수 원 지 방 법 원

사 건 2024구합71337 종합부동산세 등 부과처분 취소청구

원 고 주식회사 AAA

피 고 BBBB세무서장

판 결 선 고 2026. 4. 30.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 11. 21. 원고에 대하여 한 2023년 귀속 종합부동산세 1,416,130,300원의 부과처분 및 농어촌특별세 283,226,060원의 부과처분을 각 취소한다. 1)

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고(변경 전 상호: 주식회사 CCCC)는 2003. 2. 7. 주택 신축 판매업, 일반 건설업, 건축 공사업 등을 영위할 목적으로 설립된 회사이다.

나. 원고는 주택단지를 건설하기 위하여 2017. 11. 28. 별지 1 부동산 목록 기재 OO시 OO동 외 46 필지 합계 339,932㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하였다.

다. 원고는 피고에게 2023년 귀속 종합부동산세를 신고하면서 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2025. 12. 23. 법률 제21223호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세제한특례법’이라 한다) 제104조의19 제1항(이하 ‘이 사건 특례 조항’이라 한다)의 ‘주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지’에 해당한다는 이유로 같은 조 제2항에 따라 종합부동산세 과세표준 합산배제신고를 하였다.

라. 원고는 2017. 6.부터 2022. 12. 16.까지 5회에 걸쳐 OO시장에게 구 ｢ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 ｣ (2024. 2. 6. 법률 제20234호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국토계획법’이라 한다) 제26조에 따라 도시․군관리계획의 입안을 제안(이하 ‘이 사건 각 입안 제안’이라 한다)하였고, OO시장은 원고에 대하여 국토계획법 시행령 제20조 제21) 갑 제2호증의 기재에 의하면, 피고가 원고에게 부과한 2023년 귀속 종합부동산세는 1,416,130,300원이고 농어촌특별세는 283,226,060원인 사실이 인정되므로, 소장 ‘청구취지’ 부분에 기재된 종합부동산세 1,416,130,305원, 농어촌특별세 283,226,061원은 오기로 보아 위와 같이 정정한다.

항에 따라 아래와 같은 사유로 이 사건 각 입안 제안을 수용할 수 없다고 통지하였다.

마. 피고는 종합부동산세 과세기준일인 2023. 6. 1.경 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위한 사업계획의 승인을 받지 못하였다고 보아, 2023. 11. 27. 원고에 대하여 구 조세특례제한법 제104조의19 제3항(이하 ‘이 사건 추징 조항’이라 한다)에 따라 2023년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 1,699,356,360원의 추징금을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 2. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 6. 26. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재 또는 영상, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

3. 원고 주장의 요지

주택건설사업자인 원고가 주택법에 따른 사업계획승인을 받기 위해 5차례에 걸쳐 OO시장에게 지구단위계획 수립을 위한 주민 제안서를 제출하였으나 OO시장은 OO시의 주택수요 안정화 등을 이유로 번번이 불승인 결정을 하였다.

원고는 위와 같이 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 사유로 취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획 승인을 받지 못한 것이므로 그와 같이 이행하지 못한 데에 정당한 사유가 존재한다고 보아야 한다. 따라서 피고가 이 사건 추징 조항에 근거하여한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 판단

가. 관련 법령 및 관련 법리

1) 이 사건 특례 조항 및 이 사건 추징 조항에 의하면, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보되, 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동

산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

이러한 규정들의 입법 취지는, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 분양가 상승을 유발할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면하여 주되, 그 취득일부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간인 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리 하지 않도록 하려는 것이다(대법원 2025. 7. 16. 선고 2023두50516 판결 참조).

2) 위와 같은 입법 취지를 고려하면, 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 ‘정당한 사유’로 인한 것일 때에는 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 1994. 9. 13. 선고 94누4141 판결,대법원 2016. 9. 8. 선고 2016두37867 판결 등 참조).

그리고 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유, 사업자가 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유, 감면 규정을 둔 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다.

3) 행정계획은 특정한 행정목표를 달성하기 위하여 행정에 관한 전문적․기술적 판단을 기초로 관련되는 행정수단을 종합․조정함으로써 장래의 일정한 시점에 일정한 질서를 실현하기 위하여 설정한 활동기준이나 그 설정행위를 말한다. 행정주체는 구체적인 행정계획을 입안․결정할 때 비교적 광범위한 형성의 자유를 가진다. 다만 행정주체의 위와 같은 형성의 자유가 무제한적이라고 할 수는 없고, 행정계획에서는 그에 관련되는 자들의 이익을 공익과 사익 사이에서는 물론이고 공익 사이에서나 사익 사이 에서도 정당하게 비교․교량하여야 한다는 제한이 있으므로, 행정주체가 행정계획을 입안․결정할 때 이익형량을 전혀 행하지 아니하거나 이익형량의 고려 대상에 마땅히 포함시켜야 할 사항을 누락한 경우 또는 이익형량을 하였으나 정당성과 객관성이 결여 된 경우에는 그 행정계획 결정은 이익형량에 하자가 있어 위법하게 될 수 있다. 이는 행정주체가 주민 등의 도시관리계획 입안제안을 받아들여 도시관리계획결정을 할 것인지 여부를 결정함에 있어서도 마찬가지이다(대법원 2010. 3. 25. 선고 2009두21499 판결, 대법원 2018. 10. 12. 선고 2015두50382 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거에 갑 제9 내지 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지 취득 후 5년의 유예기간 내에 사업계획의 승인을 받지 못한 데에 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 ‘정당한 사유’가 있다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 이 사건 추징 조항에 따라 이 사건 처분을 한 것이 위법하다고 볼 수 없다.

원고의 주장은 이유 없다.

1) 용도지역의 변경이나 도시개발사업에 관한 지구단위계획과 같은 도시․군관리 계획은 합리적인 토지 이용과 해당 지역의 체계적․계획적 관리라는 목적 하에 토지이용, 교통, 환경, 경관 등 종합적인 요소를 고려하여 정하는 일종의 행정계획에 해당하므로, 행정주체는 원칙적으로 구체적인 행정계획을 입안․결정함에 있어 비교적 광범위한 형성의 자유를 가진다. 따라서 OO시장은 원고의 이 사건 각 입안 제안에 별다른 문제가 없다고 하여 이를 반드시 수용해야 하는 것은 아니고 전문적․기술적 판단을 기초로 광범위한 형성과 재량의 자유를 가지고 이 사건 각 입안 제안에 대하여수용 여부를 판단할 수 있다.

2) 원고는 2021년 이 사건 각 입안 제안 중 제4차 입안 제안 불수용 처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하였으나, OOO도 행정심판위원회는 OO시장이 적극적으로 2021. 5. 14. ‘OO시 주택수요․공급 기본계획수립 연구 용역 최종보고회’를 개최하고 그 검토 결과를 처분에 반영한 점, 주민 제안의 불수용으로 인한 사익의 침해가 OO시 주택 시장의 불안정, 자연녹지지역의 연쇄개발 우려 등 공익적 요청보다 더 크다고 보기 어려운 점 등을 고려하여 2021. 8. 30. 원고의 심판청구를 기각하였다. 그 외 원고가 OO시장의 이 사건 각 입안 제안에 대한 불수용처분에 대해 행정소송을 제기하는 등 적극적으로 다투었다거나 OO시장의 불수용처분이 위법하다고 볼 만한 자료가 없다.

3) OO시장은 이 사건 처분 이후 원고가 추가로 신청한 주민 입안 제안에 대해 도시계획심의위원회를 개최하고 교통영향평가에 나아가는 등 구체적인 검토를 진행하고 있는 것으로 보인다. 다만, OO시장의 이러한 태도는 원고의 이 사건 각 입안 제안을 수용하지 않은 과거의 행동에 어떤 위법사항이 있어 이를 자진 시정하려는 것이라기보다, 이 사건 각 입안 제안의 불수용 처분 이후 사정변경을 인정할 가능성이 있는지를 고려하는 것으로 보일 뿐이며, 달리 원고가 정해진 기간 내에 사업계획 승인을 받지 못하게 된 데에 행정청의 귀책사유가 개입되었다고 볼 만한 자료가 없음은 앞서본 바와 같다.

4) 이 사건 특례 조항은 부동산 개발의 조기 진행을 유도하여 투기 목적의 부동산보유를 방지하고, 주택의 건설 과정에서 요구되는 서류의 작성 및 자료 구비, 관계 기관 협의, 각종 영향평가 등 복잡한 행정절차를 완료하는데 필요한 현실적인 시간을 고려하면서도 5년이라는 적절한 시간적 한계를 설정해두었다.

원고가 주택 건설사업의 추진을 위하여 노력을 기울인 사정은 확인되나, ① 이 사건 토지에 원고가 원하는 주택단지를 건설하기 위해서는 자연녹지를 주거지역으로 편입하고 제1종 일반주거지역을 제2종 일반주거지역으로 상향해야 하는 과정이 필요한데 이는 통상적으로 상당한 기간이 소요되는 점, ② 원고가 이 사건 토지를 매수한2017. 11. 28.로부터 약 8개월 전인 2017. 3. 16.에 이미 OO시 KK택지지구에 4개의 건설사가 총 3,487가구를 일반 공급할 예정이라는 언론 기사가 보도된 점, ③ 원고는 10년 이상 주택건축사업에 종사해 왔으므로 이 사건 토지를 매수하면서 인구 약 20만에 불과한 도시에 새로운 주택단지 건설 시 거쳐야 하는 행정절차와 소요 기간 등을예상하고 이를 고려하여 자금조달 계획을 수립하는 등 사업 타당성 및 수익성을 검토․분석하였을 것으로 보이는 점, ④ 원고가 이 사건 토지의 개발면적을 축소한 것외에 OO시장의 입안 제안 불수용 사유에 대하여 진지한 노력을 다하여 충분한 보완을 하였다고 볼 만한 객관적 자료가 부족한 점 등을 고려하면, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 것이 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 사유에 의한 것이었다고 보기 어렵다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지 2

관계 법령

■ 구 조세제한특례법(2025. 12. 23. 법률 제21223호로 개정되기 전의 것)

제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바 에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

■ 구 조세특례제한법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것)

제104조의18(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례)

① 법 제104조의19를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초로 신고한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

② 법 제104조의19 제3항에서 종합부동산세액이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 세액을 말한다.

1. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지로 보고 계산한 세액

2. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 토지로 보고 계산한 세액

■ 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2024. 2. 6. 법률 제20234호로 개정되기 전의 것)

제26조(도시ㆍ군관리계획 입안의 제안)

① 주민(이해관계자를 포함한다. 이하 같다)은 다음 각 호의 사항에 대하여 제24조에 따라 도시·군관리계획을 입안할 수 있는 자에게 도시·군관리계획의 입안을 제안할 수 있다. 이 경우 제안서에는 도시·군관리계획도서와 계획설명서를 첨부하여야 한다.

1. 기반시설의 설치·정비 또는 개량에 관한 사항

2. 지구단위계획구역의 지정 및 변경과 지구단위계획의 수립 및 변경에 관한 사항

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 용도지구의 지정 및 변경에 관한 사항

가. 개발진흥지구 중 공업기능 또는 유통물류기능 등을 집중적으로 개발·정비하기 위한 개발진흥지구로서 대통령령으로 정하는 개발진흥지구

나. 제37조에 따라 지정된 용도지구 중 해당 용도지구에 따른 건축물이나 그 밖의 시설의 용도·종류 및 규모 등의 제한을 지구단위계획으로 대체하기 위한 용도지구

4. 입지규제최소구역의 지정 및 변경과 입지규제최소구역계획의 수립 및 변경에 관한 사항

② 제1항에 따라 도시·군관리계획의 입안을 제안받은 자는 그 처리 결과를 제안자에게 알려야 한다.

③ 제1항에 따라 도시·군관리계획의 입안을 제안받은 자는 제안자와 협의하여 제안된 도시·군 관리계획의 입안 및 결정에 필요한 비용의 전부 또는 일부를 제안자에게 부담시킬 수 있다.

⑤ 제1항부터 제4항까지에 규정된 사항 외에 도시·군관리계획의 제안, 제안을 위한 토지소유자의 동의 비율, 제안서의 처리 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령

제20조(제안서의 처리절차)

① 법 제26조 제1항에 따라 도시ㆍ군관리계획입안의 제안을 받은 국토교통부장관, 시ㆍ도지사,시장 또는 군수는 제안일부터 45일 이내에 도시ㆍ군관리계획입안에의 반영여부를 제안자에게 통보하여야 한다. 다만, 부득이한 사정이 있는 경우에는 1회에 한하여 30일을 연장할 수 있다.

② 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 법 제26조 제1항의 규정에 의한 제안을 도시ㆍ군관리계획입안에 반영할 것인지 여부를 결정함에 있어서 필요한 경우에는 중앙도시계획위원회 또는 당해 지방자치단체에 설치된 지방도시계획위원회의 자문을 거칠 수 있다.

③ 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수는 법 제26조 제1항의 규정에 의한 제안을 도시ㆍ군관리계획입안에 반영하는 경우에는 제안서에 첨부된 도시ㆍ군관리계획도서와 계획설명서를 도시ㆍ군관리계획의 입안에 활용할 수 있다. 끝.