[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1994.8.4. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였는데 동 주택에 대하여 2017.5.2. 관리처분계획이 인가됨에 따라 2024.12.10. 조합원입주권 상태에서 이를 양도한 후 2024년 귀속 양도소득세 신고 시 장기보유특별공제를 적용하면서 「소득세법」 제95조 제2항의 표2에 따른 공제율(보유기간 공제율 40%, 거주기간 공제율 40%)을 적용하였다.

나. 처분청은 2025.5.22.〜2025.6.10. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점주택 취득 후 동 주택에 거주하지 아니한 사실을 확인하고 「소득세법」 제95조 제2항의 표1에 따른 일반 보유기간별 공제율(30%)로 장기보유특별공제액을 경정하여 2025.6.17. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.15. 이의신청을 거쳐 2026.1.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 청구인은 1994년 8월 임차인이 거주하고 있던 기간 중에 쟁점주택을 취득하였고, 배우자인 A이 당시 B㈜[현 C㈜]의 반도체 연구소 및 생산공정의 엔지니어로 근무하다가 1996년 7월 일본 OOO 소재 회사의 영업팀으로 근무처를 변경하면서 쟁점주택에 거주하지 못하게 되었는바, 청구인이 쟁점주택에 거주하지 못한 것은 배우자의 ‘근무지 이전’이라는 부득이한 사유가 있었기 때문이므로 장기보유특별공제액 산정 시 1세대 1주택에 대한 「소득세법」 제95조 제2항의 표2에 따른 장기보유특별공제율(80%)을 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인이 배우자의 해외 근무로 쟁점주택에 거주하지 못한 기간은 장기보유특별공제액 산정 시 거주기간 계산과 무관하다. 「소득세법」 제95조 제2항 및 같은 법 시행령 제159조의4에 따르면 장기보유특별공제율은 주택의 보유기간과 거주기간을 각각 고려하여 적용되는데, 여기서 ‘거주기간’이란 실제로 해당 주택에 거주한 기간을 의미한다. 또한, 2021년 이후 1세대 1주택 고가주택에 대한 장기보유특별공제는 보유기간 요건과 거주기간 요건을 합산하여 계산하도록 개정됨에 따라 이전과 달리 단순히 장기 보유한 것만으로는 80%의 공제율이 적용되지 아니하고 실제 거주한 기간을 포함하게 되었다. 즉, 부득이한 사유 유무와 관계없이 거주기간은 실제 거주한 기간을 의미한다. 따라서 1세대 1주택 비과세 판정 시 고려되는 근무상의 형편 등의 사유는 장기보유특별공제액 산정 시의 거주기간 계산과는 무관하다.

 (2) 한편, 청구인과 그 가족은 쟁점주택 보유기간 동안 쟁점주택을 주소지로 하여 주민등록이 되어 있지 아니하고 실제 거주에 대한 입증책임은 청구인에게 있음에도 청구인은 쟁점주택에 실제 거주하였음을 입증할 만한 어떠한 증빙서류도 제시하지 아니하여 청구인 가족이 공부상 기재와 달리 실제로 쟁점주택에 거주하였다고 보기도 어렵다. 따라서 청구인 배우자의 해외 근무 등의 사유로 쟁점주택에 실제 거주하지 아니한 기간을 거주기간에 산입하여 장기보유특별공제율(80%)을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 배우자의 근무상 형편 등 부득이한 사유로 쟁점주택에 거주하지 못한 경우 거주한 것으로 보아 장기보유특별공제 적용 시 「소득세법」 제95조 제2항의 표2에 따른 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 소득세법

  제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  제95조【양도소득금액과 장기보유특별공제액】① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

표1

표2

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 (2) 소득세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제3534호로 개정되기 전의 것)

  제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간건설임대주택이나 「공공주택 특별법」에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

 나. 「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

  제159조의4【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·155조의2·제156조의2·제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

  제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

 (3) 소득세법 시행규칙(2026.1.2. 기획재정부령 제1호로 개정되기 전의 것)

  제71조【1세대 1주택의 범위】③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제154조 제1항 제3호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)·군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍·면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 「지방자치법」 제7조 제2항에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍·면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)를 말한다.

1. 「초·중등교육법」에 따른 학교(초등학교 및 중학교를 제외한다) 및 「고등교육법」에 따른 학교에의 취학

2. 직장의 변경이나 전근 등 근무상의 형편

3. 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

4. 「학교폭력예방 및 대책에 관한 법률」에 따른 학교폭력으로 인한 전학(같은 법에 따른 학교폭력대책자치위원회가 피해학생에게 전학이 필요하다고 인정하는 경우에 한한다)

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인은 2024.12.10. 쟁점주택을 조합원입주권 상태에서 양도한 후 2024년 귀속 양도소득세를 신고하면서 장기보유특별공제(보유기간 공제율 40%, 거주기간 공제율 40%)를 적용하였으나, 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점주택에 거주하지 아니한 사실을 확인하고 「소득세법」 제95조 제2항의 표2에 따른 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율(80%)을 배제하고 표1에 따른 일반 보유기간별 공제율(30%)을 적용하여 아래 <표1>과 같이 이 건 양도소득세를 경정·고지하였다.

<표1> 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정 내역

○○○

 (2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 1994.8.4. 매매를 원인으로 쟁점주택을 취득하였다가 2017.7.12. 신탁을 원인으로 D 앞으로 그 소유권을 이전한 것으로 등재되어 있다.

  (나) 쟁점주택 관련 관리처분계획인가서에 따르면, 위 주택재건축정비사업조합은 2017.5.2. OOO구청장으로부터 「도시 및 주거환경정비법」 제49조 제2항의 규정에 의하여 관리처분계획을 인가받아 OOO 일대에 주택재건축사업 등을 시행한 것으로 나타난다.

  (다) 청구인이 제시한 조합원입주권 매매계약서에 따르면, 청구인은 쟁점주택에 대하여 2017.5.2. 관리처분계획이 인가됨에 따라 2024.12.10. 조합원입주권 상태에서 이를 OOO원에 매매한 것으로 나타난다.

  (라) 청구인의 주민등록초본에 의하면, 청구인 세대의 주민등록등본상 주소는 아래 <표2>와 같이 등재되어 있는바, 청구인 세대가 쟁점주택에 전입한 이력은 확인되지 아니한다.

<표2> 청구인 세대의 전입 이력

○○○

  (마) 청구인의 2010년 이후 출입국 내역에 따른 연도별 국내외 체류일수는 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구인의 체류일수

○○○

  (바) 청구인은 쟁점주택 보유기간 동안 그 배우자인 A의 근무상 형편으로 인하여 부득이하게 쟁점주택에서 거주하지 못하였다고 주장하며 배우자인 A의 해외근무증명서와 이력서를 제시하고 있는데, 동 자료에 따르면 A은 1996년 7월부터 현재까지 일본에 소재하는 회사에서 근무하고 있는 것으로 나타난다.

○○○

  (사) 그 밖에 「소득세법」 제95조는 2020.8.18. 보유주택에 거주하는 실수요자 중심으로 1세대 1주택자에 대한 장기보유특별제공제를 전환하기 위하여 법률 제17477호로 다음과 같이 개정되었다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 배우자의 근무상 형편 등 부득이한 사유로 쟁점주택에 거주하지 못한 경우 거주한 것으로 보아 장기보유특별공제 적용 시 「소득세법」 제95조 제2항의 표2에 따른 장기보유특별공제율(80%)을 적용하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세 요건이나 조세감면 요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되지 아니한다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163호 판결 참조).

 이 건의 경우 「소득세법 시행령」 제154조에 따르면 1세대 1주택 비과세 적용 대상은 취득 당시 조정대상지역에 있는 주택의 경우에 해당 주택의 보유기간이 2년 이상이고 보유기간 중 거주기간이 2년일 것을 요건으로 하되, 예외적으로 1년 이상 거주한 주택을 취학 및 근무형편 등 부득이한 사유로 거주기간을 충족하지 못하는 경우에도 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있도록 하였으나, 위 ‘부득이한 사유’로 인한 거주요건의 예외규정은 1세대 1주택 비과세 적용에 관한 것인 반면, 같은 법 시행령 제159조의4에서 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다고 규정하고 있을 뿐 이에 대한 예외를 규정하고 있지 아니하여 같은 법 제95조 제2항의 표2에 따른 장기보유특별공제율 적용은 당해 주택에서의 거주기간이 2년 이상인 1세대 1주택일 것을 전제로 하는데, 청구인 세대는 쟁점주택 보유기간 동안 쟁점주택에 거주한 사실이 없어서 장기보유특별공제액 산정 시 위 표2에 따른 장기보유특별공제율(보유기간+거주기간)을 적용할 수 없으므로, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.