치세법」상 사실과 다른 세금계산서란 재화 또는 용역의 공급 사실 자체가 없거나, 공급자·공급가액·거래 내용이 허위인 경우를 의미한다. 단지 발급시기가 공급시기와 일치하지 않는 사정만으로는 해당 거래가 허위이거나 실재하지 않는다고 볼 수 없으며, 이를 곧바로 사실과 다른 세금계산서로 평가하는 것은 법이 예정한 개념을 넘어선 확장 해석에 해당한다.

 대법원은 세금계산서의 발급시기가 공급시기와 일치하지 않는다는 사정만으로 이를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 판시하고 있으며, 거래의 실질과 공급가액의 진정성이 확인되는 경우에는 매입세액 공제를 부인할 수 없다는 입장을 일관되게 유지하고 있다.

 처분청은 공사 자체의 존재를 부인하지 않고 있음에도 다만 세금계산서 발급 시기의 문제를 들어 매입세액을 불공제 하였다. 이는 실질 거래의 존재를 전제로 하면서도 형식적 발급시기의 흠결만을 이유로 실질 과세요건까지 부정하는 것으로서, 과세 논리상 중대한 자기모순에 해당한다.

 또한, 건축공사는 특성상 본질적으로 공급시기를 특정하기 어렵다. 건축공사는 단기간에 일시적으로 공급되는 거래가 아니라, 장기간에 걸쳐 단계적으로 제공되는 용역으로서 공급시기를 특정하는 것 자체가 본질적으로 곤란한 거래이다. 이와 같은 거래에서 사후 정산에 따라 세금계산서가 작성되는 사례는 실무상 빈번히 발생하며, 이러한 사정을 이유로 곧바로 허위 또는 사실과 다른 거래로 단정하는 것은 건축공사의 거래 실태를 도외시한 판단이다.

 전자세금계산서 발급 의무는 「부가가치세법」상 형식적·행정적 의무에 해당하며, 그 미이행에 대한 제재 역시 가산세로 한정되어 있다. 그럼에도 처분청은 전자세금계산서 미발급이라는 형식적 하자를 이유로 실질 거래 자체를 부인하고 매입세액을 전면 불공제하고 있는바, 이는 법이 예정한 제재를 넘어선 이중제재 내지 과잉제재에 해당한다.

나.처분청 의견

 (1) 쟁점법인의 부가가치세 수정신고 내용에는 청구인이 공제대상 세금계산서라고 주장하는 내용이 포함되어 있지 않다.

 청구인은 쟁점사업의 건축공사 비용과 관련하여, 쟁점법인으로부터 세금계산서를 수기(종이) 세금계산서로 수취하였고, 쟁점법인은 해당 수기(종이) 세금계산서와 관련한 매출을 부가가치세 과세표준에 포함하여 수정 신고하였다고 주장하나, 쟁점법인의 수정신고서에 따르면 세금계산서 발급분이 아닌 기타(정규영수증 외 매출분) 매출로 신고하였고, 전자세금계산서 의무발급 대상자임에도 수기(종이) 세금계산서 발급에 따른 가산세도 반영하지 아니하였다.

 이러한 사정을 종합하여 볼 때, 쟁점법인의 부가가치세 수정신고는 청구인이 주장하는 수기(종이) 세금계산서와 관련된 수정신고로 보기 어려우며 청구인이 쟁점법인의 수정신고를 근거로 매입세액 공제를 주장하는 것은 타당하지 않다.

 청구인은 수기(종이) 세금계산서 발행과 그에 따른 쟁점법인의 수정신고서 내용이 서로 불일치함에도 이에 대한 해명을 제시하지 못한 채 법인의 매출은 건축공사와 관련되어 있다는 사정만을 들어 청구인의 매입을 인정해달라고 주장하고 있다.

 쟁점법인의 2020년 제2기 및 2021년 제2기 귀속 부가가치세 확정 신고서에 따르면 청구인이 주장하는 수기(종이) 세금계산서외에 다른 수기(종이) 세금계산서의 발행 매출에 대해서는 세금계산서 매출로 신고하였음이 확인된다. 만약 청구인이 주장하는 수기(종이) 세금계산서가 공급시기에 적법하게 발급된 것이라면 쟁점법인은 수정신고서 제출 시 쟁점사업의 공사 매출을 세금계산서 매출로 계상하고 전자세금계산서 미발급 가산세를 포함하여 신고하였어야 한다. 그러나 실제로는 건축공사 관련한 수입금액을 기타 매출로 신고하였으므로 이는 청구인이 주장하는 수기(종이) 세금계산서와는 대응될 수 없는 매출로 봄이 타당하다.

 청구인은 세금계산서가 공급 시기에 적법하게 발행되지 않았다는 처분청의 판단이 단순 추정이라고 주장하나, 전자세금계산서 발급은 법인사업자에게 매출 규모와 관계없이 부과되는 법정 의무로서, 전자세금계산서 발급 여부는 해당 거래가 공급 시기에 실제로 존재하였는지 확인할 수 있게 해주는 중요한 판단 요소에 해당한다.

 따라서 전자세금계산서가 발급되지 아니한 경우에는, 해당 세금계산서가 공급시기에 실제로 발급되었는지 여부를 객관적으로 확인하기 어렵다. 청구인은 전자세금계산서 발급 의무가 있는 법인사업자임에도 사후적으로 작성, 제출이 가능한 수기(종이) 세금계산서만을 제시하고 있으며 더 나아가 이의신청 후에야 제출하였다. 이러한 사정을 종합하면, 청구인이 제출한 수기(종이) 세금계산서를 「부가가치세법」에서 요구하는 정상적인 발급 시기에 적법하게 발급된 세금계산서로 인정하기에는 신빙성이 부족하다.

 (2) 청구인이 주장하는 쟁점법인의 전자세금계산서 미발급 사유는 정당한 사유로 보기 어렵다.

 쟁점법인은 공인인증서 분실 및 유효기간 만료를 이유로 2020년 12월부터 2021년 12월까지 1년에 걸쳐 총 5매의 세금계산서를 수기(종이)로 발급했다고 주장한다. 그러나 이는 전자세금계산서 발급 의무를 회피할 만한 정당한 사유로 인정하기 어렵다. 공인인증서가 분실되거나 만료된 경우, 법인은 관할 세무서나 금융기관을 방문할 필요 없이 온라인을 통해 즉시 재발급을 받을 수 있으며, 이는 사업의 연속성을 위해 상시적으로 가능한 조치이다. 또한, 공인인증서 외에도 전자세금계산서 발급용 보안 카드를 발급받는 등 전자세금계산서를 발행할 수 있는 여러 대안이 존재한다. 사업자는 성실하게 발급 의무를 이행해야 함에도 불구하고, 쉽게 해결 가능한 문제를 무려 1년 동안 방치하여 법적 의무를 이행하지 않은 사실은 상식적으로 납득하기 어렵다.

 이는 단순한 업무 착오라기보다는 정상적인 발급시기에 적법하게 발행된 세금계산서가 아닐 가능성이 높고, 따라서 해당 수기(종이) 세금계산서는 공급시기에 적법하게 발급된 것으로 볼 수 없다.

(3)청구인이 주장하는 매입세액을 반영하지 않은 이 사건 처분은 정당하다.

 청구인은 이 사건 처분이 이뤄지기 전 과세자료 해명 안내 시부터 과세전적부심사청구를 할 때까지 매입과 관련된 아무런 자료를 제출하지 않았고, 청구인이 추가로 제출한 자료는 청구인이 주장하는 수기(종이) 세금계산서의 사진과 분양계약서 일부 사본에 불과하며, 실제 공사와 관련된 매입임을 입증할 수 있는 공사계약서, 견적서 등 공사세부내역서, 거래대금 이체 금융증빙 등 객관적인 자료는 전혀 제출하지 못하였다.

 아울러 이의신청 후 제출된 수기(종이) 세금계산서는 수기 작성 방식으로 작성되어 있어 사후 작성되었을 개연성이 높고, 정상적인 공급시기에 발급되었는지 여부도 불분명하며, 관련 금융증빙 역시 존재하지 않는다. 세법상 매입세액 공제는 거래의 실체와 객관적 증빙을 전제로 하며, 객관적 자료가 결여된 상태에서는 거래의 적법성을 확인할 수 없다.

 청구인이 제출하지 못한 공사 관련 서류들은 단순한 형식적 요건 이상의 의미를 가지며 이를 통해서 거래의 실체 및 공급시기, 공급가액 등을 확인할 수 있기에 객관적 증빙 없이 해당 수기(종이) 세금계산서가 실질 거래에 따른 적법한 세금계산서라고 단정하는 것은 근거 없는 주장에 불과할 뿐이다.

 따라서 처분청이 청구인이 제출한 수기(종이) 세금계산서를 인정하지 않고 매입세액을 불공제한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  청구인이 제출한 종이(수기) 세금계산서에 따른 매입세액을 공제해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청들이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

  (가) 쟁점법인의 2020년 제2기 및 2021년 제1기 부가가치세 신고 내용은 아래 <표1>과 같은바, 청구인은 수정신고 내용 중 증가된 매출세액 중 일부는 청구인의 매입세액 공제대상이라고 주장한다.

<표1> 쟁점법인의 부가가치세 신고내용

  (나) 청구인이 제출한 수기(종이) 세금계산서의 내용은 아래 <표2> 및 <그림>과 같다.

<표2> 수기(종이) 세금계산서 내용

<그림> 청구인이 제출한 수기(종이) 세금계산서 원본 일부

  (다) 청구인은 쟁점사업과 관련하여 쟁점법인과의 ‘지주 공동 개발 계약서’를 제출하였고, 그 밖에 쟁점사업에 의해 건설된 OOO의 ‘분양 계약서’ 등을 제출하였으나, 청구인이 제출한 수기(종이) 세금계산서와 관련된 견적서, 거래내역서, 영수증, 금융증빙 등 공사비용에 관련된 자료를 제출하지 아니하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 종이(수기) 세금계산서를 제출하며 매입세액 공제대상이라고 주장하나, 종이(수기) 세금계산서에 따른 매입사실을 입증할 만한 견적서, 금융증빙, 정산서 등의 객관적 지출증빙 자료를 제출하지 아니하여 구체적 공급시기, 공급가액 등 거래의 적법성을 객관적으로 확인할 수 없는 점, 쟁점법인의 당초 부가가치세 신고 내용 및 수정신고 내용에 따르면 청구인이 주장하는 종이(수기) 세금계산서에 대해 쟁점법인이 ‘세금계산서 발급분’ 매출세액으로 적정하게 신고한 사실이 나타나지 않는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인이 제출한 종이(수기) 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 하지 아니하고 청구인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 부가가치세법

  38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

  제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.