1. 사실관계

○ 질의 법인은 「국립대학병원설치법」에 따라 설립된 국립대학병원으로, 소속 임직원 및 그 가족이 당해 법인(분원 포함)에서 진료받는 경우 내부 규정에 따라 진료비의 일정액을 감면해주는 복리후생제도를 운영하고 있으며,

- ’24년까지 감면액 전액을 임직원의 과세대상 근로소득으로 구분하고 있었으나, ’25년 할인금액의 일정액을 비과세소득으로 본다는 세법 개정에 따라 비과세 대상 범위 및 계산방식 해석 필요함

2. 질의내용

○ 질의1. 소득세법 시행령 제38조 제4항에서 ‘시가’는 법인세법 제52조 제2항에 다른 ‘시가’를 준용하는데, 대학병원의 진료비에서 ‘시가’의 기준이 되는 금액은 무엇인지?

가. 진료비총액 : 공단부담금 + 본인부담금 + 비급여금액

나. 환자 본인 부담총액 : 본인부담금 + 비급여금액

○ 질의2. 소득세법 제12조 제3호 처목에서 규정한 ‘종업원 본인이 소비하는 목적으로 제공받는 경우’란 종업원 본인의 진료비 감면액만 비과세 대상으로 적용하고 배우자 및 직계존비속 등 가족에 대한 진료비 감면은 기존과 동일하게 근로소득으로 전액 과세대상인지?

○ 질의3. 연간 직원A의 본인진료비 20백만원, 진료비 감면율 50%로 10백만원을 감면받은 경우, 직원A의 ‘임직원 할인금액 비과세금액’은?

○ 질의4. 질의3의 경우 비과세금액은 직원A의 연말정산 시 의료비 세액공제 대상 의료비에서 제외되는 것인지?

3. 관련법령

○소득세법 제12조【비과세소득】

다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

3. 근로소득과 퇴직소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

처. 제20조제1항제6호에 따른 소득 중 다음의 요건을 모두 충족하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 금액 이하의 금액

1) 임원 또는 종업원(이하 이 조, 제20조 및 제164조의5에서 "임원 등"이라 한다) 본인이 소비하는 것을 목적으로 제공받거나 지원을 받아 구입한 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 기간 동안 재판매가 허용되지 아니할 것

2) 해당 재화 또는 용역의 제공과 관련하여 모든 임원 등에게 공통으로 적용되는 기준이 있을 것

○소득세법 제20조【근로소득】

① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

6. 사업자나 법인이 생산ㆍ공급하는 재화 또는 용역을 그 사업자나 법인(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 계열회사를 포함한다)의 사업장에 종사하는 임원 등에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가보다 낮은 가격으로 제공하거나 구입할 수 있도록 지원함으로써 해당 임원 등이 얻는 이익

○소득세법 제59조의4【특별세액공제】

② 근로소득이 있는 거주자가 기본공제대상자(나이 및 소득의 제한을 받지 아니한다)를 위하여 해당 과세기간에 대통령령으로 정하는 의료비를 지급한 경우 다음 각 호의 금액의 100분의 15(제3호의 경우에는 100분의 20, 제4호의 경우에는 100분의 30)에 해당하는 금액을 해당 과세기간의 종합소득산출세액에서 공제한다.

○소득세법 시행령 제17조의5【임원 등이 지급받은 할인금액의 비과세 범위】

① 법 제12조 제3호 처목 1) 및 2) 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액 중 큰 금액을 말한다.

1. 임원 또는 종업원(이하 제38조 및 제55조에서 "임원 등"이라 한다)이 해당 과세기간 동안 법 제20조제1항제6호에 따라 시가보다 낮은 가격으로 제공받거나 지원을 받아 구입한 재화 또는 용역의 시가를 합한 금액에 100분의 20을 곱한 금액

2. 연간 240만원

② 법 제12조제3호처목1)에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다.

1. 「소비자기본법 시행령」제8조제3항의 품목별 소비자분쟁해결기준에 따른 품목별 내용연수가 5년을 초과하는 재화: 2년

2. 「개별소비세법」제1조제2항제2호에 해당하는 재화: 2년

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 않는 재화: 1년

○소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】

④ 법 제20조제1항제6호에 따른 시가는 「법인세법」제52조제2항에 따른 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임원 등이 해당 재화 또는 용역을 구입하거나 제공받을 때 지급한 가격을 시가로 한다.

1. 재화의 파손 또는 변질로 인해 임원등이 아닌 자에게 판매할 수 없는 경우

2. 탑승권 및 숙박권 등 사용시기가 제한되는 재화 또는 용역의 사용 기한이 임박하여 임원 등이 아닌 자에게 판매 또는 제공하는 것이 현저히 곤란한 경우

○법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

4. 관련예규·판례

○사전-2025-법규소득-0512(2025.08.18.)

○기획재정부 소득세제과-1037(2025.12.09.)