1. 피고 *세무서장이 원고에 대하여 한 별지1 법인세 부과처분 내역 중 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 법인세 부과처분 중 ‘*위험준비금 정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 피고 *세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 피고 *세무서장 사이에 생긴 부분의 15%는 원고가, 나머지는 피고 *세무서장이 각 부담한다.

1. 피고 *세무서장이 원고에 대하여 한 별지1 법인세 부과처분 내역 중 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 법인세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1990. 4. 7. ○○산업진흥법(이하 ‘○○산업법’이라 한다) 제34조에 따라 산업통상부장관의 인가를 받아 설립된 공제조합이다. 원고는 조합원인 ○○사업자의 활동에 필요한 보증ㆍ공제ㆍ융자 등의 사업을 영위하고 있다.

나. 원고는 2017 내지 2021 사업연도에 법정적립금 및 *위험준비금 명목으로 아래의 금원을 각각 적립하였다(이하 ‘이 사건 법정적립금’, ‘이 사건 *위험준비금’이라 한다).

(표 생략)

다. 원고는 이 사건 법정적립금 및 *위험준비금 전액이 ‘은행법 등 개별 법령이 정하는 바에 따라 공제조합이 해당 사업연도에 대손충당금 또는 대손준비금 등으로 의무적으로 적립하는 금액’인 의무적립금에 해당한다고 보고, 미환류소득 법인세 산정시 과세대상 소득에서 제외하여, 그 결과 미환류소득이 별도로 산출되지 않았다는 이유로 2017 내지 2021 사업연도 기간 중 미환류소득에 대한 법인세를 신고·납부하지 않았다.

라. 1) 서울지방국세청장은 2022. 9. 16.부터 같은 해 11. 21.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 법정적립금과 *위험준비금이 의무적립금에 해당하지 않는다는 세무조사 결과를 통지하였다(이하 ‘이 사건 세무조사 결과’라 한다).

2) 위 세무조사 결과에 따라 피고 *세무서장은 이 사건 법정적립금의 10%만 의무적립금에 해당한다고 보고 미환류소득에 대한 법인세를 산정한 후 원고에게 2023. *. *. 2017 사업연도 법인세(가산세 포함)를, 같은 해 7. 2018 내지 2021 사업연도 법인세(가산세 포함)를 각 부과·고지하였다.

3) 이 사건 세무조사 결과에 따라 원고에게, ① 피고 강남구청장은 2023. 5. *원(가산세 포함)의, ② 피고 광주 서구청장은 2023. 5. *원(가산세 포함)의, ③ 피고 부산 동구청장은 2023. 5. *원(가산세 포함)의 법인지방소득세를 각 부과하였다. 이후 피고 *세무서장이 피고 구청장들에게 이 사건 법정적립금의 10%를 의무적립금으로 인정해 일부 직권 감액한 사실을 통보하자, 피고 구청장들은 별지2 지방세 부과처분 내역 중 ‘직권경정 감액세액’란 기재 각 금원을 직권으로 감액하였다.

마. 1) 원고는 피고 *세무서장의 2018 내지 2021 사업연도 법인세 부과처분에 불복하여 2023. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 피고 *세무서장은 심판 계속 중인 2024. 8. 이 사건 법정적립금과 관련하여 부과된 법인세의 가산세를 직권 취소하여, 원고에게 별지1 법인세 부과처분 내역 중 ‘환급세액’란 기재 각 금원을 환급하였고, 조세심판원은 같은 해 11. 원고의 청구를 모두 기각하였다(조심 2023서10127).

2) 원고는 피고 구청장들의 각 2017 사업연도 법인지방소득세 부과처분에 불복하여 2023. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 조세심판원은 2024. 10. 이 사건 법정적립금과 관련하여 부과된 법인지방소득세의 가산세를 취소하는 일부 인용결정을 하였다[조심 2023방4071~4073(병합)]. 이에 피고 강남구청장은 2024. 11. 피고 광주광역시 서구청장 및 피고 부산광역시 동구청장은 2024. 12.에 별지2 지방세 부과처분 내역 중 ‘심판청구 환급세액’란 기재 각 금원을 환급하였다.

3) 위와 같은 직권 감액 및 환급을 거쳐 원고에 대한 2017 내지 2021 사업연도 법인세 및 2017 사업연도 법인지방소득세 부과처분은, ① 이 사건 법정적립금과 관련한 2017 내지 2021 사업연도 법인세 본세, ② 이 사건 *위험준비금과 관련한 2017 내지 2021 사업연도 법인세 본세 및 가산세, ③ 2017 사업연도 귀속 법인지방소득세 본세 부분만 남게 되었다.

4) 원고는 이 사건에서 ① 이 사건 법정적립금과 관련한 2018 내지 2021 사업연도 법인세 본세 및 ② 이 사건 *위험준비금과 관련한 2018 내지 2021 사업연도 법인세 본세 및 가산세, ③ 2017 사업연도 귀속 법인지방소득세 본세 부분의 각 취소를 구한다. 원고가 취소를 구하는 2018 내지 2021 사업연도 법인세 및 2017 사업연도 법인지방소득세의 구체적인 금액은 별지1 법인세 부과처분 내역 및 별지2 지방세 부과처분내역 중 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 금액과 같다(이하 원고가 취소를 구하는 2018 내지 2021 사업연도 법인세부과처분을 통틀어 ‘이 사건 법인세 부과처분’, 2017 사업연도 법인지방소득세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 법인지방소득세 부과처분‘이라 한다).¹⁾

2. 본안전 항변에 대한 판단

가. 본안전 항변 요지

피고 강남구청장과 광주 서구청장은, 지방세법 규정상 법인지방소득세의 과세표준은 법인세의 과세표준과 동일한 금액이고, 위 피고들은 납세지 관할 세무서장인 피고 *세무서장이 결정한 법인세 과세표준을 근거로 법인세의 100분의 10에 해당하는 금액을 법인지방소득세로 징수한 것뿐이므로, 원고는 피고 *세무서장을 상대로 법인세(원천세) 부과처분의 취소를 구하면 족하고, 별도로 위 피고들을 상대로 법인지방소득세 부과처분의 취소를 구할 소의 이익이 없어, 이 사건 소 중 피고 강남구청장과 광주 서구청장에 대한 소는 부적법하여 각하되어야 한다고 주장한다.

나. 판단

원고가 피고 *세무서장을 상대로 미환류소득 관련 2017 사업연도 법인세 부과처분 취소소송을 제기하여 이 법원에 계속 중인 사실은 앞서 본 바와 같다(2024구합84790호). 이에 더하여 아래와 같은 이 사건 법인지방소득세 부과처분에 적용되는 지방세법의 규정 내용 등에 비추어 보면, 원고는 피고 *세무서장을 상대로 2017 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 것과 별도로 피고 구청장들을 상대로 2017 사업연도 법인지방소득세 부과처분의 취소를 구할 소의 이익이 없다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 피고 구청장들에 대한 소는 부적법하여, 이를 지적하는 피고 강남구청장, 광주 서구청장의 본안전 항변은 이유 있다(피고 부산 동구청장은 본안전 항변을 하지 않고 청구기각만을 구하고 있지만 위 본안전 항변은 피고 부산 동구청장에도 동일하게 적용되므로 이 부분 소의 적법 여부를 직권으로 판단한다).

1) 구 지방세법(2017. 12. 30. 법률 제15335호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제86조 제1항은 ‘법인세법에 따른 법인세 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다’고 규정하고, 제103조의19는 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다’고 하여 법인세를 기준으로 법인지방소득세의 과세표준을 정하는 것을 원칙으로 하고 있다. 또한 제103조의31 제5항은 ‘법인세법 제56조에 따라 내국법인(연결법인을 포함한다)이 미환류소득에 대한 법인세를 납부하는 경우에는 그 납부하는 세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 제103조의19에 따른 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인지방소득세액에 추가하여 납부하여야 한다’고 정하고 있다.

2) 구 지방세법 제103조의59 제2항 제5호, 제3항에 따르면, 세무서장 등은 국세기본법 또는 법인세법에 따라 법인세를 환급한 경우 환급한 날이 속하는 달의 다음달 15일까지 대통령령으로 정하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 하고, 지방자치단체의 장이 위 통보를 받은 경우 해당 법인세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다.

따라서 법인세 부과처분과 법인지방소득세 부과처분의 과세표준이 동일하게 결정되었는데, 과세표준의 위법만을 주장하는 경우에는 법인세 부과처분의 취소와 별도로 법인지방소득세 부과처분의 취소를 구할 실익이 없다.

3) 원고는 이 사건 법인세 부과처분이 위법하여 이 사건 법인지방소득세 부과처분도 위법하다고 주장하고 있을 뿐이고, 달리 이 사건 법인세 부과처분의 취소와 별도로 이 사건 법인지방소득세 부과처분의 취소를 구할 특별한 사정이 있다고 보이지도 않는다.

4) 이에 대하여 원고는, 원고가 이 사건 법인지방소득세 부과처분에 대하여 취소를 구하지 않을 경우 위 처분은 조세심판원의 일부 인용결정에 따라 확정되므로 이를 다툴 소의 이익이 있다고 주장한다. 그러나 행정소송법 제30조 제1항은 ‘처분 등을 취소하는 확정판결은 그 사건에 관하여 당사자인 행정청과 그 밖의 관계행정청을 기속한다’고 규정하고 있어 법인지방소득세 과세관청은 법인세 부과처분 취소판결이 확정되는 경우 그 취지에 따라 법인지방소득세액을 다시 계산하여 환급해야 하므로, 원고가 2017 사업연도 법인세 부과처분과 동일하게 결정된 과세표준의 위법만을 주장하기 위하여 위 법인세 부과처분의 취소와 별도로 2017 사업연도 법인지방소득세 부과처분의 취소를 구할 실익이 없다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

3. 관계 법령

별지3 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 법인세 부과처분의 위법 여부

가. 원고 주장 요지

1) 이 사건 법정적립금에 대한 과세처분의 위법

피고 *세무서장은 이 사건 법정적립금 전부가 원고 정관 제65조 제1항에 따른 이익준비금(이하 ‘이 사건 이익준비금’이라 한다)에 해당한다고 보고 위 법정적립금의 10%만 의무적립금에 해당한다는 전제 하에 원고에게 미환류소득 법인세를 부과하였다. 그러나 이 사건 법정적립금에는 이 사건 이익준비금 외에도 ○○산업법 제35조 및 원고 공제규정 제12조에서 적립을 강제하는 책임준비금(이하 ‘이 사건 책임준비금’이라 한다)이 포함되어 있는데 위 책임준비금을 의무적립금으로 보아야 하므로, 미환류소득 법인세 산정시 과세대상 소득에서 제외되어야 한다. 또한, 원고가 영위하는 공제사업은 보험업과 실질이 동일한데, 보험업이나 다른 공제사업의 경우 책임준비금이 법인세법 등에서 손금으로 인정되어 미환류세제에 따른 법인세 과세가 이루어지지 않고 있으므로 과세 형평 및 재산권 침해금지 법리상 원고가 적립한 이 사건 책임준비금도 의무적립금에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

2) 이 사건 *위험준비금에 대한 과세처분의 위법

원고가 영위하는 공제사업은 보험업과 실질이 동일한데, 보험업이나 다른 공제사업의 경우 *위험준비금은 법인세법 등에서 손금으로 인정되어 미환류세제에 따른 법인세 과세가 이루어지지 않고 있으므로, 과세 형평 및 재산권 침해금지 법리상 원고가 적립한 이 사건 *위험준비금도 의무적립금에 해당한다고 보아야 한다.

나. 미환류소득에 대한 법인세 과세특례 제도와 의무적립금

1) 미환류소득에 대한 법인세 과세특례 제도는 기업의 소득을 투자ㆍ배당재원 등으로 활용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간 선순환 효과를 발생시키기 위한 목적으로 법인세법이 개정됨에 따라 2015. 1. 1.부터 도입되었다[구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정된 것)].

2) 미환류소득에 대한 법인세 과세특례 제도는 2018. 1. 1.부터 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정된 것) 상 ‘투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례 제도’로 시행되다가, 2022. 12. 31. 조세특례제한법이 개정되면서 2023. 1. 1.부터는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인에만 위 과세특례 제도가 적용되고 나머지 기업들에 대하여는 위 과세특례제도가 적용되지 않게 되었다.

3) 미환류소득에 대한 법인세 과세특례 제도 하에서도 기업 특히 금융회사나 공제조합의 재정 건전성 확보를 위하여 일정한 금액을 사내에 유보할 필요가 있다는 점을 고려하여, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제93조 제4항 제2호 다목, 구 법인세법 시행규칙(2018. 3. 21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행규칙’이라 한다) 제46조의3 제2항 제2호, 구 조세특례제한법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28636호로 개정되어 2023. 2. 28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것, ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제100조의32 제4항 제2호 다목, 구 조세특례제한법 시행규칙(2018. 3. 21. 기획재정부령 제669호로 개정되어 2022. 3. 18. 기획재정부령 제904호로 개정되기 전의 것, 이하‘ 구 조세특례제한법 시행규칙’이라 한다) 제45조의9 제2항 제2호는 ‘은행법 등 개별 법령이 정하는 바에 따라 금융회사 또는 공제조합이 해당 사업연도에 대손충당금 또는 대손준비금 등으로 의무적으로 적립하는 금액(이하 ’의무적립금‘이라 한다)’에 대하여는 미환류소득 법인세 산정시 과세대상 소득에서 제외하도록 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 의무적립금 규정’이라 한다).

다. 이 사건 법정적립금에 대한 과세처분의 위법 여부에 대한 판단

앞서 본 미환류소득에 대한 법인세 과세특례 제도 및 이 사건 의무적립금 규정에, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 더하여 보면, 이 사건 책임준비금은 이 사건 의무적립금 규정에서 정한 의무적립금에 해당한다고 봄이 타당하다. 그렇다면, 이 사건 법정적립금에는 이 사건 책임준비금이 포함되어 있으므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다(이 부분 원고 주장을 받아들이는 이상 나머지 주장에 대하여는 나아가 살피지 아니한다. 한편, 피고 *세무서장은 이 사건에서 원고가 이 사건 이익준비금의 10% 상당액을 추가로 차감하여 달라는 청구를 하고 있다고 주장하나, 원고는 이 사건 법인세부과처분의 위법을 다툴 뿐 위와 같은 내용의 청구를 한 바 없으므로, 피고 *세무서장의 위 주장도 판단하지 아니한다).

1) 이 사건 의무적립금 규정에 따르면 미환류소득 법인세 산정시 과세대상 소득에서 제외되는 의무적립금에 해당하려면 ‘은행법 등 개별 법령이 정하는 바에 따라 공제조합이 해당 사업연도에 대손충당금 또는 대손준비금 등으로 의무적으로 적립하는 금액’에 해당하여야 하는바, 원고가 적립한 이 사건 책임준비금이 위 의무적립금 규정에서 정한 ‘개별 법령이 정하는 바에 따라 의무적으로 적립한 금액’에 해당하는지 본다.

가) ○○산업법 제34조에 따르면, 원고는 ○○사업자의 자주적인 경제활동과 경제적 지위 향상을 도모하는 데에 필요한 보증과 융자(融資) 등을 원활히 하기 위하여 산업통상부장관의 인가를 받아 설립된 공제조합으로(제1항), 조합원의 ○○활동(○○활동에 수반되는 구매ㆍ조달ㆍ제작 및 설치 등의 일괄수주사업을 포함한다)에 따른 의무 이행에 필요한 보증ㆍ공제 및 융자(제2항 제1호), 조합원의 도산 방지를 위한 공제 및 조합원에게 고용된 자의 복지 향상을 위한 공제(제34조 제2항 제7호), ○○활동과 연관된 산업 분야의 지원을 위하여 다른 법률에서 정하는 보증ㆍ공제ㆍ융자 등의 사업(제2항 제11호) 등의 사업을 수행한다.

나) ○○산업법 제35조 제1항은 ‘원고가 제34조 제2항 제1호, 제7호 및 제11호에 따른 공제사업을 하려면 공제규정을 정하여야 한다’, 제2항은 ‘제1항에 따른 공제 규정에는 공제사업의 범위, 공제계약의 내용, 공제료, 공제금, 공제금에 충당하기 위한 책임준비금 등 공제사업의 운용에 필요한 사항이 포함되어야 한다’고 규정하여, 원고가 공제사업을 하려면 공제규정을 정하여야 하고 그 공제규정에는 책임준비금에 관한 사항이 반드시 포함되도록 하고 있다.

다) ○○산업법 시행령 제45조 제12호는 원고 정관의 필수적 기재사항으로 ‘잉여금ㆍ적립금 및 손실금의 처리에 관한 사항’을 규정하고, 원고 정관 제45조와 제50조는 원고가 수행하는 각종 공제사업에 관하여 정하면서, 정관 제51조에서 ‘원고가 제50조의 공제사업을 하고자 할 경우에는 공제사업의 범위, 공제계약의 내용, 공제료, 공제금, 공제금에 충당하기 위한 책임준비금 등 공제사업의 운영에 관하여 필요한 사항을 공제규정에서 정한다’고 하여 위 ○○산업법 제35조와 동일하게 원고 공제규정에서 책임준비금에 관하여 정할 것을 규정하고 있다.

라) 이에 따라 원고 공제규정 제12조는 ‘○○산업법 제35조에 따른 책임준비금은 당기순이익에서 현금배당액과 상법 제458조에 따라 적립하는 이익준비금을 차감한 후 재무상태표상 이익준비금의 과목으로 하여 계상한다’고 규정하고 있다.

마) 위와 같은 책임준비금과 관련한 ○○산업법령 및 원고의 정관, 공제규정의 문언 및 체계 등을 고려할 때, ① 원고의 설립 목적이 ○○사업자가 필요로 하는 보증과 융자 등을 원활히 하기 위한 것인 점, ② 원고는 ‘조합원으로부터 받은 출자금을 자본금으로 하여 조합원의 사고 발생시에 공제금을 교부하는 공제사업’을 수행하는데, ○○산업법 제35조에서는 이와 같은 공제사업의 안정적 수행을 위하여 원고의 공제규정에서 책임준비금 등 공제사업에 필요한 사항을 정하도록 하고, 그 위임에 따라 원고 공제규정에서는 원고로 하여금 공제사업 운영을 위한 책임준비금을 적립하도록 하면서 그 적립방법까지 규정한 점, ③ 원고가 조합원들로부터 보증ㆍ공제청구를 받을 경우 부담해야 하는 보증ㆍ공제 잔액이 2017년 00억 원, 2018년 약 00억 원, 2019년 00억 원, 2020년 00억 원, 2021년 00억 원을 상회하므로 원고가 그 지급을 위하여 미리 준비금을 적립할 필요가 있는 점, ④ 그렇다면 ○○산업법 제35조는 공제사업의 안정적 운영을 위하여 원고로 하여금 책임준비금을 적립할 의무를 부과한 것으로 해석함이 타당한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 책임준비금은 이 사건 의무적립금 규정에서 정한 의무적립금에 해당한다고 봄이 타당하다.

2) 다음으로, 이 사건 법정적립금에 이 사건 책임준비금이 포함되어 있는지 본다. 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들, 갑 제13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따르면, 원고가 이 사건 이익준비금과 이 사건 책임준비금, 신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률에 따른 신용정보적립금을 적립하여 재무제표상 ‘이익잉여금 중 법정적립금’계정과목으로 처리한 사실이 인정되므로, 이 사건 법정적립금에는 이 사건 이익준비금 외에도 이 사건 책임준비금이 포함되어 있음이 명백하다.

3) 이에 대하여 피고 *세무서장은, ○○산업법령 및 원고 정관 및 공제규정에서 책임준비금에 대하여만 규정할 뿐 적립방법 및 적립한도, 적립의무 등에 관하여 구체적으로 규정하고 있지 않고, 원고가 책임준비금 적립 근거인 공제규정을 임의로 변경할 수 있으며, 원고가 이 사건 이익준비금과 책임준비금을 구분하여 회계처리하지 않고 법정적립금 항목에 혼재해 적립해 책임준비금의 구체적인 적립액을 알 수 없다는 등의 이유로, 이 사건 책임준비금을 의무적립금으로 볼 수 없다고 주장한다.

그러나 ① 이 사건 이익준비금과 이 사건 책임준비금은 그 적립 근거와 목적, 방식이 상이하여 양자는 명백히 구분되는 점[원고가 이 사건 세무조사 당시 피고에게 제출한 ‘미환류소득에 대한 법인세 관련 답변서’에 따르면, 이 사건 이익준비금은 원고의 재무건전성과 기반을 강화하기 위한 목적으로 적립하는 금원인 반면, 이 사건 책임준비금은 리스크 발생에 따른 책임준비금의 성격을 가지고 있다], ② ○○산업법에서 책임준비금을 의무적으로 적립하도록 규정하고 있어 원고가 그에 따라 책임준비금을 이 사건 법정적립금에 포함하여 적립한 이상 적립된 책임준비금의 구체적인 액수를 알 수 없다는 것만으로 이 사건 책임준비금이 의무적립금에 해당하지 않는다고 볼 수 없는 점, ③ 과세표준 산출시 차감항목에 해당하지 않는다는 점에 대하여는 과세관청에 입증책임이 있으므로, 설령 원고가 책임준비금이라고 주장하는 금액 전부를 의무적립금으로 인정하는 것이 다소 불합리하더라도 이 사건 법정적립금에 책임준비금이 포함되어 있는 이상 이와 다른 전제에 선 과세처분은 위법하다고 보아야 하고, 과세요건에 대한 증명책임을 다하지 못한 불이익은 과세관청인 피고 *세무서장에게 돌아간다고 봄이 타당한 점, ④ 원고가 공제조합임을 고려하면 미환류세제의 입법취지를 고려하더라도 원고가 공제사업 수행을 위해 적립한 준비금을 미환류소득으로 보아 법인세를 과세하는 것에 신중을 기할 필요가 있는 점, ⑤ 원고 이사회의 결의로 원고 공제규정을 변경할 수 있기는 하지만 책임준비금 적립에 관한 사항은 ○○산업법에 규정되어 있으므로 이와 달리 책임준비금을 적립하지 않는 것으로 원고의 공제규정을 임의로 개정할 수는 없는 점, ⑥ 원고의 주무관청인 산업통상부 역시 이 사건 책임준비금이 ○○산업법에 따라 의무적으로 적립하는 의무적립금에 해당한다는 입장인 점 등을 종합하면, 피고 *세무서장이 주장하는 사정들 및 제출한 증거들만으로는 이 사건 책임준비금이 의무적립금에 해당하지 않는다는 피고 *세무서장의 주장은 받아들이기 어렵다(원고가 이 사건 과세기간 중 조합원에 대한 현금배당을 중지하였다거나 재보험에 가입하였다는 것 등은 이 사건 책임준비금이 의무적립사항인지 여부를 판단함에 있어 직접적인 관련성이 있다고 보이지 않는다).

라. 이 사건 *위험준비금에 대한 과세처분의 위법 여부에 대한 판단

1) 청구취지 변경 요부

가) 피고 *세무서장의 주장 요지

원고가 조세심판 단계에서 이 사건 *위험준비금 부분의 과세처분의 위법성을 다투지 않았으므로 이 사건에서 이 부분의 취소를 구하기 위해서는 청구취지의 변경이 필요하다.

나) 관련 법리

과세처분 취소소송은 그 처분의 실체적ㆍ절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세관청이 결정한 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이고, 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과하다(대법원 1992. 2. 25. 선고 91누6108 판결, 대법원 1997. 5. 16. 선고 96누8796 판결, 대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조).

다) 판단

살피건대 앞서 든 증거들의 각 기재에 따르면, 원고가 이 사건 법인세 부과처분에 대하여 조세심판을 제기하면서 이 사건 *위험준비금이 의무적립금에 해당한다는 주장을 하지 않은 사실이 인정되기는 한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 법인세 부과처분의 경우 각 사업연도별 법인세 과세표준과 세액이 별개의 과세단위로서 각각의 독립된 처분을 구성하고, 이 사건 소 중 법인세 부과처분 취소청구 부분은 그 심판대상이 원고에 대한 2018 내지 2021 사업연도의 각 법인세 과세표준과 세액이므로, 원고가 이 사건 소송에 이르러서야 비로소 이 사건 *위험준비금이 의무적립금에 해당한다는 주장을 추가하였더라도 이는 동일한 소송물 내에서 공격방어방법을 추가한 것에 불과하여, 원고가 이 사건 소송에서 위 쟁점을 주장하기 위하여 청구취지를 변경해야 하는 것은 아니다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고 *세무서장의 주장은 받아들이지 않는다.

2) 이 사건 *위험준비금의 의무적립금 해당 여부

앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정들에 비추어, 이 사건 *위험준비금은 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 산정함에 있어서 차감되는 금액이라고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

가) 원고는 원고 정관 제51조 및 원고 회계규정 제8조에 따라 이 사건 *위험준비금을 적립하였다. 원고 정관 제51조는 ‘조합은 제50조의 규정에 따른 공제사업을 하고자 할 경우 공제사업의 범위, 공제계약의 내용, 공제료, 공제금, 공제금에 충당하기 위한 책임준비금 등 공제사업의 운영에 관하여 필요한 사항을 공제규정에서 정한다’고 규정하고, 원고 회계규정 제8조는 ‘보증ㆍ공제에 대한 준비금 등은 공제규정에서 정하는 책임준비금과는 별도로 손해율, 보증ㆍ공제잔액, 미경과 보증ㆍ공제료 등을 고려하여 적립할 수 있다’고 규정하고 있다. 위 정관 및 회계규정에 따르면 이 사건 *위험준비금은 책임준비금과는 별도로 원고 회계규정에 따라 임의로 적립하는 준비금에 해당하고, 그 적립근거가 법령에 규정되어 있지 아니하다.

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 구 법인세법 시행령 제93조 제4항 제2호는 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 산정함에 있어서 차감되는 금액을 각목에서 제한적으로 열거하고 있는데(구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호에서도 마찬가지이다), 법령상 적립근거가 없는 *위험준비금의 경우 위와 같이 차감되는 항목으로 열거되어 있지도 않다.

다) 책임준비금과 *위험준비금은 그 적립 목적과 사용 용도가 구별되고 회계처리도 별도로 이루어져 양자는 명백히 구분된다(원고 재무제표상 이 사건 책임준비금은 ‘이익잉여금 중 법정적립금’ 계정과목으로, *위험준비금은 ‘비유동부채’ 계정과목으로 각 처리되었다).

라) 이에 대하여 원고는, 보험업이나 다른 공제사업의 경우 *위험준비금이 손금으로 인정되므로, 과세 형평상 이 사건 *위험준비금도 미환류소득 과세대상에서 제외되어 한다고 주장한다. 그러나 이는 조세법률주의에 반하는 주장이어서 받아들일 수 없을 뿐만 아니라, 보험업이나 다른 공제사업에서 손금으로 인정하는 *위험준비금은 보험업이나 그 밖에 법률에 따라 *위험준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정한 금액 범위 내에서 손금에 산입하는 것으로, 그 적립근거 및 손금산입 범위가 구 법인세법 제30조 제1항, 구 법인세법 시행령 제57조 등에 구체적으로 정해져 있어 그 적립 근거 및 손금산입 범위에 아무런 법령상 근거가 없는 이 사건 *위험준비금과 동일하게 볼 수 없다. 그리고 원고가 주장의 근거로 들고 있는 서울고등법원 2020. 11. 27. 선고 2020누36788판결 및 대법원 2016. 12. 29. 선고 2010두3138 판결은 이 사건과 사안을 달리하여 그대로 적용할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

마. 취소의 범위

1) 관련 법리

과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 그 전부를 취소할 것이 아니다(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결).

2) 구체적 판단

이 사건 법인세부과처분은 이 사건 *위험준비금 부분에 대하여만 적법하고 나머지 부분은 위법함은 앞서 본 바와 같다. 앞서 본 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고에 대한 2018년 내지 2021년 사업연도 법인세 본세 및 가산세액은 별지1 법인세 부과처분 내역 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 금액과 같고, 이 사건 *위험준비금에 대한 정당세액은 별지1 법인세 부과처분 내역 ‘*위험준비금 정당세액’란 기재 각 금액과 같다. 그렇다면, 이 사건 법인세부과처분은 ‘*위험준비금 정당세액’란 기재 각 금액 부분을 초과하는 범위에서 위법하여 각 취소되어야 한다.

4. 결론

원고가 피고 구청장들을 상대로 이 사건 법인지방소득세 부과처분의 각 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 모두 각하하고, 원고의 피고 *세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 각 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.