주 문

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 1. 18.1) 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 253,085,470원(가산세포함) 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 세대는 아래와 같이 주택을 보유하고 있었다. 원고는 2018. 8. 30. 조정대상지역 내에 있는 아래 이 사건 쟁점주택을 16억 7천만 원에 양도하고, 2018. 10. 31. 피고에게 1세대 1주택 고가주택으로 보아 9억 원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 하고 일반세율을 적용하여 양도소득세 13,065,780원을 신고·납부하였다.

나. 피고는 2021. 1. 18. 원고에게, 원고가 1세대 3주택자이고 이 사건 쟁점주택은 조정대상지역에 소재하므로 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따라 중과세율을 적용하고, 같은 법 제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하여 2018년 귀속 양도소득세 253,085,470원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고의 신고내역과 피고의 경정내역은 다음과 같다(아래 표에서는 경정액이 253,006,885원인데, 피고는 답변서에서 경정액이 253,085,470원임을 인정하고 있다).

라. 원고는 2021. 2. 4. 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 4. 21. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 국세기본법 제18조 제3항 위반

국세청은 2012년부터 2018년까지 질의회신을 통하여 장기임대주택과 일시적으로 2주택을 소유하고 있는 경우에는 일시적 2주택 특례(소득세법 제155조 제1항)가 적용된다고 반복적이고 일관되게 회신하였고, 이러한 세법의 해석이나 비과세관행은 일반적으로 납세자들에게 받아들여졌으며, 원고도 이에 따라 양도소득세를 신고한 것이다. 그런데 국세청은 2019. 11. 1. 돌연 세법의 해석을 변경하여, 고가주택에 대하여 양도일 현재 3주택 이상인 경우 중과세율이 적용되고 장기보유특별공제가 적용되지 않는다는 사전법령해석을 생산하였고, 피고는 법령이 아닌 이러한 새로운 해석에 근거하여 이 사건 처분을 하였는데, 이는 소급해석에 의한 과세처분으로 국세기본법 제18조 제3항을 위반한 위법한 처분이다.

2) 대법원 판례(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결)는 장기임대주택을 포함하여 일시적 3주택의 경우 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다고 보고 있는데, 위와 같은 새로운 해석은 위 대법원 판례에도 어긋난다.

3) 가산세 부과처분의 위법성

납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 아니하는데(국세기본법 제48조 제1항), 이 사건은 다음과 같은 사정으로 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 경우로서 정당한 사유가 인정된다. 즉, ① 이 사건 쟁점주택 양도 당시까지 임대주택 사업자가 일시적으로 2주택이 된 경우, 1세대 1주택의 특례가 적용된다는 세법 해석(국세청 회신)이 존재하였고, 이 사건 쟁점주택 양도가 있은 후인 2019년에는 위 1세대 1주택의 특례가 적용되지 않는다고 과세관청이 의견을 변경하였으며, ② 2021. 2. 17. 소득세법 시행령이 개정되어 1세대 1주택 비과세 특례대상 주택이 대체주택 취득으로 일시적으로 3주택 이상이 된 경우 해당주택이 중과세율 적용대상에서 제외되었고, 이는 2017년 소득세법 개정 이전의 입장으로 다시 돌아온 것이며, ③ 1세대 3주택 이상의 경우 중과세하는 규정이 신설되어 시행된 후에도 여전히 일시적 2주택을 비과세 특례를 정한 소득세법 시행령 제155조 제1항(일시적 2주택 비과세) 및 제20항(임대사업자의 거주주택 비과세) 규정은 삭제되지 않고 존속하였고, ④ 납세자에게 과세관청보다 높은 수준의 세법해석을 기대하기는 어렵다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 56,900,324원(과소신고 19,610,658원 + 납부불성실 37,289,666원) 부과 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지와 같다(이하 구법의 법령 연혁은 이에 따르고 따로 표시하지 아니한다). 다. 판단

1) 1세대 3주택 이상에 해당하는지 여부

구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’의 경우 양도소득세율을 제55조 제1항에 따른 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 제95조 제2항 본문의 괄호 규정에서는 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 장기보유특별공제 대상에서도 제외하도록 규정하고 있다. 이 사건 쟁점주택은 9억 원을 초과하는 고가주택으로서 양도 당시 조정대상지역에 있고, 원고의 세대가 그 외에도 이 사건 대체주택과 3채의 임대주택을 소유하고 있었음은 앞서 본 바와 같다. 이들은 모두 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 정한 주택에 해당하지 아니하므로, 원고 세대의 소유주택 수를 계산함에 있어서는 이를 모두 포함하여야 한다. 따라서 원고는 1세대 3주택 이상인 경우로서 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 해당한다. 그리고 이 사건 쟁점주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 정한 주택에도 해당하지 아니하므로 중과세율 적용에서 제외되지 아니하고, 구 소득세법 제95조 제2항 괄호 부분에 따라 장기보유특별공제가 배제된다.

2) 국세기본법 제18조 제3항 위반 여부

국세기본법 제18조 제3항에서 정하는 ‘새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세 금지의 원칙’은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 것으로서, 위 법규정에서 말하는 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석이나 관행’의 존재에 대한 증명책임은 납세자에게 있고(대법원 2006. 6. 29. 선고 2005두2858 판결, 대법원 1992. 9. 8. 선고 91누13670 판결 등 참조), 어떠한 국세행정의 관행이 국세기본법 제18조 제3항의 적용대상이 되는 관행으로 성립된다고 하려면 그러한 관행에 따른 과세 또는 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 지속되어야 한다. 따라서 법원의 최종적인 판결이 있기 전까지는 어떠한 국세행정의 관행이 국세기본법 제18조 제3항의 적용대상이 되는 관행으로 성립되었는지가 명백히 밝혀졌다고 단정할 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011다103809 판결 참조). 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택자 또는 1세대 3주택자 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하도록 규정한 구 소득세법 규정은 2017. 12. 19. 소득세법이 개정되면서 신설

된 것으로 해당 소득세법 부칙에 따라 2018. 4. 1.부터 시행된 것인데, 위 조항의 신설 이유는 조정대상지역 내의 부동산 투기를 억제하기 위하여 2주택 이상 보유자가 조정대상지역 내의 주택을 양도하는 경우에 양도소득세를 중과하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세형평을 제고하기 위한 것으로서 2018. 4. 1. 이후에 양도된 주택에 대하여 적용된다.

원고가 주장하는 국세청의 질의회신 등은 위와 같이 개정된 소득세법이 적용되기 이전의 사안들로서 위 개정법이 적용되지 않는 것들이다. 나아가 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 주장하는 비과세관행이 있었다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 덧붙여, 이 사건 처분은 앞서 본 바와 같이 법령에 근거한 것이고, 법령에 없는 해석에만 기초한 것이 아니며, 이 사건 쟁점주택의 양도는 위 근거법령의 시행일 이후에 있었으므로 소급과세라 할 수 없다.

3) 대법원 판례 주장에 대하여

가) 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호의3은 ‘대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 대하여 60%의 중과세율을 적용하도록 규정하고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제167조의3 제1항은 “법 제104조 제1항 제2호의3의 규정에서 ‘대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다”라고 규정하면서 제2호 (가)목에서 ‘같은 시․군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대하는 등의 일정한 요건을 갖춘 임대주택’(이하 ‘장기임대주택’이라 한다)을, 제10호에서 ‘1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택’(이하 ‘일반주택’이라 한다)을 각 들고 있다. 구 소득세법 제104조 제1항 제2호의3, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 (가)목, 제10호 등은, 투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 원칙적으로 60%의 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하고 있다. 이러한 입법 취지와 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 일반주택(이하 ‘종전주택’이라 한다)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택(이하 ‘대체주택’이라 한다)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다.

나) 위 대법원 판례 사안은 장기임대주택을 포함하여 1세대 3주택자인 사람이 대체주택을 취득한 지 4개월만에 종전주택을 양도한 경우이다. 그와 달리 이 사건에서 대체주택의 취득일은 2016. 4. 14.이고 이 사건 쟁점주택(종전주택)의 양도일은 2018. 8. 30.로서 2년 4개월이나 지난 점을 감안하면, 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우라고 보기 어렵고, 이와 달리 볼 증거가 없다.

4) 가산세 부과 처분

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 참조). 그러나 세법 해석상 의심스러운 부분으로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

이 사건에서, ① 원고가 들고 있는 국세청 회신은 2017. 12. 19. 소득세법 개정으로 신설된 규정이 시행되기 이전의 사안들에 대한 것인 점, ② 원고 주장의 2021. 2. 17. 소득세법 시행령 개정은 이 사건 처분 이후에 있었던 것으로 이를 들어 세법 해석상 의의가 있었다고 추단할 수 없는 점, ③ 앞서 본 바와 같이 원고 세대는 3주택 이상을 소유하였으므로 구 소득세법 시행령 제155조 제1항(일시적 2주택자)이 적용되지 않고, 또한 원고 세대는 이 사건 쟁점주택을 양도할 당시 이 사건 임대주택들 외에도 대체주택도 소유하고 있었으므로, 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 ‘장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유하고 있는 경우’에도 해당하지 아니하는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 위 정당세액에 관한 양도소득세 신고·납부의무를 이행하지 않은 것은 단순한 법률의 부지나 오해로 인한 것으로서 가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.