1. 사실관계

○ 질의법인은 **시 ** 2-1지구 도시개발사업(이하 ‘본건 사업’)의 사업시행자로 지정되어

 - ’18.11월, 관리형토지신탁계약을 체결(위탁자 겸 수익자: 질의법인, 수탁자: ○○자산신탁, 시공사 겸 우선수익자: **개발)하고 신탁방식으로 본건 사업을 시행함

- 개발계획에 따르면, 도시개발구역 내 공동주택용지 20% 이상의 임대주택을 확보할 의무가 있으며, 이에 따라 *,***세대의 집합건물 중 **세대의 임대주택(이하 ‘본건 임대주택’)이 건설됨

○ ○○자산신탁은 ’19.3월, 본건 임대주택을 민간건설임대주택 중 단기민간임대주택으로 등록하고, ’21.12월, 수탁자로서 본건 임대주택에 대한 소유권 보존등기를 완료하였고

 - ’22.4월, 질의법인과 ○○자산신탁은 신탁재산귀속증서를 체결하여 신탁계약을 해지하고, 본건 임대주택의 소유권 이전 및 임대사업자의 지위를 포괄 양수도 함

○ 질의법인은 ’23.2월, 담보신탁계약을 체결하여 본건 임대주택의 소유권 및 임대사업자의 지위를 ○○자산신탁에 포괄양도 하였다가

 - ’24.9월, 담보신탁계약 종료로 본건 임대주택 소유권 및 임대사업자 지위를 다시 포괄 양수하였고

 - ’25.11월, 임대의무기간 만료로 본건 임대주택을 분양 전환함

○ 질의법인이 본건 임대주택의 분양(양도) 시 발생하는 양도소득에 대해 ｢법인세법｣ 제55조의2제4항제3호 및 같은 법 시행령 제92조의2제4항제4호가 적용 가능할 경우

 - 해당 양도소득에 대해서는 “토지등 양도소득에 대한 과세특례” 적용이 제외됨 ⤑ 추가과세 제외

2. 질의내용

○ 본건 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득이 “토지등 양도소득에 대한 과세특례” 대상에서 제외되는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. <개정 2014.1.1, 2014.12.23, 2020.8.18>

 2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

 1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득

 2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득

 3. 「도시 및 주거환경정비법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

○ 법인세법 시행령 제92조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

④ 법 제55조의2제4항제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.

 1. 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는 「소득세법 시행령」제152조의 규정에 의한 것으로 한다.

 1의2. 「소득세법 시행령」제152조제3항에 따른 교환으로 발생하는 소득

 2. 적격분할ㆍ적격합병ㆍ적격물적분할ㆍ적격현물출자ㆍ조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득

 3. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사가 같은 법에 따른 개발사업으로 조성한 토지중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득

 4. 주택을 신축하여 판매(「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 「공공주택 특별법」제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 다음 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득

  가. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및 「주택건설기준 등에 관한 규정」제2조제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다)

  나. 건물이 정착된 면적에 5배(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적

 5. 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제7호에 따른 임대사업자로서 장기일반민간임대주택등을 300호 또는 300세대 이상 취득하였거나 취득하려는 자에게 토지를 양도하여 발생하는 소득

 6. 「공공주택 특별법」제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 호에서 "공공매입임대주택"이라 한다)을 건설할 자(같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다)에게 2027년 12월 31일까지 주택 건설을 위한 토지를 양도하여 발생하는 소득

 7. 그 밖에 공공목적을 위한 양도 등 재정경제부령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득

○ 법인세법 제5조【신탁소득】

① 신탁재산에 귀속되는 소득에 대해서는 그 신탁의 이익을 받을 수익자가 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 이 법을 적용한다. <개정 2020.12.22>

<舊 민간임대주택법>

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】(2020.08.18., 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

 2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

  가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

  나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

 3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

 4. "공공지원민간임대주택"이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다.

    (중략)

 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

 6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

 7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

○민간임대주택에 관한 특별법 제43조 【임대의무기간 및 양도 등】(2020.08.18., 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)

① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

③ 제2항은 임대사업자가 임대의무기간이 지난 후 민간임대주택을 양도하는 경우에도 준용한다. 다만, 양수하는 자가 임대사업자로 등록하지 아니하는 경우에는 제2항 후단을 적용하지 아니한다.

④ 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 중에도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 허가를 받아 임대사업자가 아닌 자에게 민간임대주택을 양도할 수 있다. <개정 2018.1.16>

 1. 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우

 2. 공공지원임대주택을 20년 이상 임대하기 위한 경우로서 필요한 운영비용 등을 마련하기 위하여 제21조의2제1항제3호에 따라 20년 이상 공급하기로 한 주택 중 일부를 8년 임대 이후 매각하는 경우

○ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제34조 【민간임대주택의 임대의무기간 등】(2020.12.8. 대통령령 제31242호로 개정되기 전의 것)

① 법 제43조제1항에서 "임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점"이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다.

 1. 민간건설임대주택: 입주지정기간 개시일. 이 경우 입주지정기간을 정하지 아니한 경우에는 법 제5조에 따른 임대사업자 등록 이후 최초로 체결된 임대차계약서상의 실제 임대개시일을 말한다.

 2. 민간매입임대주택: 임대사업자 등록일. 다만, 임대사업자 등록 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다.

 3. 법 제5조제3항 본문에 따라 장기일반민간임대주택을 공공지원민간임대주택으로 변경신고한 경우: 변경신고의 수리일(같은 조 제5항의 경우에는 신고를 수리한 것으로 보는 날을 말한다). 다만, 변경신고 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】(2020.08.18., 법률17482호로 개정된 것)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 6. 삭제 <2020.8.18>

○민간임대주택에 관한 특별법 부칙 [2020.8.18., 법률 제17482호]

 제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.