사 건 2025구단10788 양도소득세부과처분취소

원 고 김AA

피 고 1. BB세무서장

     2. CC구청장

변 론 종 결 2026. 3. 18.

판 결 선 고 2026. 4. 29.

주 문

1. 원고의 피고 BB세무서장에 대한 금원지급청구 부분의 소 및 피고 CC구청장에

대한 소를 각하한다.

2. 원고의 피고 BB세무서장에 대한 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구를 각 기각한

다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적 청구취지: 피고 BB세무서장이 20xx. 1. 20. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 193,345,970원의 부과처분을 취소하고, 원고에게 193,345,970원에 대한 20xx.9. 15.부터 이 사건 소장부본 송달일까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라. 피고 CC구청장이 20xx. 6. 7. 원고에 대하여 한 지방소득세 20,279,800원의 부과처분을 취소한다.

예비적 청구취지: 피고들이 원고에 대하여 한 양도소득세 및 지방소득세 부과처분 중 각 가산세 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2010. 2. 12.부터 dd시 ee구 ff동 xxx 지상 임대아파트 xxx동 xxxx호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)에 거주하다가 2021. 3. 8. 한국토지주택공사로부터 임대분양전환으로 이 사건 주택의 소유권을 취득하게 되었다.

나. 원고는 2021. 3. 11. 이 사건 주택을 매도하여 2021. 6. 9. 매수인에게 이 사건 주택에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

다. 원고는 2021. 8. 21. 피고 BB세무서장(이하 ‘피고 세무서장’이라 한다)에게 이 사건 주택 양도로 인한 양소도소득과세표준 신고를 하였는데, 공공매입임대주택인 이 사건 주택 양도도 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다고 보아 산정한 양도소득세를 신고하였다.

라. 이에 대하여 피고 세무서장은 양도소득세 조사 결과 1세대 1주택 비과세 특례 적용례에 해당하지 아니한다고 판단하여 2025. 1. 14. 원고에게 과세표준 201,196,770원,세율 70%, 산출세액 140,837,739원, 과소신고 가산세 14,083,773원, 납부지연 가산세 38,444,476원을 납부기한 2025. 1. 31.까지로 하여 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 제1부과처분’이라 한다).

마. 한편 지방세법 제103조 제2항은 ‘양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 소득세법 제92조에 따라 계산한 소득세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 소득세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.’고 규정하고 있는바, 피고 CC구청장(이하 ‘피고 구청장’이라 한다)은 2025. 2. 3. 피고 세무서장이 산출한 양도소득세 과세표준과 동일한 금액을 과세표준으로 하여 원고에게 개인지방소득세(양도소득분) 19,268,230원(가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 제2 부과처분’이라 한다).

바. 원고는 2025. 3. 16. 조세심판원에 이 사건 제1 부과처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 2025. 6. 23. 이 사건 제1 부과처분에 대한 심판청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~4호증, 을가 제1~3호증, 을나 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 소의 적법성에 대한 직권 판단

가. 피고 세무서장에 대한 금원지급청구 부분의 소

원고가 이 사건 제1 부과처분에 따른 양도소득세를 납부하였다고 볼 근거가 없는 이상 납부한 세금에 대한 이자 상당의 경제적 이익 상실가능성이 현실화되었다고 볼 수 없고, 설령 이 사건 제1 부과처분 시 시행 중이던 개정 전 소득세법이 아니라 개정 후 소득세법이 소급적용되어야 한다고 가정하여 보더라도, 원고에게 지급 또는 반환하여야 할 지연손해금의 지급을 구하는 소는 그 피고 적격과 재판권이 달라 이 사건 행정소송의 대상으로는 부적법하다.

나. 피고 구청장에 대한 소

지방세법 제86조 제1항은 ’소득세법에 따른 소득세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다.‘고 규정하고, 같은 법 제87조 제1항 제3호는 개인지방소득에 양도소득이 포함되는 것으로 규정하고 있다. 또한 지방세법 제103조 제2항은 ’양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 소득세법 제92조에 따라 계산한 소득세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다.‘고 규정하고 있고, 지방세법 제103조의2 제1호는 ’양도소득에 대한 개인지방소득세는 제103조에 따른 과세표준에 제103조의3에 따른 세율을 적용하여 양도소득에 대한 개인지방소득세 산출세액을 계산한다.‘고 규정하고 있으며, 지방세법 제103조의9 제1항, 제97조 제3항은 ’납세지 관할 지방자치단체의 장은 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 소득세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다.‘고 규정하고 있다. 그리고 지방세법 제103조의59 제1항 제5호는 ’세무서장 또는 지방국세청장은 소득세법에 따라 소득세를 환급한 경우 대통령령으로 정하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 한다.‘고 규정하고, 같은 조 제3항에서는 ’지방자치단체의 장은 제1항 제5호의 통보를 받은 경우 해당 소득세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다.‘고 규정하고 있다.

위와 같은 지방소득세 관련 규정에 비추어 보면, 소득세법상 양도소득세 납세의무자는 양도소득에 대한 지방소득세를 납부할 의무가 발생하고, 양도소득에 대한 지방소득세의 과세표준은 양도소득세의 과세표준과 동일하므로, 관련 납세의무자로서는 세무서장을 상대로 한 항고소송에서 소득세 부과처분의 취소판결을 받으면 족하고 이와 별도로 지방소득세 소득세분 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기할 필요는 없다(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두205 판결 참조).

그렇다면 피고 세무서장을 상대로 이 사건 제1 부과처분(양도소득세)의 취소를 구하고 있는 원고로서는 피고 구청장을 상대로 이 사건 제2 부과처분[개인지방소득세(양도소득분)]의 취소를 별도로 구할 소의 이익이 있다고 보기 어려우므로, 원고의 피고구청장에 대한 소는 부적법하다.

3. 원고의 피고 세무서장에 대한 청구에 관한 판단

가. 원고의 주장 요지

1) 개정된 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정된 것) 제154조 제1항 제1호는 1세대가 양도일 현재 국내에 1개의 주택을 보유하고 있는 경우로서 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는 요건을 충족하는 주택의 범위에서 공공주택특별법에 따른 공공매입임대주택을 포함시키는 방향으로 개정되었다. 이는 위와 같이 개정되기 전의 구 소득세법 시행령이 원고와 같이 임대주택에 장기간 거주하다가 소유한 주택에 대해서까지 부당히 양도소득세가 과세하는 방향으로 해석된다면, 납세자의 재산권을 과도하게 침해하는 측면 내지는 임대주택의 종류에 따라 납세자를 필요 이상으로 달리 취급하는 측면이 있으므로 이러한 과세 범위를 조정해야 한다는 반성적 고려에 기한 것으로 봄이 타당하므로, 위 개정 시행령 조항은 그 시행 전에 발생한 이 사건 주택의 양도에 대해서도 적용이 가능하다고 보아야 한다

2) 피고는 국세청 상담관을 통하여 장기임대주택을 분양전환으로 보유했다가 매각한 사례에 대하여 수차례 1세대 1주택에 해당한다는 회신을 하여 왔는바, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용하여 비과세 특례 적용을 배제한 것은 위와 같이 피고가 표명해 온 공적 견해에 반하여 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 반하고, 소급과세에 해당한다.

나. 관련 법령 및 법리

1) 2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정된 소득세법 시행령에서 개정된 제154조 제1항 제1호(이하 ’이 사건 개정규정‘이라 한다)는 1세대가 양도일 현재 국내에 1개의 주택을 보유하고 있는 경우로서 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않는 요건을 충족하는 주택의 범위에서 공공주택 특별법에 따른 공공매입임대주택을 1세대 1주택의 양도에 따른 비과세 적용 대상으로 규정하고 있기는 하다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2007. 5. 10. 선고 2006두16182 판결 참조).

2) 세법상 가산세가 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재인 점을 고려할 때, 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 참조). 그러나 이러한 가산세에 있어서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결 참조). 그리고 위와 같은 정당한 사유의 존재에 관한 주장‧증명책임은 납세의무자에게 있다.

다. 판단

1) 이 사건 개정규정의 소급적용에 관한 부칙 규정은 따로 마련되어 있지 않다. 더구나 국가의 조세정책은 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 이 사건 개정규정이 입법의 부작위가 위법하다는 인식 하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는, 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법재량권 행사에 따라 이루어진 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 개정규정을 그 시행 전에 있었던 이 사건 주택 양도에 소급하여 적용할 수는 없고, 이 사건 개정 규정을 두지 않았던 것이 입법의 흠결에 해당한다고도 볼 수 없다. 따라서 개정 소득세법 시행령의 시행 전과 후에 결과적으로 차별이 발생하였더라도 그것이 조세평등원칙에 위반되는 것이라거나 이 사건 개정규정을 원고에게 소급하여 적용하여야 한다고 볼 수는 없다.

이 사건 개정규정은 2022. 2. 15. 소득세법 시행령 개정으로 해당 소득세법 부칙에 따라 2022. 2. 15.부터 시행되었는데, 공공임대주택의 공급 활성화와 공공건설임대주택과 공공매입임대주택 간 과세 형평성 제고를 그 개정이유로 하는 이 사건 개정규정은 부칙 제2조 제2항에 따라 2022. 2. 15. 이후 양도된 주택에 대하여 적용되는 것이다.

2) 원고가 국세청 상담관 및 공인중개사 등의 상담에만 기초하여 이 사건 양도에 그대로 적용할 수 없는 이 사건 개정규정을 소급적용하면 비과세라고 스스로 해석한 사정만으로는 이 사건 제1 부과처분이 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙에 반한다거나 가산세에 있어서 납세자의 정당한 사유로 볼 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 원고의 피고 세무서장에 대한 금원지급청구 부분 및 피고구청장에 대한 소는 부적법하여 각하하고, 원고의 피고 세무서장에 대한 나머지 주위적 청구와 예비적 청구는 이유 없어 전부 기각한다.