1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 20xx. xx. xx. 원고에 대하여 한 20xx년 제1기분 부가가치세 x,860,161,260원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 부동산임대업 등을 목적으로 한 법인이다.

나. 원고는 20xx. xx. xx. 주식회사 ○○(이하 '○○'이라 한다)에 원고 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○, △△ 토지(이하 ○○ 토지를 '이 사건 제1 토지', △△ 토지를 '이 사건 제2 토지'라 하고 이를 통틀어 '이 사건 토지'라 한다)와 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하며 이 사건 토지와 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 20xx. xx. xx.을 평가기준일로 하여 평가한 감정평가액(이하 '이 사건 감정평가액'이라 한다)에 따라 x,xxx억 원에 일괄양도한 후, 이 사건 건물의 공급가액을 xx,xxx,xxx,xxx원으로 하여 20xx년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

다. 피고는 원고가 실지거래가액으로 구분한 이 사건 토지와 이 사건 건물의 가액이 기준시가로 안분계산된 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당한다고 보아 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제8호 본문, 구 부가가치세법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1항 제1호 본문에 따라 기준시가로 안분계산한 xx,xxx,xxx,xxx원을 이 사건 건물의 공금가액으로 하여 20xx. xx. xx. 원고에 대하여 20xx년 제1기 부가가치세 x,xxx,xxx,xxx원을 경정ㆍ고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

[인정근거] 다톰 없는 사실, 갑 제8, 9호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 중간지급조건부 재화의 공급에 해당하는지 여부

   1) 관련 규정

부가가치세법 제29조 제9항 본문은 '사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다'고 규정하면서도, 단서에서 '사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다'고 정하고 있다. 그 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호는 본문에서 '토지와 건물 또는 구축물 등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액'을 공급가액으로 한다고 규정하면서도, 단서에서 '감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액'을 공급가액으로 한다고 규정하고 있다.

 2) 원고 주장의 요지

원고는 20xx. xx. xx. ○○에 이 사건 부동산을 매도하기로 하는 양해각서를 체결하고 같은 날 이행보증금 xx억 원을 지급하였다. 이는 실질적으로 이 사건 부동산의 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 것이므로, 원고가 한섬에 이 사건 부동산을 양도한 것은 구 부가가치세법 시행령 제28조 제3항 제3호, 구 부가가치세법 시행규칙(2026. 1. 2. 재정경제부령 제1호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조 제1호가 정한 중간지급조건부 재화의 공급에 해당한다. 그리고 이 사건 감정평가액은 최초 공급시기(20xx. xx. xx.)가 속하는 과세기간(20xx년 제2기)의 직전 과세기간(20xx년 제1기, 20xx. xx. xx.~20xx. xx. xx.)에 이루어진 감정평가액에 해당한다. 따라서 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호 단서에 따라 이 사건 감정평가액에 비례하여 안분계산한 금액을 이 사건 건물의 공급가액으로 하여야 한다.

 3) 인정사실

 가) 원고는 20xx. xx. xx. 한섬에 이 사건 부동산을 x,xxx억 원(건물 부가가치세 별도)에 매도하고자 하는 의향서를 보낸 후 한섬과 이 사건 부동산 매매에 관한 협상을 진행하였고, 한섬은 20xx. xx. xx. 원고에 이 사건 부동산 매매에 관하여 대금을 'x,xxx억 원', 계약시기를 '당사 이사회 의결 및 토지거래허가 이후', 대금지급방법을 '계약금 10%, 중도급 40%, 잔금 50%', 대금지급시기를 '중도금은 계약 후 2개월, 잔금은 계약 후 6개월', 그 밖의 사항을 '유효한 임대차계약서 사본, 건축물 도면 일체 등 정보제공', '임차인 명도 협조 및 계약금 지급 후 임대차계약 연장 불가'로 정하되 다만 이는 당사의 이사회 결의가 승인되는 것을 전제로 한 잠정적 합의라는 내용의 내용증명을 보냈다.

   나) 원고는 이 사건 제1 토지에 관하여 20xx. xx. xx. ○○○장으로부터 토지거래허가를 받았다.

   다) 원고는 20xx. xx. xx. ○○과 아래와 같은 내용의 양해각서(이하 '이 사건 양해각서'라 한다)를 체결하고, 같은 날 ○○으로부터 이행보증금 xx억 원을 받았다.

   라) 원고는 이 사건 제2 토지에 관하여 20xx. xx. xx. ○○○장으로부터 토지거래허가를 받았다.

   마) 원고와 ○○은 20xx. xx. xx. 이 사건 부동산에 관하여 매매대금을 x,xxx억원(부가가치세 별도)으로 하여 아래 표와 같은 내용으로 정하면서, 같은 날 매매대금의 10%인 xxx억 원을 계약금으로 지급하되 이 사건 양해각서에 기해 한섬이 기지급한 이행보증금 xx억 원을 본 계약의 체결과 동시에 계약금으로 전환하며 이로써 매수인이 계약금의 일부로서 지급한 것으로 간주하고, 20xx. xx. xx. 매매대금의 40%인 xxx억 원을 중도금으로 지급하며, 거래완결일(20xx. xx. xx. 또는 계약상 정한 거래완결 선행조건이 전부 충족된 날로부터 7일이 경과한 날 중 더 늦게 도래하는 일자)에 정산을 통해 매매대금 잔금 및 부가가치세를 지급하기로 하는 내용으로 매매계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하였다.

   바) ○○은 원고에게 남은 대금을 지급하고 20xx. xx. xx. 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제1, 2, 5 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 4) 판단

부가가치세법 제15조의 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령 제28조 제3항 본문 제3호는 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다고 규정하고, 구 부가가치세법 시행규칙 제18조는 '중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우'를 정하면서 그중 하나로 제1호에서 '계약금을 받기로 한 날의 다음날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우'를 정하고 있다.

 그러므로 원고 주장과 같이 이 사건 부동산의 공급을 구 부가가치세법 시행령 제28조 제3항 제3호에 따른 중간지급조건부 공급으로 보기 위해서는 우선 원고가 한섬으로부터 이행보증금을 받은 20xx. xx. xx.을 구 부가가치세법 시행규칙 제18조 제1호가 정한 '계약금을 받기로 한 날'로 볼 수 있어야 한다. 그러나 앞서 본 인정사실과 변론 전체의 취지에 따라 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 부동산 공급과 관련하여 계약금을 받기로 한 날은 20xx. xx. xx.이 아닌 이 사건 매매계약 체결일인 20xx. xx. xx.로 보아야 하므로, 20xx. xx. xx.이 계약금을 받은 날로서 중간지급조건부 공급의 최초 공급시기임을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

   가) 계약이 성립하기 위해서는 당사자 사이에 의사의 합치가 있을 것이 요구되고 이러한 의사의 합치는 당해 계약의 내용을 이루는 모든 사항에 관하여 있어야 하는 것은 아니나 그 본질적 사항이나 중요 사항에 관하여는 구체적으로 의사의 합치가 있거나 적어도 장래 구체적으로 특정할 수 있는 기준과 방법 등에 관한 합의는 있어야 한다. 한편 처분문서의 경우 문언의 표지, 형식이나 명칭 여하에 따라 그 효력이 결정되는 것은 아니나, 일반적으로 본계약 체결을 예정한 양해각서의 경우 양해각서로 어느 정도까지 합의를 할 것인가는 당사자의 자유이고, 그 내용을 구체적으로 정할수록 본계약 체결을 위한 협상과 노력이 용이한 것이기에, 당사자가 양해각서에 그 합의 내용을 자세하게 기재하였다고 하여 그 양해각서가 본계약이라고 단언해서는 아니 되며, 나아가 당사자들이 양해각서만 체결하고 본계약이 체결되지 아니하였음에도 마치 본계약이 체결된 것처럼 일부 이행에 착수하였다 할지라도, 양해각서가 쌍방을 법적으로 구속하여 성실하게 협상에 응하여야 하는 의무를 부담하게 하는 이상 본계약이 체결될 것이라고 믿고 쌍방이 그에 협조하는 차원에서 미리 이행에 착수하였다면, 그러한 사정만으로 양해각서가 본계약과 마찬가지로 확정적인 효력을 발생한다고 볼 수는 없는 바, 결국 이러한 경우 양해각서 체결을 통해 당사자가 의욕했던 바가 무엇인지를 문언의 내용, 그와 같은 약정이 이루어진 동기와 경위, 약정에 의하여 당사자가 달성하려고 하는 목적, 당사자의 진정한 의사, 거래의 관행 등을 종합적으로 고려하여 합리적으로 탐구하여야 할 것이다(대법원 2001. 3. 23. 선고 2000다51650 판결, 대법원 2002. 5. 24. 선고 2000다72572 판결 등 참조).

 이에 비추어 보건대, 이 사건 양해각서에서 원고가 ○○에 독점적 협상대상자로서의 지위를 부여하는 한편 원고는 이 사건 부동산에 관한 임대차계약을 해지하고 이를 명도받으며 이 사건 토지에 관한 토지거래허가를 받아야 하는 등의 의무를, ○○은 원고에 이행보증금을 지급하는 등의 의무를 각 부담하도록 하였고 실제로도 이에 따라 이러한 의무들이 이행되고 이 사건 매매계약이 추진된 사실은 인정된다. 그러나 원고와 ○○은 20xx. xx. xx. 이 사건 부동산 매매에 관한 협상을 개시한 후 토지거래허가나 임대차계약 해지 등을 거쳐 이 사건 부동산에 관한 매매를 완료할 목적으로 상호 협력관계를 대략적으로나마 규정하기 위하여 이 사건 양해각서를 체결한 것으로 보이는 점, 원고와 ○○은 추후 이 사건 매매계약을 체결할 것을 전제로 이 사건 매매계약의 추진일정을 정하고, 이 사건 매매계약이 체결되거나 체결되지 않을 경우 등에 이 사건 양해각서의 효력이 상실된다고 정하는 등으로 이 사건 양해각서와 앞으로 체결할 이 사건 매매계약을 명백히 구별하고 있던 점, 이 사건 양해각서에는 부동산 매매계약 체결에 있어 본질적 사항인 매매대금액, 대금지급시기 등에 관한 구체적 사항이 명시되지 않은 점 등 이 사건 양해각서의 전반적인 문언의 내용과 취지, 그 체결 동기와 경위, 체결 이후의 여러 정황 등 제반 사정을 종합하면, 이 사건 양해각서는 이 사건 매매계약 체결 이전에 이루어진 잠정적인 합의에 불과한 것으로서 이 사건 매매계약 체결이 이루어짐으로써 그 효력을 상실하였다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 양해각서 체결로써 매매계약이 체결되었다고 보아 그 이행보증금 지급일을 계약금을 받기로 한 날로 보아야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

   나) 또한 원고는 이행보증금을 이 사건 매매계약의 계약금의 일부로 간주하기로 하였으므로 이행보증금 지급일이 계약금을 받기로 한 날에 해당한다는 취지로도 주장하나, 이 사건 매매계약서 제3조 제2항에 따르면 이행보증금은 이 사건 계약의 체결과 동시에 계약금으로 전환된다고 정하고 있으므로, 이 사건 계약 체결일인 20xx. xx. xx. 계약금으로서 지급된 것으로 보아야 한다. 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

나. 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서 해당 여부

   1) 원고 주장의 요지

「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 '자본시장법'이라 한다) 제165조의4 제1항 제2호, 제2항, 구 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행렁」(2024. 11. 26. 대통령령 제35018호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 자본시장법 시행령'이라 한다) 제176조의6 제3항은 주권상장법인이 중요한 자산을 양수도할 경우 외부평가기관의 평가를 거치도록 하는데, 이 때 외부평가기관이 준수해야 하는 '외부평가 업무 가이드라인', '가치평가서비스 수행기준'은 토지와 건물을 구분하여 평가하도록 정하고 있다. 이 사건 감정평가액은 위와 같은 규정에 따라 이루어진 것이므로 이는 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서가 정한 '다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우'에 해당한다. 따라서 부가가치세법 제29조 제9항 단서가 아닌 그 본문에 따라 실질거래가액을 이 사건 건물의 공급가액으로 하여야 한다.

   2) 판단

 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서는 '사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우라도, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우'에는 실지거래가액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있다¹⁾.

 그런데 자본시장법 제165조의4 제1항 제2호, 제2항 및 구 자본시장법 시행령 제176조의6 제3항은 주권상장법인이 중요한 자산을 양수도할 경우 등에 외부평가기관의 평가를 받아야 한다고 규정할 뿐이고, '외부평가 업무 가이드라인'이나 '가치평가서비스 수행기준'은 내부적 업무처리기준을 정한 것에 불과하여 대외적 구속력을 가진다고 볼 수 없으므로, 위 규정들을 두고 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서가 정한 '다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우'에 해당한다고 볼 수 없다. 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

4. 결론

원고의 주장은 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1)위와 같은 구 부가가치세법 규정에 대한 기획재정위원회 검토보고서(의안번호 2112396)는 '다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우'의 예시로 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제39조 제5항의 경우를 들고 있는데, 이는 토지 양도가액은 취득가액에 이자 및 비용을 합한 가액으로 정하고 있고(산업용지 투기 방지 목적), 공장등의 양도가액은 감정액으로 하도록 하면서 토지와 건물의 가액을 구체적으로 구분하고 있는 경우이다.