1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2024. 5. 16. 원고에 대하여 한 상속세 37,026원(가산세 포함)의 부과처분 중 36,735원을 초과하는 부분을 취소한다.

가. 주식회사 AA(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)는 AA업 등을 영위할 목적으로 1969. 9. 9. ○○○(이하 ‘피상속인’이라 한다)에 의하여 설립된 회사이다.

나. 피상속인은 2022. 0. 00. 사망하였다. 원고는 피상속인의 자녀로서 공동상속인 중 1인으로, 피상속인이 상속개시일 당시 보유하던 이 사건 회사의 발행주식 000,000주 중 00,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)을 상속받았다.

다. 원고는 이 사건 주식 가액을 합계 5,718원(1주당 141원)으로 산정하고, 이 사건 주식이 가업상속인이 상속받은 주식으로서 가업상속공제 대상에 해당함을 전제로 가업상속공제액을 위 5,718원으로 하여 2023. 3. 24. 피고에게 납부할 상속세액을 34,237원으로 신고하였다.

라. ○○지방국세청장은 피상속인에 대한 상속세 세무조사를 실시한 후 ① 상속재산가액 산정과 관련하여, 이 사건 주식의 가치평가시 이 사건 회사가 보유한 3개 회사[주식회사 BB, CC 주식회사, DD 유한회사(이하 위 법인명에서 ‘주식회사’, ‘유한회사’ 기재는 생략하고, 이들을 통틀어 일컬을 때에는 ‘3개 법인’이라 한다)]의 주식ㆍ출자지분을 구 상증세법 (2022. 12. 31. 법률 제19195호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제60조, 제63조 제1항 제1호 나목, 구 상증세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33278호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제54조 제1항, 제2항, 제55조 제1항에 따라 장부가액(취득가액)으로 평가하여 이 사건 회사 순자산가액을 산정한 후, 위 가액을 기초로 이 사건 주식의 가치를 1주당 177원으로 평가하여 이 사건 회사 비상장주식의 순자산가치를 16,700원으로 증액하고, ② 가업상속공제액과 관련하여, 이 사건 회사의 자산 중 ㉠ BB 발행주식 등의 지분법적용투자주식 등, ㉡ ○○ ○○구 ○○동 000-0 지상 건물 0층(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다), ㉢ CC 등에 대한 대여금(이하‘이 사건 대여금’이라 한다)이 구 상증세법 제18조 제2항 제1호, 제5항, 구 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호에 따라 사업무관자산에 해당한다고 보아, 원고 산정 가업상속공제액 5,718원 중 1,546원을 부인하는 등으로 결정세액을 38,386원(가산세 포함)으로 정한 후 자진납부세액을 차감하여 원고가 추가납부할 상속세액을 4,148,747,610원으로 결정한다는 세무조사 결과를 피고에게 통보하였다.

마. 피고는 위 세무조사 결과 통보에 따라 2024. 5. 16. 원고에게 상속세 결정세액을 4,148원(가산세 포함)으로 결정ㆍ고지하였다(이하 ‘당초처분’이라 한다)

바. 원고는 당초처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 12. 19. 위 라.항 ② 가업상속공제액 관련 주장 중 ㉠ 지분법적용투자주식에 관한 원고의 주장을 받아들여 이에 대하여 구 상증세법에 따른 기업상속공제를 적용하여 상속세 과세표준 및 세액을 경정한다고 결정하였다.

사. 이에 피고는 2025. 1. 9. 위 취지에 따라 원고에 대한 총 결정세액을 38,38원에서 1,359원을 감액한 37,026원으로 경정하였다(이하 2024. 5. 16.자 당초처분 중 위 조세심판원 결정에 따라 취소되고 남은 부분인 37,026원의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 주식가액 산정 방법의 위법 주장에 관한 판단

1) 원고 주장의 요지

이 사건 회사가 보유한 3개 법인 주식의 가액산정과 관련하여, 피고는 장부가액을 기준으로 산정하였으나, 3개 법인 주식의 보충적 평가가액은 장부가액보다 현저히 적고, 이에 대한 정당한 사유가 있으므로 3개 법인 주식은 구 상증세법 시행령 제55조 제1항 후문에 따라 장부가액이 아닌 보충적 평가방법에 의하여 평가하여야 하고, 이에 의할 경우 이 사건 주식의 1주당 평가액은 141원이다. 따라서 이와 달리 이 사건 주식의 평가액이 장부가액인 1주당 177원임을 전제로 하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 관련 법령 및 법리

이에 의하면 비상장주식의 가액 평가에 있어서는 시가 평가를 원칙으로 하되, 시가가 불분명한 경우에는 보충적 평가방법에 의하고, 보충적 평가방법에 의한 가액이 장부가액보다 적은 경우에는 장부가액에 의함을 규정하고 있는데, 이는 취득가액 대비 보충적 평가가액이 급격히 낮게 평가되는 것을 방지하기 위하여 장부가액과 보충적 평가가액을 비교하여 큰 가액으로 비상장주식의 가치를 평가하도록 함으로써 실질과세를 구현하기 위한 것이다. 따라서 보충적 평가가액이 장부가액보다 적은 경우에도 장부가액이 아닌 보충적 평가가액으로 순자산가액을 산정하는 예외적인 경우에 해당하기 위하여는 ‘정당한 사유’가 인정되어야 하고(구 상증세법 시행령 제55조 제1항), 그 정당한 사유에 해당하기 위하여는 단지 보충적 평가방법에 의한 평가액이 장부가액보다 적다는 사실만으로는 부족하고, 비상장주식의 취득가액 및 양도 시점 당시의 보충적 평가방법에 따라 산정된 가액의 차이의 정도, 취득 시점 및 보충적 평가방법에 따른 평가시점 사이의 시간적 간격 및 그 기간 내에 비상장주식의 가치가 급격히 감소할 만한 특별한 사정이 있는지 여부, 향후 기업이 사업을 계속하여 진행할지 아니면 휴업․폐업 또는 청산 중에 있는지 여부, 비상장주식의 증여(상속)에 있어 증여자(피상속인)가 비상장주식을 취득할 당시 고려한 주식의 실질적 가치, 비상장주식의 양도 이후의 해당 비상장회사의 순자산가액 및 당기순이익의 회복․개선 정도 등을 종합적으로 고려하여야 하고, 그러한 사유에 대한 증명책임은 납세의무자가 진다고 봄이 상당하다.

3) 인정사실

앞서 든 증거, 갑 제4 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 회사가 주식을 보유한 3개 법인의 개요 및 상속개시 전ㆍ후의 주요 재무상태 등에 관하여 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) BB

(1) BB는 BB업 등을 목적으로 2011. 3.경 설립된 회사이다.

(2) 상속개시일(2022. 9. 24.) 기준 이 사건 회사가 보유한 BB 주식의 장부가액과 보충적 평가가액은 각 아래와 같다.

(단위: 원)

(3) 상속개시일 기준 전ㆍ후 2년 동안 BB의 총자산, 순자산, 매출액 및 당기순이익은 다음과 같다.

(단위: 원)

(4) 2022년말 기준 BB의 미처리결손금은 11,468원이다.

나) CC

(1) CC는 CC 등을 목적으로 2013. 3.경 설립된 회사이다.

(2) 상속개시일 기준 이 사건 회사가 보유한 CC 주식의 장부가액과 보충적 평가가액은 각 아래와 같다.

(단위: 원)

(3) 상속개시일 기준 전ㆍ후 2년 동안 CC의 총자산, 순자산, 매출액 및 당기순이익은 다음과 같다.

(단위: 원)

(3) 2022년말 기준 CC의 미처리결손금은 6,304원이다.

다) DD

(1) DD는 DD업 등을 목적으로 2014. 10.경 설립된 회사이다.

(2) 상속개시일 기준 이 사건 회사가 보유한 DD 주식의 장부가액과 보충적 평가가액은 각 아래와 같다.

(단위: 원)

(3) 상속개시일 기준 전ㆍ후 2년 동안 DD의 총자산, 순자산, 매출액 및 당기순이익은 다음과 같다.

(단위: 원)

(4) 2022년말 기준 DD의 미처리결손금은 6,899원이다.

4) 구체적인 판단

원고는 이 사건 회사가 3개 법인의 주식을 취득한 이후 3개 법인의 결손금 누적으로 상속개시일 기준 3개 법인 주식의 순자산가치가 취득가액보다 현저히 감소하였으므로, 이 사건 주식의 가액은 장부가액이 아닌 보충적 평가가액으로 산정하여야 한다고 주장하는바, 앞서 본 바와 같이 상속개시일 기준 3개 법인은 모두 미처리결손금이 있고, 장부가액에 비하여 보충적 평가가액이 상당히 낮다는 사실은 인정되기는 한다.

그러나 앞서 본 바와 같이 관계법령에 의하면 비상장주식에 대한 가액 평가에 있어서는 보충적 평가방법에 의한 가액이 장부가액보다 적은 경우에 보충적 평가방법에 의한 가액을 기준으로 산정하는 경우에 해당한다고 인정하기 위하여는 단지 보충적 평가방법에 의한 가액이 장부가액보다 낮다는 사실만으로는 부족하고, 장부가액이 아닌 보충적 평가방법에 의한 가액을 기준으로 하여야 할 정당한 사유가 있어야 할 것인데, ① 원고는 위 3개 법인의 결손금이 누적되어 보충적 평가방법에 의한 가액이 장부가액보다 낮다는 점만을 주장할 뿐인 점, ② 3개 법인은 상속개시일 당시는 물론 현재까지 휴업이나 폐업상태도 아닌 사업을 계속하고 있고, 원고가 결손금의 누적으로 인하여 3개 법인에 회복할 수 없는 순자산의 감소가 발생하였다고 인정할만한 특별한 사정에 대한 주장·증명도 하지 못하고 있는 점, ③ 실제로 3개 법인은 상속개시 이후 매출액이 증가 추이에 있고 당기순이익이 개선된 것으로 보이는 점¹⁾ 등에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거만으로 이 사건 주식에 대하여 장부가액이 아닌 보충적 평가액을 적용하여야 할 ‘정당한 사유’가 있는 것으로 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 가업상속공제 대상 불인정의 위법

1) 원고 주장의 요지

이 사건 부동산(가액 6,744원)과 이 사건 대여금(394원= 장기대여금 245원 + 단기대여금 149원)은 사업무관자산이 아니므로, 이를 사업무관자산으로 보아 가업상속공제 대상에 해당하지 않는다고 본 것은 위법하다.

2) 관련 법령 및 법리

상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호는 가업상속공제 대상이 되는 ‘가업에 해당하는 법인의 주식 등’의 가액에 대해 해당주식 등의 가액에 해당 법인의 총자산가액 중 ‘사업무관자산’을 제외한 자산가액이 차지하는 비율을 곱하여 금액을 산정하도록 하면서 사업무관자산 중 하나로 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(구 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호 나목, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목), 대여금：금전소비대차계약 등에 의하여 타인에게 대여한 금액(상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호 다목, 법인세법 시행령 제61조 제1항 제2호) 등을 들고 있다. 이때 법인이 보유하고 있는 부동산으로서 법인의 업무에 직접 사용하였다는 점 등에 관한 입증책임은 가업재산상속공제를 받으려는 납세자에게 돌아간다고 해석하는 것이 타당하다. 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다고 할 수 있을 뿐만 아니라(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조), 해당 부동산을 법인의 업무에 직접 사용하고 있다는 사실은 납세자에게 유리한 사정으로 이를 뒷받침하는 사실관계는 대부분 납세자의 지배영역에 속하는 것이기 때문이다. 만일 이에 대한 입증책임이 과세관청에 있다고 해석하게 되면, 과세관청으로서는 ‘해당 부동산을 법인의 업무에 직접 사용하지 않고 보유하고 있다는 사실’에 대한 증명책임, 즉 어떠한 사실의 부존재에 대한 증명책임을 부담하는 것이 되어 사실상 입증이 불가능해지는 경우가 생긴다.

3) 구체적인 판단

가) 이 사건 부동산의 경우

(1) 원고는 이 사건 회사가 2022. 4. 21.경 EE로부터 이 사건 부동산을 대물변제받아 4,880원에 매수하는 내용의 매매계약 체결하고 2022. 6. 3. 이를 취득하였는데, 이 사건 회사는 이 사건 부동산 취득 즈음부터 이를 매각하여 운영자금으로 사용할 예정이었으며, 실제로 피상속인 사망 이후인 2023. 12. 27. 이 사건 부동산을 6,763원에 매도하고 그 대금을 운영자금으로 사용하였는바, 상속개시 당시 이 사건 부동산은 이 사건 회사의 영업자금 사용 목적으로 매각이 이행되는 중이었으므로 사업무관자산으로 볼 수 없다고 주장한다.

(2) 갑 제7, 13호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 회사가 그 주장과 같이 이 사건 부동산을 취득하였다가 피상속인 사망 이후 이를 매도한 사실이 인정되기는 한다. 그러나 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호 나목, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목에서는 “법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”을 사업무관자산으로 정하고 있고, 이때 "법인의 업무"란 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무(법인세법 시행규칙 제26조 제2항 제1호), 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업으로 정하여진 업무(같은 항 제2호)를 의미하는데, 이 사건 회사가 이 사건 부동산을 위와 같은 법인의 업무에 직접 사용하였다는 점에 관하여 원고의 아무런 주장ㆍ증명이 없으며, 이 사건 회사가 위 부동산을 매각하여 운영자금으로 사용할 예정이었다는 이유만으로 이 사건 부동산이 법인의 업무에 사용한 부동산이라고 볼 수는 없다.²⁾ 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 이 사건 대여금의 경우

원고는 이 사건 대여금은 이 사건 회사가 영업활동과 관련하여 관련회사이자 거래처인 CC와 DD에 대여한 자금이므로 영업활동 관련자산이라고 주장한다.

그러나 구 상증세법 시행령 제15조 제5항 제2호 다목, 법인세법 시행령 제61조 제1항 제2호에 의하면 “대여금: 금전소비대차계약 등에 의하여 타인에게 대여한 금액”은 사업무관 자산에 해당하므로, 타인에게 대여한 대여금은 모두 사업무관자산에 해당한다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.