주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 11. 21. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 종합부동산세 97,241,999원 및 농어촌특별세 19,448,399원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는「전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률」에 따라 2019. 11. 13. ○○도지사에게 등록한 전통사찰로서 별지1 목록 기재 25채 주택의 부지(이하 ‘이 사건 전체토지’라 한다)의 소유자이다. 이 사건 전체 토지 위에는 원고 소유의 주택 2채와 지역주민들 소유의 주택 23채가 위치하고 있다(이하 위 주택 23채의 부지를 ‘이 사건 부속토지’라 한다).

나. 피고는 원고 소유의 주택 외에 이 사건 부속토지 23필지 또한 원고에 대한 종합부동산세 주택분 과세대상으로 보고, 원고가 3주택 이상을 소유하고 있음을 이유로 「구 종합부동산세법」(2020. 8. 18. 법률 제17478호로 개정되고, 2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항 제2호에 따른 중과세율 6%를 적용하여 2021. 11. 21. 원고에게 2021년 귀속 종합부동산세 233,314,549원 및 농어촌특별세 46,662,909원을 부과하였다.

다. 원고는 적용 세율 등에 대하여 이의를 신청하였고 피고는 이를 받아들여「구 종합부동산세법 시행령」(2021. 2. 17. 대통령령 제31447호로 개정되고, 2022. 9. 23. 대통령령 제32918호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의3 제1항 제2호,「상속세 및 증여세법」제16조 제1항이 정한 공익법인 등 일반세율 특례에 따라 중과세율을 6%에서 구 종합부동산세법 제9조 제1항 제2호에서 정한 3.6%로 조정하여 2021. 12. 2. 종합부동산세를 97,241,999원으로, 농어촌특별세를 19,448,399원으로 감액하였다(이하 감액하고 남은 부분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다). 라. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2022. 2. 25. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 6. 27. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지2 기재와 같다. 3. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 이 사건 부속토지를 형식적으로 소유하고 있을 뿐 이에 대해 실질적인 재산권을 행사하지 못하고 있고, 오히려 주택의 소유자인 지역주민들이 이 사건 부속토지를 사실상 지배, 사용, 수익하고 있다. 따라서 이 사건 부속토지는 원고에 대한 주택분 종합부동산세 과세대상에 해당하지 않는다. 설령 이 사건 부속토지가 주택분 종합부동산세 과세대상에 해당된다고 보더라도, 주택의 부속토지를 주택 수에 포함시켜 중과세율을 적용하는 것은 위법하다. 한편, 향교나 향교재단이 소유한 타인소유 주택의 부속토지는 주택분 종합부동산세 과세대상에서 제외된다. 그런데 원고와 같은 전통사찰과 향교 등은 그 역사적 배경이나 연혁, 사회적 기능 및 기여 등에서 차이가 없는바, 그럼에도 원고에게만 종합부동산세 납세의무를 부담시키는 것은 조세평등의 원칙에 위배되고 원고의 재산권을 침해하는 것이다.

나. 판단

1) 주택분 종합부동산세의 과세대상 및 타인 소유 주택의 부속토지만 소유한 경우 주택 수 산정방법

과세기준일 현재 ‘주택분 재산세’의 납세의무자는 주택분 종합부동산세를 납부할 의무가 있고(구 종합부동산세법 제7조 제1항, 제8조 제1항), 종합부동산세의 과세대상이 되는 ‘주택’은 ‘세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지‘를 말하는 것으로서(구 종합부동산세법 제2조 제3호 본문, 지방세법 제104조 제3호, 주택법 제2조 제1호), 위 ‘주택’의 건물과 부속토지는 일반적인 토지 및 건축물에 대한 재산세와 구분되는 별도의 재산세인 ‘주택분 재산세’의 과세대상이 되며(구 종합부동산세법 제2조 제5호, 지방세법 제105조, 제107조), 주택분 재산세의 과세대상인 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우에는 그 주택에 대한 산출세액을 건축물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분 계산한 부분에 대하여 각자 납세의무를 부담하도록 되어 있어서(지방세법 제107조 제1항 단서 제2호), 결국 주택의 부속토지만을 보유한 소유자도 주택분 재산세의 납세의무가 있는 것으로 규정되어 있다. 위와 같은 법령 규정의 내용을 종합해 보면, 주택분 재산세의 과세대상인 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우에는 건물 소유자와 부속토지 소유자는 각기 주택분 재산세를 안분하여 납세할 의무를 부담하므로 결국 부속토지 소유자도 주택분 재산세의 과세대상인 ‘주택’을 소유하고 있는 것으로 보아야 한다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두23910 판결 등 참조). 한편 구 종합부동산세법 제8조 제4항이 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준을 정함에 있어 1주택(주택의 부속토지만을 소유한 경우를 제외한다)과 다른 주택의 부속토지(주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우의 그 부속토지를 말한다)를 함께 소유하고 있는 경우에는 1세대 1주택자로 본다고 규정한 것 역시 주택의 부속토지만을 소유한 경우도 원칙적으로 주택을 소유한 경우에 해당한다는 전제 아래 1세대의 세대원들이 1주택과 함께 다른 주택의 부속토지만을 1개 소유하고 있는 경우에는 예외적으로 그 다른 주택의 부속토지를 주택으로 보지 않음으로써 그 1주택의 소유자를 1세대 1주택자의 범위에 포함한다는 취지이다(위 대법원 2010두23910 판결 등 참조). 2) 보유 주택 수에 따른 종합부동산세의 중과세율 종합부동산세법이 2018. 12. 31. 법률 제16109호로 개정됨에 따라 종전 주택에 대한 종합부동산세는 소유 주택 수에 따른 세율의 차등 없이 과세표준 구간별로 적용하던 것을 제9조 제1항에서 납세의무자가 소유한 주택 수에 따라 세율을 달리 적용하도록 하였고, 2020. 8. 18. 법률 제17478호로 개정되면서 제9조 제2항에서 납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체인 경우 원칙적으로 단일세율(조정대상지역 외 2주택 이하를 소유한 경우: 1천분의 30, 3주택 이상을 소유하거나 조정대상지역 내 2주택을 소유한 경우: 1천분의 60)을 적용하되, 대통령령이 정하는 일부 공익법인 등에 대하여는 제9조 제1항의 적용을 받도록 규정하였다.

3) 구체적 판단

가) 주택의 부속토지만을 소유한 경우에도 주택분 종합부동산세 납세의무자인지 위 관련 법령 및 법리에 의하면, 타인 소유 주택의 부속토지만을 소유한 경우에도 주택분 재산세 및 종합부동산세 납세의무를 부담하는바, 원고는 이 사건 각 부속토지에 대하여도 구 종합부동산세법 제7조에서 정한 주택분 종합부동산세 납세의무자에 해당한다. 주택의 부속토지에 대한 주택분 종합부동산세는 그 실질이 부속토지에 대한

보유세이므로 원고가 이 사건 부속토지에 대하여 재산권을 행사하는 데 제한을 받고 있다는 사정만으로 위와 같은 판단을 달리할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

나) 주택의 부속토지를 주택 수에 포함시켜 과세율을 산정할 수 있는지 주택의 부속토지의 경우 주택의 건물과 불가분의 관계에 있어 이를 일반적인 토지에 대한 재산세와 구분되는 별도의 재산세인 ‘주택분 재산세’의 과세대상으로 하고 있는점, 앞서 본 바와 같이 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우 각 소유자가 그 주택에 대한 산출세액을 건물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분하여 주택분 재산세를 납부하게 되므로, 여러 개의 주택 부속 토지를 소유하고 있을 경우 결국 개별주택 건물의 수에 따라 재산세를 부담할 수밖에 없게 되는 점 등을 고려하면, 구 종합부동산세법 제9조 제1항, 제2항의 중과세율의 적용 여부를 가리는 ‘주택의 수’는 ‘주택건물의 수’에 따라 계산함이 타당하다. 이러한 전제에서 살펴보면, 원고는 본인 소유 주택 및 타인 소유 주택 23채의 부속토지의 소유자이므로 구 종합부동산세 제9조 제1항, 제2항이 정한 ‘3주택 이상을 소유한 경우’에 해당하여 위 각 조항에서 정한 중과세율의 적용 대상이 된다. 피고는 원고가 3주택 이상을 소유한 법인으로 보는 단체이기는 하나, 구 종합부동산세법 시행령 제4조의3 제1항 제2호, 상속세 및 증여세법 제16조 제1항에 따른 공익법인임을 이유로 구 종합부동산세법 제9조 제1항 제2호에 따른 중과세율 3.6%를 적용하여 이 사건 부과처분을 하였는바, 이는 위와 같은 관련 규정에 따른 것으로서 적법하다. 원고의 이부분 주장도 받아들이지 않는다.

다) 조세평등원칙 위배 및 재산권 침해 여부

구 종합부동산세법 제8조 제1항은 주택분 종합부동산세의 과세표준을 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액을 기준으로 산정하도록 규정하되, 제8조 제2항 제2호에서 ‘사원용 주택, 가정어린이집용 주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택’은 과세표준 합산대상에서 제외하고 있다. 이 사건에 적용되는 구 부동산세법 시행령(2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항은 각호에서 합산배제대상인 주택의 범위를 구체화하고 있는데, 여기에는 ‘향교나 향교재단이 소유한 주택의 부속토지(주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우의 그 부속토지를 말한다)’가 포함된다(위 시행령 제4조 제1항 제13호). 원고는, 위 시행령 조항은 향교 및 향교재단에 대하여는 조세혜택을 부여하면서도 역사적 배경이나 기능 등이 유사한 원고와 같은 전통사찰은 합리적 이유 없이 감면대상에서 배제하는 것으로서 조세평등주의에 위배되고 원고의 재산권을 침해한다고 주장한다. 그러나 위 시행령 조항은 납세의무자에 대하여 일종의 조세혜택을 부여하는 것이어서 조세감면대상의 범위 등 구체적인 내용의 형성에 관하여는 보다 광범위한 입법재량이 인정되므로 그 내용이 명백히 불합리하거나 불공정하지 않는 한 입법부의 정책적인 판단은 존중되어야 하는바(헌법재판소 2011. 6. 30. 선고 2009헌바199 결정 등 참조), 전통사찰과 향교 등은 담세능력에 있어 차이가 크고 그 기능과 역할 등이 동일하다고 볼 수 없으므로 향교 등에게만 조세혜택을 부여한 것이 자의적이거나 합리성이 결여되었다고 보이지 않는다. 한편, 2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 종합부동산세법 시행령이 개정되면서 전통사찰의 경우에도 일정한 요건 하에 타인 소유 주택의 부속토지에 대하여 주택분 종합부동산세를 면제받을 수 있는 규정3)이 신설되었다.4) 그러나 입법자에게 조세감면대상의 범위 설정에 대한 광범위한 입법재량이 있는 이상, 조세감면대상의 단계적 확대 과정에서 과세 여부의 차이가 발생하였다는 사정만으로 종전 시행령 조항이 조세평등의 원칙에 위배된다고 보기는 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

4) 소결론

원고의 주장은 모두 이유 없다. 이 사건 부과처분은 적법하다.

4. 결론

이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.