1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 개업하여 경기도 OOO, OOO 등에서 주택신축판매업을 영위하고 있는 법인사업자이고, 청구법인의 2017〜2019사업연도 주매입처는 시공업체인 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)이다.

나. OOO세무서장은 2021.5.3.〜2021.8.20. A에 대한 2017〜2018사업연도 법인통합조사를 실시한 결과, A이 청구법인으로부터 지급받은 공사대금 중 일부인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 즉시 현금으로 출금하여 청구법인 계좌에 재입금한 사실을 확인하였고, 이에 대하여 청구법인의 가공매입세금계산서‧가공매입계산서 수취 혐의 및 가공 공사원가 계상 혐의로 청구법인의 관할 세무서장인 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 2023.4.12.부터 2023.7.9.까지 청구법인에 대하여 세무조사(대상기간 2017～2019사업연도)를 실시한 결과 청구법인이 A에게 쟁점금액을 공사대금으로 지급한 것처럼 가장한 후 현금으로 즉시 되돌려 받는 방법으로 매입세금계산서 및 매입계산서를 과다수취하고 공사원가를 가공으로 계상한 것으로 보아 <별지1>과 같이 2023.8.1. 2017년∼2019년 사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2017년 제1기∼2019년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정‧고지(법인세 경정‧고지를 이하 “이 건 법인세 부과처분”이라 하고, 부가가치세 경정‧고지를 이하 “이 건 부가가치세 부과처분”이라 하며, 이 건 법인세 부과처분과 이 건 부가가치세 부과처분을 합하여 이하 “이 건 법인세‧부가가치세 부과처분”이라 한다)하였다.

라. 또한, 처분청은 이 건 법인세 부과처분과 관련하여 B를 청구법인의 실제 대표자로 보고 <별지1>과 같이 쟁점금액을 B에 대한 상여로 소득처분하여 2023.8.25. 청구법인에게 2017〜2019년 소득금액변동통지(이하 “이 건 소득금액변동통지”라 하고, 이 건 법인세‧부가가치세 부과처분과 합하여 이하 “이 건 부과처분”이라 한다)를 하였다.

마. 청구법인은 이 건 법인세‧부가가치세 부과처분에 불복하여 2023.8.28. 이의신청을 거쳐 2024.1.3. 심판청구(조심 2024인352)를, 이 건 소득금액변동통지에 불복하여 2024.2.28. 심판청구(조심 2024인2064)를 각 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 이 건 소득금액변동통지에 대한 심판청구는 청구기간 내 제기된 적법한 청구이다.

  처분청은 2023.8.20.경 이 건 소득금액변동통지서를 발송하였으나, 청구법인의 사무실 소재지로 기재된 건물이 아닌 다른 건물 아파트의 경비원이 이를 수령하였고, 소득금액변동통지서를 수령하였던 경비원은 청구법인에 통지서를 전달하지 않고 사직하였다. 이러한 사정으로 청구법인은 위 송달 당시에는 소득금액변동통지 처분의 존재를 알 수 없었다.

  처분청은 소득금액변동통지 처분에 따른 청구법인의 후속조치가 없자 2023년 12월 초 청구법인 및 청구법인의 세무대리인에 연락을 하였고, 청구법인은 위 시점에 이르러서야 소득금액변동통지 처분이 이루어진 사실을 알고 소득금액변동통지서를 송달받은 사실이 없음을 처분청에 알렸다. 그러자 처분청은 2023.12.8. 청구법인에게 소득금액변동통지서를 전자팩스로 송달하였다.

  결국, 청구법인은 2023.12.8. 소득금액변동통지서를 전자팩스로 수신함으로써 비로소 소득금액변동통지 처분이 있음을 현실적으로 알게 되었으므로, 이 일자를 기준으로 심판청구 기한을 준수하였는지 여부를 판단해야 한다. 그런데 이 건 심판청구는 2023.12.8.로부터 90일 이내인 2024.2.28. 이루어졌으므로 심판청구 기한 내에 적법하게 이루어졌다.

 (2) 청구법인이 A에 공사대금을 지급한 후 해당 금액의 전부 또는 일부를 반환받은 것은 청구법인이 A에 금전을 대여한 후 그 대여금을 반환받은 것, 그리고 착오로 송금한 공사대금을 재계산하는 과정에서 반환받은 것이므로 쟁점금액은 공사원가를 가공으로 계상한 금액이 아니다.

  (가) 청구법인은 A에 공사대금을 지급한 후 이를 반환받는 방법으로 대여금을 반환받았다.

   1) 청구법인은 2016년 9월부터 2018년 2월까지 경기도 OOO 주상복합건물 등에 관하여 A을 수급인으로 하는 건설공사 도급계약을 체결하였다.

    A을 실질적으로 설립‧운영한 C(실무상 직책은 A 회장)은 청구법인을 실질적으로 운영하는 B와 고향친구로, A은 건설회사 및 시공사의 특성상 수시로 각종 비용이 발생하였고, 자금부족에 시달리는 일이 점차 빈번해지자 대표 사이에 친분이 있는 청구법인에 도움을 요청하였다.

    청구법인은 몇 차례 A의 요청으로 A의 협력사인 주식회사 D(이하 “D”이라 한다) 및 주식회사 E(이하 “E”이라 한다) 등에 금전을 이체하다가, 이후 법적 분쟁의 가능성 등을 고려하여 서면으로 된 차용증을 작성할 필요성을 느꼈다. 이에 청구법인과 A은 2016.12.15.부터 2018.3.15.까지 5회에 걸쳐 서면으로 차입금에 관한 차용증을 작성하였다. 차용증 기재에 의하면, C은 채무자를 A, 채권자를 청구법인 B 회장으로 하여 5회에 걸쳐 총 OOO원을 차입하는 것으로 되어 있다.

<표1> 차용증 기재상 A의 차입금 내역

○○○

    양 당사자는 통상적인 소비대차계약을 체결하였다기보다는, A이 자금을 필요로 할 때마다 청구법인이 A을 금전적으로 지원해주고 나중에 청구법인이 A에 공사비를 지급할 때 정산하는 방식의 계약 또는 협력관계를 맺은 것으로 파악하였다. 이에 따라 청구법인과 A은 매우 간단한 양식의 차용증만을 작성하였고 이자에 대한 약정조차 두지 않았다. 또한, 청구법인은 A에게 차용증에 기재된 각 금액을 한꺼번에 지급하기보다는 A의 협력사 또는 A에게 이체하는 등의 방법으로 A의 필요 및 요청에 따라 나누어서 대여하기로 합의하였다.

    차입금 변제의 경우, 차용증 기재에 의하면 A은 차입금을 청구법인의 건축공사대금과 추후 정산하는 방법으로 변제하기로 하였고, 이에 따라 A은 청구법인이 2017.2.7.부터 2019.7.30.까지 10회에 걸쳐 A에 기성고에 따른 공사대금을 입금하면 그 금액의 전부 또는 일부를 다시 청구법인에게 입금하는 방법으로 차입금을 순차적으로 변제하였으며, 이와 같이 A이 청구법인에게 상환한 금액은 합계 약 OOO원(이하 “쟁점금액①”이라 한다)이다.

<표2> 청구법인의 대여 및 A의 상환 내역

○○○

    청구법인은 2017.2.27. 등 각 일자에 공사대금을 A로 계좌이체하면서 해당 금액을 ‘외상매입금’ 계정에서 차감하여 회계처리하였고, A로부터 차입금의 변제 명목으로 공사대금의 전부 또는 일부를 상환받으면서 해당 금액을 ‘가수금’ 계정으로 회계처리하였다. 구체적인 회계처리 예시는 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점금액① 회계처리 예시(2017.9.4.)

○○○

   2) 한편, 처분청은 대여금을 B와 C의 개인적인 금전대여에 기한 것으로 보고 있고, B가 이와 같은 취지로 진술한 것은 사실이나, B는 사실상 본인의 1인회사인 청구법인을 운영하면서 본인과 청구법인을 동일하게 취급하여 위와 같이 진술하였을 뿐, 실제로 대여거래는 청구법인과 A 간에 이루어졌다. 각 차용증에 채권자가 “㈜F B 회장님”, 채무자가 “㈜A”로 기재되어 있다는 점에 비추어 보아도 B는 청구법인의 대표자 지위에서 차용증을 작성한 것이고 차용계약상 당사자는 청구법인과 A로 보는 것이 타당하다.

   3) 청구법인은 A에게 대여금을 실제로 지급하였다.

    가) 청구법인은 각 차용증에 따른 대여금을 바로 송금하지 않고 아래 ①〜④와 같이 다양한 경로로 A에게 직접 또는 A의 거래처 등에게 지급하였다.

<표4> 청구법인의 대여금 지급내역

○○○

     ① 청구법인이 A의 비용에 대한 대급금으로 A의 거래처 등에 직접 금전을 이체한 유형에 해당하는 OOO원

     청구법인과 A은 대여금 중 일부를 A의 비용에 대한 대급금의 형태로 지급하기로 합의하였고, 이에 따라 청구법인은 A이 요청하는 금액을 A(또는 A의 협력사인 D 및 E)의 거래처 등에 직접 이체하였다. 이러한 방식으로 청구법인이 A의 비용을 대신 지급한 내역은 <별지2>와 같다. 즉, 청구법인은 A(또는 A의 협력사인 D 및 E)이 거래처에 지급하여야 할 비용 및 벌금, 보상금 등을 대신 지급함으로써 A에게 금전을 대여하여 왔다.

     ② 청구법인이 2018.1.10. A에게 직접 현금으로 지급한 유형(A은 지급받은 당일에 거래처에 대한 대금 등으로 바로 지출하였음)에 해당하는 OOO원

     A은 2018년 1월경 거래처 등에 지급하여야 할 비용이 크게 누적되자 청구법인으로부터 큰 금액의 자금을 한꺼번에 차입할 필요성이 생겼다. A은 2018.1.10. 청구법인으로부터 현금으로 OOO원을 지급받은 후 계좌에 입금하였고, 이를 거래처에 대한 대금 등으로 당일에 바로 지출하였다. 그 내역은 <별지3>과 같다.

     ③ 청구법인이 청구법인의 대표자 B의 아들인 G을 통하여, 또는 청구법인이 직접 A에 금전을 이체한 유형에 해당하는 OOO원

     G은 청구법인 대표자 B의 아들로, B와 A C의 친분을 바탕으로 A과 별도의 도급계약을 체결하였다. A은 2017년경 장래에 발생할 비용을 위해 차입금 중 일부를 지급하여 달라고 청구법인에게 요청하였고, 이에 청구법인은 A과의 자금거래가 빈번한 G을 통하여 약 OOO원을 A에 지급하였다.

     A은 2018년경에 또 한 차례 차입금 중 일부를 지급하여 달라고 청구법인에게 요청하였고, 청구법인은 직접 A의 계좌로 2회에 걸쳐 OOO원을 이체하였다.

     ④ A의 요청으로 청구법인이 A의 협력사인 D, E에 금전을 이체한 유형에 해당하는 OOO원

   A은 2016년경 대표들 사이에 친분이 있었던 D, E이 자금부족 문제에 시달리자 청구법인에게 위 두 회사에 자금을 대여해 줄 것을 요청하였다. 이에 따라 청구법인은 D에게 OOO원을, E에게 OOO원을 이체하였고, 이는 이후 청구법인과 A이 차용증을 작성하면서 대여금에 편입되었다.

    나) 처분청은 청구법인의 위 각 대여금 지급 내역이 외상매입금에 대한 상환 등으로 회계처리되었으므로 회계처리와 부합하지 않는다고 주장하나, 청구법인의 B 스스로도 A과의 차용계약이 개인적인 금전대여라고 인식하는 등 대여금의 실질에 혼동이 있었고, 청구법인 및 A은 연혁이 짧고 규모가 작은 법인에 해당하여 회계처리가 미숙한 사정 등이 존재하였다. 실제로, 청구법인의 회계처리 담당자는 차용계약의 존재를 몰랐기 때문에 청구법인이 A 등에 지급한 금전이 대부분 외상매입금 상환 등에 해당한다고 스스로 판단하고 외상매입금 계정을 사용하여 회계처리를 하였다. 따라서 대여금에 관한 회계처리가 엄밀하게 이루어지지 않았다는 사실만으로 대여금의 실제 지급이 없었다고 단정할 수는 없다. 비록 청구법인 및 A이 영세한 법인이고, 시간이 많이 흐름에 따라 금융증빙이 남아있지 않은 경우도 있으나, 청구법인이 A에게 대여금을 지급한 경로에 대한 상당수의 금융증빙이 남아있고 이는 자금흐름과 부합한다.

   4) 결국 청구법인이 A에 공사대금을 지급한 후 쟁점금액①을 반환받은 것은 가공원가를 계상하기 위함이 아니라 대여금의 정산과정에 해당한다.

  (나) 쟁점금액 중 2017.1.5. 반환금액 OOO원(이하 “쟁점금액②”라 한다)과 2017.12.5. 반환금액 OOO원(이하 “쟁점금액③”이라 한다)은 청구법인의 명백한 착오에 의한 입출금 거래로서 그 착오를 정정한 것에 불과하다.

   1) 청구법인은 공사를 진행하는 과정에서 A로부터 공사자금이 부족하다는 연락을 받고 2017.1.5. A에게 공사비를 입금하였는데, 착오로 실제 A에게 지급하여야 할 공사대금인 OOO원보다 많은 금액인 OOO원을 A에 입금하였다. 즉, 청구법인과 개인기업인 H(G 외 2인)의 공사가 동시에 진행되는 과정에서 청구법인은 청구법인의 공사비 OOO원과 개인기업인 H(G 외 2인)의 공사비 OOO원을 한꺼번에 보내는 실수를 하였다. 이에 청구법인은 A로 보낸 OOO원 중 실제 청구법인의 공사대금 OOO원을 제외한 OOO원(쟁점금액②)을 A로부터 무통장입금으로 반환받았고, 반환받은 OOO원(쟁점금액②) 중 OOO원을 H(G 외 2인)의 공사비로 입금하였다.

   2) 청구법인은 2017.12.5. A에 OOO원의 공사대금을 입금하였으나 실제 공사비는 OOO원이 추가된 OOO원으로 확인됨에 따라 우선 당초 입금한 OOO원(쟁점금액③)을 A로부터 무통장입금으로 반환받은 후, 재계산한 총 공사대금, 즉 실제 공사대금 OOO원을 A에 입금하였다.

   3) 따라서 청구법인이 A에 공사대금 지급 후 쟁점금액②‧쟁점금액③을 반환받은 것은 착오로 송금한 공사대금을 재계산하는 과정에서 발생한 것이므로 가공으로 계상한 금액이 아님이 명백하다.

 (3) 청구법인이 실물거래 없이 허위 세금계산서를 수취하였다는 점에 대한 구체적인 입증책임은 처분청에 있음에도 처분청은 청구법인과 A의 도급계약이 가공거래에 해당한다거나 쟁점금액이 가공원가에 해당한다는 점에 대하여 직접적인 입증을 하지 못하고 있다.

  (가) 처분청의 처분 근거는 세금계산서상 공사원가가 과다계상되었다는 것으로 처분청은 이와 같은 과세요건사실에 대하여 입증책임을 부담한다. 그러나, 처분청은 청구법인이 A에 공사대금을 지급한 후 되돌려받았다는 이유만으로 쟁점금액①이 청구법인이 A에 실제로 지급한 공사대금이 아니고 지급할 의무도 없는 비용에 해당한다고 단정하고 있다. 청구법인의 B가 A로부터 쟁점금액①을 돌려받았음을 인정한 것은 사실이나, B는 A로부터 대여금 변제 명목으로 쟁점금액①을 돌려받았고 이는 가공원가와 관계없다고 일관되게 주장하였다. 청구법인이 A에 세금계산서상 공사원가를 지급한 후 다시 A로부터 상환받은 금액이 존재한다는 점은 공사비용이 과다계상되었음을 직접적으로 입증하는 사실이 아니라 단지 정황에 불과하다.

  (나) 처분청은 대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 및 대법원 1995.7.14. 선고 94누3407 판결 등을 근거로 쟁점금액①이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 납세의무자측인 청구법인이 이를 입증할 필요가 있다고 주장한다. 그러나 처분청이 제시한 위 판결의 각 사안은 실물거래 없이 허위의 세금계산서가 발행된 점에 대하여 과세관청이 구체적으로 입증한 경우인 반면, 이 건은 청구법인이 실물거래 없이 허위 세금계산서를 수취하였다는 점에 대하여 처분청이 구체적인 입증을 하지 못하고 있으므로 위 각 판례는 이 건에 적용될 수 없다.

  (다) 대법원은 가공원가 계상이 의심되는 사정이 있다고 하더라도 이를 토대로 과세처분을 하기 위해서는 가공거래에 대한 입증책임이 과세관청에 있음을 분명히 하였다(대법원 2009.7.9. 선고 2009두5022 판결). 따라서, 처분청이 쟁점금액을 가공원가로 판단하고 이 건 부과처분을 하기 위해서는 이를 주장하는 처분청이 가공거래 및 가공원가에 대한 입증책임을 부담한다.

   한편, 대법원은 “납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다”고 하여 과세관청의 입증책임이 다소 완화될 수 있다는 취지의 판시를 한 바 있으나, 위 판시는 과세관청이 먼저 세금계산서가 허위로 작성되었다는 사실에 대하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 입증을 하여야 함을 전제한 것이다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결).

  (라) 청구법인이 A과 도급계약을 체결하여, A에 경기도 OOO 주상복합건물 등의 공사에 따른 대금을 지급하여 왔다는 점은 분명한 사실이다. 따라서 쟁점금액①이 가공원가임을 전제로 이 건 처분을 하기 위해서는 이 건 도급계약이 존재하지 않는다거나, 쟁점금액①이 실제 공사원가보다 부풀려졌다는 점 등에 대하여 처분청의 직접적인 입증이 선행되어야 한다.

   그러나 처분청은 쟁점금액①이 실제 공사원가보다 부풀려졌다는 점 등에 대한 직접적인 입증 없이, 매입처에 매입대금을 지급한 후 매입처에서 현금출금하여 다시 되돌려주는 방식이 거짓 세금계산서 및 계산서 수취의 전형적인 방식에 해당한다는 점만을 주된 과세 근거로 삼고 있다. 구체적으로는, OOO세무서장이 I(A의 실장으로 근무하였고, 주로 세무사 사무실에 자료와 현장 서류 등을 전달하는 업무를 수행하였음)에 대한 범칙조사를 실시하는 과정에서 가공세금계산서 발행이 의심되는 정황이 발견됨에 따라 I을 세금계산서 과다 발행 혐의 등으로 고발한 사실 및 A이 지급받은 공사대금을 곧바로 청구법인의 계좌로 입금하고 청구법인이 이를 가수금 계정으로 회계처리한 내역 등을 토대로 이 건 부과처분을 한 것으로 사료된다.

   과세관청이 납세의무자 아닌 자의 진술을 근거로 납세의무자에 대한 과세처분을 하기 위해서는 그 진술내용에 부합하는 증빙자료 및 납세의무자에 대한 사실확인 등의 보완조사가 이루어져야 한다(대법원 2009.7.9. 선고 2009두5022 판결). A I 실장에 대한 주변인들의 증언 및 은행관계자의 증언(청구법인 B 회장이 A 법인 통장을 평소에 관리하여 왔으며, 해당 통장을 통하여 건설공사대금을 입출금하였다는 내용) 등이 존재하는 것은 사실이나, 청구법인의 B 회장에 대한 조세범칙혐의자(참고인) 심문조서에 의하면 B 회장은 일관되게 쟁점금액①은 가공으로 계상한 공사금액이 아니라 A C 회장에 대한 대여금을 상환받은 금액이라고 주장하고 있고, 그 외에 별도로 B 회장에게 I 실장에 대한 주변인들 및 은행관계자의 진술에 대한 반박 내지 반대신문의 기회가 부여된 바 없다. 따라서 I에 대한 범칙조사 과정에서 확보된 주변인들의 진술이 있다고 하더라도 이에 부합하는 추가적인 증빙자료나 청구법인 B 회장에 대한 사실확인 과정 없이 위 진술 등을 과세자료로 삼는 것은 적절하지 아니하다. 더욱이, I은 거짓세금계산서를 발급한 행위와 관련하여 조세범처벌법위반의 불송치(혐의없음) 결정을 받았으므로 I에 대한 범칙조사 결과 및 범칙조사 과정에서 확보된 참고인들의 진술은 신빙성이 낮다고 보아야 한다.

  (마) 처분청은 A이 청구법인으로부터 지급받은 공사대금을 대여금 변제를 위해 청구법인의 계좌로 다시 입금하고 청구법인이 이를 가수금 계정으로 회계처리한 내역 및 청구법인이 A에 착오로 입금한 금액을 상환받고 가수금 계정으로 회계처리한 내역이 허위라고 판단하였다. 그러나 위와 같은 회계처리가 다소 일반적이지 않다고 하더라도, 청구법인 B 회장과 A C 회장은 평소에 친분이 있는 관계였고, 청구법인은 임직원이 2명인 법인으로 사실상 B 회장의 1인회사에 가까운 형태로 운영되어 왔음을 고려하면, 이 건 차입금에 관한 회계처리가 엄밀하게 이루어지지 않거나 미숙하게 이루어졌다는 사정만으로 허위세금계산서의 수수가 존재하였다거나 고의적인 회계처리 부정이 있었다고 단언할 수 없다. 결정적으로, 청구법인 B 회장은 허위 세금계산서 수취 관련 혐의에 대하여 증거불충분으로 불송치(혐의없음) 결정을 받았으므로, 결국 처분청이 도급계약에 관하여 허위 세금계산서를 주고받았다고 지목한 당사자들 전부(I, B)에 대하여 이를 입증할 수 있는 구체적인 증거가 전혀 없다는 점이 수사기관을 통하여 확인되었다.

  (바) 청구법인이 A에게 대여금을 다양한 경로로 지급하였음을 나타내는 계좌 내역, 거래에 관한 증빙(세금계산서 등) 등 차용계약에 따른 대여금의 존재를 입증하는 자료가 상당수 존재한다. 즉, 청구법인은 대여금 지급 사실과 청구법인이 A에 외상매입금을 지급하면서 대여금의 정산이 이루어진 과정 및 그 자금흐름에 대하여 충분히 입증자료를 제시하였다. 청구법인이 A에 대여금을 지급하였다는 사실은 쟁점금액①이 가공원가 계상과 아무 관계없다는 점에 대한 직접적인 근거에 해당한다.

  (사) 청구법인의 회계담당자가 대여금에 대하여 제대로 파악하지 못함에 따라 대여금 지급을 외상매입금의 상환 및 주임종의 상계로 회계처리하는 등 관련 회계처리가 실체와 부합하지 아니하는 측면은 존재한다. 그러나 법원은 회계처리가 거래를 정확하게 반영하고 있지 않다는 점만 가지고 이를 가공거래로 볼 수 없다고 판단한 바 있다(서울행정법원 2020.4.17. 선고 2018구합76231 판결). 결국, 처분청은 오로지 청구법인의 회계처리 오류 하나만으로 직접적인 입증 없이 가공거래가 이루어졌다고 단정하는 오류를 범하고 있고, 이는 쟁점금액②‧쟁점금액③의 경우도 마찬가지이다.

  (아) 청구법인과 A은 도급계약 체결 당시 표준건축비(약 OOO원, 2017년 내지 2019년 국토교통부 고시 금액의 평균)보다 약 OOO원 정도 저렴한 공사대금(평당 약 OOO원, 표준건축비의 약 74%)으로 계약을 체결하였으므로 청구법인이 공사대금을 부풀려서 가공원가를 계상할 이유가 전혀 없다. 처분청의 주장대로라면 A이 청구법인으로부터 받아야 할 정당한 공사대금은 표준건축비의 74%보다도 낮은 금액이라는 납득하기 어려운 결론에 이르게 된다. 처분청은 이에 대하여 표준건축비를 획일화하여 공사원가로 적용하기는 어렵다고 주장하나, 그렇다고 하더라도 표준건축비의 74%에 해당하는 공사대금이 과다계상된 금액이라는 것은 근거가 매우 빈약하다.

  (자) 처분청은 A이 허위로 J을 법인 대표자로 등재하였다거나, 적격증빙 없이 허위경비로 OOO원을 계상하였다는 등의 사정을 들고 있으나, 이는 모두 이 건과는 관계없는 사실이다. 처분청은 A이 비정상적으로 운영되던 법인에 해당하므로 쟁점금액①도 실제 지출된 비용에 해당하지 않을 것이라는 정황증거만을 제시하고 있을 뿐이다.

  (차) 처분청이 도급계약에 관하여 허위 세금계산서를 주고받았다고 지목한 당사자들 전부(I, B) 해당 혐의에 대하여 불송치(혐의없음) 결정을 받았다. 처분청은 수사기관이 금융 증빙의 자금 원천이나 회계처리에 대하여 수사하지 않고 종결하였다고 주장하나, 뚜렷한 근거 없이 수사기관의 수사가 제대로 이루어지지 않았다거나 수사기관의 판단이 잘못되었다고 단정하는 것은 납득하기 어렵다.

  (카) 결국, 청구법인은 쟁점금액①에 관한 자금흐름에 대한 입증을 한 반면, 처분청은 실물거래 없이 허위의 세금계산서의 발행 및 수취가 이루어졌음에 대하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 입증을 전혀 하지 못하고 있는바, 입증책임의 전환이 이루어져야 한다는 처분청의 의견은 이유 없다.

 (4) 설령 청구법인이 납부하여야 할 법인세액이 일부 존재한다고 가정하더라도, B에 대한 사외유출이 발생하였다고 볼 수 없으므로 이 건 소득금액변동통지 처분은 취소되어야 한다.

  (가) 「법인세법」 제67조, 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호, 제2호의 내용을 종합해 보면 특정 금액이 배당 또는 상여 등 소득처분의 대상이 된다고 판단하기 위해서는, ① 과세표준 신고‧결정 또는 경정시 익금산입(또는 손금불산입)한 금액이 있을 것, ② 익금산입(또는 손금불산입)한 금액이 사외로 유출된 것이 분명할 것, ③ 익금에 산입된 금액이 주주 또는 대표자에게 귀속되거나 그 귀속자가 불분명할 것의 3가지 요건을 모두 충족하여야 한다.

   특히 위 요건들 중 ②의 요건과 관련하여, 「법인세법」은 특정금액이 익금 산입(또는 손금 불산입)으로 처리되었다고 하여 해당 금액을 무조건 사외유출로 보는 것이 아니라, 사외로 유출된 것이 분명한 경우에 한하여 사외유출로 소득처분을 하고, 그렇지 않은 경우에는 사내유보로 소득처분을 해야 함을 명확히 규정하고 있다.

   이와 유사한 취지에서 대법원은 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 매출누락액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하는 것이나, 법인이 매출에 의하여 수령한 대금을 내용이 확정되지 아니한 임시계정인 가수금 계정에 계상함으로써 그 상대계정인 현금이 일단 법인에 들어온 것으로 회계처리를 하고, 그 가수금 채무가 애당초 반제를 예정하지 아니한 명목만의 가공채무라는 점이 밝혀진 경우에는 해당 매출누락액이 반드시 대표이사에게 귀속된 것으로 볼 수 없다고 보고 있고(대법원 2002.1.11. 선고 2000두3726 판결의 반대해석), “법인의 진료비수납금이 가수금으로 입금되어 가수금 계정에 계상되어 있다면, 단지 위 금원이 각 해당 사업년도의 손익계산서상의 수입금액에 계상되어 있지 아니하였다는 사실만으로 사외에 유출된 것으로 추정할 수는 없다 할 것이고 이 경우 사외로 유출되었다는 사실은 과세관청인 피고가 입증해야 할 것이다”(대법원 1987.6.9 선고 86누732 판결)라고 판시한 바 있다.

  (나) 2017년부터 2019년까지 A이 청구법인에게 차입금을 변제하거나(쟁점금액①), 청구법인이 A에 착오송금하였던 금액(쟁점금액②‧쟁점금액③)을 A이 상환하였을 당시, 각 금액이 B에게 사외유출되지 않고 가수금 계정(또는 주임종 단기차입금)으로서 청구법인에 유보되었다는 사실은 분명하다. 따라서 이 건 소득금액변동통지 처분이 적법하려면 처분청은 가수금 계정으로 계상한 쟁점금액이 결국 청구법인 B 회장에게 유출되었다는 사실을 입증하여야 한다. 그러나 처분청은 이에 대한 입증을 전혀 하지 못하고 있다.

   또한, 처분청은 청구법인이 가수금 계정으로 계상한 쟁점금액과 관련하여, 해당 가수금 채무가 반제를 예정한 채무에 해당하는지 여부를 입증하여야 한다. 또한 가수금 채무가 반제를 예정한 것이라면 구체적으로 어떠한 일자에 실제 가수금 또는 주임종 단기차입금의 반제가 있었는지, 그리고 그러한 반제 과정에 실질적인 청구법인의 자금 유출이 있었는지 여부에 대한 최소한의 입증을 하여야 한다.

   그러나 처분청은 구체적으로 어떠한 일자에 실제 가수금 또는 주임종 단기차입금의 반제가 있었는지, 그리고 그러한 반제 과정에 실질적인 청구법인의 자금 유출이 있었는지 여부에 대한 구체적인 증거 없이 만연히 쟁점금액이 청구법인 가수금으로 회계처리된 각 연도에 각 금액이 B에게 사외유출된 것으로 간주하고 있다. 쟁점금액이 가수금 계정으로 계상되었을 당시 곧바로 같은 연도에 B에게 사외유출되었다고 볼 근거는 전혀 없으므로, 이 건 소득금액변동통지는 근거 없이 이루어졌음을 알 수 있다.

  (다) 처분청은 청구법인의 2021사업연도 감사보고서상 주임종단기차입금이 OOO원이므로 청구법인의 가수금 채무가 반제를 예정한 채무에 해당한다고 주장하는 것으로 보인다. 그러나 조세심판원은 매출누락분 관련 가수금 채무가 대표자에게 반제를 예정한 채무인지가 쟁점이 되었던 사안에 관하여, 매출누락이 발생하였던 사업연도의 반제된 가수금의 금액이 가수금 입금액보다 적으면, 해당 가수금 채무는 편의상 명목만 가수금계정에 계상한 것이라는 취지로 판단하였다(국심 2007전2852, 2008.12.15.). 2016.12.31. 청구법인의 주임종단기차입금은 OOO원이었으나, 2019.12.31.에는 OOO원으로 크게 상승하였음을 알 수 있다. 만약 쟁점금액에 대한 사외유출이 발생하였다면 청구법인의 주임종단기차입금은 쟁점금액만큼 또는 그 이상으로 유출되었어야 타당할 것이나, 오히려 청구법인의 주임종단기차입금 상승폭(OOO원)이 쟁점금액(OOO원)보다 현저히 크므로, 위와 같은 사외유출이 발생하지 않았음을 알 수 있다.

   또한 청구법인의 2021사업연도 감사보고서상 주임종단기차입금이 OOO원이 된 것은 청구법인이 회계법인의 조언에 따라 회계정책을 변경한 것일 뿐 사외유출과는 관계가 없다. 법인이 경제상황의 변화 및 사정변경에 따라 회계정책을 변경하는 것은 흔히 발생할 수 있는 일이다. 가수금 채무가 반제를 예정한 채무에 해당하는지 여부에 관하여 쟁점이 되는 시기 이후의 가수금 계정 변동까지 고려하여야 한다고 본다면 이는 법인이 언제까지나 동일한 회계정책만을 적용하여야 한다는 것인데 이는 현실과는 매우 동떨어진 주장이다. 조세심판원 결정례도 이러한 점을 고려하여 쟁점이 되었던 사업연도의 가수금 계정 변동만을 판단 기준으로 삼은 것으로 보인다.

   따라서 청구법인의 가수금 채무가 반제를 예정으로 한 채무인지 여부는 이 건에서 문제가 된 2017사업연도부터 2019사업연도까지의 주임종단기차입금 계정 변동을 기준으로 판단되어야 하는바, 2021사업연도의 주임종단기차입금 계정 변동은 고려대상이 아니므로 2021사업연도에 관한 처분청의 주장은 이유 없고, 쟁점금액이 2017사업연도부터 2019사업연도까지 사외로 유출되었다는 근거는 없다.

  (라) 결국, 청구법인이 가공원가를 계상하였는지 여부는 별론으로 하더라도, 처분청이 이 건 소득금액변동통지를 하기 위해서는 가수금 계정으로 계상한 쟁점금액이 사외로 유출되었다는 사실을 입증하여야 하나, 처분청은 이에 대한 구체적인 자료를 제시하지 못하고 막연하게 쟁점금액의 회계처리 연도에 사외유출 되었을 것이라고 전제하고 이 건 부과처분을 하는 오류를 범하였다. 또한, 오히려 가수금(주임종 단기차입금)은 쟁점이 되는 기간 동안 쟁점금액보다 더욱 큰 폭으로 증가하였으므로 이는 청구법인의 가수금 채무가 반제를 예정하지 아니한 명목상 가공채무라는 사실을 방증하고 있다. 따라서, 처분청이 사외유출에 대한 입증을 하지 못하는 한, 이를 근거로 한 이 건 소득금액변동통지는 위법하다.

  (마) 설령 처분청의 의견과 같이 가수금의 반제가 있었다고 하더라도, 처분청은 청구법인의 가수금으로 회계처리된 각 사업연도에 각 금액이 B에게 언제 사외유출이 이루어졌는지에 대하여 입증하고 이를 토대로 사외유출이 이루어진 각 시기를 귀속연도로 하여 이 건 소득금액변동통지를 하여야 함에도, 구체적으로 어떠한 일자에 실제 가수금 또는 주임종단기차입금의 반제가 있었는지, 그리고 그러한 반제 과정에 실질적인 청구법인의 자금 유출이 있었는지 여부에 대하여 구체적인 증거 없이 만연히 쟁점금액이 청구법인 가수금으로 회계처리된 각 연도에 각 금액이 B에게 사외유출된 것으로 간주하고 있다.

 (5) 이 건 부과처분 중 일부는 부과제척기간이 도과하여 위법하다.

  (가) 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 부과제척기간이므로, 이 건 부과처분 중 2017사업연도 법인세 부과처분, 2017년 제1기‧제2기, 2018년 제1기 부가가치세 부과처분 및 2017년 소득금액변동통지처분은 부과제척기간 도과로 위법하다.

   1) (2017사업연도 법인세 부과처분) 2017사업연도 법인세 부과처분의 부과제척기간은 확정신고기한 다음날인 2018.4.1.부터 기산하는데(「법인세법」 제60조 제1항), 위 처분은 그로부터 5년의 부과제척기간이 도과하여 이루어졌으므로 역시 위법하다.

   2) (2017년 제1기‧제2기, 2018년 제1기 부가가치세 부과처분) 2018년 제1기 부가가치세 처분의 부과제척기간은 확정신고기한 다음날인 2018.7.26.부터 기산하는데(「부가가치세법」 제49조 제1항), 위 처분은 그로부터 5년의 부과제척기간이 도과하여 이루어졌으므로 2018년 제1기 및 그 이전 기간인 2017년 제1기‧제2기 부가가치세 부과처분 또한 위법하다.

   3) (2017년 소득금액변동통지처분) 대법원은 “원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다”고 판시하였다(대법원 2010.4.29. 선고 2007두11382 판결).

    소득처분에 따른 소득 귀속자의 종합소득세 납세의무는 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립하고(대법원 2006.7.27. 선고 2004두9944 판결 등 참조), 과세관청은 소득의 귀속자에게 그 소득이 귀속되는 과세기간에 관한 종합소득 과세표준 확정신고기한 다음날부터 종합소득세를 부과할 수 있으므로 그 부과제척기간도 다음 연도 6.1.부터 기산된다.

    따라서, 2017년분 소득처분에 따른 B의 종합소득세 납세의무는 소득이 귀속된 2017년이 종료하는 때에 성립하고, 그 부과제척기간은 종합소득 과세표준 확정신고기한 다음날인 2018.6.1.부터 기산하므로, 그로부터 5년이 경과한 2023.6.1. 위 소득세 납세의무는 소멸하였다. 소득세 납세의무가 소멸하였다면 청구법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 2023.6.1. 이후인 2023.8.20.에 이루어진 2017년 소득금액변동통지는 위법하다.

  (나) 처분청은 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제2호의 사기나 그 밖의 부정한 행위에 근거하여, 청구법인은 부정행위로 법인세를 포탈하였으므로 부과제척기간이 10년이라고 주장하나, (설령 청구법인이 납부하여야 할 세액이 일부 존재한다고 하더라도) 청구법인은 쟁점금액을 그대로 계좌에 입금한 후 보관하고 있었을 뿐 차명 계좌에 입금하는 등 적극적 은닉을 위한 조치를 취하지 않았으므로 이를 ‘부정행위’로 평가할 수 없다.

   대법원은 “구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다.”고 판단하였고(대법원 2021.12.30. 선고 2021두33371 판결), ‘타인 명의의 계좌를 개설하였다고 하더라도’ 그 계좌의 실질 소유자로 자신이 아닌 다른 사람의 인적사항을 기재하지 않았거나 장부에의 허위 기장행위 등 기타의 은닉행위가 추가되지 않는 경우 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하지 않는다면서(대법원 2018.11.9. 선고 2014도9026 판결, 대법원 2019.9.9. 선고 2019두31730 판결), ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’가 성립하기 위해서는 적극적 은닉행위가 있어야 한다고 보고 있다.

   이 건의 경우, 청구법인은 쟁점금액을 그대로 계좌에 입금한 후 가수금 계정으로 보관하고 있었을 뿐, 그 이외에 어떠한 은닉을 위한 조치도 취하지 않았다. 만약 청구법인이 조세포탈을 하고자 하였다면 당해 금액을 청구법인의 계좌로 그대로 입금하지 않고 차명계좌에 입금하는 식으로 은닉하거나, 시간 차를 두고 청구법인의 계좌를 입금하는 등의 조치를 취하였을 것이다. 그러나 청구법인은 어떠한 조세포탈의 의도도 없었기 때문에 당해 금액을 그대로 계좌에 입금하였고 이로 인하여 처분청이 해당 금액을 포착하는데 어떠한 곤란함도 겪지 아니하였다. 따라서 청구법인은 어떠한 적극적인 은닉행위도 실행한 바 없다.

   결정적으로, B는 허위 세금계산서 수취 관련 혐의 및 조세포탈 혐의 등에 대하여 증거불충분으로 불송치(혐의없음) 결정을 받았다. 수사기관 역시 이 건은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 인한 조세포탈과는 어떠한 연관도 없다고 판단한 것이다.

   따라서 이 건 부과처분에 적용되어야 할 부과제척기간은 5년이므로 2017사업연도 법인세 부과처분, 2017년 및 2018년 제1기 부가가치세 부과처분, 2017년 소득금액변동통지 처분은 부과제척기간이 도과한 이후에 이루어졌다는 점에서 위법하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인의 이 건 소득금액변동통지에 대한 심판청구는 소득금액변동통지서를 송달받고 90일이 경과하여 제기되었으므로 각하되어야 한다.

  조세심판원은 조심 2024서2534(2024.5.30.) 결정에서 “쟁점주소지 소재 건물은 청구인과 배우자의 공동소유주택으로, 청구인의 자녀들이 거주하고 있는 것으로 나타나는데, 청구인은 이 건 경정청구를 제기하면서 쟁점주소지를 주소지로 기재하였고, 이러한 청구인의 경정청구 제기 경과 등을 종합해 보면, 청구인은 경정청구 처리결과의 통지 및 결과통지서의 수령을 예상할 수 있었다고 봄이 합리적이다. 실제로 청구인의 대리인은 처분청 담당자와 경정청구 처리결과에 대하여 유선상 통화를 한 것으로 나타나고, ‘국내등기/소포우편(택배)조회’에 의하면, 처분청이 청구인에게 발송한 경정청구 결과통지서는 2023.7.3. 청구인의 쟁점주소지에서 경비원 ‘K’이 수령한 것으로 확인되며, 심판청구서는 2024.3.25. 우편접수된 것으로 나타난다. 따라서 청구인이 이 건 경정청구 결과통지서를 수령한 날로부터 90일이 지나 제기한 이 건 심판청구는 청구기간이 도과되어 부적법하다고 판단된다”고 판시하여, 경비원의 우편물 수령을 인정하고 납세자가 통지서 수령을 예상할 수 있었는지도 판단 기준으로 보고 있다.

  청구법인의 소득금액변동통지서는 2023.8.25. 청구인의 사업장인 ‘경기도 OOO’로 관리사무소 대리수령인에게 정상적으로 송달되었다.

  또한, 청구법인은 세무조사 결과통지서로 소득금액변동통지가 발송될 것이라는 예상할 수 있었고, 처분청이 B의 집 주소지인 “서울특별시 OOO”로 추가로 보낸 소득금액변동상황통지서(소득처분 대상자 발송용)를 2023.8.25. 정상적으로 수령함으로써 청구법인은 소득금액변동통지 처분을 충분히 예상할 수 있었다.

  즉, 청구법인은 2023.8.25. 소득금액변동통지서를 송달받았을 뿐만 아니라 2023.8.25.이 ‘처분이 있음을 안 날’에 해당하는바, 2023.8.25.로부터 90일이 경과한 2024.2.28. 심판청구를 하였으므로 이 건 소득금액변동통지에 대한 심판청구는 청구기간을 도과하여 부적법하다.

 (2) 쟁점금액은 실제로 지급한 공사대가 또는 착오로 지급된 금액이 아니므로 매입금액 및 손금으로 인정될 수 없고, 청구법인이 A로부터 되돌려 받은 사실이 확실한 이상, 쟁점금액이 실제로 지급한 공사대금이라거나 착오로 지급된 금액이라는 주장에 대한 입증책임은 납세자에게 있다.

  (가) 처분청이 청구법인에 대한 2017년∼2019년 귀속(2019년 귀속은 범위확대하여 조사) 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 A에 공사대금을 지급하면 A이 현금 출금하고 즉시 동일금액이 청구법인의 계좌에 현금으로 OOO원(쟁점금액)이 재입금된 것으로 확인되었고, 청구법인이 A에 공사대금을 지급할 때는 외상매입금 상환, 청구법인의 계좌로 현금입금시에는 대표이사 가수금으로 회계처리한 것으로 확인되었다.

<표5> 가공원가 관련 금융거래 내역

○○○

   청구법인은 A에 지급한 공사대금을 되돌려 받는 행위를 하였고, 결과적으로 청구법인이 신고한 「부가가치세법」상 매입금액 및 「법인세법」상 공사원가 신고금액과 청구법인이 A에 지급한 공사대가 간 차이가 발생하게 된다.

   따라서, 청구법인이 A에 실질적으로 지급한 ‘공사대가’와 이로 인한 청구법인의 ‘순자산 감소액’은 OOO원이나, 청구법인은 ‘「부가가치세법」 상 매입금액과 「법인세법」상 공사원가’를 A에 OOO원을 지급한 것으로 잘못 신고하였으므로, 처분청은 이에 대하여 경정처분한 것이다.

<표6> 청구법인이 A에 지급한 순대가

○○○

   청구법인은 2019.10.31. A과 관련된 외상매입금이 모두 정리되어 잔액이 ‘OOO’이고, 추가로 지급할 대가가 있는 것으로 확인되지 않으므로 청구법인이 A에 지급한 공사대금은 OOO원이 전부이다.

<표7> 청구법인의 A 관련 외상매입금 잔액

○○○

   이와 같은 이유로 청구법인이 A에 순지급한 공사대가와 청구법인의 순자산 감소액이 청구법인이 수취한 매입세금계산서 및 「법인세법」상 손금과 차이가 발생하게 되고, 청구법인이 되돌려받은 금액에 정당한 사유가 확인되지 않으므로 처분청은 「부가가치세법」 제29조 제3항과 「법인세법」 제19조 제1항에 따라 청구법인이 A에 지급한 공사대가와 청구법인의 순자산 감소액에 맞추어 경정 및 과세처분을 하였다.

   결국 청구법인의 주장은 실제로 지급되지도 않고 지급할 의무도 없는 비용을 「부가가치세법」상 매입금액과 「법인세법」상의 손금으로 인정해달라는 것과 같으므로 타당하지 않다.

   또한, 처분청은 청구법인의 회계처리와 금융거래흐름을 파악하여 거래대가와 순자산감소액을 파악하여 경정한 것으로, 청구법인이 공사대금을 지급할 때 외상매입금 상환으로 회계처리하지 아니하고 되돌려받을 때 가수금으로 계상하지 아니한 경우는 제외하여 경정하였으므로, 청구법인이 A로부터 쟁점금액을 돌려받았다는 사유만으로 과세처분이 이루어진 것은 아니며, 청구법인이 A에 실제로 지급한 공사대금에 맞추어 부가가치세 매입금액 및 공사원가를 인정해 주었다.

   A은 증빙없이 가공원가를 계상한 혐의로 조사대상으로 선정되어 OOO세무서장이 세무조사를 실시한 결과, 허위로 J을 법인 대표자로 등재시키고 적격증빙 없이 허위경비로 거액인 OOO원을 계상한 것으로 확인되는 등 비정상적으로 운영되던 법인이며, 이와 같은 A의 적격증빙 수취 현황으로 볼 때 A은 가공매출을 계상하였을 가능성이 높다.

<표8> A 조사종결보고서 중 일부

○○○

<표9> A 매출액 및 지출증빙

○○○

   대법원은 “납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다”고 판결하였고(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결), “과세관청이 세금계산서 발행명의자가 실물거래 없이 단순히 가공의 세금계산서만 발행하는 이른바 자료상으로 판명되자 그 세금계산서 기재 공급가액에 상당하는 자재비에 대하여 손금부인하고 이를 익금산입하여 과세표준을 산정한 후 법인세 등 부과처분을 한 사안에서, 실물거래가 있었다는 점에 관한 입증책임이 납세의무자측에 있다”고 판결하였다(대법원 1995.7.14. 선고 94누3407 판결).

   청구법인이 A로부터 공사대금을 돌려받음으로써 실제로 지급한 공사대금과 세법상 신고금액의 차이가 있음이 확인된 이상, 공사대금을 되돌려받은데 정당한 사유가 있음을 입증할 책임은 납세자인 청구법인에게 있다.

   청구법인이 제시한 대법원 2009.7.9. 선고 2009두5022 판결은 원고가 소외 1주식회사에게 송금한 돈의 대부분이 3일 내에 출금되었다는 사실만으로 원고가 위 돈을 돌려받았다고 단정할 수 없다고 판결한 것이고, 청구법인은 A로부터 쟁점금액을 돌려받은 것이 명백하므로 중요한 부분에서 위 판결과 사실관계가 다르다.

   A이 현금을 출금한 후 몇 분 내에 동일금액이 청구법인에게 현금으로 입금되었고, 전표상으로도 위 현금 출금과 현금 입금이 계좌이체처럼 동시에 이루어졌음을 알 수 있으며, 2023.7.3. 실시한 B에 대한 심문조서에서도 청구법인이 A로부터 쟁점금액①을 돌려받았음을 인정한 사실을 확인할 수 있다.

<표10> 금융거래내역 중 일부

○○○

   청구법인은 세무조사 당시 A로부터 자금을 되돌려받은 것이 맞고 그 이유는 B가 A의 실사주 C에게 개인적으로 빌려준 돈이 있어 되돌려 받았다고 진술하면서 차용증 사본을 제출하였으나, OOO원의 자금을 대여하면서 상환기간과 이자금액도 없이 대여해 주었고 이에 대한 금융증빙도 제출하지 아니하여 차용증의 신빙성이 부족하고, B는 L의 통장으로 인출해서 C에게 차용해 주었다고 진술하였으며, 해당 진술이 거짓이 아닌 이상 어렵지 않게 금융증빙을 제출할 수 있을 것임에도 현재까지 이에 대한 금융증빙을 제출하지 못하였다.

   처분청은 위와 같은 사실관계로 보았을 때 차용증 사본만으로 쟁점금액①이 B가 C에게 개인적으로 차용해주고 되돌려받은 금액이라는 주장을 신뢰할 수 없다. B와 C의 개인적인 금전 대여에 따라 회수받은 금액이라면 두 사람 간의 계좌이체로 금융거래하는 것이 사회통념상 정상적인 방법이며, 법인 계좌를 이용하고 금융거래 상대방이 나타나지 않도록 현금 입·출금하여 B의 개인적인 대여금을 회수하였다는 주장은 설득력이 부족하다.

   청구법인은 A에 공사대금을 지급하는 것으로 가장하고 되돌려 받을 때는 금융거래 상대방이 나오지 않도록 현금 입·출금하여 과세관청이 탈루사실을 포착하기 어렵도록 고의적인 금융거래를 만든 것으로 보인다.

   계약서와 차용증은 두 사람 간의 합의에 의해 충분히 자의적으로 작성될 수 있으므로 사실관계의 확인에 있어 중요한 것은 금융거래내역이고, B가 A의 통장을 관리하였다는 진술에 비추어 볼 때 B가 A 경영에 깊숙이 개입한 것으로 보여 자의적인 계약서와 차용증 작성의 개연성이 높다.

   이 같은 이유로 청구법인이 제기한 이의신청에서도 ① 청구법인이 제시한 사본만으로는 금전대차거래를 입증하기 어려운 점, ② 자금을 빌려주었을 당시의 금전대여에 대한 금융증빙을 제시하지 못한 점, ③ 빌려준 자금을 회수한 것이어서 정상거래라고 주장하나 쟁점금액①을 회수할 때 계좌를 통해 송금받지 않고 현금으로 입금받은 점 등의 사유로 기각되었다(OOO).

   청구법인은 이 건 심판청구에 이르러 쟁점금액①이 A에 대여해 준 금액이라고 하면서 금융자료를 제출하였으나, B가 개인적으로 대여하여 주었다는 금융증빙은 제출하지 않고 대여금과 관계없는 청구법인의 자금지출 내역을 제출하였다. 즉, B의 자금이 아니라 모두 청구법인의 자금인 것으로 확인되고 회계처리도 A에 공사대금을 지급하거나 청구법인의 필요경비로 처리된 건이므로 B가 C에게 개인적으로 자금을 대여해주었다는 사실을 확인할 수 없다.

   청구법인이 주장하는 ‘표준건축비’는 2007.9.1. 실시된 분양가상한제에 따라 임대아파트를 지을 때 기준이 되는 분양가상한액으로 사용되는 용어로(기획재정부 시사경제용어사전 참고) 표준건축비를 획일화하여 공사원가로 적용하기 어렵다. 건축비는 건축물 구조, 사용자재, 공사기간, 공사계약 방식, 시공사의 여건 등 천차만별로 달라질 수 밖에 없기 때문에 표준건축비보다 과다하거나 과소하다고 해서 과세관청이 이를 과세근거로 삼을 수 없는 것과 같은 이치이다.

   A이 공사원가로 지급한 금액을 바탕으로 적정한 공사금액을 추정할 수 있겠으나, A이 공사 관련하여 적격증빙으로 지출한 금액으로 본다면 A의 가공매출 금액이 계상되었을 가능성이 오히려 높다고 할 것이다.

   청구법인은 정상적인 금융거래를 회피하고 고의적으로 현금 출금·입금을 통해 거래상대방이 나타나지 않도록 하여 A로부터 자금을 되돌려 받았으며, 현금 입금 시에는 가수금으로 계상하여 세금누락 사실을 은닉하고 조세를 포탈하였다.

  (나) 청구법인이 착오로 입금하였다고 주장하는 두 건에 대해서도 청구주장을 인정하기 어렵다. 청구법인은 2017.1.5. OOO원(쟁점금액②)과 2017.12.5. OOO원(쟁점금액③)을 착오입금하여 되돌려 받았다고 주장하나, 위 두 건의 거래도 A에 공사대금을 계좌이체로 지급하고 거래상대방이 나오지 않도록 현금으로 되돌려 받은 행태로 다른 가공거래의 행태와 일치한다.

   공사대금을 잘못 지급하여 되돌려 받은 금액이라면 현금이 들어올 때 외상매입금 지급을 취소하는 회계처리를 하여야 하나, 위 두 건의 거래 역시 지급할 때에는 외상매입금(공사대금) 상환으로, 들어온 현금에 대해서는 대표이사 가수금으로 처리하여 언제든 대표이사가 출금할 수 있도록 만들었다.

   2017.1.5. OOO원(쟁점금액②) 관련 금융거래의 경우, 청구법인이 OOO원(쟁점금액②)을 돌려받기 전에 이미 M 계좌에서 한도대출을 받아 OOO원을 A에 지급한 것으로 확인되므로, 되돌려 받은 금액으로 G 외 2인의 공사비를 지급하였다는 청구법인의 주장은 사실관계에 맞지 아니하다.

 (3) 청구법인이 A에 대한 대여금이라고 제출한 금융자료들은 실제로 대여금이 아니고, 대여금으로 본다고 하더라도 청구법인의 회계처리 및 재무상태와 전혀 맞지 않는 모순이 발생한다.

  (가) 청구법인은 “제16호증 A 대급금 관련 지급 내역”과 “제19호증 A에 직접 지급한 금액 관련 내역”을 제시하면서 해당 금액이 A에 대한 대여금이라고 주장한다. 그러나 해당 금액은 B 개인이 아닌 청구법인의 자금으로 지급되었고, 조사대상기간인 2017∼2018년 청구법인의 회계처리 내역을 살펴보면 해당 금액을 대여금이 아닌 외상매입금 상환 또는 보상비 등으로 회계처리 하였음을 확인할 수 있다. 따라서 해당 금액이 A에 대여한 금액이라는 청구법인의 주장은 사실과 맞지 아니하다.

<표11> 청구법인 “제16호증 A 대급금 관련 지급 내역”과 관련한 회계처리 내역

○○○

<표12> 청구법인 “제19호증 A에 직접 지급한 금액 관련 내역”과 관련한 회계처리 내역

○○○

   청구법인의 “제23호증 G 계좌 거래내역”과 관련하여 청구법인은 G의 계좌를 통하여 A에게 자금을 빌려주었다고 주장한다. G은 조사대상자가 아니어서 회계처리 내역을 확인할 수는 없으나 G이 시공사인 A에 해당 금액을 공사대금으로 지급한 것으로 보이고, 해당 금액을 G이 지급한 공사대금이 아닌, 청구법인이 A에 대여한 대여금으로 보기에는 금전소비대차계약서, 회계처리 등 증빙자료가 부족하다.

<표13> 청구법인 “제23호증 G 계좌 거래내역” 관련 G과 A의 거래금액

○○○

   청구법인의 “제24호증 OOO원에 대한 청구법인 무통장 입금증”과 관련하여, 해당 금액의 회계처리 내역에 의하면 해당 금액은 청구법인이 A의 외상매입금을 상환한 것으로, A에 대한 대여금이라는 주장은 사실과 맞지 아니하다.

<표14> 청구법인 “제24호증 OOO원에 대한 청구법인 무통장 입금증”과 관련한 회계처리 내역

○○○

   청구법인의 “제25호증 D에 대한 이체 내역” 및 “제26호증 E에 대한 이체 내역”과 관련하여, 청구법인은 2016년에 A의 협력사인 D 및 E에 각각 OOO원을 지급하였고, 해당 법인들에게 지급한 금액을 A에 대한 대여금이라고 주장한다.

   2016년도는 조사대상기간 외의 기간이어서 회계처리 내역을 확인할 수는 없으나, 청구법인과 A의 2016년도 (세금)계산서 거래내역을 확인한바, D과 E은 청구법인의 매입처이지 A과는 거래내역이 없다. 청구법인은 본인들의 매입처에게 지급한 자금을 A의 협력사에게 지급한 대여금이라는 잘못된 주장을 펼치고 있다.

<표15> 2016년 청구법인의 D과 E으로부터의 매입금액(공급가액)

○○○

   청구법인은 심판청구시, B의 처 L의 계좌로 C에게 대여하여 주었다는 기존 진술을 번복하고 청구법인이 공사대금 상환 또는 보상비로 계상한 비용들을 A에 대한 대여금이었다고 주장하고 있으나, 청구법인의 주장은 다음과 같은 사유로 타당하지 아니하다.

   ① 청구법인에 대한 세무조사시 B는 L의 통장으로 인출해서 개인적으로 C에게 차용해준 돈을 돌려받은 것이라고 진술하였으나 이에 대한 금융증빙은 제출하지 아니하였고, 심판청구에 이르러서는 기존 주장을 번복하여 청구법인의 자금으로 지출된 금액을 A에 대한 대여금이었다고 신뢰성 없는 주장을 하고 있다.

   ② 청구법인의 주장이 맞다면, 청구법인은 쟁점금액①을 지급할 때 A에 대한 대여금으로 회계처리하고, 돈을 받을 때는 대표이사 가수금이 아닌 A의 대여금 회수로 회계처리했어야 한다. 청구법인이 대여금이라고 주장한 자료를 확인해 보았으나 A에 대한 대여금으로 회계처리한 내역은 한 건도 확인되지 않았다.

    청구법인의 회계처리를 살펴보면, A에 지급해야 할 공사대금을 A을 거치지 않고 하도급 업체에 바로 지급함으로써 A에 지급해야 할 외상매입금을 상환한 것일 뿐 대여금과는 전혀 상관이 없다. 청구법인은 본인들의 회계처리에 대해서는 설명하지 아니하고, 단순히 공사대금을 거래처에 지급하였다고 해서 이를 A에 대한 대여금이라고 주장하는 것은 사실과 맞지 아니하다.

   ③ 청구법인은 착오로 회계처리를 잘못했다고 주장하나, 청구법인은 단순히 일회성으로 회계처리한 것이 아니라 다수 건을 몇 년 동안 회계처리하였고, 착오에 의한 회계처리였다면 법인결산시 또는 세무조사 전에 수정이 되었을 것이다. 청구법인이 공사대금을 대신 지급하면서 A의 외상매입금 상환으로 처리한 것은 정상적인 회계처리이고, 착오가 아니다.

    또한, 청구법인이 착오로 회계처리하였다고 하더라도 A은 해당 금액에 대하여 차입금으로 계상였을 것인데 A의 재무상태표를 확인한바 관련 금액이 차입금으로 계상된 내역은 확인되지 아니한다. 이는 애초부터 청구법인과 A이 쟁점금액①에 대하여 대여금으로 보지 않았음을 알 수 있다.

<표16> A 차입금 계상 내역

○○○

   ④ 청구법인은 A로부터 수취한 세금계산서 및 계산서에 맞추어 외상매입급(미지급 공사대금)을 계상하고 외상매입금을 상환하였는바, 만약 청구법인의 주장대로 A에 지급한 공사대금이 대여금으로 수정된다면 청구법인이 A에 지급해야 할 고액의 공사대금 잔액이 남아있게 되는 모순이 발생한다. 2019.10.31. 청구법인은 A에 초과지급한 OOO원을 돌려받음으로써 A과 관련된 외상매입금이 모두 정리되어 잔액이 ‘OOO’이 되었고, 추가로 지급할 대가가 없이 금전거래가 종료되었다. 청구법인의 주장대로 외상매입금 상환금액을 대여금으로 수정하면 A과 관련된 세금계산서 및 계산서 수취, 회계처리, 공사대금 지급금액이 전부 맞지 않는 상황이 발생한다.

   ⑤ 청구법인의 주장대로 대여금이라고 하더라도, 청구법인이 보상비로 손금처리한 회계처리의 문제가 발생한다. 청구법인은 대여금인 금액을 보상비로 비용처리하였으므로 해당 비용은 손금불산입 처분되어야 한다. 또한, 법인의 자금으로 대여한 돈을 돌려받을 때 대표이사 가수금으로 회계처리하여 언제든지 대표이사가 법인의 자금을 가져갈 수 있도록 한 것은 명백한 법인자금 유출이므로 소득처분 대상이다.

   ⑥ 청구법인은 세무조사로 세금이 추징되자 기존의 세금계산서 및 계산서 수취금액, 회계처리, 공사대금 지급금액이 서로 전혀 맞지 아니하는 주장을 펼치고 있다.

   이상과 같이 쟁점금액①이 대여금을 반환받은 것이라는 청구법인의 주장은 세금을 회피하기 위해 뒤늦게 만든 주장일 뿐 신뢰성이 부족하다. 청구법인의 회계처리나 제반사항을 전부 무시하고 쟁점금액①을 대여금의 반환이라고 보더라도 고액의 외상매입금(미지급 공사대금)이 남게 되고 청구법인이 보상비로 처리한 것도 모두 손금불산입 처분되어야 한다. 또한, 법인의 자금으로 대여한 금액을 회수할 때는 대표자 가수금으로 처리하였으므로 명백한 법인자금 유출이다.

   청구법인이 A로부터 되돌려 받은 금액을 대표이사 가수금으로 회계처리한 것이 정당화되려면, 결국 B의 개인자금으로 빌려준 돈을 되돌려 받은 것이어야 한다. 하지만 청구법인은 조사당시 B가 개인적으로 C에게 자금을 빌려주었다는 진술 내용의 증빙자료는 제출하지 못하고, 심판청구를 제기하면서 기존 진술을 번복하고 청구법인이 공사대금, 보상금으로 지급한 것을 대여금이라고 주장하고 있는바, 이는 납득되기 어렵다.

 (4) 쟁점금액을 대표이사 가수금으로 계상한 이상 특별한 사정이 없는 한 법인 자금이 사외유출된 것으로 보아야 하며, 이를 B에게 소득처분한 것은 적법한 처분이다.

  대법원은 대법원 2002.1.11. 선고 2000두3726 판결 등 다수 판례에서 “그 가수금 채무가 애당초 반제를 예정하지 아니한 명목만의 가공채무라는 등의 특별한 사정이 없는 한, 장부에 법인의 수익으로서 기재되었어야 할 매출누락액은 이미 사외로 유출되어 위 가수금 거래의 상대방인 대표이사에게 귀속된 것으로 보아야 한다”라고 판결하였고, 대법원 1992.8.14. 선고 92누6747 판결에서 “사외유출된 수입금액의 귀속이 분명하지 않은 경우 대표자에 대한 상여로 처분하는 것이며, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 입증책임은 이를 주장하는 납세자에게 있다”라고 판결하였다.

  가수금이 가공채무로 반제를 예정하지 아니하였다는 등 특별한 사정이 없는 한 가수금 계상 시점에 사외유출 된 것으로 보아야 하고, 특별한 사정은 이를 주장하는 납세자에게 그 입증책임이 있으나, 주임종단기차입금이 증가하였다는 사실만으로는 애당초 반제를 예정하지 아니한 가공채무로 보기 어려우며, 청구법인의 가공원가 계상 시기인 2019년까지 주임종단기차입금이 크게 증가하다가 공시시스템에 확인되는 청구법인의 2021사업연도 감사보고서상의 주임종단기차입금은 ‘OOO’원으로 가수금이 모두 반제된 것으로 확인된다.

<2021년 청구법인 감사보고서 주석 중 일부>

○○○

  이와 같은 사실에 비추어 볼 때, 청구법인이 가수금을 계상한 시기에 사외유출된 것으로 보아 소득처분한 것은 적법한 처분이다.

 「법인세법 시행령」 제106조 제1항은 “소득처분의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다”고 규정하고 있고 청구법인의 대표자는 명목상 N(B의 제수)으로 등재되어 있으나, N은 허위로 등재된 대표자로 B가 실질적으로 청구법인을 총괄 관리한 실제 사업자이며, 이와 같은 사실은 N의 진술서와 B의 심문조서에서도 확인된다.

<표17> N 진술서 중 일부

○○○

  처분청은 이와 같은 사실관계를 바탕으로 청구법인의 실제 대표자를 B로 판단하여 소득처분을 하였고, 귀속자 불분명으로 실제 대표자에게 소득처분된 금액의 실제 귀속자가 다른 사람이라면 그 입증책임은 청구법인에 있으나, 실제 귀속자가 누구인지 밝히거나 입증하지 않고 단순히 B에게 사외유출된 것이 아니라고 하는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

 (5) 청구법인의 행위는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우에 해당하므로 2017년 소득금액변동통지 처분, 2017사업연도 법인세 처분, 2017년 및 2018년 제1기 부가가치세 처분은 부과제척기간이 도과하지 아니하였다.

 「국세기본법」 제26조의2 제2항은 “납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 국세부과제척기간은 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년이고, 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다”라고 규정하고 있으며, 「국세기본법 시행령」 제12조의2 제1항은 “법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말하며”라고 규정하고 있고, 「조세범 처벌법」 제3조 제6항은 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐 등에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로 규정하고 있다.

  청구법인은 2017년 제1기 ∼ 2019년 제1기 부가가치세 과세기간 중 A로부터 거짓 세금계산서 및 거짓 계산서를 수취하고 공사대금 지급을 가장한 후에 되돌려받는 방법을 통해 조세를 탈루하였고, 이는 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 수취에 해당하는 행위이다.

  조세심판원은 “「국세기본법」제26조의2 제1항 제1호의2에서 납세자가 ‘사기․그 밖의 부정한 행위’로 재화 또는 용역을 공급하거나 받지 아니하고 세금계산서를 발급 또는 수취한 경우에는 해당 가산세에 대해 10년의 부과제척기간을 적용한다고 규정하고 있는 점, 실물거래 없이 가공세금계산서를 수수한 행위는 ‘사기․그 밖의 부정한 행위’에 해당하는 점, 청구법인은 운송용역을 제공하지 아니하고 가공세금계산서의 수수에 동의하여 적극적인 행위를 한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 국세 부과제척기간 5년을 적용하여야 한다는 청구주장을 받아들이기도 어렵다”라고 판단하였고(조심 2020중1567, 2020.12.31.), “납세의무자가 자료상에 해당되는 거래상대방으로부터 가공세금계산서 등의 자료를 수취하여 관련 매입세액을 공제받는 것은 사기 기타 부정행위에 해당하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 법인세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다”라고 판단하였다(조심 2019인3697, 2019.12.19.).

  위와 같이 다수 조세심판원 결정에서 거짓 세금계산서 및 거짓 계산서를 수취하고 가공원가를 계상한 행위를 거짓 증빙의 수취로 사기나 그 밖의 부정한 행위로 보아 부과제척기간을 10년으로 보고 있다.

  또한 청구법인의 실사주 B가 A의 계좌를 직접 관리하면서 금융거래의 상대방이 나오지 않도록 현금으로 쟁점금액을 수취하고 대표이사 가수금으로 처리한 것은 거래의 조작 또는 은폐를 통해 과세관청의 조세 부과‧징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위로 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당한다.

  청구법인이 가공세금계산서 및 가공계산서를 수취하고 공사대금 지급을 가장한 후 의도적으로 거래상대방이 나오지 않도록 현금으로 되돌려 받고 대표이사가 언제든지 가져갈 수 있도록 대표이사 가수금으로 회계처리한 행위는 거짓 증빙의 수취 및 거래의 조작 또는 은폐에 해당하며, 이는 「국세기본법」상 “사기나 그 밖의 부정한 행위”에 해당하므로 부과제척기간 10년을 적용하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 소득금액변동통지에 대한 심판청구가 통지 송달 후 90일이 경과하여 제기된 부적법한 청구인지 여부

 ② 청구법인이 공사대금 지급 후 현금으로 반환받은 쟁점금액①은 자금 대여 후 그 대여금을 반환받은 금액이므로 가공매입(세금)계산서 수취 및 공사원가 가공계상으로 볼 수 없다는 청구주장의 당부

 ③ 청구법인이 공사대금 지급 후 현금으로 반환받은 쟁점금액②‧쟁점금액③은 착오로 송금한 공사대금을 재계산하는 과정에서 반환받은 금액이므로 가공매입(세금)계산서 수취 및 공사원가 가공계상으로 볼 수 없다는 청구주장의 당부

 ④ 청구법인의 실대표이사 B에 대한 사외유출이 발생하였다고 볼 수 없으므로 소득금액변동통지 처분이 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

 ⑤ 이 건 부과처분 중 2017사업연도 법인세 부과처분, 2017년 제1기‧제2기, 2018년 제1기 부가가치세 부과처분 및 2017년 소득금액변동통지처분은 부과제척기간 도과로 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지4> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청은 이 건 소득금액변동통지가 2023.8.25. 청구법인의 사업장인 ‘경기도 OOO’으로 송달완료되었다고 하면서 “소득금액변동통지서 송달 내역” 제출하였는바, 해당 내역에 의하면 등기번호 OOO(3건)의 우편물이 보내는 분은 국세청(2023.8.23.), 받는 분은 N, 수령인은 O-대리수령인-관리사무소(2023.8.25.)로 하여 2023.8.25. 우편물이 배달완료된 것으로 기재되어 있다.

  또한, 처분청은 청구법인의 사업장과는 별개로 B의 집 주소지인 ‘서울특별시 OOO’로 추가로 보낸 소득금액변동상황통지서(소득처분 대상자에게 발송용)가 2023.8.25. 정상적으로 송달되었다고 하면서 “소득금액 변동사항 통지대상별 송달내역”을 제출하였다.

 (2) 처분청이 제출한 이의신청결정서에 의하면 인천지방국세청장이 국세청 대내포털시스템 등을 통해 확인한 내용들은 다음과 같다.

  (가) 청구법인의 사업자등록내역은 다음과 같다.

<표18> 청구법인의 사업자등록내역

○○○

  (나) A의 사업자등록내역은 다음과 같다.

<표19> A의 사업자등록내역

○○○

  (다) G외 2명의 사업자등록내역은 다음과 같다.

<표20> G외 2명의 사업자등록내역

○○○

  (라) 청구법인이 2017년부터 2019년까지 A로부터 수취한 매입세금계산서 현황은 다음과 같다.

<표21> 청구법인이 A로부터 수취한 매입세금계산서 현황(공급가액)

○○○

  (마) 청구법인이 2017년부터 2019년까지 A로부터 수취한 매입계산서 현황은 다음과 같다.

<표22> 청구법인이 A로부터 수취한 매입계산서 현황

○○○

  (바) 청구법인이 2017년부터 2019년까지 A로부터 수취한 매입(세금)계산서의 작성일자별 상세 내역은 아래 <표23>과 같다.

<표23> 청구법인이 A로부터 수취한 매입(세금)계산서 작성일자별 상세 내역

○○○

 (3) 위 <표23>의 매입(세금)계산서 내역 중 처분청이 거짓 매입(세금)계산서로 구분한 내역은 아래 <표24>와 같다.

<표24> 처분청이 거짓 매입(세금)계산서로 구분한 내역

○○○

 (4) 처분청이 제출한 이의신청결정서에 의하면 처분청은 이의신청 심리 당시 쟁점금액 내역 및 거래흐름, 전표처리 내역(일부 발췌), 계정별원장(외상매입금계정, 가수금계정, 각 일부 발췌)을 아래 <표25> 등과 같이 제출하였다.

○○○

<표25> 쟁점금액 내역 및 거래흐름

○○○

  ◦ 2017.1.5. 청구법인 전표처리 내역(일부발췌)

○○○

  ◦ 2017.12.5. 청구법인 전표처리 내역(일부발췌)

○○○

  ◦ 2019.7.25. 외상매입금 계정(일부발췌)

○○○

  ◦ 2019.7.25. 대표이사 가수금 계정(일부발췌)

○○○

 (5) 처분청이 제출한 이의신청결정서에 의하면 처분청은 쟁점금액의 금융거래내역을 일자별로 정리한 자료를 <별지5>와 같이 제출하였다.

 (6) 처분청이 제출한 이의신청결정서에 의하면 처분청은 A 대표이사 J과 P Q 과장이 2020.6.7. 통화한 내용을 녹취록으로 제출하였는바, 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

 (7) 처분청이 제출한 이의신청결정서에 의하면 처분청은 B를 상대로 작성한 조세범칙혐의자(참고인) 심문조서를 <별지6>과 같이 제출하였다.

 (8) 청구법인은 쟁점금액①과 관련하여 A과의 건설공사도급계약서(1건) 및 건설공사변경계약서(3건)를 <별지7>과 같이 제출하였는바, 그 주요 내용은 아래 <표26>과 같다.

<표26> 위 건설공사도급계약서(1건) 및 건설공사변경계약서(3건) 주요 내용 요약

○○○

 (9) 청구법인은 쟁점금액①이 대여금을 반환받은 금액이라고 주장하면서 <별지8>과 같이 차용증 5매를 제출하였는바, 동 차용증(5매) 집계 내역은 아래 <표27>과 같다.

<표27> 차용증(5매) 집계 내역

○○○

 (10) 청구법인이 착오송금하여 반환받았다고 주장하는 쟁점금액②‧쟁점금액③과 관련한 금융거래내역은 아래 <표28>, <표29>와 같다.

<표28> 쟁점금액② 관련 금융거래내역

○○○

<표29> 쟁점금액③ 관련 금융거래내역

○○○

 (11) 청구법인은 A에게 대여금을 실제로 지급하였다고 주장하면서 위 <표4>의 ①〜④유형과 관련한 내역 및 증빙을 다음과 같이 제출하였다.

  (가) 청구법인이 A의 비용에 대한 대급금으로 A의 거래처 등에 직접 금전을 이체한 유형으로 주장하는 OOO원과 관련하여 청구법인이 제출한 지급내역, 입증취지 및 증빙은 <별지9>와 같다.

  (나) 청구법인이 2018.1.10. A에게 직접 현금으로 OOO원을 지급한 유형으로 주장하는 OOO원과 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 아래와 같다.

   1) (금융증빙) 청구법인이 제출한 청구법인 예금계좌 내역증명서에 의하면 2018.1.10. 청구법인의 예금계좌에서 OOO원이 현금 출금된 것으로 나타나고, 청구법인이 제출한 A의 통장사본 거래내역에 의하면 2018.1.10. A의 통장계좌에 OOO원이 현금 입금된 것으로 나타남

   2) 청구법인은 A이 청구법인으로부터 현금으로 지급받은 OOO원을 지급받은 당일 거래처에 대한 대금 등으로 바로 지출하였다고 주장하면서 그 내역 및 증빙을 <별지10>과 같이 제출하였고, 청구법인은 출금계좌의 계좌주는 A, 이체일시는 2018.1.10.로 모두 동일하다고 주장하는바, 다만 일부는 이체내역이 나타나지 아니한다.

  (다) 청구법인이 청구법인의 대표자 B의 아들인 G을 통하여, 또는 청구법인이 직접 A에 금전을 이체한 유형으로 주장하는 OOO원과 관련하여 청구법인이 제출한 증빙은 아래와 같다.

   1) 청구법인이 제출한 G의 계좌별 거래내역 및 G의 통장 사본의 거래내역에 의하면 G은 아래 <표30>과 같이 4차례에 걸쳐 합계 OOO원을 A에 계좌이체로 지급한 것으로 나타난다.

<표30>

○○○

   2) 청구법인은 A이 2018년경에 또 한 차례 차입금 중 일부를 지급하여 달라고 청구법인에게 요청함에 따라 직접 A의 계좌로 2회에 걸쳐 OOO원을 이체하였다고 하면서 무통장입금증을 제출하였는바, 그 내용은 아래 <표31>, <표32>와 같다.

<표31>

○○○

<표32>

○○○

  (라) A의 요청으로 청구법인이 A의 협력사인 D, E에 금전을 이체한 유형으로 주장하는 OOO원과 관련하여 청구법인은 청구법인의 예금계좌 거래내역서를 제출하였는바, 위 예금계좌 거래내역서에 의하면 청구법인은 아래 <표33>, <표34>와 같이 D 및 E에 금전을 계좌이체한 것으로 나타난다.

<표33> D에 계좌이체한 금액 내역

○○○

<표34> E에 계좌이체한 금액 내역

○○○

 (12) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점①‧④에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저, 쟁점①, 즉 이 건 소득금액변동통지에 대한 심판청구의 적법 여부에 대하여 본다.

   1) 청구법인은 2023.12.8. 소득금액변동통지서를 전자팩스로 수신함으로써 이 건 소득금액변동통지 처분을 알게 되었으므로 해당 일자를 기준으로 심판청구기한 준수 여부를 판단해야 한다고 하면서, 이 건 소득금액변동통지에 대한 심판청구가 이로부터 90일 이내인 2024.2.28. 이루어졌으므로 심판청구 기한 내 이루어진 적법한 심판청구에 해당한다고 주장한다.

   2) 납세의무자가 거주하는 아파트에서 관례적으로 경비원이 등기우편물 등 특수우편물을 수령하여 이를 납세의무자에게 전달하여 온 경우 우편물 수취방법에 있어 이와 다른 특별한 방법이 있다는 사정이 입증되지 아니하는 한 아파트 거주자들이 등기우편물 등의 수령권한을 해당 아파트 경비원에게 묵시적으로 위임한 것이라고 봄이 상당한바, 아파트 경비원이 우편집배원으로부터 등기우편물을 수령한 날을 아파트 거주자들이 이를 수령한 날로 볼 수 있다 할 것(조심 2018중123, 2018.2.14. 외 다수, 같은 뜻임)이다.

   3) 이 건의 경우, 청구법인의 사업장이 ‘경기도 OOO’인 사실은 청구법인과 처분청 간 다툼이 없고, 이 건 소득금액변동통지가 2023.8.25. 청구법인의 사업장으로 송달완료되었다고 하면서 처분청이 제출한 “소득금액변동통지서 송달 내역”에 의하면 등기번호 OOO(3건)의 우편물이 2023.8.25. 수령인을 “O-대리수령인-관리사무소”로 하여 배달완료된 것으로 기재되어 있는바, 우편물 수취방법에 있어 경비원이 등기우편물 등을 수령하여 이를 납세의무자에게 전달하는 것 외에 다른 특별한 방법이 있다는 사정이 달리 입증되지 아니하므로 경비원이 우편집배원으로부터 등기우편물을 수령한 날을 아파트 거주자들이 이를 수령한 날로 볼 것이고, 따라서 이 건 소득금액변동통지는 2023.8.25. 청구법인에게 송달이 완료된 것으로 봄이 타당하다.

   4) 뿐만 아니라, 처분청이 청구법인의 사업장과는 별개로 B의 집 주소지인 ‘서울특별시 OOO’로 추가로 소득금액변동상황통지서(소득처분 대상자에게 발송용)를 송달하였다고 하면서 제출한 “소득금액 변동사항 통지대상별 송달내역”에 의하면 처분청이 발송한 소득금액변동상황통지서가 2023.8.25. B에게 송달완료된 것으로 나타나는바, 이 건 소득금액변동통지가 청구법인의 실대표자인 B에게 송달이 완료됨으로써 청구법인은 소득금액변동통지 처분을 알 수 있었다고 할 것이므로 2023.8.25.은 ‘처분이 있음을 안 날’에도 해당하는 것으로 보인다.

   5) 한편, 청구법인은 처분청이 청구법인의 사업장에 발송한 이 건 소득금액변동통지를 청구법인의 사무실 소재지로 기재된 건물이 아닌 다른 건물 아파트의 경비원이 수령하였고, 해당 경비원은 청구법인에 이를 전달하지 아니하여 청구법인은 위 송달 당시 소득금액변동통지 처분의 존재를 알 수 없었다고 주장하나, 청구법인이 위와 같은 사정을 입증할 수 있는 증빙을 제출한바 없을 뿐만 아니라, 청구법인은 조세심판관회의에서 “소득금액변동통지서를 수령한 경비원이 외주 경비업체 직원으로 당시 상가는 공실이어서 관리가 필요 없는 상황이었기 때문에 해당 경비원은 아파트 쪽만 관리하였고 청구법인의 사무실이 소재한 상가 쪽은 별도로 관리하지 아니하였다”는 취지로 진술한바, 이는 소득금액변동통지를 수령한 경비원이 상가를 관리하는 관리사무소와는 별도로 존재하는 다른 관리사무소의 업무를 수행하였다기 보다는 당시 상가 건물이 실질적으로 경비 업무가 필요하지 아니하여 이를 관리하지 아니한 것일 뿐 형식적으로는 상가와 아파트 전체에 대한 경비 역할을 한 것으로 보이고, 따라서 당시 상가 부분이 해당 경비원의 관리 범위를 넘어섰던 것으로 보기는 어려우므로 청구법인 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

   6) 따라서, 청구법인의 이 건 소득금액변동통지에 대한 심판청구는 이 건 소득금액변동통지가 청구법인에게 송달완료된 2023.8.25.부터 90일이 경과한 2024.2.28. 제기되었으므로 청구기한을 도과하여 제기된 부적법한 심판청구로 판단된다.

  (나) 쟁점④는 쟁점①에서 이 건 소득금액변동통지에 대한 심판청구가 각하되어 본안심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.

 (13) 다음으로, 쟁점②‧③에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인은 실물거래 없이 허위 세금계산서를 수취하였다는 점에 대한 구체적인 입증책임이 처분청에 있다고 하면서 청구법인이 공사대금 지급 후 현금으로 반환받은 쟁점금액①은 자금 대여 후 그 대여금을 반환받은 금액이고, 쟁점금액②‧쟁점금액③은 착오로 송금한 공사대금을 재계산하는 과정에서 반환받은 금액므로 가공매입(세금)계산서 수취 및 공사원가 가공계상으로 볼 수 없다고 주장하는바, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 불복절차에 있어 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하는 것이나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 그 입증의 필요가 있다고 보아야 한다.

  (나) 처분청의 세무조사 결과에 의하면 청구법인이 A에 쟁점금액을 공사대금으로 지급하면 A은 즉시 현금 출금하여 몇 분 내에 동일 금액을 청구법인의 계좌로 재입금하였고, 현금 출금과 현금 입금이 계좌이체처럼 동시에 이루어졌으며, 청구법인이 A에 공사대금을 지급할 때는 외상매입금 상환, 청구법인의 계좌로 현금 입금시에는 대표이사 가수금으로 회계처리한 것으로 확인되는바, 이는 가공거래의 전형적이고 일반적인 형태에 해당하므로 이러한 형태의 거래가 가공거래가 아닌 정상거래에 해당한다고 하는 특별한 사정의 존재에 관하여는 청구법인에게 그 입증책임이 있다고 봄이 타당하다.

  (다) 이에 대하여, 청구법인은 쟁점금액①이 자금을 대여한 후 그 대여금을 반환받은 것이라고 소명하면서 차용증과 함께 <표4>와 같이 대여금 지급내역을 제출하였으나,

   1) 차용증상 총 대여금액은 OOO원으로 청구법인이 대여금 지급액으로 소명한 OOO원과 차이가 있고, 차용증 작성 시기와 대여금 지급일로 주장하는 일자 역시 큰 차이가 있으며, 차용증에는 OOO원 상당의 자금을 대여하면서 상환기간과 이자금액도 없이 대여해 주는 것으로 기재되어 있는 등 그 기재 내용을 신뢰하기 어려운 점,

   2) 청구법인은 <표4>의 ①에서 청구법인이 A의 비용에 대한 대급금으로 A의 거래처 등에 직접 금전을 이체하였다고 주장하면서 세금계산서 등을 제출하였으나, 해당 금액을 대여금으로 회계처리한 내역은 나타나지 아니하고 일부는 금융거래내역도 나타나지 아니하며, 인근 주택 주민들의 피해에 대한 합의금을 대신 지급하였다고 주장하면서 제출한 합의서는 청구법인 명의로 작성된 것으로 나타나고, 인건비 대납건, 과태료 대납건, 사고위로금 대납건, 보상금 대납건, 차 수리 보상금 등의 경우 금융증빙 외 해당 이체금액이 인건비, 과태료, 사고위로금, 보상금, 차 수리 보상금 등에 해당한다는 점을 확인할 수 있는 자료는 나타나지 아니하는 점 등 해당 금액이 대여금이라는 주장은 그 신뢰성이 부족한 점,

   3) 청구법인은 <표4>의 ②에서 청구법인이 2018.1.10. A에게 직접 현금으로 OOO원을 지급하고 청구법인은 A이 거래처에 대한 대금 등으로 당일에 바로 지출하였다고 주장하면서 통장사본 거래내역을 제출하였으나, 해당 금액 역시 이를 대여금으로 회계처리한 내역은 나타나지 아니하고, A 역시 이를 어떤 방식으로 회계처리하였는지 여부가 불분명한 점,

   4) 청구법인은 <표4>의 ③에서 G의 계좌를 통하여 A에게 자금을 빌려주었다고 주장하나, G외 2명의 사업자등록 내역에 의하면 G외 2명은 건설업(주택신축판매업)을 주업태로 하여 2016.6.1. 개업하고 2017.7.14. 폐업한 개인사업자로, 청구법인 주장에 의하더라도 G은 청구법인 대표자 B의 아들로서 B와 A C의 친분을 바탕으로 A과 별도의 도급계약을 체결하였다고 하고 있는바, G은 자신의 시공사인 A에 해당 금액을 공사대금으로 지급하였을 가능성을 배제할 수 없고, 달리 해당 금액을 A에 대여한 대여금으로 볼 증빙도 없는 점,

    또한 청구법인은 <표4>의 ③에서 A의 계좌로 2회에 걸쳐 직접 OOO원을 이체하여 대여하였다고 주장하면서 OOO원의 청구법인 무통장 입금증을 제출하였으나, 해당 금액의 회계처리 내역에 의하면 해당 금액은 청구법인이 A에 대한 외상매입금을 상환한 것으로 나타나고, 그 외 해당 금액이 A에 대여한 대여금에 해당하는 것으로 볼 증빙은 없는 점,

   5) 청구법인은 <표4>의 ④에서 청구법인이 2016년에 A의 협력사인 D 및 E에 각각 지급한 OOO원이 A에 대한 대여금이라고 주장하면서 청구법인 예금계좌 거래내역서를 제출하였으나, 해당 금액은 2016.1.11.부터 2016.12.16.까지 지급된 내역으로 최초 차용증 작성일자로 되어 있는 2016.12.15. 이전 거래내역이 대부분이며, 처분청이 청구법인과 A의 2016년도 (세금)계산서 거래내역을 확인한바, D과 E은 청구법인의 매입처이지 A과는 거래내역이 없는 것으로 나타나고, 청구법인이 제출한 위 청구법인 예금계좌 거래내역서에 의하면 위 D, E에 대한 위 이체내역 외에도 추가 이체내역이 나타나며, 그 외에 추가로 별도의 이체내역이 존재하는지 여부는 확인되지 아니하는 등 해당 금액이 청구법인의 D 및 E에 대한 공사대금 지급 내역일 가능성을 배제할 수 없는 점,

   6) 청구법인은 착오로 회계처리를 잘못한 것이라고 주장하나, 청구법인은 단순히 일회성으로 회계처리한 것이 아니라 다수 건을 몇 년 동안 회계처리하였고, 처분청이 거래상대방인 A의 재무상태표를 확인한바 A도 해당 금액을 차입금으로 계상하지 아니하는 등 당초부터 청구법인과 A이 쟁점금액①을 대여금으로 판단하지 아니하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점금액①이 자금 대여 후 그 대여금을 반환받은 것이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

  (라) 또한, 청구법인은 쟁점금액②‧쟁점금액③이 착오로 송금한 공사대금을 재계산하는 과정에서 반환받은 것이라고 주장하나, 쟁점금액②‧쟁점금액③ 역시 지급시에는 외상매입금(공사대금) 상환으로, 반환받은 현금에 대해서는 대표이사 가수금으로 처리하여 언제든 대표이사가 출금할 수 있도록 하였고, 쟁점금액② 관련 금융거래의 경우 청구법인이 쟁점금액②를 A에 지급하기 전에 이미 M 계좌에서 한도대출을 받아 G 명의로 OOO원을 A에 지급한 것으로 나타나므로, 반환받은 쟁점금액② 중 OOO원을 H(G 외 2인)의 공사비로 입금하였다는 청구법인의 주장은 금융거래내역에서 확인되는 사실관계와 맞지 아니하는 점 등에 비추어, 쟁점금액②‧쟁점금액③이 착오로 송금한 공사대금을 재계산하는 과정에서 반환받은 것이라는 청구법인의 주장 역시 받아들이기 어렵다.

  (마) 따라서 쟁점금액 관련 거래가 가공거래가 아닌 정상거래에 해당한다고 하는 특별한 사정의 존재가 소명된다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점금액을 가공매입(세금)계산서 수취 금액 및 공사원가 가공계상으로 본 것은 정당한 것으로 판단된다.

 (14) 마지막으로, 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인은 이 건 부과처분 중 2017사업연도 법인세 부과처분, 2017년 제1기‧제2기, 2018년 제1기 부가가치세 부과처분 및 2017년 소득금액변동통지 처분이 부과제척기간 도과로 위법하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

  (나) 먼저, 2017년 소득금액변동통지 처분의 경우, 앞서 쟁점①에서 청구법인의 이 건 소득금액변동통지에 대한 심판청구가 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단하였으므로, 2017년 소득금액변동통지 처분이 부과제척기간 도과로 위법하다는 청구주장 부분은 본안심리 대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.

  (다) 다음으로, 2017사업연도 법인세, 2017년 및 2018년 제1기 부가가치세의 경우, 처분청은 쟁점금액 관련 거래가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우에 해당하여 10년의 국세부과제척기간이 적용되어야 하므로 부과제척기간이 도과한 것으로 볼 수 없다는 의견인바,

   1) 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제2호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 아니하나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있는바, 청구법인이 A로부터 가공세금계산서를 수취하여 해당 매입금액을 매출원가로 허위의 회계장부를 작성하여 법인세를 신고한 행위는 청구법인이 법인소득에 대한 적극적인 은닉의도가 있었던 것으로 볼 수 있고, 따라서 2017사업연도 법인세에 대하여 청구법인의 적극적인 부정행위가 있었다고 보아 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 정당한바, 2017사업연도 법인세 부과처분이 부과제척기간 도과로 위법하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

   2) 다만, 납세자가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 교부받아 부가가치세 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제2호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우’에 해당한다고 하여 10년의 부과제척기간을 적용하기 위해서는, 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고‧납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고‧납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 할 것(조심 2024광4054, 2025.11.3. 외 다수, 같은 뜻임)인바,

    이 건 거래와 관련하여 매입처인 A이 쟁점금액과 관련한 매출세금계산서 상당액에 대하여 부가가치세 신고‧납부하고, 이후 경정청구를 통해 매출세액을 환급받은 사실도 없다면, 청구법인이 A로부터 수취한 세금계산서에 따라 관련 매입세액 공제를 받으면서 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 보기 어려워 청구법인의 적극적인 부정행위가 있었다고 인정하기 어려우므로, 이러한 경우는 10년의 부과제척기간 적용을 배제해야 할 것으로 판단된다. 다만, 본세액의 포탈이 없더라도 사기나 그 밖의 부정한 행위로 가공의 세금계산서를 수수한 경우 이와 관련된 세금계산서불성실가산세는 「국세기본법」제26조의2 제2항 제2호에 따라 10년의 부과제척기간을 적용함이 타당하므로 세금계산서불성실가산세에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2023서7874, 2023.9.13., 같은 뜻임).

   따라서, 2017년 제1기‧제2기, 2018년 제1기 부가가치세 부과처분의 경우, A이 쟁점금액에 해당하는 매출세금계산서 상당액에 대하여 부가가치세를 신고‧납부하였는지 여부, 이후 A이 경정청구를 통해 매출세액을 환급받은 사실이 있는지 여부를 재조사하여, A이 해당 부가가치세를 신고‧납부한 사실이 있고, 그 후 경정청구를 통해 매출세액을 환급받은 사실이 나타나지 아니하는 경우 10년의 부과제척기간 적용을 배제(세금계산서불성실가산세 제외)하여 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구이거나, 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 처분내역 상세

○○○

<별지2> A 대급금 관련 지급 내역(청구법인 제출)

○○○

<별지3> A에 직접 지급한 금액 관련 내역(청구법인 제출)

○○○

<별지4> 관련 법령

 (1) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. <개정 2019.12.31.>

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다. <신설 2019.12.31.>

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

 (2) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다. <개정 2018.12.24.>

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. <개정 2018.12.24.>

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

[전문개정 2018.12.24.]

 (3) 법인세법 시행령

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

   가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

   나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

   다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

   라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. 제1호에도 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 할 것

   가. 법 제24조에 따라 법 제24조 제2항 제1호에 따른 기부금 또는 같은 조 제3항 제1호에 따른 기부금의 손금산입한도액을 초과하여 익금에 산입한 금액

   나. 법 제25조 및 「조세특례제한법」 제136조에 따라 익금에 산입한 금액

   다. 법 제27조의2 제3항(같은 항 제2호에 따른 금액에 한정한다) 및 제4항에 따라 익금에 산입한 금액

   라. 법 제28조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 이자ㆍ할인액 또는 차익에 대한 원천징수세액에 상당하는 금액

   마. 법 제28조 제1항 제4호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

   바. 삭제 <2006.2.9.>

   사. 「조세특례제한법」 제138조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

   아. 제1호 각 목 외의 부분 단서 및 제2항에 따라 익금에 산입한 금액이 대표자에게 귀속된 것으로 보아 처분한 경우 당해 법인이 그 처분에 따른 소득세 등을 대납하고 이를 손비로 계상하거나 그 대표자와의 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 아니함에 따라 익금에 산입한 금액

   자. 제88조 제1항 제8호ㆍ제8호의2 및 제9호(같은 호 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산에 한정한다)에 따라 익금에 산입한 금액으로서 귀속자에게 「상속세 및 증여세법」에 의하여 증여세가 과세되는 금액

   차. 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 그 외국법인 등에 귀속되는 소득과 「국제조세조정에 관한 법률」 제6조, 제7조, 제9조, 제12조 및 제15조에 따라 익금에 산입된 금액이 국외특수관계인으로부터 반환되지 않은 소득

 (4) 부가가치세법

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 삭제 <2014.1.1.>

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5. 「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

<별지5> 쟁점금액의 금융거래내역을 일자별로 정리한 자료(처분청 제출)

○○○

<별지6> 조세범칙혐의자(참고인) 심문조서(처분청 제출)

○○○

<별지7> A과의 건설도급(변경)계약서(청구법인 제출)

○○○

<별지8> 차용증 5매

○○○

<별지9>

○○○

<별지10>

○○○